靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。
下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。
| 转录因子 ID | Family | Motifs | 候选靶基因 | 候选位点 | 操作 |
|---|---|---|---|---|---|
| C2H2 | 1MP00592 |
8519 | 9901 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00592 |
8519 | 9901 | 查靶基因 | |
| ARR-B | 1MP00010 |
8344 | 9778 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00059 |
8333 | 9940 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00296 |
8304 | 9873 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00114 |
8151 | 9897 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00408 |
8149 | 9902 | 查靶基因 | |
| Nin-like | 1MP00449 |
8096 | 9453 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00209 |
8083 | 9910 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00627 |
8075 | 9835 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00450 |
8044 | 9901 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00558 |
8044 | 9762 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00096 |
8019 | 9914 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00476 |
7981 | 9904 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00221 |
7965 | 9903 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00069 |
7882 | 9917 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00406 |
7839 | 9917 | 查靶基因 | |
| TALE | 1MP00670 |
7758 | 9906 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00555 |
7648 | 9805 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00021 |
7629 | 9812 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00132 |
7583 | 9926 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00609 |
7575 | 9941 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00529 |
7559 | 9247 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00510 |
7526 | 9799 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00058 |
7440 | 9855 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00303 |
7416 | 9868 | 查靶基因 | |
| MYB_related | 1MP00565 |
7412 | 9785 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00026 |
7408 | 9854 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00071 |
7408 | 9764 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00033 |
7406 | 9827 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00074 |
7396 | 9969 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00216 |
7342 | 9832 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00539 |
7338 | 9848 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00574 |
7302 | 9846 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00464 |
7299 | 9864 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00315 |
7291 | 9567 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00525 |
7235 | 9838 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00171 |
7182 | 9833 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00506 |
7173 | 9818 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00272 |
7172 | 9889 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00184 |
7147 | 9840 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00647 |
7133 | 9953 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00485 |
7130 | 8059 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00134 |
7078 | 8676 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00312 |
7006 | 8490 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00564 |
6984 | 9893 | 查靶基因 | |
| G2-like | 1MP00022 |
6959 | 9720 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00040 |
6920 | 9919 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00151 |
6907 | 9976 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00455 |
6900 | 9792 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00482 |
6899 | 8940 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00291 |
6894 | 9321 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00307 |
6893 | 9755 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00195 |
6878 | 9832 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00388 |
6870 | 9774 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00318 |
6849 | 9413 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00633 |
6833 | 8026 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00308 |
6805 | 9826 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00082 |
6784 | 9435 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00080 |
6766 | 9850 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00028 |
6764 | 9024 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00191 |
6736 | 9690 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00081 |
6729 | 9942 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00500 |
6697 | 9681 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00452 |
