转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr07G003597; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00008984-RA_Salv SmilChr07G003597 Nin-like XP_057773587.1 MP00449 ATTTGGCTTTTCGGA

可能结合的靶基因

9453 个结合位点 8096 个候选靶基因 第 51 / 162 下载 TSV

上一页 51 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr03G003071 Chr03 NC_080389.1:47716340-47716354promoter 内 3008-3022 bp - 979 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 47707899-47715361(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 TTGTGGCTTTTGCAA
SmilChr04G002731 Chr04 NC_080390.1:42954373-42954387promoter 内 3008-3022 bp - 979 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 42944344-42953394(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 TTGTGGCTTTTGCAA
SmilChr01G001187 Chr01 NC_080387.1:23986482-23986496promoter 内 3005-3019 bp + 982 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 23987478-24027590(+) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 TTGTGGCTTTTGCAA
SmilChr02G000601 Chr02 NC_080388.1:8708865-8708879promoter 内 3005-3019 bp + 982 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 8709861-8722322(+) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 TTGTGGCTTTTGCAA
SmilChr05G002255 Chr05 NC_080391.1:24230472-24230486promoter 内 3005-3019 bp + 982 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 24231468-24243803(+) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 TTGTGGCTTTTGCAA
SmilChr05G000170 Chr05 NC_080391.1:1344330-1344344promoter 内 2996-3010 bp + 991 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 1339915-1343339(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 GGGGAAAAGCCAAAA
SmilChr08G004593 Chr08 NC_080394.1:55503852-55503866promoter 内 2936-2950 bp - 1051 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 55500520-55502801(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 ATTTGGCCCTTCTCC
SmilChr03G000065 Chr03 NC_080389.1:728388-728402promoter 内 2858-2872 bp + 1129 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 729531-824790(+) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 TCTTGGCTTTTGTGG
SmilChr01G001186 Chr01 NC_080387.1:23986482-23986496promoter 内 2821-2835 bp + 1166 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 23982661-23985316(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 TTGCAAAAGCCACAA
SmilChr05G002808 Chr05 NC_080391.1:32899108-32899122promoter 内 2724-2738 bp + 1263 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 32886898-32897845(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 GCCTAAAAGCCAACA
SmilChr05G002354 Chr05 NC_080391.1:25550869-25550883promoter 内 2696-2710 bp + 1291 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 25549507-25549578(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 ATCGAAAAGTCATTC
SmilChr03G000064 Chr03 NC_080389.1:728388-728402promoter 内 2621-2635 bp + 1366 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 725468-727022(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 CCACAAAAGCCAAGA
SmilChr03G000059 Chr03 NC_080389.1:627990-628004promoter 内 2614-2628 bp + 1373 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 624084-626617(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 CCACAAAAGCCAAGA
SmilChr07G000690 Chr07 NC_080393.1:4719217-4719231promoter 内 2572-2586 bp + 1415 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 4720646-4723656(+) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 GGTTGGCTTTTAGGA
SmilChr02G004767 Chr02 NC_080388.1:69846348-69846362promoter 内 2570-2584 bp + 1417 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 69847779-69848270(+) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 TTTTGGCTCCTCACG
SmilChr03G004069 Chr03 NC_080389.1:59671941-59671955promoter 内 2543-2557 bp + 1444 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 59662715-59670497(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 CCAGAAAAGCCGCTT
SmilChr02G003169 Chr02 NC_080388.1:52707145-52707159promoter 内 2533-2547 bp + 1454 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 52708613-52716242(+) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 ATTCGGCTTTTTGGA
SmilChr05G002353 Chr05 NC_080391.1:25550869-25550883promoter 内 2504-2518 bp + 1483 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 25549304-25549386(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 ATCGAAAAGTCATTC
SmilChr03G004055 Chr03 NC_080389.1:59501441-59501455promoter 内 2424-2438 bp - 1563 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 59494761-59499878(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 GTTTGGCTTTTGCTG
SmilChr04G003967 Chr04 NC_080390.1:55148179-55148193promoter 内 2337-2351 bp - 1650 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 55149843-55152553(+) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 GTCGAGAAGCCAATT
SmilChr07G003055 Chr07 NC_080393.1:31929524-31929538promoter 内 2276-2290 bp + 1711 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 31931249-31934097(+) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 CGACGACTTTTCGGT
SmilChr07G002558 Chr07 NC_080393.1:24324823-24324837promoter 内 2263-2277 bp - 1724 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 24326561-24332015(+) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 ATTCAAAAGCCATGT
SmilChr01G004860 Chr01 NC_080387.1:66749038-66749052promoter 内 2255-2269 bp + 1732 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 66750784-66757976(+) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 GGTCGTCTTTTCGGA
SmilChr06G003066 Chr06 NC_080392.1:43552010-43552024promoter 内 2233-2247 bp + 1754 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 43547665-43550256(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 TTTCAAAAGCCATGA
SmilChr05G001922 Chr05 NC_080391.1:19486378-19486392promoter 内 2218-2232 bp + 1769 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 19482742-19484609(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 GCCGAAAAGACATTG
SmilChr05G000901 Chr05 NC_080391.1:7125660-7125674promoter 内 2110-2124 bp - 1877 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 7127551-7132505(+) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 TTGCAAAAGCCACAA
SmilChr06G002835 Chr06 NC_080392.1:41127147-41127161promoter 内 2093-2107 bp + 1894 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 41129055-41132780(+) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 GCGCGACTTTTCGGT
SmilChr07G003931 Chr07 NC_080393.1:49615820-49615834promoter 内 1928-1942 bp - 2059 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 49612409-49613761(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 GCATGGCTTTTGCGA
SmilChr07G002414 Chr07 NC_080393.1:22502792-22502806promoter 内 1908-1922 bp + 2079 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 22504885-22507418(+) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 AGTTGGCTTCTCGAC
SmilChr05G004214 Chr05 NC_080391.1:56031433-56031447promoter 内 1876-1890 bp - 2111 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 56027105-56029322(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 TTTTGGCTTCTGGCG
SmilChr03G002858 Chr03 NC_080389.1:45181574-45181588promoter 内 1867-1881 bp + 2120 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 45176518-45179454(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 CTTCAAGCGCCAAAT
SmilChr02G003287 Chr02 NC_080388.1:54155753-54155767promoter 内 1804-1818 bp + 2183 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 54152305-54153570(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 GTCGAAAAGGCGAAA
SmilChr04G003966 Chr04 NC_080390.1:55148179-55148193promoter 内 1690-1704 bp - 2297 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 55143242-55145882(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 AATTGGCTTCTCGAC
SmilChr01G003744 Chr01 NC_080387.1:55768965-55768979promoter 内 1675-1689 bp + 2312 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 55759079-55766653(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 GCCTAAAAGCCAACA
SmilChr05G004145 Chr05 NC_080391.1:55400475-55400489promoter 内 1538-1552 bp - 2449 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 55397529-55398026(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 ACGTGGCTTTTTGGC
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