转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G004552; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00011094-RA_Salv SmilChr01G004552 bZIP XP_057786668.1 MP00409 AATGGACACGTGGCA

可能结合的靶基因

8429 个结合位点 6252 个候选靶基因 第 67 / 126 下载 TSV

上一页 67 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr03G002857 Chr03 NC_080389.1:45146992-45147006promoter 内 3916-3930 bp + 71 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 45147077-45165612(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 TTGGTACACGTGTCA
SmilChr04G003485 Chr04 NC_080390.1:51304390-51304404promoter 内 3893-3907 bp - 94 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 51304498-51308761(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 TGCCACGTCGATACC
SmilChr08G002980 Chr08 NC_080394.1:29879256-29879270promoter 内 3875-3889 bp - 112 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 29879382-29880407(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 CGCCACGTCAGAGAC
SmilChr08G002146 Chr08 NC_080394.1:19332333-19332347promoter 内 3857-3871 bp + 130 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 19331378-19332203(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 CGCCACGTGTACGAT
SmilChr08G002694 Chr08 NC_080394.1:26538510-26538524promoter 内 3815-3829 bp + 172 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 26538696-26541035(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 AAACGTGACGTGGCT
SmilChr02G000678 Chr02 NC_080388.1:10589525-10589539promoter 内 3779-3793 bp + 208 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 10580733-10589317(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 AGCCACGTCACGCTT
SmilChr06G000081 Chr06 NC_080392.1:606673-606687promoter 内 3776-3790 bp + 211 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 603449-606462(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 GGCCACGTCGCAGGC
SmilChr04G002506 Chr04 NC_080390.1:40037468-40037482promoter 内 3774-3788 bp - 213 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 40037695-40044538(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 AGCCACGTCACGTTT
SmilChr04G002479 Chr04 NC_080390.1:39632515-39632529promoter 内 3772-3786 bp - 215 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 39632744-39639595(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 AGCCACGTCACGTTT
SmilChr05G000691 Chr05 NC_080391.1:5231206-5231220promoter 内 3762-3776 bp - 225 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 5231445-5234476(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 TGCCACGTGAGTTGG
SmilChr08G004820 Chr08 NC_080394.1:57486411-57486425promoter 内 3699-3713 bp - 288 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 57486713-57487612(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 TGCCACGTCAACTGG
SmilChr05G002119 Chr05 NC_080391.1:22259298-22259312promoter 内 3632-3646 bp + 355 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 22259667-22269584(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 AAAATACACGTGGCA
SmilChr03G001877 Chr03 NC_080389.1:26050980-26050994promoter 内 3440-3454 bp - 547 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 26051541-26060128(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 TGCCACGTCAATTCC
SmilChr08G000547 Chr08 NC_080394.1:3985415-3985429promoter 内 3392-3406 bp + 595 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 3986024-3990023(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 AGCTCCGACGTGGCG
SmilChr04G000120 Chr04 NC_080390.1:1034010-1034024promoter 内 3376-3390 bp - 611 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 1034635-1035508(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 TGACACGTGTTTTAT
SmilChr02G005122 Chr02 NC_080388.1:72698635-72698649promoter 内 3353-3367 bp - 634 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 72699283-72703370(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 TTCCACGTGGTCACC
SmilChr07G002764 Chr07 NC_080393.1:27495789-27495803promoter 内 3206-3220 bp + 781 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 27496584-27500550(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 ACTGTCGACGTGGCG
SmilChr02G003569 Chr02 NC_080388.1:56855749-56855763promoter 内 3123-3137 bp + 864 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 56856627-56857276(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 AAACGTGACGTGGCT
SmilChr06G000585 Chr06 NC_080392.1:5029347-5029361promoter 内 3082-3096 bp + 905 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 5026361-5028442(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 GGCCACGTCAACTTT
SmilChr01G005663 Chr01 NC_080387.1:72963652-72963666promoter 内 3044-3058 bp - 943 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 72959969-72962709(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 TACTCACACGTGGCG
SmilChr02G004786 Chr02 NC_080388.1:70020978-70020992promoter 内 2962-2976 bp - 1025 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 70022017-70025989(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 TGCCACGTCAACTGG
SmilChr02G001113 Chr02 NC_080388.1:20098219-20098233promoter 内 2801-2815 bp + 1186 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 20099419-20102046(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 AAACGTGACGTGGCT
SmilChr02G004964 Chr02 NC_080388.1:71554891-71554905promoter 内 2795-2809 bp - 1192 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 71556097-71562272(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 AGCCACGTCACGTTT
SmilChr05G003702 Chr05 NC_080391.1:50111522-50111536promoter 内 2788-2802 bp - 1199 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 50112735-50115205(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 TGCCACGTGTATTTT
