转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G003955; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00019539-RA_Salv SmilChr04G003955 ERF XP_057805828.1 MP00120 GATATTGTCGGTGGT

可能结合的靶基因

7514 个结合位点 6144 个候选靶基因 第 72 / 123 下载 TSV

上一页 72 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr08G003584 Chr08 NC_080394.1:38615274-38615288promoter 内 815-829 bp - 3172 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 4 38618460-38631207(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ATCACCGACGGATCG
SmilChr07G004580 Chr07 NC_080393.1:58591391-58591405promoter 内 2686-2700 bp - 1301 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 3 58577592-58590090(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GGGCGCGGCGGTGGT
SmilChr02G000117 Chr02 NC_080388.1:1479077-1479091promoter 内 1690-1704 bp - 2297 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 3 1475662-1476780(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ATTATTGGCGGTGGT
SmilChr07G002952 Chr07 NC_080393.1:29940495-29940509promoter 内 119-133 bp - 3868 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 3 29928157-29936627(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GTTAGCGACGGTGGT
SmilChr06G000770 Chr06 NC_080392.1:7197746-7197760promoter 内 3264-3278 bp - 723 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 2 7198483-7202522(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 TCCACCGACTCCCTC
SmilChr04G000903 Chr04 NC_080390.1:11763538-11763552promoter 内 3168-3182 bp + 819 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 2 11760419-11762719(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 TCCACCGACTCCCTC
SmilChr08G003384 Chr08 NC_080394.1:35584560-35584574promoter 内 3135-3149 bp - 852 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 2 35585426-35586246(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 TCCACCGACTCCCTC
SmilChr04G002946 Chr04 NC_080390.1:45795674-45795688promoter 内 3130-3144 bp + 857 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 2 45793024-45794817(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ACCACCGCCGCCTCA
SmilChr04G001273 Chr04 NC_080390.1:20251866-20251880promoter 内 2895-2909 bp + 1092 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 2 20245489-20250774(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 TCCACCGACTCCCTC
SmilChr05G002371 Chr05 NC_080391.1:25968886-25968900promoter 内 2834-2848 bp + 1153 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 2 25970053-25977214(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GAGGGCGACGGTGGT
SmilChr08G004919 Chr08 NC_080394.1:58130627-58130641promoter 内 2580-2594 bp - 1407 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 2 58132048-58136376(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 TCCACCGACTCCCTC
SmilChr07G003873 Chr07 NC_080393.1:48271491-48271505promoter 内 2573-2587 bp + 1414 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 2 48257437-48270077(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 TCCACCGACTCCCTC
SmilChr08G003771 Chr08 NC_080394.1:43191293-43191307promoter 内 2452-2466 bp + 1535 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 2 43186789-43189758(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GGCACCGACCACGCC
SmilChr02G005379 Chr02 NC_080388.1:74469615-74469629promoter 内 2377-2391 bp + 1610 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 2 74461454-74468005(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 TCCACCGACTCCCTC
SmilChr02G005217 Chr02 NC_080388.1:73379328-73379342promoter 内 2343-2357 bp - 1644 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 2 73380986-73384217(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ATCACCGACGCCAAA
SmilChr06G000756 Chr06 NC_080392.1:7009326-7009340promoter 内 2245-2259 bp + 1742 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 2 7011082-7017800(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GAGGGAGTCGGTGGA
SmilChr05G003545 Chr05 NC_080391.1:47313718-47313732promoter 内 2046-2060 bp + 1941 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 2 47315673-47319918(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 TGTGGCGGCGGTGGT
SmilChr07G001960 Chr07 NC_080393.1:17101290-17101304promoter 内 1996-2010 bp - 1991 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 2 17094769-17099299(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GAGGGAGTCGGTGGA
SmilChr03G004450 Chr03 NC_080389.1:62630637-62630651promoter 内 1863-1877 bp + 2124 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 2 62632775-62637431(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GAGGGAGTCGGTGGA
SmilChr07G002970 Chr07 NC_080393.1:30224140-30224154promoter 内 1518-1532 bp - 2469 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 2 30209884-30221671(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GTTAGCGACGGTGGT
SmilChr08G003184 Chr08 NC_080394.1:32571675-32571689promoter 内 765-779 bp + 3222 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 2 32567777-32568453(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ACCACCGCCAATAAT
SmilChr01G004314 Chr01 NC_080387.1:61320171-61320185promoter 内 721-735 bp + 3266 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 2 61312743-61316905(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 TCCACCGACTCCCTC
SmilChr08G004917 Chr08 NC_080394.1:58130627-58130641promoter 内 553-567 bp - 3434 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 2 58125224-58127193(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GAGGGAGTCGGTGGA
SmilChr01G004136 Chr01 NC_080387.1:59880106-59880120promoter 内 165-179 bp - 3822 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 2 59875231-59876284(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GAGGGAGTCGGTGGA
