转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr02G004600; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00007048-RA_Salv SmilChr02G004600 ARF XP_057791481.1 MP00574 ATCCGACAAA

可能结合的靶基因

9846 个结合位点 7302 个候选靶基因 第 46 / 147 下载 TSV

上一页 46 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr04G000101 Chr04 NC_080390.1:912579-912588promoter 内 3277-3286 bp - 715 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 1 911003-911864(-) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 AGCCGACAAT
SmilChr04G000286 Chr04 NC_080390.1:2639264-2639273promoter 内 3273-3282 bp + 719 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 1 2635750-2638545(-) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 GTTGTCGGAG
SmilChr01G002771 Chr01 NC_080387.1:46151884-46151893promoter 内 3268-3277 bp + 724 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 1 46152617-46155559(+) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 CTCCGACAAC
SmilChr03G002808 Chr03 NC_080389.1:44537536-44537545promoter 内 3267-3276 bp - 725 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 1 44529863-44536811(-) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 AGCCGACAAT
SmilChr03G002872 Chr03 NC_080389.1:45383184-45383193promoter 内 3264-3273 bp + 728 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 1 45383921-45386756(+) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 CTCCGACAAC
SmilChr03G001759 Chr03 NC_080389.1:23946162-23946171promoter 内 3259-3268 bp - 733 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 1 23944449-23945429(-) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 TTCCGACAAA
SmilChr02G001779 Chr02 NC_080388.1:32574584-32574593promoter 内 3257-3266 bp - 735 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 1 32575328-32579569(+) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 TTTGTCGGTT
SmilChr03G000292 Chr03 NC_080389.1:3341750-3341759promoter 内 3234-3243 bp + 758 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 1 3337044-3340992(-) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 TTTGTCGGTT
SmilChr02G002736 Chr02 NC_080388.1:47298883-47298892promoter 内 3173-3182 bp - 819 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 1 47299711-47301460(+) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 TTTGTCGGAA
SmilChr04G000180 Chr04 NC_080390.1:1593370-1593379promoter 内 3165-3174 bp - 827 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 1 1594206-1597812(+) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 GTTGTCGGAG
SmilChr02G004052 Chr02 NC_080388.1:62844107-62844116promoter 内 3158-3167 bp + 834 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 1 62844950-62847799(+) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 CGCCGACAAT
SmilChr03G004338 Chr03 NC_080389.1:61703365-61703374promoter 内 3143-3152 bp + 849 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 1 61704223-61707318(+) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 GTCCGACAAG
SmilChr02G003108 Chr02 NC_080388.1:52069984-52069993promoter 内 3112-3121 bp - 880 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 1 52070873-52071691(+) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 GTTGTCGGAT
SmilChr01G005783 Chr01 NC_080387.1:73937361-73937370promoter 内 3108-3117 bp - 884 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 1 73928699-73936477(-) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 TTCCGACAAA
SmilChr01G005195 Chr01 NC_080387.1:69635116-69635125promoter 内 3100-3109 bp + 892 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 1 69636017-69645047(+) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 ATCCGACAAC
SmilChr02G001593 Chr02 NC_080388.1:29703210-29703219promoter 内 3097-3106 bp - 895 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 1 29699038-29702315(-) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 AACCGACAAA
SmilChr02G004990 Chr02 NC_080388.1:71775675-71775684promoter 内 3095-3104 bp - 897 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 1 71767723-71774778(-) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 AACCGACAAA
SmilChr02G001712 Chr02 NC_080388.1:31514879-31514888promoter 内 3076-3085 bp - 916 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 1 31512651-31513963(-) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 CTCCGACAAC
SmilChr01G004152 Chr01 NC_080387.1:60051505-60051514promoter 内 3075-3084 bp - 917 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 1 60045751-60050588(-) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 GTCCGACAAG
SmilChr02G001890 Chr02 NC_080388.1:34190133-34190142promoter 内 3073-3082 bp - 919 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 1 34191061-34193024(+) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 TTTGTCGGAA
SmilChr02G003132 Chr02 NC_080388.1:52354043-52354052promoter 内 3045-3054 bp + 947 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 1 52347677-52353096(-) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 CTTGTCGGAC
SmilChr01G002535 Chr01 NC_080387.1:43373420-43373429promoter 内 3039-3048 bp - 953 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 1 43374382-43379875(+) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 GCTGTCGGAT
SmilChr01G000055 Chr01 NC_080387.1:860476-860485promoter 内 3035-3044 bp - 957 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 1 861442-864013(+) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 CGTGTCGGAG
SmilChr02G003054 Chr02 NC_080388.1:51316454-51316463promoter 内 3028-3037 bp - 964 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 1 51317427-51322753(+) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 CTTGTCGGAC
SmilChr01G002039 Chr01 NC_080387.1:36052310-36052319promoter 内 3022-3031 bp + 970 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 1 36053289-36056257(+) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 AACCGACAAA
SmilChr02G005162 Chr02 NC_080388.1:72964304-72964313promoter 内 2989-2998 bp - 1003 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 1 72961236-72963301(-) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 AACCGACAAA
SmilChr03G000773 Chr03 NC_080389.1:8811762-8811771promoter 内 2988-2997 bp - 1004 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 1 8812775-8814487(+) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 GTTGTCGGAT
SmilChr03G000929 Chr03 NC_080389.1:10616817-10616826promoter 内 2987-2996 bp - 1005 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 1 10617831-10619331(+) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 ATTGTCGGCT
SmilChr03G001025 Chr03 NC_080389.1:11912829-11912838promoter 内 2978-2987 bp + 1014 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 1 11910604-11911815(-) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 GTTGTCGGAG
SmilChr02G002018 Chr02 NC_080388.1:36382751-36382760promoter 内 2969-2978 bp - 1023 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 1 36383783-36388678(+) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 TTTGTCGCCA
SmilChr03G000159 Chr03 NC_080389.1:1740209-1740218promoter 内 2956-2965 bp + 1036 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 1 1741254-1747479(+) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 CTCCGACAAC
SmilChr01G004447 Chr01 NC_080387.1:62573007-62573016promoter 内 2951-2960 bp - 1041 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 1 62574057-62578662(+) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 CCTGTCGGAC
SmilChr01G001181 Chr01 NC_080387.1:23861401-23861410promoter 内 2950-2959 bp - 1042 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 1 23859430-23860359(-) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 ATCCGACAAC
SmilChr01G002195 Chr01 NC_080387.1:38107953-38107962promoter 内 2947-2956 bp + 1045 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 1 38109007-38109480(+) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 AACCGACAAA
SmilChr01G001225 Chr01 NC_080387.1:24538642-24538651promoter 内 2944-2953 bp - 1048 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 1 24531958-24537594(-) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 ATCCGACAAC
SmilChr04G001659 Chr04 NC_080390.1:27562203-27562212promoter 内 2931-2940 bp - 1061 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 1 27563273-27563987(+) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 TTTGTCGGTT
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