转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr03G004179; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00012156-RA_Salv SmilChr03G004179 WRKY XP_057799230.1 MP00464 AGCGTTGACTTTTT

可能结合的靶基因

9864 个结合位点 7299 个候选靶基因 第 68 / 146 下载 TSV

上一页 68 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr03G000231 Chr03 NC_080389.1:2747825-2747838promoter 内 3585-3598 bp - 403 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 2 2745107-2747422(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 ATATTTGACTTTTT
SmilChr04G003141 Chr04 NC_080390.1:47986606-47986619promoter 内 3564-3577 bp + 424 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 2 47987043-47988215(+) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 TTTGTTGACTTTCA
SmilChr01G002208 Chr01 NC_080387.1:38419169-38419182promoter 内 3550-3563 bp - 438 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 2 38418011-38418731(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 AGCTTTGACTTCGA
SmilChr01G005805 Chr01 NC_080387.1:74104679-74104692promoter 内 2931-2944 bp + 1057 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 2 74105749-74106857(+) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 CTCGTTGACTGTCG
SmilChr03G000900 Chr03 NC_080389.1:10292582-10292595promoter 内 2911-2924 bp + 1077 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 2 10290789-10291505(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 AAACAGTCAACCCG
SmilChr01G005272 Chr01 NC_080387.1:70157492-70157505promoter 内 2785-2798 bp - 1203 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 2 70158708-70159433(+) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 GAGCAGTCAACGCT
SmilChr01G004872 Chr01 NC_080387.1:66834210-66834223promoter 内 2768-2781 bp - 1220 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 2 66831346-66832990(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 ACCGTTGACTCGGT
SmilChr02G005377 Chr02 NC_080388.1:74446947-74446960promoter 内 2659-2672 bp + 1329 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 2 74441904-74445618(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 AAATAGTCAACTAG
SmilChr02G000387 Chr02 NC_080388.1:4806744-4806757promoter 内 2645-2658 bp + 1343 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 2 4808100-4810743(+) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 ATTGTTGACTTGTT
SmilChr01G005296 Chr01 NC_080387.1:70273008-70273021promoter 内 2611-2624 bp - 1377 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 2 70274398-70275173(+) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 GAGCAGTCAACGCT
SmilChr03G001223 Chr03 NC_080389.1:14096476-14096489promoter 内 2598-2611 bp - 1390 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 2 14097879-14100533(+) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 TAAAAGTCAAAACC
SmilChr01G003572 Chr01 NC_080387.1:54287308-54287321promoter 内 2245-2258 bp + 1743 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 2 54289064-54290069(+) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 GTCATTGACTTTTA
SmilChr04G002298 Chr04 NC_080390.1:37239350-37239363promoter 内 2096-2109 bp + 1892 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 2 37230755-37237458(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 GCGAAGTCAACCTG
SmilChr02G000002 Chr02 NC_080388.1:23126-23139promoter 内 2039-2052 bp - 1949 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 2 18658-21177(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 AGTTTTGACTTTTT
SmilChr02G001813 Chr02 NC_080388.1:32968749-32968762promoter 内 1775-1788 bp + 2213 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 2 32970975-32982329(+) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 ACCGTTGACTCCCG
SmilChr05G000037 Chr05 NC_080391.1:164251-164264promoter 内 1770-1783 bp - 2218 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 2 166482-170355(+) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 TACATGTCAACGCC
SmilChr01G003571 Chr01 NC_080387.1:54287308-54287321promoter 内 1639-1652 bp + 2349 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 2 54283439-54284959(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 TAAAAGTCAATGAC
SmilChr01G001282 Chr01 NC_080387.1:25604880-25604893promoter 内 1550-1563 bp + 2438 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 2 25600152-25602442(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 AAATAGTCAACTAG
SmilChr04G001041 Chr04 NC_080390.1:14826938-14826951promoter 内 1495-1508 bp - 2493 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 2 14821370-14824445(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 CTGGTTGACTTATA
SmilChr04G000265 Chr04 NC_080390.1:2414383-2414396promoter 内 1455-1468 bp + 2533 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 2 2416929-2417676(+) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 TCATTTGACTTTTG
SmilChr02G003107 Chr02 NC_080388.1:52044265-52044278promoter 内 1302-1315 bp + 2686 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 2 52039649-52041579(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 TCAATGTCAACGAT
SmilChr01G002345 Chr01 NC_080387.1:40595376-40595389promoter 内 1300-1313 bp - 2688 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 2 40590469-40592688(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 ACATTTGACTTTGG
SmilChr01G003685 Chr01 NC_080387.1:55231309-55231322promoter 内 1012-1025 bp - 2976 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 2 55234298-55235568(+) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 TGTAAGTCAACTCT
SmilChr03G004542 Chr03 NC_080389.1:63426828-63426841promoter 内 1009-1022 bp - 2979 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 2 63429820-63431178(+) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 CTGAAGTCAACTAT
SmilChr01G004871 Chr01 NC_080387.1:66834210-66834223promoter 内 804-817 bp - 3184 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 2 66828607-66831026(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 ACCGTTGACTCGGT
SmilChr01G005273 Chr01 NC_080387.1:70157492-70157505promoter 内 742-755 bp - 3246 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 2 70160751-70163867(+) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 GAGCAGTCAACGCT
SmilChr02G002646 Chr02 NC_080388.1:45849710-45849723promoter 内 415-428 bp - 3573 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 2 45853296-45855741(+) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 AAAAAGTCAAATAT
SmilChr02G000519 Chr02 NC_080388.1:7154789-7154802promoter 内 3980-3993 bp - 8 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 7153767-7154781(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 ATCTTTGACTTATG
SmilChr03G001391 Chr03 NC_080389.1:16501466-16501479promoter 内 3978-3991 bp + 10 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 16499300-16501456(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 ATCAAGTCAACTGT
SmilChr02G002493 Chr02 NC_080388.1:43370955-43370968promoter 内 3972-3985 bp - 16 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 43367254-43370939(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 TGAGTTGACTTCAT
SmilChr03G001280 Chr03 NC_080389.1:14985227-14985240promoter 内 3944-3957 bp + 44 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 14981267-14985183(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 AATAAGTCAACTAG
SmilChr01G000172 Chr01 NC_080387.1:2833388-2833401promoter 内 3921-3934 bp + 67 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 2833468-2836431(+) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 TGCTTTGACTTCTA
SmilChr04G004105 Chr04 NC_080390.1:56013551-56013564promoter 内 3914-3927 bp - 74 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 56013638-56016249(+) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 TAGAAGTCAACTAG
SmilChr01G003349 Chr01 NC_080387.1:52242035-52242048promoter 内 3912-3925 bp + 76 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 52241483-52241959(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 AAACAGTCAACCCG
SmilChr02G000905 Chr02 NC_080388.1:15620224-15620237promoter 内 3912-3925 bp + 76 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 15619672-15620148(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 AAACAGTCAACCCG
SmilChr03G000153 Chr03 NC_080389.1:1654006-1654019promoter 内 3912-3925 bp - 76 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 1654095-1654571(+) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 AAACAGTCAACCCG
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SmilChr03G004598 Chr03 NC_080389.1:63783364-63783377promoter 内 3817-3830 bp + 171 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 63781553-63783193(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 AACAAGTCAACAAT
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SmilChr02G003390 Chr02 NC_080388.1:55023388-55023401promoter 内 3609-3622 bp + 379 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 55023780-55031918(+) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 ATCGTTGACCTCAT
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