转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr07G002803; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00020702-RA_Salv SmilChr07G002803 NAC XP_057777238.1 MP00221 ACACGTAACTT

可能结合的靶基因

9903 个结合位点 7965 个候选靶基因 第 54 / 160 下载 TSV

上一页 54 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr05G003731 Chr05 NC_080391.1:50423686-50423696promoter 内 613-623 bp + 3378 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 50418938-50420308(-) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 ACGTTACGTCT
SmilChr02G001954 Chr02 NC_080388.1:35257357-35257367promoter 内 583-593 bp - 3408 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 35252986-35253949(-) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 ACACGTATTTT
SmilChr05G002256 Chr05 NC_080391.1:24267166-24267176promoter 内 520-530 bp + 3471 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 24270647-24276749(+) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 ACACGTAAATG
SmilChr05G001621 Chr05 NC_080391.1:14995069-14995079promoter 内 509-519 bp + 3482 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 14998561-15002980(+) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 GGACGTAACCA
SmilChr02G004878 Chr02 NC_080388.1:70866871-70866881promoter 内 508-518 bp - 3483 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 70870364-70874927(+) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 AAAATACGTGT
SmilChr02G001649 Chr02 NC_080388.1:30582989-30582999promoter 内 507-517 bp - 3484 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 30586483-30588566(+) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 CATTTACGTGT
SmilChr04G000717 Chr04 NC_080390.1:8406221-8406231promoter 内 503-513 bp - 3488 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 8402635-8402733(-) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 ACACGTATTTT
SmilChr06G000282 Chr06 NC_080392.1:1942168-1942178promoter 内 493-503 bp + 3498 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 1945676-1948094(+) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 ACACGTATTTT
SmilChr02G002069 Chr02 NC_080388.1:37247311-37247321promoter 内 478-488 bp - 3513 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 37243238-37243798(-) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 ACACGTATTTT
SmilChr05G001935 Chr05 NC_080391.1:19694539-19694549promoter 内 467-477 bp + 3524 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 19698073-19703183(+) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 TCACGTAACAT
SmilChr01G002563 Chr01 NC_080387.1:43754594-43754604promoter 内 420-430 bp - 3571 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 43758175-43760421(+) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 AAAATACGTGT
SmilChr02G000630 Chr02 NC_080388.1:9514214-9514224promoter 内 407-417 bp - 3584 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 9504658-9510630(-) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 ACACGTAAATG
SmilChr05G000307 Chr05 NC_080391.1:2329853-2329863promoter 内 401-411 bp - 3590 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 2325271-2326263(-) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 ACACGTAAATG
SmilChr02G001631 Chr02 NC_080388.1:30265150-30265160promoter 内 389-399 bp - 3602 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 30268762-30270844(+) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 CATTTACGTGT
SmilChr03G001085 Chr03 NC_080389.1:12561118-12561128promoter 内 370-380 bp - 3621 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 12553942-12557497(-) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 ACACGTAAATG
SmilChr04G002800 Chr04 NC_080390.1:43907942-43907952promoter 内 364-374 bp + 3627 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 43911579-43912436(+) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 TTACGTAACTG
SmilChr04G002232 Chr04 NC_080390.1:36028760-36028770promoter 内 338-348 bp + 3653 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 36032423-36033049(+) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 GGACGTAACCA
SmilChr05G000460 Chr05 NC_080391.1:3481903-3481913promoter 内 323-333 bp + 3668 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 3470457-3478235(-) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 AAAATACGTGT
SmilChr02G003288 Chr02 NC_080388.1:54166414-54166424promoter 内 314-324 bp + 3677 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 54154374-54162737(-) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 GGGTTACGTCA
SmilChr02G001062 Chr02 NC_080388.1:18929708-18929718promoter 内 263-273 bp - 3728 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 18924230-18925980(-) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 ACACGTATTTT
SmilChr01G003666 Chr01 NC_080387.1:55091674-55091684promoter 内 251-261 bp + 3740 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 55080249-55087934(-) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 ACCTTACGTGT
SmilChr01G001181 Chr01 NC_080387.1:23864147-23864157promoter 内 203-213 bp + 3788 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 23859430-23860359(-) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 CATTTACGTGT
SmilChr02G003812 Chr02 NC_080388.1:59747844-59747854promoter 内 151-161 bp + 3840 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 59740148-59744004(-) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 ATGTTACGTGA
SmilChr01G004555 Chr01 NC_080387.1:63642059-63642069promoter 内 52-62 bp + 3939 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 63646008-63646901(+) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 ACACGTATTTT
SmilChr04G000040 Chr04 NC_080390.1:384477-384487promoter 内 21-31 bp - 3970 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 388457-389775(+) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 AAAATACGTGT
SmilChr04G001942 Chr04 NC_080390.1:31535048-31535058promoter 内 3684-3694 bp - 307 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 2 31531382-31534741(-) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 GCACGTAAACT
SmilChr01G002306 Chr01 NC_080387.1:39991309-39991319promoter 内 3293-3303 bp + 698 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 2 39992017-39993315(+) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 GCACGTAAACT
SmilChr01G000153 Chr01 NC_080387.1:2596009-2596019promoter 内 3166-3176 bp - 825 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 2 2596844-2599067(+) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 CACTTACGTGA
SmilChr04G001969 Chr04 NC_080390.1:31915568-31915578promoter 内 3166-3176 bp + 825 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 2 31916403-31918646(+) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 GCACGTAAACT
SmilChr04G003802 Chr04 NC_080390.1:54188122-54188132promoter 内 3132-3142 bp + 859 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 2 54188991-54193729(+) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 GCACGTAAACT
SmilChr06G000441 Chr06 NC_080392.1:3606071-3606081promoter 内 3010-3020 bp + 981 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 2 3607062-3609429(+) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 GCACGTAAACT
SmilChr03G000824 Chr03 NC_080389.1:9436686-9436696promoter 内 2065-2075 bp + 1926 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 2 9427890-9434760(-) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 CACTTACGTGA
SmilChr02G004227 Chr02 NC_080388.1:64490733-64490743promoter 内 1956-1966 bp - 2035 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 2 64488626-64488698(-) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 GCACGTAATTC
SmilChr04G000393 Chr04 NC_080390.1:4007745-4007755promoter 内 1473-1483 bp + 2518 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 2 4010273-4015739(+) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 TCACGTAAGTG
SmilChr03G001751 Chr03 NC_080389.1:23738473-23738483promoter 内 1372-1382 bp + 2619 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 2 23741102-23741413(+) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 GCACGTAAACT
SmilChr01G004193 Chr01 NC_080387.1:60382648-60382658promoter 内 3711-3721 bp + 280 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 60382938-60386414(+) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 TCACGTAAGTG
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SmilChr03G002348 Chr03 NC_080389.1:37095907-37095917promoter 内 3401-3411 bp - 590 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 37096507-37097205(+) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 CACTTACGTGA
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SmilChr03G002490 Chr03 NC_080389.1:39584017-39584027promoter 内 2770-2780 bp + 1221 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 39585248-39588954(+) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 TCACGTAAGTG
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