转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G004136; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00000866-RA_Salv SmilChr04G004136 MYB XP_057806072.1 MP00627 TTACCTACCG

可能结合的靶基因

9835 个结合位点 8075 个候选靶基因 第 50 / 162 下载 TSV

上一页 50 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G000920 Chr01 NC_080387.1:19434784-19434793promoter 内 1486-1495 bp - 2506 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 19430555-19432278(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 TCACCTACCA
SmilChr07G003332 Chr07 NC_080393.1:35558231-35558240promoter 内 1486-1495 bp - 2506 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 35560746-35562706(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 TGGTAGGTGA
SmilChr02G004212 Chr02 NC_080388.1:64383134-64383143promoter 内 1456-1465 bp + 2536 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 64377780-64380598(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 TGGTAGGTGA
SmilChr02G000236 Chr02 NC_080388.1:3019825-3019834promoter 内 1431-1440 bp + 2561 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 3016743-3017264(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 TGGTAGGTGA
SmilChr01G001124 Chr01 NC_080387.1:22847773-22847782promoter 内 1429-1438 bp - 2563 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 22850345-22851537(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 TGGTAGGTGA
SmilChr05G001153 Chr05 NC_080391.1:9683741-9683750promoter 内 1418-1427 bp + 2574 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 9679754-9681167(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 TGGTAGGTGA
SmilChr04G000460 Chr04 NC_080390.1:4903991-4904000promoter 内 1417-1426 bp - 2575 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 4896849-4901416(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 TCACCTACCA
SmilChr02G005075 Chr02 NC_080388.1:72397823-72397832promoter 内 1391-1400 bp + 2601 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 72390349-72395222(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 TGGTAGGTGA
SmilChr05G001819 Chr05 NC_080391.1:18215985-18215994promoter 内 1379-1388 bp + 2613 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 18210290-18213372(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 TGGTAGGTGA
SmilChr06G000120 Chr06 NC_080392.1:846433-846442promoter 内 1364-1373 bp + 2628 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 849070-852407(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 TCACCTACCA
SmilChr04G003785 Chr04 NC_080390.1:54011399-54011408promoter 内 1362-1371 bp - 2630 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 54006370-54008769(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 TCACCTACCA
SmilChr07G000633 Chr07 NC_080393.1:4266083-4266092promoter 内 1348-1357 bp - 2644 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 4268736-4269328(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 TGGTAGGTGA
SmilChr01G001946 Chr01 NC_080387.1:34680539-34680548promoter 内 1334-1343 bp - 2658 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 34683206-34685403(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 TGGTAGGTGA
SmilChr01G003634 Chr01 NC_080387.1:54854163-54854172promoter 内 1334-1343 bp - 2658 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 54856830-54858072(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 TGGTAGGTGA
SmilChr08G000412 Chr08 NC_080394.1:2918163-2918172promoter 内 1316-1325 bp - 2676 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 2920848-2923900(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 TGGTAGGTGA
SmilChr07G004285 Chr07 NC_080393.1:55421255-55421264promoter 内 1312-1321 bp + 2680 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 55423944-55432898(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 TCACCTACCA
SmilChr07G000751 Chr07 NC_080393.1:5282599-5282608promoter 内 1305-1314 bp - 2687 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 5285295-5291427(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 TGGTAGGTGA
SmilChr07G000339 Chr07 NC_080393.1:2296267-2296276promoter 内 1299-1308 bp - 2693 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 2290701-2293574(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 TCACCTACCA
SmilChr07G001330 Chr07 NC_080393.1:10252947-10252956promoter 内 1289-1298 bp - 2703 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 10255659-10256695(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 TGGTAGGTGA
SmilChr02G004749 Chr02 NC_080388.1:69696072-69696081promoter 内 1273-1282 bp - 2719 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 69690685-69693353(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 TCACCTACCA
SmilChr02G004809 Chr02 NC_080388.1:70259680-70259689promoter 内 1272-1281 bp - 2720 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 70262409-70265309(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 TGGTAGGTGA
SmilChr05G001374 Chr05 NC_080391.1:12261562-12261571promoter 内 1261-1270 bp + 2731 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 12257720-12258831(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 TGGTAGGTGA
SmilChr04G004011 Chr04 NC_080390.1:55417314-55417323promoter 内 1260-1269 bp + 2732 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 55420055-55421017(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 TCACCTACCA
SmilChr02G003973 Chr02 NC_080388.1:61912599-61912608promoter 内 1229-1238 bp + 2763 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 61907885-61909836(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 TGGTAGGTGA
SmilChr06G002061 Chr06 NC_080392.1:27108148-27108157promoter 内 1224-1233 bp - 2768 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 27110925-27112415(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 TGGTAGGTGA
SmilChr01G005045 Chr01 NC_080387.1:68379752-68379761promoter 内 1207-1216 bp + 2785 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 68382546-68386868(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 TCACCTACCA
SmilChr06G000224 Chr06 NC_080392.1:2053035-2053044promoter 内 1205-1214 bp + 2787 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 1499006-2050248(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 TGGTAGGTGA
SmilChr05G004213 Chr05 NC_080391.1:56022186-56022195promoter 内 1196-1205 bp - 2796 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 56024991-56025683(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 TGGTAGGTGA
SmilChr07G000773 Chr07 NC_080393.1:5411059-5411068promoter 内 1186-1195 bp + 2806 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 5406561-5408253(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 TGGTAGGTGA
SmilChr06G001420 Chr06 NC_080392.1:14897658-14897667promoter 内 1167-1176 bp - 2825 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 14900492-14901496(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 TGGTAGGTGA
SmilChr02G000275 Chr02 NC_080388.1:3526779-3526788promoter 内 1119-1128 bp - 2873 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 3519795-3523906(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 TCACCTACCA
SmilChr03G000863 Chr03 NC_080389.1:9834590-9834599promoter 内 1116-1125 bp + 2876 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 9837475-9839163(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 TCACCTACCA
SmilChr03G000808 Chr03 NC_080389.1:9234265-9234274promoter 内 1098-1107 bp - 2894 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 9237168-9238748(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 TGGTAGGTGA
SmilChr05G001330 Chr05 NC_080391.1:11580622-11580631promoter 内 1089-1098 bp + 2903 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 11575943-11577719(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 TGGTAGGTGA
SmilChr01G005900 Chr01 NC_080387.1:74906425-74906434promoter 内 1085-1094 bp - 2907 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 74901583-74903518(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 TCACCTACCA
SmilChr06G002202 Chr06 NC_080392.1:30562112-30562121promoter 内 1085-1094 bp + 2907 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 30565028-30568746(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 TCACCTACCA
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