6671 | 7783 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00531 |
6663 | 9784 | 查靶基因 | |
| HD-ZIP | 1MP00200 |
6661 | 9930 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00034 |
6653 | 9929 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00660 |
6653 | 9929 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00055 |
6638 | 9685 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00634 |
6619 | 7771 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00035 |
6618 | 9903 | 查靶基因 | |
| MYB_related | 1MP00568 |
6611 | 9696 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00039 |
6610 | 9936 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00284 |
6552 | 9774 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00422 |
6535 | 9791 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00153 |
6534 | 9706 | 查靶基因 | |
| YABBY | 1MP00620 |
6504 | 9844 | 查靶基因 | |
| TCP | 1MP00169 |
6498 | 7295 | 查靶基因 | |
| G2-like | 1MP00252 |
6478 | 9780 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00108 |
6458 | 9810 | 查靶基因 | |
| TCP | 1MP00062 |
6454 | 7249 | 查靶基因 | |
| RAV | 1MP00024 |
6450 | 9853 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00167 |
6439 | 9756 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00416 |
6433 | 9716 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00608 |
6398 | 9817 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00240 |
6368 | 9978 | 查靶基因 | |
| MYB_related | 1MP00607 |
6362 | 9718 | 查靶基因 | |
| Dof | 1MP00402 |
6278 | 9875 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00409 |
6252 | 8429 | 查靶基因 | |
| GRAS | 1MP00611 |
6232 | 9807 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00648 |
6170 | 9939 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00120 |
6144 | 7514 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00251 |
6140 | 9713 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00077 |
6125 | 9815 | 查靶基因 | |
| GATA | 1MP00130 |
6015 | 9821 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00508 |
5979 | 7481 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00260 |
5932 | 9706 | 查靶基因 | |
| HD-ZIP | 1MP00013 |
5927 | 9712 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00299 |
5919 | 9699 | 查靶基因 |
输入: SmilChr04G004136; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90
| TF ID | 新 Gene ID | 家族 | Protein | Motif | 共识序列 |
|---|---|---|---|---|---|
SMil_00000866-RA_Salv |
SmilChr04G004136 |
MYB | XP_057806072.1 |
MP00627 |
TTACCTACCG |
9835 个结合位点 8075 个候选靶基因 第 50 / 162 下载 TSV
| 靶基因 | 染色体 | 最佳结合位点 | 链方向 | 靶基因上游距离 | 结合可能性 | 启动子命中位点 | 基因区间 | TF | Motif | 匹配序列 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
SmilChr01G000920 |
Chr01 | NC_080387.1:19434784-19434793promoter 内 1486-1495 bp |
- | 2506 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.6/ 100 | 1 | 19430555-19432278(-) |
SMil_00000866-RA_Salv |
MP00627 |
TCACCTACCA |
SmilChr07G003332 |
Chr07 | NC_080393.1:35558231-35558240promoter 内 1486-1495 bp |
- | 2506 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.6/ 100 | 1 | 35560746-35562706(+) |
SMil_00000866-RA_Salv |
MP00627 |
TGGTAGGTGA |
SmilChr02G004212 |
Chr02 | NC_080388.1:64383134-64383143promoter 内 1456-1465 bp |
+ | 2536 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.6/ 100 | 1 | 64377780-64380598(-) |
SMil_00000866-RA_Salv |
MP00627 |
TGGTAGGTGA |
SmilChr02G000236 |
Chr02 | NC_080388.1:3019825-3019834promoter 内 1431-1440 bp |
+ | 2561 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.6/ 100 | 1 | 3016743-3017264(-) |
SMil_00000866-RA_Salv |
MP00627 |
TGGTAGGTGA |
SmilChr01G001124 |
Chr01 | NC_080387.1:22847773-22847782promoter 内 1429-1438 bp |
- | 2563 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.6/ 100 | 1 | 22850345-22851537(+) |
SMil_00000866-RA_Salv |
MP00627 |
TGGTAGGTGA |
SmilChr05G001153 |
Chr05 | NC_080391.1:9683741-9683750promoter 内 1418-1427 bp |
+ | 2574 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.6/ 100 | 1 | 9679754-9681167(-) |
SMil_00000866-RA_Salv |
MP00627 |
TGGTAGGTGA |
SmilChr04G000460 |
Chr04 | NC_080390.1:4903991-4904000promoter 内 1417-1426 bp |
- | 2575 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.6/ 100 | 1 | 4896849-4901416(-) |
SMil_00000866-RA_Salv |
MP00627 |
TCACCTACCA |
SmilChr02G005075 |
Chr02 | NC_080388.1:72397823-72397832promoter 内 1391-1400 bp |
+ | 2601 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.6/ 100 | 1 | 72390349-72395222(-) |
SMil_00000866-RA_Salv |
MP00627 |
TGGTAGGTGA |
SmilChr05G001819 |
Chr05 | NC_080391.1:18215985-18215994promoter 内 1379-1388 bp |
+ | 2613 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.6/ 100 | 1 | 18210290-18213372(-) |
SMil_00000866-RA_Salv |
MP00627 |
