转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr08G002543; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00020892-RA_Salv SmilChr08G002543 bZIP XP_057778423.1 MP00303 ACCAGCTGTCA

可能结合的靶基因

9868 个结合位点 7416 个候选靶基因 第 54 / 149 下载 TSV

上一页 54 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G002710 Chr01 NC_080387.1:45359996-45360006promoter 内 1089-1099 bp + 2902 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 45353277-45357094(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TGACAGCTCTA
SmilChr02G002354 Chr02 NC_080388.1:41334509-41334519promoter 内 1074-1084 bp - 2917 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 41337436-41338776(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TGACAGCTCTA
SmilChr03G003961 Chr03 NC_080389.1:58659066-58659076promoter 内 942-952 bp - 3049 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 58652800-58656017(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 ATCAGCTGTCG
SmilChr02G004305 Chr02 NC_080388.1:65428302-65428312promoter 内 938-948 bp - 3053 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 65431365-65443597(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TGACAGCTCAG
SmilChr06G002635 Chr06 NC_080392.1:37956968-37956978promoter 内 916-926 bp - 3075 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 37952896-37953893(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TAGAGCTGTCA
SmilChr04G002372 Chr04 NC_080390.1:38219067-38219077promoter 内 881-891 bp + 3110 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 38222187-38234717(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TAGAGCTGTCA
SmilChr05G003218 Chr05 NC_080391.1:41280193-41280203promoter 内 863-873 bp + 3128 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 41283331-41285020(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TAGAGCTGTCA
SmilChr01G004909 Chr01 NC_080387.1:67123358-67123368promoter 内 838-848 bp + 3153 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 67126521-67126717(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 ATCAGCTGTCG
SmilChr03G003824 Chr03 NC_080389.1:57333201-57333211promoter 内 808-818 bp + 3183 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 57326595-57330018(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TGACAGCTCTA
SmilChr02G000917 Chr02 NC_080388.1:15898672-15898682promoter 内 759-769 bp + 3232 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 15893831-15895440(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TGACAGCTCTA
SmilChr01G000250 Chr01 NC_080387.1:4694736-4694746promoter 内 749-759 bp + 3242 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 4697988-4698093(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TAGAGCTGTCA
SmilChr01G002953 Chr01 NC_080387.1:48398803-48398813promoter 内 671-681 bp - 3320 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 48402133-48404640(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TGACAGCTCTA
SmilChr07G003148 Chr07 NC_080393.1:33380583-33380593promoter 内 650-660 bp - 3341 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 33383934-33389391(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 CGACAGCTGAT
SmilChr06G003117 Chr06 NC_080392.1:44015667-44015677promoter 内 352-362 bp - 3639 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 44009789-44012028(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 ATCAGCTGTCG
SmilChr01G003689 Chr01 NC_080387.1:55273489-55273499promoter 内 297-307 bp + 3694 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 55267026-55269795(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TGACAGCTCTA
SmilChr01G004458 Chr01 NC_080387.1:62693384-62693394promoter 内 296-306 bp + 3695 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 62697089-62699251(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TAGAGCTGTCA
SmilChr01G005387 Chr01 NC_080387.1:71161463-71161473promoter 内 187-197 bp + 3804 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 71165277-71171837(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 ATCAGCTGTCG
SmilChr06G003160 Chr06 NC_080392.1:44569129-44569139promoter 内 150-160 bp + 3841 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 44562342-44565288(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 CGACAGCTGAT
SmilChr06G002118 Chr06 NC_080392.1:28333421-28333431promoter 内 65-75 bp + 3926 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 28328337-28329495(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TGACAGCTCTA
SmilChr07G003129 Chr07 NC_080393.1:33198657-33198667promoter 内 18-28 bp - 3973 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 33202640-33208096(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 CGACAGCTGAT
SmilChr01G003391 Chr01 NC_080387.1:52626781-52626791promoter 内 1714-1724 bp + 2277 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 6 52629068-52631558(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 GATAGCTGTCA
SmilChr07G000957 Chr07 NC_080393.1:6891336-6891346promoter 内 830-840 bp + 3161 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 5 6894507-6896271(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 GATAGCTGTCA
SmilChr04G002819 Chr04 NC_080390.1:44252230-44252240promoter 内 3878-3888 bp - 113 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 4 44250277-44252117(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 GATAGCTGTCA
SmilChr02G000285 Chr02 NC_080388.1:3647017-3647027promoter 内 3547-3557 bp - 444 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 4 3641492-3646573(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 GATAGCTGTCA
SmilChr01G003578 Chr01 NC_080387.1:54365285-54365295promoter 内 3513-3523 bp + 478 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 4 54365773-54368215(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 GATAGCTGTCA
SmilChr03G000014 Chr03 NC_080389.1:142792-142802promoter 内 3204-3214 bp + 787 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 4 143589-147616(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 GATAGCTGTCA
SmilChr05G001127 Chr05 NC_080391.1:9414473-9414483promoter 内 3044-3054 bp + 947 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 4 9415430-9416966(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 GATAGCTGTCA
SmilChr01G002359 Chr01 NC_080387.1:40760106-40760116promoter 内 2966-2976 bp + 1025 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 4 40761141-40763492(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 GATAGCTGTCA
SmilChr01G003462 Chr01 NC_080387.1:53202388-53202398promoter 内 2546-2556 bp + 1445 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 4 53203843-53208512(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 GATAGCTGTCA
SmilChr06G000691 Chr06 NC_080392.1:6126540-6126550promoter 内 2440-2450 bp - 1551 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 4 6123519-6124989(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 GATAGCTGTCA
SmilChr01G004958 Chr01 NC_080387.1:67676786-67676796promoter 内 2217-2227 bp + 1774 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 4 67678570-67681247(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 GATAGCTGTCA
SmilChr04G001681 Chr04 NC_080390.1:27828976-27828986promoter 内 2083-2093 bp + 1908 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 4 27830894-27831947(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 GATAGCTGTCA
SmilChr06G000692 Chr06 NC_080392.1:6126740-6126750promoter 内 1995-2005 bp + 1996 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 4 6128746-6132215(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 GATAGCTGTCA
SmilChr01G001102 Chr01 NC_080387.1:22546417-22546427promoter 内 961-971 bp - 3030 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 4 22549457-22555678(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TGACAGCCTTT
SmilChr06G000583 Chr06 NC_080392.1:5014378-5014388promoter 内 770-780 bp - 3221 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 4 4991629-5011157(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 GATAGCTGTCA
SmilChr01G003577 Chr01 NC_080387.1:54364932-54364942promoter 内 546-556 bp - 3445 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 4 54360728-54361487(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 GATAGCTGTCA
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