转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G000094; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00015812-RA_Salv SmilChr04G000094 YABBY XP_057807365.1 MP00620 CAATCATAAT

可能结合的靶基因

9844 个结合位点 6504 个候选靶基因 第 8 / 131 下载 TSV

上一页 8 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G001553 Chr02 NC_080388.1:28838205-28838214promoter 内 24-33 bp - 3968 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 28829532-28834237(-) SMil_00015812-RA_Salv MP00620 CAATCATAAT
SmilChr01G001471 Chr01 NC_080387.1:28481939-28481948promoter 内 16-25 bp - 3976 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 28485924-28487495(+) SMil_00015812-RA_Salv MP00620 ATTATGATTG
SmilChr01G005958 Chr01 NC_080387.1:75292699-75292708promoter 内 3569-3578 bp - 423 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 6 75291259-75292276(-) SMil_00015812-RA_Salv MP00620 CAATCATAAC
SmilChr01G004631 Chr01 NC_080387.1:64352542-64352551promoter 内 3334-3343 bp + 658 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 4 64349703-64351884(-) SMil_00015812-RA_Salv MP00620 GTTATGATTG
SmilChr02G004433 Chr02 NC_080388.1:66723786-66723795promoter 内 2510-2519 bp - 1482 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 4 66725277-66728477(+) SMil_00015812-RA_Salv MP00620 GTTATGATTG
SmilChr02G000529 Chr02 NC_080388.1:7288521-7288530promoter 内 2491-2500 bp + 1501 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 4 7290031-7295241(+) SMil_00015812-RA_Salv MP00620 CAATCATAAC
SmilChr02G000960 Chr02 NC_080388.1:16739720-16739729promoter 内 1373-1382 bp - 2619 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 4 16742348-16754621(+) SMil_00015812-RA_Salv MP00620 GTTATGATTG
SmilChr02G003693 Chr02 NC_080388.1:58378291-58378300promoter 内 3289-3298 bp + 703 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 3 58373232-58377588(-) SMil_00015812-RA_Salv MP00620 GTTATGATTG
SmilChr01G006181 Chr01 NC_080387.1:77335878-77335887promoter 内 3236-3245 bp + 756 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 3 77336643-77337334(+) SMil_00015812-RA_Salv MP00620 CAATCATAAC
SmilChr02G001856 Chr02 NC_080388.1:33769808-33769817promoter 内 3025-3034 bp + 967 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 3 33768403-33768841(-) SMil_00015812-RA_Salv MP00620 GTTATGATTG
SmilChr01G005048 Chr01 NC_080387.1:68419652-68419661promoter 内 2348-2357 bp - 1644 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 3 68404875-68418008(-) SMil_00015812-RA_Salv MP00620 CAATCATAAC
SmilChr01G004632 Chr01 NC_080387.1:64352542-64352551promoter 内 2141-2150 bp + 1851 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 3 64354402-64355717(+) SMil_00015812-RA_Salv MP00620 CAATCATAAC
SmilChr02G005518 Chr02 NC_080388.1:75293443-75293452promoter 内 1530-1539 bp - 2462 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 3 75289006-75290981(-) SMil_00015812-RA_Salv MP00620 CAATCATAAC
SmilChr02G005538 Chr02 NC_080388.1:75414524-75414533promoter 内 1350-1359 bp + 2642 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 3 75408257-75411882(-) SMil_00015812-RA_Salv MP00620 GTTATGATTG
SmilChr03G000551 Chr03 NC_080389.1:5965179-5965188promoter 内 382-391 bp - 3610 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 3 5968798-5987336(+) SMil_00015812-RA_Salv MP00620 GTTATGATTG
SmilChr01G005562 Chr01 NC_080387.1:72431170-72431179promoter 内 3855-3864 bp + 137 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 2 72428708-72431033(-) SMil_00015812-RA_Salv MP00620 GTTATGATTG
SmilChr01G001246 Chr01 NC_080387.1:24973807-24973816promoter 内 3740-3749 bp + 252 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 2 24971229-24973555(-) SMil_00015812-RA_Salv MP00620 GTTATGATTG
