转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr05G001518; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00023584-RA_Salv SmilChr05G001518 WRKY XP_057765511.1 MP00455 AACGTTGACTATT

可能结合的靶基因

9792 个结合位点 6900 个候选靶基因 第 46 / 138 下载 TSV

上一页 46 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G006186 Chr01 NC_080387.1:77410124-77410136promoter 内 75-87 bp - 3914 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 3 77401606-77406210(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 ATGGTTGACTGAG
SmilChr03G002957 Chr03 NC_080389.1:46314312-46314324promoter 内 3910-3922 bp - 79 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 2 46312661-46314233(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 AATGTTGACTTGT
SmilChr03G002726 Chr03 NC_080389.1:43312851-43312863promoter 内 3831-3843 bp - 158 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 2 43313021-43320338(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 TTTAGTCAAAGGA
SmilChr03G003051 Chr03 NC_080389.1:47412185-47412197promoter 内 3345-3357 bp - 644 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 2 47410249-47411541(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 CCCGTTGACCCCC
SmilChr03G002746 Chr03 NC_080389.1:43642865-43642877promoter 内 3330-3342 bp - 659 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 2 43643536-43646067(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 GACAGTCAACACT
SmilChr01G004482 Chr01 NC_080387.1:62948793-62948805promoter 内 3306-3318 bp + 683 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 2 62949488-62953834(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 AATGTTGACTATT
SmilChr01G001919 Chr01 NC_080387.1:34328449-34328461promoter 内 3148-3160 bp - 841 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 2 34324330-34327608(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 AATGTTGACTTTG
SmilChr02G003799 Chr02 NC_080388.1:59621782-59621794promoter 内 2958-2970 bp + 1031 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 2 59619165-59620751(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 ACTAGTCAACATT
SmilChr01G004352 Chr01 NC_080387.1:61721265-61721277promoter 内 2756-2768 bp + 1233 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 2 61717133-61720032(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 AAAAGTCAACCAA
SmilChr01G005198 Chr01 NC_080387.1:69667933-69667945promoter 内 2742-2754 bp - 1247 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 2 69666107-69666686(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 ATGGTTGACTTGA
SmilChr03G002421 Chr03 NC_080389.1:38434857-38434869promoter 内 2604-2616 bp + 1385 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 2 38436254-38437540(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 GTTGTTGACTGTT
SmilChr01G001487 Chr01 NC_080387.1:28659826-28659838promoter 内 2351-2363 bp + 1638 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 2 28653686-28658188(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 AATAGTCAAACGC
SmilChr02G003014 Chr02 NC_080388.1:50825151-50825163promoter 内 2331-2343 bp - 1658 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 2 50826821-50828044(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 TCAAGTCAACCAT
SmilChr01G001595 Chr01 NC_080387.1:30067153-30067165promoter 内 2191-2203 bp - 1798 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 2 30056181-30065355(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 AGTGTTGACTGTC
SmilChr02G005075 Chr02 NC_080388.1:72397045-72397057promoter 内 2166-2178 bp + 1823 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 2 72390349-72395222(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 TTTAGTCAACCCA
SmilChr01G005900 Chr01 NC_080387.1:74905478-74905490promoter 内 2029-2041 bp + 1960 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 2 74901583-74903518(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 CATAGTCAACATT
SmilChr03G000884 Chr03 NC_080389.1:10031481-10031493promoter 内 1397-1409 bp - 2592 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 2 10025259-10028889(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 GTTGTTGACTGTT
SmilChr02G002956 Chr02 NC_080388.1:50098068-50098080promoter 内 828-840 bp - 3161 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 2 50093535-50094907(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 TTGGTTGACTGTT
SmilChr03G002804 Chr03 NC_080389.1:44512607-44512619promoter 内 716-728 bp + 3273 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 2 44515892-44518232(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 AATGTTGACTATG
SmilChr02G000927 Chr02 NC_080388.1:16133708-16133720promoter 内 468-480 bp + 3521 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 2 16127729-16130187(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 ACCAGTCAACATT
SmilChr01G001039 Chr01 NC_080387.1:21640877-21640889promoter 内 347-359 bp - 3642 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 2 21635892-21637235(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 AATGTTGACTATG
SmilChr02G004991 Chr02 NC_080388.1:71770266-71770278promoter 内 3914-3926 bp + 75 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 71770353-71772475(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 TTCGTTGACCCCT
SmilChr03G003289 Chr03 NC_080389.1:50998631-50998643promoter 内 3887-3899 bp - 102 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 50997014-50998529(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 ATCTTTGACTATC
SmilChr01G006172 Chr01 NC_080387.1:77239658-77239670promoter 内 3686-3698 bp + 303 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 77239973-77247195(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 GAGGTTGACTGAA
SmilChr03G001868 Chr03 NC_080389.1:25850755-25850767promoter 内 3650-3662 bp - 339 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 25842327-25850416(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 ATCTTTGACTATC
SmilChr02G001471 Chr02 NC_080388.1:27457093-27457105promoter 内 3404-3416 bp + 585 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 27457690-27459733(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 AATGTTGACTTGT
SmilChr02G003371 Chr02 NC_080388.1:54838910-54838922promoter 内 3324-3336 bp + 665 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 54839587-54841481(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 AATGTTGACTGTG
SmilChr01G002520 Chr01 NC_080387.1:43155146-43155158promoter 内 3217-3229 bp - 772 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 43155930-43159761(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 AAAAGTCAACCAA
SmilChr01G005375 Chr01 NC_080387.1:70980929-70980941promoter 内 3192-3204 bp + 797 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 70973790-70980132(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 ATTAGTCAACCAT
SmilChr03G000830 Chr03 NC_080389.1:9527353-9527365promoter 内 3122-3134 bp - 867 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 9523345-9526486(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 TTGGTTGACTGTT
SmilChr03G000746 Chr03 NC_080389.1:8532114-8532126promoter 内 3053-3065 bp + 936 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 8525452-8531178(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 TTTAGTCAAAGGA
SmilChr03G003750 Chr03 NC_080389.1:56558907-56558919promoter 内 3006-3018 bp + 983 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 56552003-56557924(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 GATAGTCAAAGAT
SmilChr02G005076 Chr02 NC_080388.1:72397045-72397057promoter 内 2966-2978 bp + 1023 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 72398080-72401174(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 TGGGTTGACTAAA
SmilChr02G003771 Chr02 NC_080388.1:59401639-59401651promoter 内 2849-2861 bp + 1140 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 59398874-59400499(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 ACTAGTCAACATT
SmilChr01G002988 Chr01 NC_080387.1:48817682-48817694promoter 内 2828-2840 bp + 1161 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 48814174-48816521(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 GATAGTCAAAGAT
SmilChr02G001497 Chr02 NC_080388.1:27904862-27904874promoter 内 2629-2641 bp - 1360 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 27902189-27903502(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 ATGGTTGACTATA
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SmilChr01G003853 Chr01 NC_080387.1:56807781-56807793promoter 内 2462-2474 bp + 1527 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 56802521-56806254(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 AATAGTCAACATT
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SmilChr03G000520 Chr03 NC_080389.1:5594892-5594904promoter 内 2225-2237 bp + 1764 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 5596668-5597834(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 ATCGTTGACTCCG
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