转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr08G000478; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00001018-RA_Salv SmilChr08G000478 GATA XP_057781809.1 MP00130 AGATCTAGATCTGAA

可能结合的靶基因

9821 个结合位点 6015 个候选靶基因 第 98 / 121 下载 TSV

上一页 98 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr03G002312 Chr03 NC_080389.1:36379961-36379975promoter 内 3298-3312 bp + 689 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 36378395-36379272(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTCAGATCCCATGGC
SmilChr05G001592 Chr05 NC_080391.1:14622381-14622395promoter 内 3253-3267 bp - 734 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 14623129-14623551(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTCAGATTCAGATAT
SmilChr02G000218 Chr02 NC_080388.1:2845169-2845183promoter 内 3241-3255 bp - 746 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 2845929-2851125(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATTGGATCTAGACCG
SmilChr02G001785 Chr02 NC_080388.1:32628146-32628160promoter 内 3224-3238 bp + 763 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 32628923-32634187(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GGAAGGAGATCTGGC
SmilChr04G002012 Chr04 NC_080390.1:32667122-32667136promoter 内 3221-3235 bp - 766 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 32667902-32669430(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GTTAGATCTAGTCAT
SmilChr01G003388 Chr01 NC_080387.1:52568376-52568390promoter 内 3191-3205 bp + 796 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 52562027-52567580(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTCAGATCCAAGGTG
SmilChr02G001608 Chr02 NC_080388.1:29947367-29947381promoter 内 3131-3145 bp + 856 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 29944973-29946511(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATGAGATCTAATTTG
SmilChr03G002238 Chr03 NC_080389.1:35256437-35256451promoter 内 3105-3119 bp - 882 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 35254596-35255555(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GATCGCAGATCTGCG
SmilChr01G002264 Chr01 NC_080387.1:39439254-39439268promoter 内 3091-3105 bp - 896 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 39437281-39438358(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TATCTTAGATCTGAT
SmilChr02G000099 Chr02 NC_080388.1:1278849-1278863promoter 内 3032-3046 bp + 955 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 1279818-1284135(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AGTTCTAGATCGGCT
SmilChr02G000121 Chr02 NC_080388.1:1636427-1636441promoter 内 3010-3024 bp - 977 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 1631201-1635450(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AGTTCTAGATCGGCT
SmilChr02G005289 Chr02 NC_080388.1:73898496-73898510promoter 内 2979-2993 bp - 1008 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 73895707-73897488(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GAAATTAGATCTTGT
SmilChr04G002130 Chr04 NC_080390.1:34265379-34265393promoter 内 2930-2944 bp + 1057 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 34266450-34267918(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GCATTTAAATCTGAA
SmilChr03G004624 Chr03 NC_080389.1:63914491-63914505promoter 内 2877-2891 bp + 1110 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 63910298-63913381(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATCAGATCGAAATTT
SmilChr03G001317 Chr03 NC_080389.1:15452009-15452023promoter 内 2794-2808 bp - 1193 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 15449509-15450816(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GGCTCTAGATCCGTC
SmilChr05G000125 Chr05 NC_080391.1:1012243-1012257promoter 内 2751-2765 bp - 1236 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 1005997-1011007(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTGGTTAGATCTGAT
SmilChr01G001075 Chr01 NC_080387.1:22162552-22162566promoter 内 2609-2623 bp - 1378 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 22163944-22168094(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTCAGATTCAGATAT
SmilChr04G003459 Chr04 NC_080390.1:51066556-51066570promoter 内 2605-2619 bp + 1382 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 51063886-51065174(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CACAGATCTAAGCCA
SmilChr04G001731 Chr04 NC_080390.1:28553684-28553698promoter 内 2525-2539 bp + 1462 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 28555160-28558097(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CAAGGTGGATCTGAA
SmilChr01G005510 Chr01 NC_080387.1:71949226-71949240promoter 内 2519-2533 bp + 1468 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 71950708-71954175(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATTTGTGGATCTGAC
SmilChr05G000073 Chr05 NC_080391.1:368744-368758promoter 内 2518-2532 bp + 1469 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 366259-367275(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AGCAGATCTCAACTC
