转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr05G001980; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00003923-RA_Salv SmilChr05G001980 ARF XP_057766076.1 MP00153 GCCGACAAAA

可能结合的靶基因

9706 个结合位点 6534 个候选靶基因 第 47 / 131 下载 TSV

上一页 47 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G004338 Chr01 NC_080387.1:61510779-61510788promoter 内 2609-2618 bp - 1383 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 61504998-61509396(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 GCCGACAATG
SmilChr02G002966 Chr02 NC_080388.1:50175872-50175881promoter 内 2576-2585 bp - 1416 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 50171870-50174456(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 GCCGACAGAT
SmilChr02G004920 Chr02 NC_080388.1:71233978-71233987promoter 内 2567-2576 bp - 1425 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 71235412-71237777(+) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 CATTGTCGGC
SmilChr02G005372 Chr02 NC_080388.1:74408654-74408663promoter 内 2350-2359 bp + 1642 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 74410305-74412582(+) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 GCCGACATAG
SmilChr01G004235 Chr01 NC_080387.1:60709837-60709846promoter 内 2237-2246 bp + 1755 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 60707062-60708082(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 CTATGTCGGC
SmilChr01G003544 Chr01 NC_080387.1:54030886-54030895promoter 内 2162-2171 bp - 1830 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 54032725-54035627(+) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 ATATGTCGGC
SmilChr02G005478 Chr02 NC_080388.1:75008653-75008662promoter 内 2134-2143 bp + 1858 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 75004608-75006795(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 CTCTGTCGGC
SmilChr02G002896 Chr02 NC_080388.1:49237825-49237834promoter 内 1820-1829 bp + 2172 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 49240006-49243113(+) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 GCCGACAGAT
SmilChr01G004239 Chr01 NC_080387.1:60709837-60709846promoter 内 1819-1828 bp + 2173 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 60712019-60715266(+) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 GCCGACATAG
SmilChr01G000068 Chr01 NC_080387.1:1116245-1116254promoter 内 1790-1799 bp - 2202 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 1118456-1123317(+) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 CTATGTCGGC
SmilChr02G002635 Chr02 NC_080388.1:45725292-45725301promoter 内 1708-1717 bp - 2284 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 45721229-45723008(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 GCCGACATAG
SmilChr01G004794 Chr01 NC_080387.1:66172850-66172859promoter 内 1664-1673 bp - 2328 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 66175187-66177862(+) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 ATATGTCGGC
SmilChr02G002833 Chr02 NC_080388.1:48472714-48472723promoter 内 1633-1642 bp + 2359 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 48475082-48484788(+) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 GCCGACATAG
SmilChr02G002705 Chr02 NC_080388.1:46907869-46907878promoter 内 1616-1625 bp - 2376 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 46898764-46905493(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 GCCGACATAG
SmilChr02G000123 Chr02 NC_080388.1:1686678-1686687promoter 内 1530-1539 bp - 2462 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 1689149-1692030(+) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 CTCTGTCGGC
SmilChr01G000591 Chr01 NC_080387.1:12875352-12875361promoter 内 1410-1419 bp + 2582 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 12877943-12878883(+) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 GCCGACAGAT
SmilChr02G000635 Chr02 NC_080388.1:9611034-9611043promoter 内 1406-1415 bp - 2586 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 9606645-9608448(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 GCCGACATAG
SmilChr02G002959 Chr02 NC_080388.1:50119399-50119408promoter 内 1400-1409 bp - 2592 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 50122000-50122728(+) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 CTATGTCGGC
SmilChr02G000260 Chr02 NC_080388.1:3334285-3334294promoter 内 1370-1379 bp - 2622 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 3336916-3346337(+) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 ATATGTCGGC
SmilChr02G000054 Chr02 NC_080388.1:713081-713090promoter 内 1250-1259 bp + 2742 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 709977-710339(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 ATCTGTCGGC
SmilChr02G003406 Chr02 NC_080388.1:55230571-55230580promoter 内 1176-1185 bp + 2816 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 55233396-55240707(+) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 GCCGACAGAG
SmilChr01G003627 Chr01 NC_080387.1:54805133-54805142promoter 内 1165-1174 bp - 2827 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 54807969-54815816(+) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 CTATGTCGGC
SmilChr02G003181 Chr02 NC_080388.1:52965835-52965844promoter 内 1094-1103 bp + 2898 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 52968742-52974121(+) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 GCCGACAATT