SmilChr02G004540 Chr02 NC_080388.1:67972378-67972392promoter 内 3964-3978 bp + 23 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 67966612-67972355(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 CCCACCGACCGAACC
SmilChr02G004363 Chr02 NC_080388.1:65920504-65920518promoter 内 3826-3840 bp + 161 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 65920679-65922154(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GAGTGCGGCGGTGGT
SmilChr08G002588 Chr08 NC_080394.1:25218806-25218820promoter 内 3759-3773 bp + 228 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 25199742-25218578(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ACAACCGACACAGCC
SmilChr06G002014 Chr06 NC_080392.1:25844447-25844461promoter 内 3738-3752 bp - 249 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 25840430-25844198(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 TAGAGTGGCGGTGGT
SmilChr08G001387 Chr08 NC_080394.1:11078368-11078382promoter 内 3666-3680 bp + 321 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 11076283-11078047(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GACACCGACAATTTT
SmilChr04G003102 Chr04 NC_080390.1:47607003-47607017promoter 内 3603-3617 bp - 384 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 47606548-47606619(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 TGTGGCGGCGGTGGT
SmilChr01G003574 Chr01 NC_080387.1:54299744-54299758promoter 内 3593-3607 bp + 394 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 54300152-54302260(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 CTTCTCGTCGGTGGA
SmilChr06G001816 Chr06 NC_080392.1:21323415-21323429promoter 内 3510-3524 bp + 477 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 21323906-21326413(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GAGGATGACGGTGGT
SmilChr02G000254 Chr02 NC_080388.1:3270348-3270362promoter 内 3475-3489 bp + 512 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 3267611-3269836(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 CCCACCGACTCAGAC
SmilChr05G001276 Chr05 NC_080391.1:10913790-10913804promoter 内 3452-3466 bp - 535 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 10910348-10913255(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 CAAAATGTCGGTGCA
SmilChr07G002704 Chr07 NC_080393.1:26417116-26417130promoter 内 3442-3456 bp + 545 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 26413658-26416571(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GACACCGACAAAGAT
SmilChr06G000638 Chr06 NC_080392.1:5646597-5646611promoter 内 3413-3427 bp - 574 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 5647185-5648867(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 CTCACCGACAAGTTG
SmilChr01G005424 Chr01 NC_080387.1:71424800-71424814promoter 内 3379-3393 bp + 608 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 71419189-71424192(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 CTCACCGACAAGTTG
SmilChr02G001833 Chr02 NC_080388.1:33355262-33355276promoter 内 3335-3349 bp - 652 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 33347717-33354610(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GAGGGAGTCGGTGGA
SmilChr02G000833 Chr02 NC_080388.1:14101432-14101446promoter 内 3318-3332 bp + 669 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 14102115-14103030(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GAGTGCGGCGGTGGT
SmilChr07G004579 Chr07 NC_080393.1:58570440-58570454promoter 内 3296-3310 bp + 691 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 58571145-58571516(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 TGTGGCGGCGGTGGT
SmilChr08G001500 Chr08 NC_080394.1:12150456-12150470promoter 内 3236-3250 bp - 751 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 12151221-12151964(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ACCACCGTCACACTT
SmilChr03G001743 Chr03 NC_080389.1:23518096-23518110promoter 内 3168-3182 bp + 819 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 23515333-23517277(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GGCGCCGACAAGTGC
SmilChr07G001080 Chr07 NC_080393.1:7923370-7923384promoter 内 3125-3139 bp + 862 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 7924246-7926985(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GAGGGAGTCGGTGGA
SmilChr03G002206 Chr03 NC_080389.1:34767523-34767537promoter 内 3082-3096 bp - 905 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 34768442-34768560(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 TCCACCGACTCCCTC
SmilChr05G003518 Chr05 NC_080391.1:46985099-46985113promoter 内 3074-3088 bp + 913 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 46986026-46987370(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 TGGTACGTCGGTGGG
SmilChr02G002829 Chr02 NC_080388.1:48385473-48385487promoter 内 3035-3049 bp - 952 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 48386439-48389938(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ACCACCGCCATGCCC
SmilChr03G001029 Chr03 NC_080389.1:12010688-12010702promoter 内 3035-3049 bp + 952 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 12008590-12009736(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ATCACCGACATAATA
SmilChr04G003808 Chr04 NC_080390.1:54251828-54251842promoter 内 2902-2916 bp + 1085 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 54248608-54250743(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 CACACCGACACCTTG
SmilChr04G003809 Chr04 NC_080390.1:54251828-54251842promoter 内 2896-2910 bp + 1091 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 54252933-54255552(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 CAAGGTGTCGGTGTG
SmilChr02G001474 Chr02 NC_080388.1:27525695-27525709promoter 内 2850-2864 bp + 1137 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 27518785-27524558(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ACCACCGACCAATGC