转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G003367; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00001784-RA_Salv SmilChr04G003367 MYB XP_057804957.1 MP00191 ATTAACCTTATCCTC

可能结合的靶基因

9690 个结合位点 6736 个候选靶基因 第 8 / 135 下载 TSV

上一页 8 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr03G001591 Chr03 NC_080389.1:20166244-20166258promoter 内 3433-3447 bp + 554 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 2 20166812-20167687(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CTTGTCCTTATCTTC
SmilChr02G003195 Chr02 NC_080388.1:53113036-53113050promoter 内 3424-3438 bp - 563 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 2 53109246-53112473(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CCTTTTCTTATCCAC
SmilChr02G004234 Chr02 NC_080388.1:64518722-64518736promoter 内 2883-2897 bp + 1104 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 2 64519840-64521118(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 ATCAATCTTATCCTA
SmilChr01G005924 Chr01 NC_080387.1:75044462-75044476promoter 内 2513-2527 bp - 1474 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 2 75045950-75047871(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GTGGATAAGATAAAA
SmilChr01G001353 Chr01 NC_080387.1:26802496-26802510promoter 内 2448-2462 bp + 1539 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 2 26804049-26809727(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 ATTCACCTTATCCGC
SmilChr02G000574 Chr02 NC_080388.1:8129378-8129392promoter 内 2143-2157 bp + 1844 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 2 8131236-8133907(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CTTATCCTTATCAAC
SmilChr03G000944 Chr03 NC_080389.1:10707130-10707144promoter 内 1746-1760 bp + 2241 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 2 10709385-10713375(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CCCATCCTTATCTAA
SmilChr03G000947 Chr03 NC_080389.1:10739041-10739055promoter 内 1739-1753 bp + 2248 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 2 10741303-10745284(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CCCATCCTTATCTAA
SmilChr01G002816 Chr01 NC_080387.1:46721116-46721130promoter 内 1562-1576 bp + 2425 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 2 46723555-46729059(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CAACACCTTATCCTT
SmilChr02G001481 Chr02 NC_080388.1:27723353-27723367promoter 内 1383-1397 bp - 2604 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 2 27717288-27720749(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TATAGCCTTATCCTC
SmilChr01G001505 Chr01 NC_080387.1:28879677-28879691promoter 内 1269-1283 bp - 2718 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 2 28882409-28888793(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GAGGATAAGATATGG
SmilChr01G001809 Chr01 NC_080387.1:33026849-33026863promoter 内 1116-1130 bp + 2871 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 2 33023165-33023978(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GGGGATAAGGTTCTA
SmilChr01G001520 Chr01 NC_080387.1:29119201-29119215promoter 内 991-1005 bp + 2996 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 2 29114737-29116205(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GTAGATAAGGTGAAA
SmilChr01G002831 Chr01 NC_080387.1:46923274-46923288promoter 内 236-250 bp + 3751 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 2 46909817-46919523(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GTGGATAAGAAAAGG
SmilChr01G001352 Chr01 NC_080387.1:26802496-26802510promoter 内 90-104 bp + 3897 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 2 26794181-26798599(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GCGGATAAGGTGAAT
SmilChr01G002621 Chr01 NC_080387.1:44483607-44483621promoter 内 3862-3876 bp + 125 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 44483746-44489744(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TTCAACCTTATCCCA
SmilChr01G000628 Chr01 NC_080387.1:14051805-14051819promoter 内 3533-3547 bp + 454 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 14052273-14053478(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AATTATCTTATCCTC
SmilChr01G001936 Chr01 NC_080387.1:34557099-34557113promoter 内 3533-3547 bp + 454 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 34555603-34556645(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GTAGATAAGGTAATA
SmilChr03G001664 Chr03 NC_080389.1:21583799-21583813promoter 内 3461-3475 bp + 526 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 21584339-21587644(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AAAATCCTTATCCTT
SmilChr01G002844 Chr01 NC_080387.1:47014111-47014125promoter 内 3406-3420 bp - 581 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 47012250-47013530(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TATTACCTTATCCAT
SmilChr02G001694 Chr02 NC_080388.1:31232132-31232146promoter 内 3387-3401 bp - 600 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 31232746-31233429(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GTGGATAAGCTTAAG
SmilChr01G000650 Chr01 NC_080387.1:14493347-14493361promoter 内 3316-3330 bp - 671 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 14491531-14492676(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AATTATCTTATCCTC
SmilChr03G001741 Chr03 NC_080389.1:23508861-23508875promoter 内 3093-3107 bp - 894 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 23500106-23507967(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TATTACCTTATCCAT
SmilChr01G003886 Chr01 NC_080387.1:57174432-57174446promoter 内 3044-3058 bp + 943 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 57175389-57181511(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CCACACCTTATCTTC
