转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G005344; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00016717-RA_Salv SmilChr01G005344 MYB XP_057788686.1 MP00296 AAAAAATTGGATAAGGATAAG

可能结合的靶基因

9873 个结合位点 8304 个候选靶基因 第 8 / 167 下载 TSV

上一页 8 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr06G002886 Chr06 NC_080392.1:41685539-41685559promoter 内 3541-3561 bp - 440 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 41680448-41685099(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 GATGGAATGGATAAGATTAAT
SmilChr05G002578 Chr05 NC_080391.1:29004611-29004631promoter 内 3061-3081 bp - 920 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 29005551-29007083(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TCTCTCCTTATCTTTTTCCTT
SmilChr07G002942 Chr07 NC_080393.1:29799130-29799150promoter 内 2700-2720 bp + 1281 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 29800431-29801729(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 CAAGTATCGGATAAGAAAGGA
SmilChr08G001269 Chr08 NC_080394.1:10098367-10098387promoter 内 2418-2438 bp - 1563 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 10099950-10109983(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TCTCTCCTTATCCACTCCACA
SmilChr01G003976 Chr01 NC_080387.1:58201735-58201755promoter 内 2136-2156 bp + 1845 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 58197199-58199890(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 ATTATTCTTATCCACAGCCTT
SmilChr05G000398 Chr05 NC_080391.1:2994501-2994521promoter 内 2097-2117 bp - 1884 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 2996405-2997368(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TTGAACCTTATCCTCTTCAGC
SmilChr07G001877 Chr07 NC_080393.1:16249837-16249857promoter 内 2017-2037 bp - 1964 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 16246070-16247873(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 GGTAGAGAGGATAAGGAAGAA
SmilChr08G001866 Chr08 NC_080394.1:16023101-16023121promoter 内 1912-1932 bp + 2069 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 16025190-16025735(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 GTTGGTATGGATAAGAATGAT
SmilChr02G004793 Chr02 NC_080388.1:70134082-70134102promoter 内 1528-1548 bp + 2453 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 70129818-70131629(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 CTTTATCTTATCCTCTCTTTT
SmilChr05G002549 Chr05 NC_080391.1:28543407-28543427promoter 内 1471-1491 bp - 2510 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 28525213-28540897(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 CAAAGACTGGATAAACATAAA
SmilChr02G000553 Chr02 NC_080388.1:7742033-7742053promoter 内 988-1008 bp + 2993 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 7745046-7753213(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 GATGATGAAGATAAGGAGGGA
SmilChr04G000605 Chr04 NC_080390.1:6854408-6854428promoter 内 723-743 bp + 3258 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 6849602-6851150(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TTCTTACTTATCCTCTCTCTC
SmilChr03G001521 Chr03 NC_080389.1:18658489-18658509promoter 内 720-740 bp - 3261 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 18652653-18655228(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 CAAGTATCGGATAAGAAAGGA
SmilChr07G003075 Chr07 NC_080393.1:32378819-32378839promoter 内 689-709 bp - 3292 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 32382131-32382676(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 ATCTTCCTTATCCGAACTCGG
SmilChr08G000114 Chr08 NC_080394.1:720128-720148promoter 内 637-657 bp + 3344 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 714190-716784(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 CTGCTTCTTATCCAGATCTCG
SmilChr05G002734 Chr05 NC_080391.1:31474455-31474475promoter 内 601-621 bp - 3380 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 31469562-31471075(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 ACTAATTAGGATAAGATTAAG
SmilChr08G001867 Chr08 NC_080394.1:16023101-16023121promoter 内 428-448 bp + 3553 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 16026674-16028158(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 GTTGGTATGGATAAGAATGAT
SmilChr07G003288 Chr07 NC_080393.1:34645735-34645755promoter 内 379-399 bp + 3602 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 34640181-34642133(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TCTCTCCTTATCTTTTTCCTT
SmilChr06G002541 Chr06 NC_080392.1:36434260-36434280promoter 内 316-336 bp - 3665 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 36430489-36430595(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 AATAGAGAAGATAAGGAGAGA
SmilChr03G001193 Chr03 NC_080389.1:13746540-13746560promoter 内 194-214 bp - 3787 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 13750347-13751267(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 ATCCTTCTTATCCTATTTCCT
SmilChr07G003494 Chr07 NC_080393.1:39600720-39600740promoter 内 194-214 bp + 3787 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 39604527-39608712(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 GAAGATATGGATAAACATGAT
SmilChr04G000123 Chr04 NC_080390.1:1056052-1056072promoter 内 2819-2839 bp - 1162 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 3 1057234-1061256(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 CTCAAACTTATCCTTATCTAT
SmilChr06G002630 Chr06 NC_080392.1:37866769-37866789promoter 内 2072-2092 bp + 1909 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 3 37868698-37871611(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 ACGAGAAAGGATAAGAACAGG
SmilChr02G001205 Chr02 NC_080388.1:22222314-22222334promoter 内 2941-2961 bp + 1040 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 2 22223374-22227993(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 GAAGATATGGATAAAAATGAT
