转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr06G001059; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00014491-RA_Salv SmilChr06G001059 Dof XP_057768449.1 MP00402 TTTTTTTTTTTTTTACTTTTT

可能结合的靶基因

9875 个结合位点 6278 个候选靶基因 第 51 / 126 下载 TSV

上一页 51 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G002811 Chr01 NC_080387.1:46659378-46659398promoter 内 2581-2601 bp - 1400 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 46660798-46662101(+) SMil_00014491-RA_Salv MP00402 AAAAAGTGAAAAGGTAAATAA
SmilChr01G005515 Chr01 NC_080387.1:71981990-71982010promoter 内 2573-2593 bp + 1408 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 71975466-71980582(-) SMil_00014491-RA_Salv MP00402 TAAAAGTAGAATAGGAAGATA
SmilChr01G001242 Chr01 NC_080387.1:24915556-24915576promoter 内 2506-2526 bp - 1475 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 24917051-24919720(+) SMil_00014491-RA_Salv MP00402 GTAAAGTAAAGAAAGCAAGAA
SmilChr01G004079 Chr01 NC_080387.1:59210950-59210970promoter 内 2352-2372 bp + 1629 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 59212599-59214259(+) SMil_00014491-RA_Salv MP00402 TAATTTTTATTTTTACTTTTC
SmilChr01G001612 Chr01 NC_080387.1:30255115-30255135promoter 内 2263-2283 bp + 1718 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 30256853-30259134(+) SMil_00014491-RA_Salv MP00402 CTGTTGCTCTATTTACTTTTC
SmilChr02G002060 Chr02 NC_080388.1:37084227-37084247promoter 内 2242-2262 bp + 1739 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 37085986-37092133(+) SMil_00014491-RA_Salv MP00402 TGTTTTATTTTATTACTTTTT
SmilChr02G002390 Chr02 NC_080388.1:41823254-41823274promoter 内 2240-2260 bp + 1741 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 41820147-41821513(-) SMil_00014491-RA_Salv MP00402 CAAAAGTAAAATAAAATAAAA
SmilChr01G001739 Chr01 NC_080387.1:32021329-32021349promoter 内 2222-2242 bp + 1759 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 32015658-32019570(-) SMil_00014491-RA_Salv MP00402 AAAAAGTAGACGAACAATGCA
SmilChr02G004408 Chr02 NC_080388.1:66405049-66405069promoter 内 2090-2110 bp + 1891 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 66401834-66403158(-) SMil_00014491-RA_Salv MP00402 AAAAAGTGGGAACAACAGAGT
SmilChr02G004042 Chr02 NC_080388.1:62726848-62726868promoter 内 2026-2046 bp + 1955 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 62728823-62730356(+) SMil_00014491-RA_Salv MP00402 TTTCTTTTTGTTACACTTTTT
SmilChr01G001609 Chr01 NC_080387.1:30255115-30255135promoter 内 1986-2006 bp + 1995 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 30250820-30253120(-) SMil_00014491-RA_Salv MP00402 GAAAAGTAAATAGAGCAACAG
SmilChr01G005184 Chr01 NC_080387.1:69551908-69551928promoter 内 1896-1916 bp - 2085 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 69544994-69549823(-) SMil_00014491-RA_Salv MP00402 TTTATTTTTAATTTACTTTTT
SmilChr02G003954 Chr02 NC_080388.1:61696409-61696429promoter 内 1788-1808 bp - 2193 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 61691589-61694216(-) SMil_00014491-RA_Salv MP00402 TGTACCTTCCGTCTACTTTTG
SmilChr02G000443 Chr02 NC_080388.1:5770704-5770724promoter 内 1703-1723 bp + 2278 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 5766958-5768426(-) SMil_00014491-RA_Salv MP00402 AAAAAGTGGCTGAGAGAAAAG
SmilChr02G000656 Chr02 NC_080388.1:9971636-9971656promoter 内 1646-1666 bp - 2335 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 9968660-9969301(-) SMil_00014491-RA_Salv MP00402 CCTTTTCTTGCGTTACTTTTC
SmilChr01G003536 Chr01 NC_080387.1:53981719-53981739promoter 内 1607-1627 bp - 2374 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 53984113-53988903(+) SMil_00014491-RA_Salv MP00402 CAAAAGTAAAAATGGTGGATA
SmilChr03G000589 Chr03 NC_080389.1:6539005-6539025promoter 内 1535-1555 bp - 2446 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 6541471-6543443(+) SMil_00014491-RA_Salv MP00402 AAAAAGTAAGATTAGAGAAAA