SmilChr04G000074 Chr04 NC_080390.1:690560-690574promoter 内 2689-2703 bp - 1298 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 691872-693812(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 CGCCACGTGGGTAGT
SmilChr01G000277 Chr01 NC_080387.1:5477815-5477829promoter 内 2661-2675 bp + 1326 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 5471634-5476489(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 TTCCACGTGTCAATC
SmilChr02G005404 Chr02 NC_080388.1:74575047-74575061promoter 内 2656-2670 bp + 1331 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 74576392-74579080(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 ACTTATCACGTGGCC
SmilChr04G004122 Chr04 NC_080390.1:56078542-56078556promoter 内 2538-2552 bp + 1449 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 56080005-56083512(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 TCGGGTCACGTGGAA
SmilChr05G002241 Chr05 NC_080391.1:24049193-24049207promoter 内 2516-2530 bp - 1471 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 24050678-24050750(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 AGCCACGTCACGTTT
SmilChr05G003750 Chr05 NC_080391.1:50634755-50634769promoter 内 2483-2497 bp + 1504 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 50628230-50633251(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 TTCCACGTGTCAATC
SmilChr03G001930 Chr03 NC_080389.1:27096437-27096451promoter 内 2444-2458 bp - 1543 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 27097994-27106553(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 TGCCACGTCAATTCC
SmilChr02G005415 Chr02 NC_080388.1:74622298-74622312promoter 内 2419-2433 bp + 1568 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 74623880-74624549(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 ACTTATCACGTGGCC
SmilChr04G003154 Chr04 NC_080390.1:48153801-48153815promoter 内 2383-2397 bp - 1604 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 48148335-48152197(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 AAAGCTTACGTGGCA
SmilChr03G002963 Chr03 NC_080389.1:46388501-46388515promoter 内 2375-2389 bp + 1612 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 46390127-46392572(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 AAACGTGACGTGGCT
SmilChr08G001400 Chr08 NC_080394.1:11212038-11212052promoter 内 2316-2330 bp + 1671 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 11213723-11214343(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 ATGACACACGTGTCA
SmilChr08G002979 Chr08 NC_080394.1:29879256-29879270promoter 内 2311-2325 bp - 1676 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 29873971-29877580(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 GTCTCTGACGTGGCG
SmilChr02G003989 Chr02 NC_080388.1:62142926-62142940promoter 内 2255-2269 bp - 1732 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 62140580-62141194(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 AAGCGTGACGTGGCT
SmilChr01G005666 Chr01 NC_080387.1:72963652-72963666promoter 内 2121-2135 bp - 1866 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 72965532-72967767(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 CGCCACGTGTGAGTA
SmilChr04G000171 Chr04 NC_080390.1:1531430-1531444promoter 内 2025-2039 bp - 1962 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 1533406-1536174(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 TGCCACGTGTAATGC
SmilChr08G002693 Chr08 NC_080394.1:26538510-26538524promoter 内 2011-2025 bp + 1976 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 26532723-26536534(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 AGCCACGTCACGTTT
SmilChr02G004963 Chr02 NC_080388.1:71554891-71554905promoter 内 1864-1878 bp - 2123 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 71547117-71552768(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 AAACGTGACGTGGCT
SmilChr06G000082 Chr06 NC_080392.1:606673-606687promoter 内 1841-1855 bp + 2146 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 608833-611841(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 GCCTGCGACGTGGCC
SmilChr03G002107 Chr03 NC_080389.1:32779653-32779667promoter 内 1831-1845 bp + 2156 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 32774926-32777497(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 AGCCACGTGAGAACT
SmilChr02G005416 Chr02 NC_080388.1:74622298-74622312promoter 内 1708-1722 bp + 2279 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 74624591-74625604(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 ACTTATCACGTGGCC
SmilChr01G005079 Chr01 NC_080387.1:68672342-68672356promoter 内 1603-1617 bp - 2384 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 68666714-68669958(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 TCTTCTGACGTGGCG
SmilChr02G005562 Chr02 NC_080388.1:75547049-75547063promoter 内 1595-1609 bp - 2392 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 75549455-75554805(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 CGCCACGTCGGAGCT
SmilChr07G002019 Chr07 NC_080393.1:18050086-18050100promoter 内 1592-1606 bp + 2395 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 18052495-18053867(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 CTTTACCACGTGGCG
SmilChr07G001548 Chr07 NC_080393.1:12588957-12588971promoter 内 1541-1555 bp + 2446 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 12576244-12586511(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 AGCCACGTGTCTTGC
SmilChr03G002962 Chr03 NC_080389.1:46388501-46388515promoter 内 1494-1508 bp + 2493 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 46385171-46386008(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 AGCCACGTCACGTTT
SmilChr03G001288 Chr03 NC_080389.1:15097760-15097774promoter 内 1471-1485 bp - 2516 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 15089338-15095244(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 AAACGTGACGTGGCT