SmilChr02G002188 Chr02 NC_080388.1:39079001-39079021promoter 内 2742-2762 bp + 1239 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 2 39076725-39077762(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TTTAACCTTATCCATATACTT
SmilChr01G001742 Chr01 NC_080387.1:32105060-32105080promoter 内 2683-2703 bp + 1298 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 2 32106378-32108368(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 GAAGATATGGATAAAAATGAT
SmilChr02G002187 Chr02 NC_080388.1:39079001-39079021promoter 内 1501-1521 bp + 2480 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 2 39074556-39076521(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TTTAACCTTATCCATATACTT
SmilChr07G000304 Chr07 NC_080393.1:1996209-1996229promoter 内 1299-1319 bp + 2682 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 2 1998911-2002862(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 GCTGAAAAGGATAAGCAGAGG
SmilChr06G000518 Chr06 NC_080392.1:4270528-4270548promoter 内 785-805 bp - 3196 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 2 4273744-4278996(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TCTCTTCTTATCCTAAATCTC
SmilChr02G003624 Chr02 NC_080388.1:57554010-57554030promoter 内 706-726 bp - 3275 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 2 57557305-57575394(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 ATCATTTTTATCCATATCTTC
SmilChr08G000727 Chr08 NC_080394.1:5402359-5402379promoter 内 694-714 bp + 3287 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 2 5391734-5399072(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 ATCATTTTTATCCATATCTTC
SmilChr06G002564 Chr06 NC_080392.1:36826683-36826703promoter 内 407-427 bp - 3574 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 2 36830277-36834030(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 ATCATTTTTATCCATATCTTC
SmilChr08G000439 Chr08 NC_080394.1:3150171-3150191promoter 内 222-242 bp - 3759 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 2 3153950-3157537(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 ATCATTTTTATCCATATCTTC
SmilChr02G003886 Chr02 NC_080388.1:60936160-60936180promoter 内 121-141 bp + 3860 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 2 60928608-60932300(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 ATCATTTTTATCCATATCTTC
SmilChr02G005021 Chr02 NC_080388.1:71976566-71976586promoter 内 50-70 bp - 3931 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 2 71968667-71972635(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 AGAGAAGTGGATAATCATGAA
SmilChr03G004679 Chr03 NC_080389.1:64224260-64224280promoter 内 3977-3997 bp + 4 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 64224284-64225913(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 AAGAGTGTAGATAAGGTTTGG
SmilChr01G003244 Chr01 NC_080387.1:51174004-51174024promoter 内 3929-3949 bp - 52 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 51174076-51176713(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 ACCCACCTTATCCACAAATTT
SmilChr07G002219 Chr07 NC_080393.1:20446204-20446224promoter 内 3710-3730 bp - 271 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 20445553-20445933(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 AAAAATATAGATAAGGTTAGT
SmilChr01G005488 Chr01 NC_080387.1:71821311-71821331promoter 内 3548-3568 bp + 433 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 71821764-71825122(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 AAAATTTCGGATAAGATTAGA
SmilChr07G001925 Chr07 NC_080393.1:16669229-16669249promoter 内 3531-3551 bp + 450 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 16669699-16670260(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 GAATTTGAGGATAAGCATAAT
SmilChr02G003498 Chr02 NC_080388.1:56203321-56203341promoter 内 3516-3536 bp - 465 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 56202295-56202856(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 GAATTTGAGGATAAGCATAAT
SmilChr06G000464 Chr06 NC_080392.1:3796895-3796915promoter 内 3479-3499 bp - 502 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 3793803-3796393(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 AAAAATGTGGATAAACTTAGG
SmilChr07G002047 Chr07 NC_080393.1:18581420-18581440promoter 内 2806-2826 bp + 1175 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 18577681-18580245(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 ATTATTTTTATCCACTTTTTT
SmilChr03G004678 Chr03 NC_080389.1:64224260-64224280promoter 内 2723-2743 bp + 1258 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 64219089-64223002(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 CCAAACCTTATCTACACTCTT
SmilChr06G001954 Chr06 NC_080392.1:24202161-24202181promoter 内 2718-2738 bp + 1263 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 24203444-24208996(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 AAAAAATAGGATAAAAATAGA
SmilChr02G003705 Chr02 NC_080388.1:58579027-58579047promoter 内 2698-2718 bp + 1283 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 58576139-58577744(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TCCACTCTTATCCATAATCTT
SmilChr07G002220 Chr07 NC_080393.1:20446204-20446224promoter 内 2424-2444 bp - 1557 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 20447781-20448686(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 ACTAACCTTATCTATATTTTT
SmilChr07G001348 Chr07 NC_080393.1:10432632-10432652promoter 内 2387-2407 bp - 1594 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 10434246-10436227(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TTTATACTTATCCATTATGGT
SmilChr01G000586 Chr01 NC_080387.1:12669305-12669325promoter 内 2348-2368 bp - 1633 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 12667289-12667672(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 ATCGAAGTGGATAAGGTGAAG
SmilChr06G002230 Chr06 NC_080392.1:31516037-31516057promoter 内 2261-2281 bp + 1720 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 31517777-31519948(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 GAAGATATGGATAAAAATGAT