TGGTAGGTGA |
SmilChr06G000120 |
Chr06 | NC_080392.1:846433-846442promoter 内 1364-1373 bp |
+ | 2628 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.6/ 100 | 1 | 849070-852407(+) |
SMil_00000866-RA_Salv |
MP00627 |
TCACCTACCA |
SmilChr04G003785 |
Chr04 | NC_080390.1:54011399-54011408promoter 内 1362-1371 bp |
- | 2630 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.6/ 100 | 1 | 54006370-54008769(-) |
SMil_00000866-RA_Salv |
MP00627 |
TCACCTACCA |
SmilChr07G000633 |
Chr07 | NC_080393.1:4266083-4266092promoter 内 1348-1357 bp |
- | 2644 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.6/ 100 | 1 | 4268736-4269328(+) |
SMil_00000866-RA_Salv |
MP00627 |
TGGTAGGTGA |
SmilChr01G001946 |
Chr01 | NC_080387.1:34680539-34680548promoter 内 1334-1343 bp |
- | 2658 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.6/ 100 | 1 | 34683206-34685403(+) |
SMil_00000866-RA_Salv |
MP00627 |
TGGTAGGTGA |
SmilChr01G003634 |
Chr01 | NC_080387.1:54854163-54854172promoter 内 1334-1343 bp |
- | 2658 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.6/ 100 | 1 | 54856830-54858072(+) |
SMil_00000866-RA_Salv |
MP00627 |
TGGTAGGTGA |
SmilChr08G000412 |
Chr08 | NC_080394.1:2918163-2918172promoter 内 1316-1325 bp |
- | 2676 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.6/ 100 | 1 | 2920848-2923900(+) |
SMil_00000866-RA_Salv |
MP00627 |
TGGTAGGTGA |
SmilChr07G004285 |
Chr07 | NC_080393.1:55421255-55421264promoter 内 1312-1321 bp |
+ | 2680 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.6/ 100 | 1 | 55423944-55432898(+) |
SMil_00000866-RA_Salv |
MP00627 |
TCACCTACCA |
SmilChr07G000751 |
Chr07 | NC_080393.1:5282599-5282608promoter 内 1305-1314 bp |
- | 2687 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.6/ 100 | 1 | 5285295-5291427(+) |
SMil_00000866-RA_Salv |
MP00627 |
TGGTAGGTGA |
SmilChr07G000339 |
Chr07 | NC_080393.1:2296267-2296276promoter 内 1299-1308 bp |
- | 2693 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.6/ 100 | 1 | 2290701-2293574(-) |
SMil_00000866-RA_Salv |
MP00627 |
TCACCTACCA |
SmilChr07G001330 |
Chr07 | NC_080393.1:10252947-10252956promoter 内 1289-1298 bp |
- | 2703 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.6/ 100 | 1 | 10255659-10256695(+) |
SMil_00000866-RA_Salv |
MP00627 |
TGGTAGGTGA |
SmilChr02G004749 |
Chr02 | NC_080388.1:69696072-69696081promoter 内 1273-1282 bp |
- | 2719 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.6/ 100 | 1 | 69690685-69693353(-) |
SMil_00000866-RA_Salv |
MP00627 |
TCACCTACCA |
SmilChr02G004809 |
Chr02 | NC_080388.1:70259680-70259689promoter 内 1272-1281 bp |
- | 2720 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.6/ 100 | 1 | 70262409-70265309(+) |
SMil_00000866-RA_Salv |
MP00627 |
TGGTAGGTGA |
SmilChr05G001374 |
Chr05 | NC_080391.1:12261562-12261571promoter 内 1261-1270 bp |
+ | 2731 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.6/ 100 | 1 | 12257720-12258831(-) |
SMil_00000866-RA_Salv |
MP00627 |
TGGTAGGTGA |
SmilChr04G004011 |
Chr04 | NC_080390.1:55417314-55417323promoter 内 1260-1269 bp |
+ | 2732 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.6/ 100 | 1 | 55420055-55421017(+) |
SMil_00000866-RA_Salv |
MP00627 |
TCACCTACCA |
SmilChr02G003973 |
Chr02 | NC_080388.1:61912599-61912608promoter 内 1229-1238 bp |
+ | 2763 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.6/ 100 | 1 | 61907885-61909836(-) |
SMil_00000866-RA_Salv |
MP00627 |
TGGTAGGTGA |
SmilChr06G002061 |
Chr06 | NC_080392.1:27108148-27108157promoter 内 1224-1233 bp |
- | 2768 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.6/ 100 | 1 | 27110925-27112415(+) |
SMil_00000866-RA_Salv |
MP00627 |
TGGTAGGTGA |
SmilChr01G005045 |
Chr01 | NC_080387.1:68379752-68379761promoter 内 1207-1216 bp |
+ | 2785 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.6/ 100 | 1 | 68382546-68386868(+) |
SMil_00000866-RA_Salv |
MP00627 |
TCACCTACCA |
SmilChr06G000224 |
Chr06 | NC_080392.1:2053035-2053044promoter 内 1205-1214 bp |
+ | 2787 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.6/ 100 | 1 | 1499006-2050248(-) |
SMil_00000866-RA_Salv |
MP00627 |
TGGTAGGTGA |
SmilChr05G004213 |
Chr05 | NC_080391.1:56022186-56022195promoter 内 1196-1205 bp |
- | 2796 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.6/ 100 | 1 | 56024991-56025683(+) |
SMil_00000866-RA_Salv |
MP00627 |
TGGTAGGTGA |
SmilChr07G000773 |
Chr07 | NC_080393.1:5411059-5411068promoter 内 1186-1195 bp |
+ | 2806 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.6/ 100 | 1 | 5406561-5408253(-) |
SMil_00000866-RA_Salv |
MP00627 |
TGGTAGGTGA |
SmilChr06G001420 |
Chr06 | NC_080392.1:14897658-14897667promoter 内 1167-1176 bp |
- | 2825 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.6/ 100 | 1 | 14900492-14901496(+) |