SmilChr01G000627 Chr01 NC_080387.1:14051805-14051819promoter 内 3031-3045 bp + 956 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 14049918-14050849(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GAGGATAAGATAATT
SmilChr01G004233 Chr01 NC_080387.1:60705353-60705367promoter 内 2768-2782 bp + 1219 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 60701894-60704134(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GCGGATAAGGTTCGA
SmilChr02G004364 Chr02 NC_080388.1:65933200-65933214promoter 内 2619-2633 bp + 1368 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 65934582-65938264(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 ATCAATCTTATCCTA
SmilChr01G000651 Chr01 NC_080387.1:14493347-14493361promoter 内 2529-2543 bp - 1458 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 14494819-14495241(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GAGGATAAGATAATT
SmilChr02G004514 Chr02 NC_080388.1:67675884-67675898promoter 内 2219-2233 bp + 1768 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 67677666-67680939(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 ACGGACCTTATCCTC
SmilChr03G002238 Chr03 NC_080389.1:35257368-35257382promoter 内 2174-2188 bp + 1813 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 35254596-35255555(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 ATGGATAAGATTAAT
SmilChr01G001047 Chr01 NC_080387.1:21755466-21755480promoter 内 1778-1792 bp - 2209 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 21757689-21759255(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TTGGATAAGATTAAA
SmilChr01G000540 Chr01 NC_080387.1:11110523-11110537promoter 内 1593-1607 bp + 2394 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 11112931-11117794(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TATAGCCTTATCCTC
SmilChr03G001742 Chr03 NC_080389.1:23508861-23508875promoter 内 1484-1498 bp - 2503 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 23511378-23515094(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 ATGGATAAGGTAATA
SmilChr01G001096 Chr01 NC_080387.1:22452944-22452958promoter 内 1339-1353 bp + 2648 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 22449079-22450296(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GGGGATAAGGTTCTA
SmilChr03G001581 Chr03 NC_080389.1:19971531-19971545promoter 内 1057-1071 bp - 2930 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 19967704-19968601(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TATAGCCTTATCCTC
SmilChr02G004176 Chr02 NC_080388.1:64047851-64047865promoter 内 919-933 bp - 3068 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 64042824-64044783(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 ATTAATCTTATCCAT
SmilChr02G003490 Chr02 NC_080388.1:56159546-56159560promoter 内 835-849 bp - 3152 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 56152577-56156394(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 ATTAACCTTATCTGC
SmilChr02G003492 Chr02 NC_080388.1:56159546-56159560promoter 内 461-475 bp - 3526 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 56163086-56165043(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GCAGATAAGGTTAAT
SmilChr01G005021 Chr01 NC_080387.1:68197947-68197961promoter 内 242-256 bp + 3745 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 68190795-68194202(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GAAGATAAGGTGGAT
SmilChr01G001517 Chr01 NC_080387.1:29044999-29045013promoter 内 6-20 bp + 3981 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 29048994-29051927(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TCAATCCTTATCCAA
SmilChr01G000042 Chr01 NC_080387.1:679746-679760promoter 内 1323-1337 bp + 2664 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 7 675412-677082(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GAAGATAAGGATTTT
SmilChr01G000047 Chr01 NC_080387.1:745848-745862promoter 内 1484-1498 bp + 2503 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 6 738650-743345(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GAAGATAAGGATTTT
SmilChr01G005143 Chr01 NC_080387.1:69223020-69223034promoter 内 3319-3333 bp - 668 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 4 69223702-69225549(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AAGGATAAGGTGCAG
SmilChr01G000555 Chr01 NC_080387.1:11574476-11574490promoter 内 3204-3218 bp + 783 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 4 11571615-11573693(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AGGGATAAGGTTTTG
SmilChr03G000119 Chr03 NC_080389.1:1297713-1297727promoter 内 2829-2843 bp - 1158 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 4 1298885-1300507(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TTGGATAAGGTACTG
SmilChr02G002858 Chr02 NC_080388.1:48770505-48770519promoter 内 2784-2798 bp - 1203 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 4 48771722-48772641(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TTGGATAAGATTTGG
SmilChr01G003507 Chr01 NC_080387.1:53646518-53646532promoter 内 2904-2918 bp - 1083 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 3 53647615-53653795(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TAGGATAAGATTAGA
SmilChr01G002332 Chr01 NC_080387.1:40468167-40468181promoter 内 1882-1896 bp - 2105 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 3 40470286-40471841(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TAGGATAAGGTATAT
SmilChr03G000023 Chr03 NC_080389.1:357666-357680promoter 内 1766-1780 bp - 2221 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 3 359901-361173(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TGGGATAAGGTTGCG
SmilChr03G001942 Chr03 NC_080389.1:27668910-27668924promoter 内 1477-1491 bp - 2510 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 3 27664212-27666400(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TCTAATCTTATCCTA