SmilChr03G002001 Chr03 NC_080389.1:29773668-29773682promoter 内 2431-2445 bp + 1556 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 29770411-29772112(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GCTAGATCTAGCCTT
SmilChr01G004647 Chr01 NC_080387.1:64551124-64551138promoter 内 2430-2444 bp + 1557 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 64548769-64549567(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTCAGATCCCCAGCT
SmilChr01G005172 Chr01 NC_080387.1:69473088-69473102promoter 内 2343-2357 bp + 1644 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 69474746-69476712(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GAATCTAGATCGAGA
SmilChr01G004319 Chr01 NC_080387.1:61365718-61365732promoter 内 2293-2307 bp - 1694 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 61367426-61371693(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTCAGATCTCCTTTT
SmilChr04G001641 Chr04 NC_080390.1:27334129-27334143promoter 内 2238-2252 bp - 1749 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 27325996-27332380(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AACGACAGATCTGAC
SmilChr05G000248 Chr05 NC_080391.1:1900143-1900157promoter 内 2091-2105 bp + 1896 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 1894098-1898247(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CCAAGATCTAGGTAC
SmilChr02G004680 Chr02 NC_080388.1:69139581-69139595promoter 内 1977-1991 bp - 2010 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 69135143-69137571(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GATGCTAGATCTTGG
SmilChr01G005270 Chr01 NC_080387.1:70130013-70130027promoter 内 1951-1965 bp + 2036 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 70132063-70133235(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GTAAAGAGATCTGGG
SmilChr04G002171 Chr04 NC_080390.1:35065724-35065738promoter 内 1900-1914 bp + 2087 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 35059452-35063637(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TCCAGATCTCGGCTT
SmilChr04G001632 Chr04 NC_080390.1:27081228-27081242promoter 内 1861-1875 bp - 2126 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 27083368-27086311(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AACGGATCTAGTTCA
SmilChr02G001566 Chr02 NC_080388.1:29047081-29047095promoter 内 1715-1729 bp - 2272 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 29033101-29044809(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GAAGCTAGATCCAAT
SmilChr01G000009 Chr01 NC_080387.1:192381-192395promoter 内 1622-1636 bp + 2365 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 194760-197696(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GACTCTAGATCGGCG
SmilChr01G005330 Chr01 NC_080387.1:70503183-70503197promoter 内 1579-1593 bp + 2408 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 70505605-70506920(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TATTTTAGATCTCAT
SmilChr02G001095 Chr02 NC_080388.1:19745396-19745410promoter 内 1544-1558 bp + 2443 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 19747853-19752356(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GCCATGGGATCTGAG
SmilChr02G004044 Chr02 NC_080388.1:62753508-62753522promoter 内 1511-1525 bp - 2476 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 62747666-62751032(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATGTGTAGATCTCGG
SmilChr04G001825 Chr04 NC_080390.1:29792421-29792435promoter 内 1504-1518 bp + 2483 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 29794918-29797030(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AATTATAGATCTAAT
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SmilChr02G004683 Chr02 NC_080388.1:69139581-69139595promoter 内 1421-1435 bp - 2566 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 69142161-69146624(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CCAAGATCTAGCATC
SmilChr02G001406 Chr02 NC_080388.1:26655670-26655684promoter 内 1407-1421 bp - 2580 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 26650290-26653090(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AATTGTAGATCTAAA
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SmilChr02G005605 Chr02 NC_080388.1:75745521-75745535promoter 内 1146-1160 bp - 2841 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 75748376-75752116(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTCAGATCCATGATC
SmilChr01G001074 Chr01 NC_080387.1:22162552-22162566promoter 内 1092-1106 bp - 2895 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 22157957-22159657(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATATCTGAATCTGAA
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SmilChr03G003168 Chr03 NC_080389.1:49030319-49030333promoter 内 1001-1015 bp - 2986 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 49033319-49033917(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CCAAGATCTACATGT