SMil_00000866-RA_Salv |
MP00627 |
TGGTAGGTGA |
SmilChr02G000275 |
Chr02 | NC_080388.1:3526779-3526788promoter 内 1119-1128 bp |
- | 2873 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.6/ 100 | 1 | 3519795-3523906(-) |
SMil_00000866-RA_Salv |
MP00627 |
TCACCTACCA |
SmilChr03G000863 |
Chr03 | NC_080389.1:9834590-9834599promoter 内 1116-1125 bp |
+ | 2876 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.6/ 100 | 1 | 9837475-9839163(+) |
SMil_00000866-RA_Salv |
MP00627 |
TCACCTACCA |
SmilChr03G000808 |
Chr03 | NC_080389.1:9234265-9234274promoter 内 1098-1107 bp |
- | 2894 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.6/ 100 | 1 | 9237168-9238748(+) |
SMil_00000866-RA_Salv |
MP00627 |
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SmilChr05G001330 |
Chr05 | NC_080391.1:11580622-11580631promoter 内 1089-1098 bp |
+ | 2903 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.6/ 100 | 1 | 11575943-11577719(-) |
SMil_00000866-RA_Salv |
MP00627 |
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SmilChr01G005900 |
Chr01 | NC_080387.1:74906425-74906434promoter 内 1085-1094 bp |
- | 2907 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.6/ 100 | 1 | 74901583-74903518(-) |
SMil_00000866-RA_Salv |
MP00627 |
TCACCTACCA |
SmilChr06G002202 |
Chr06 | NC_080392.1:30562112-30562121promoter 内 1085-1094 bp |
+ | 2907 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.6/ 100 | 1 | 30565028-30568746(+) |
SMil_00000866-RA_Salv |
MP00627 |
TCACCTACCA |
SmilChr04G000966 |
Chr04 | NC_080390.1:12958301-12958310promoter 内 1053-1062 bp |
- | 2939 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.6/ 100 | 1 | 12961249-12964204(+) |
SMil_00000866-RA_Salv |
MP00627 |
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SmilChr07G000320 |
Chr07 | NC_080393.1:2159028-2159037promoter 内 1044-1053 bp |
+ | 2948 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.6/ 100 | 1 | 2155393-2156080(-) |
SMil_00000866-RA_Salv |
MP00627 |
TGGTAGGTGA |
SmilChr01G001772 |
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+ | 2963 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.6/ 100 | 1 | 32630790-32635544(-) |
SMil_00000866-RA_Salv |
MP00627 |
TGGTAGGTGA |
SmilChr02G004345 |
Chr02 | NC_080388.1:65732201-65732210promoter 内 1029-1038 bp |
+ | 2963 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.6/ 100 | 1 | 65735173-65737350(+) |
SMil_00000866-RA_Salv |
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SmilChr03G004432 |
Chr03 | NC_080389.1:62467639-62467648promoter 内 1015-1024 bp |
- | 2977 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.6/ 100 | 1 | 62462023-62464662(-) |
SMil_00000866-RA_Salv |
MP00627 |
TCACCTACCA |
SmilChr01G000985 |
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+ | 2983 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.6/ 100 | 1 | 20868374-20869508(-) |
SMil_00000866-RA_Salv |
MP00627 |
TGGTAGGTGA |
SmilChr01G004313 |
Chr01 | NC_080387.1:61306202-61306211promoter 内 1009-1018 bp |
- | 2983 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.6/ 100 | 1 | 61300692-61303219(-) |
SMil_00000866-RA_Salv |
MP00627 |
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SmilChr07G003230 |
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+ | 2996 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.6/ 100 | 1 | 34301993-34304926(-) |
SMil_00000866-RA_Salv |
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+ | 3008 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.6/ 100 | 1 | 2767252-2771555(+) |
SMil_00000866-RA_Salv |
MP00627 |
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+ | 3047 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.6/ 100 | 1 | 9550709-9559534(+) |
SMil_00000866-RA_Salv |
MP00627 |
TCACCTACCA |
SmilChr05G003865 |
Chr05 | NC_080391.1:52252168-52252177promoter 内 924-933 bp |
+ | 3068 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.6/ 100 | 1 | 52255245-52259472(+) |
SMil_00000866-RA_Salv |
MP00627 |
TCACCTACCA |
SmilChr05G001328 |
Chr05 | NC_080391.1:11553868-11553877promoter 内 911-920 bp |
+ | 3081 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.6/ 100 | 1 | 11556958-11564678(+) |
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SmilChr06G000410 |
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- | 3082 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.6/ 100 | 1 | 3387806-3390540(+) |
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SmilChr02G000599 |
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- | 3083 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.6/ 100 | 1 | 8642453-8644900(+) |
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MP00627 |
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