SmilChr01G001817 Chr01 NC_080387.1:33105509-33105518promoter 内 1053-1062 bp + 2939 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 33099523-33102570(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 CTATGTCGGC
SmilChr01G004841 Chr01 NC_080387.1:66545167-66545176promoter 内 1042-1051 bp - 2950 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 66534842-66542217(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 GCCGACAATT
SmilChr01G004457 Chr01 NC_080387.1:62688784-62688793promoter 内 1000-1009 bp + 2992 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 62691785-62695137(+) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 GCCGACAATG
SmilChr01G004534 Chr01 NC_080387.1:63504928-63504937promoter 内 993-1002 bp - 2999 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 63507936-63510819(+) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 AATTGTCGGC
SmilChr01G000935 Chr01 NC_080387.1:19832246-19832255promoter 内 909-918 bp + 3083 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 19827940-19829163(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 AATTGTCGGC
SmilChr01G000733 Chr01 NC_080387.1:16295932-16295941promoter 内 812-821 bp - 3180 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 16289859-16292752(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 GCCGACAATG
SmilChr01G004844 Chr01 NC_080387.1:66581439-66581448promoter 内 799-808 bp + 3193 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 66584641-66588933(+) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 GCCGACAATT
SmilChr02G000891 Chr02 NC_080388.1:15331760-15331769promoter 内 763-772 bp + 3229 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 15334998-15339992(+) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 GCCGACAATT
SmilChr01G005572 Chr01 NC_080387.1:72478293-72478302promoter 内 677-686 bp + 3315 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 72481617-72483066(+) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 GCCGACATAG
SmilChr01G000997 Chr01 NC_080387.1:21012421-21012430promoter 内 656-665 bp - 3336 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 21002777-21009085(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 GCCGACAGAG
SmilChr01G000172 Chr01 NC_080387.1:2830085-2830094promoter 内 618-627 bp + 3374 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 2833468-2836431(+) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 GCCGACAATT
SmilChr01G005653 Chr01 NC_080387.1:72899313-72899322promoter 内 583-592 bp + 3409 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 72893237-72895904(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 CTATGTCGGC
SmilChr03G000554 Chr03 NC_080389.1:5994824-5994833promoter 内 561-570 bp - 3431 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 5998264-6007964(+) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 AATTGTCGGC
SmilChr01G002212 Chr01 NC_080387.1:38449089-38449098promoter 内 505-514 bp - 3487 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 38440856-38445602(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 GCCGACAGAG
SmilChr01G003644 Chr01 NC_080387.1:54921579-54921588promoter 内 459-468 bp - 3533 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 54925121-54932996(+) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 CTATGTCGGC
SmilChr02G002095 Chr02 NC_080388.1:37606286-37606295promoter 内 448-457 bp + 3544 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 37609839-37610911(+) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 GCCGACATAG
SmilChr01G004234 Chr01 NC_080387.1:60709837-60709846promoter 内 412-421 bp + 3580 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 60704975-60706257(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 CTATGTCGGC
SmilChr03G000481 Chr03 NC_080389.1:5126221-5126230promoter 内 251-260 bp + 3741 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 5118033-5122480(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 CTCTGTCGGC
SmilChr02G003731 Chr02 NC_080388.1:58951905-58951914promoter 内 242-251 bp - 3750 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 58942849-58948155(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 GCCGACAATG
SmilChr02G001746 Chr02 NC_080388.1:32049423-32049432promoter 内 154-163 bp - 3838 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 32044164-32045585(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 GCCGACAGAT
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SmilChr02G003475 Chr02 NC_080388.1:56051745-56051754promoter 内 2565-2574 bp - 1427 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 5 56053181-56053732(+) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 TTTTGTCTGG
SmilChr02G003474 Chr02 NC_080388.1:56051745-56051754promoter 内 871-880 bp - 3121 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 5 56047805-56048624(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 CCAGACAAAA
SmilChr02G000844 Chr02 NC_080388.1:14330126-14330135promoter 内 3745-3754 bp + 247 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 3 14329173-14329879(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 TTTTGTCTGG
SmilChr01G003474 Chr01 NC_080387.1:53298452-53298461promoter 内 3424-3433 bp + 568 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 3 53299029-53300900(+) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 CCAGACAAAA