SmilChr02G000545 Chr02 NC_080388.1:7522149-7522169promoter 内 1469-1489 bp + 2512 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 7515718-7519637(-) SMil_00014491-RA_Salv MP00402 AAAAAGTGAAAAAATAAACTC
SmilChr01G005392 Chr01 NC_080387.1:71210482-71210502promoter 内 1457-1477 bp - 2524 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 71205989-71207958(-) SMil_00014491-RA_Salv MP00402 AGACTCCATCTTTTACTTTTC
SmilChr02G004769 Chr02 NC_080388.1:69860700-69860720promoter 内 1350-1370 bp + 2631 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 69863351-69865064(+) SMil_00014491-RA_Salv MP00402 TATTTATATTTTCTACTTTTT
SmilChr02G003159 Chr02 NC_080388.1:52633264-52633284promoter 内 1343-1363 bp - 2638 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 52635922-52637445(+) SMil_00014491-RA_Salv MP00402 AAAAAGTAAACAAAAATACAC
SmilChr02G004280 Chr02 NC_080388.1:64994015-64994035promoter 内 1283-1303 bp - 2698 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 64989756-64991317(-) SMil_00014491-RA_Salv MP00402 TCTCTTCAATCCTTACTTTTT
SmilChr01G000233 Chr01 NC_080387.1:4390459-4390479promoter 内 1151-1171 bp - 2830 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 4393309-4394805(+) SMil_00014491-RA_Salv MP00402 AAAAAGTACAAATGGAAAAGG
SmilChr02G004676 Chr02 NC_080388.1:69105139-69105159promoter 内 1128-1148 bp - 2853 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 69108012-69110559(+) SMil_00014491-RA_Salv MP00402 AAAAAGTTAAAAAAAATTCAG
SmilChr02G001553 Chr02 NC_080388.1:28837091-28837111promoter 内 1127-1147 bp - 2854 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 28829532-28834237(-) SMil_00014491-RA_Salv MP00402 ACTCCTATGTTTTTACTTTAT
SmilChr02G004935 Chr02 NC_080388.1:71337995-71338015promoter 内 982-1002 bp - 2999 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 71328852-71334996(-) SMil_00014491-RA_Salv MP00402 TCTCTTTTAATGCTACTTTTC
SmilChr01G002159 Chr01 NC_080387.1:37600553-37600573promoter 内 844-864 bp + 3137 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 37593727-37597416(-) SMil_00014491-RA_Salv MP00402 TAAAAGTAGAAAAATAAAAAA
SmilChr02G004237 Chr02 NC_080388.1:64549486-64549506promoter 内 711-731 bp + 3270 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 64552776-64556602(+) SMil_00014491-RA_Salv MP00402 ACAACTTCTTCTTTACTTTTT
SmilChr01G000232 Chr01 NC_080387.1:4390459-4390479promoter 内 665-685 bp - 3316 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 4385411-4387143(-) SMil_00014491-RA_Salv MP00402 CCTTTTCCATTTGTACTTTTT
SmilChr02G003504 Chr02 NC_080388.1:56223110-56223130promoter 内 427-447 bp + 3554 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 56226684-56230646(+) SMil_00014491-RA_Salv MP00402 TCTCTTCAATCCTTACTTTTT
SmilChr01G004446 Chr01 NC_080387.1:62565364-62565384promoter 内 406-426 bp - 3575 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 62568959-62571900(+) SMil_00014491-RA_Salv MP00402 AAAAAGTTGATGGAAAAACAT
SmilChr02G002415 Chr02 NC_080388.1:42122764-42122784promoter 内 394-414 bp + 3587 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 42118035-42119177(-) SMil_00014491-RA_Salv MP00402 GAAAAGTAAATACTGAAAGCG
SmilChr02G003227 Chr02 NC_080388.1:53530512-53530532promoter 内 329-349 bp - 3652 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 53534184-53541115(+) SMil_00014491-RA_Salv MP00402 TAAAAGTAGAAAAATAAAAAA
SmilChr01G000359 Chr01 NC_080387.1:7393601-7393621promoter 内 310-330 bp - 3671 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 7397292-7399378(+) SMil_00014491-RA_Salv MP00402 AAAAAGTAGAGTGAAAAAACT
SmilChr01G003047 Chr01 NC_080387.1:49454202-49454222promoter 内 280-300 bp - 3701 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 49448957-49450501(-) SMil_00014491-RA_Salv MP00402 CCTACTTCCCTACTACTTTTG
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