SmilChr01G004668 Chr01 NC_080387.1:64792085-64792094promoter 内 3619-3628 bp + 373 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 2 64789175-64791712(-) SMil_00015812-RA_Salv MP00620 GTTATGATTG
SmilChr03G000619 Chr03 NC_080389.1:6818797-6818806promoter 内 3609-3618 bp - 383 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 2 6817355-6818414(-) SMil_00015812-RA_Salv MP00620 CAATCATAAC
SmilChr02G001349 Chr02 NC_080388.1:25218843-25218852promoter 内 3572-3581 bp - 420 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 2 25214983-25218423(-) SMil_00015812-RA_Salv MP00620 CAATCATAAC
SmilChr02G004925 Chr02 NC_080388.1:71267094-71267103promoter 内 3524-3533 bp + 468 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 2 71267571-71269699(+) SMil_00015812-RA_Salv MP00620 CAATCATAAC
SmilChr01G000745 Chr01 NC_080387.1:16471779-16471788promoter 内 3426-3435 bp + 566 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 2 16472354-16473132(+) SMil_00015812-RA_Salv MP00620 CAATCATAAC
SmilChr02G002966 Chr02 NC_080388.1:50175423-50175432promoter 内 3025-3034 bp - 967 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 2 50171870-50174456(-) SMil_00015812-RA_Salv MP00620 CAATCATAAC
SmilChr03G000117 Chr03 NC_080389.1:1290770-1290779promoter 内 2929-2938 bp + 1063 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 2 1288471-1289707(-) SMil_00015812-RA_Salv MP00620 GTTATGATTG
SmilChr02G000615 Chr02 NC_080388.1:8957816-8957825promoter 内 2918-2927 bp - 1074 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 2 8958899-8960162(+) SMil_00015812-RA_Salv MP00620 GTTATGATTG
SmilChr01G003303 Chr01 NC_080387.1:51720200-51720209promoter 内 2855-2864 bp + 1137 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 2 51711980-51719063(-) SMil_00015812-RA_Salv MP00620 GTTATGATTG
SmilChr01G003730 Chr01 NC_080387.1:55604505-55604514promoter 内 2703-2712 bp - 1289 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 2 55602590-55603216(-) SMil_00015812-RA_Salv MP00620 CAATCATAAC
SmilChr02G005519 Chr02 NC_080388.1:75293443-75293452promoter 内 2661-2670 bp - 1331 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 2 75290995-75292112(-) SMil_00015812-RA_Salv MP00620 CAATCATAAC
SmilChr01G000625 Chr01 NC_080387.1:14000870-14000879promoter 内 2592-2601 bp - 1400 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 2 13996797-13999470(-) SMil_00015812-RA_Salv MP00620 CAATCATAAC
SmilChr02G005530 Chr02 NC_080388.1:75364743-75364752promoter 内 2462-2471 bp - 1530 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 2 75359946-75363213(-) SMil_00015812-RA_Salv MP00620 CAATCATAAC
SmilChr02G004677 Chr02 NC_080388.1:69116501-69116510promoter 内 2402-2411 bp - 1590 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 2 69112116-69114911(-) SMil_00015812-RA_Salv MP00620 CAATCATAAC
SmilChr02G002896 Chr02 NC_080388.1:49238273-49238282promoter 内 2268-2277 bp + 1724 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 2 49240006-49243113(+) SMil_00015812-RA_Salv MP00620 CAATCATAAC
SmilChr01G002424 Chr01 NC_080387.1:41743420-41743429promoter 内 1886-1895 bp - 2106 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 2 41745535-41746849(+) SMil_00015812-RA_Salv MP00620 GTTATGATTG
SmilChr02G000257 Chr02 NC_080388.1:3293759-3293768promoter 内 1886-1895 bp + 2106 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 2 3295874-3297706(+) SMil_00015812-RA_Salv MP00620 CAATCATAAC
SmilChr02G005521 Chr02 NC_080388.1:75308246-75308255promoter 内 1852-1861 bp - 2140 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 2 75302402-75306106(-) SMil_00015812-RA_Salv MP00620 CAATCATAAC
SmilChr03G000618 Chr03 NC_080389.1:6818797-6818806promoter 内 1772-1781 bp - 2220 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 2 6814662-6816577(-) SMil_00015812-RA_Salv MP00620 CAATCATAAC
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