转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr03G002335; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00025053-RA_Salv SmilChr03G002335 bZIP XP_057801256.1 MP00647 TCACGTGG

可能结合的靶基因

9953 个结合位点 7133 个候选靶基因 第 1 / 143 下载 TSV

1 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr06G001076 Chr06 NC_080392.1:10661687-10661694promoter 内 3395-3402 bp + 599 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 6 10659329-10661088(-) SMil_00025053-RA_Salv MP00647 CCACGTGA
SmilChr01G003771 Chr01 NC_080387.1:56079571-56079578promoter 内 3823-3830 bp - 171 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 5 56076342-56079400(-) SMil_00025053-RA_Salv MP00647 TCACGTGG
SmilChr01G005972 Chr01 NC_080387.1:75399532-75399539promoter 内 3278-3285 bp + 716 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 5 75397096-75398816(-) SMil_00025053-RA_Salv MP00647 CCACGTGA
SmilChr01G003772 Chr01 NC_080387.1:56079571-56079578promoter 内 556-563 bp - 3438 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 5 56083016-56085836(+) SMil_00025053-RA_Salv MP00647 CCACGTGA
SmilChr01G003590 Chr01 NC_080387.1:54442747-54442754promoter 内 467-474 bp + 3527 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 5 54437545-54439220(-) SMil_00025053-RA_Salv MP00647 CCACGTGA
SmilChr01G003593 Chr01 NC_080387.1:54471265-54471272promoter 内 447-454 bp + 3547 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 5 54466042-54467718(-) SMil_00025053-RA_Salv MP00647 CCACGTGA
SmilChr06G003088 Chr06 NC_080392.1:43736102-43736109promoter 内 3461-3468 bp + 533 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 4 43736642-43738595(+) SMil_00025053-RA_Salv MP00647 TCACGTGG
SmilChr05G003394 Chr05 NC_080391.1:44974545-44974552promoter 内 3204-3211 bp + 790 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 4 44975342-44977063(+) SMil_00025053-RA_Salv MP00647 TCACGTGG
SmilChr03G004698 Chr03 NC_080389.1:64305451-64305458promoter 内 3188-3195 bp - 806 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 4 64306264-64307003(+) SMil_00025053-RA_Salv MP00647 CCACGTGA
SmilChr07G000054 Chr07 NC_080393.1:240299-240306promoter 内 2816-2823 bp - 1178 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 4 236810-239121(-) SMil_00025053-RA_Salv MP00647 TCACGTGG
SmilChr02G000125 Chr02 NC_080388.1:1703745-1703752promoter 内 2460-2467 bp + 1534 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 4 1705286-1708522(+) SMil_00025053-RA_Salv MP00647 TCACGTGG
SmilChr04G002107 Chr04 NC_080390.1:34015886-34015893promoter 内 2346-2353 bp - 1648 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 4 34013504-34014238(-) SMil_00025053-RA_Salv MP00647 TCACGTGG
SmilChr04G002972 Chr04 NC_080390.1:46084823-46084830promoter 内 2145-2152 bp - 1849 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 4 46086679-46089185(+) SMil_00025053-RA_Salv MP00647 CCACGTGA
SmilChr05G004207 Chr05 NC_080391.1:55965437-55965444promoter 内 1373-1380 bp - 2621 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 4 55961538-55962816(-) SMil_00025053-RA_Salv MP00647 TCACGTGG
SmilChr01G001117 Chr01 NC_080387.1:22810372-22810379promoter 内 282-289 bp + 3712 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 4 22804136-22806660(-) SMil_00025053-RA_Salv MP00647 CCACGTGA
SmilChr01G002088 Chr01 NC_080387.1:36862226-36862233promoter 内 3992-3999 bp + 2 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 3 36861484-36862224(-) SMil_00025053-RA_Salv MP00647 CCACGTGA
SmilChr01G002598 Chr01 NC_080387.1:44154439-44154446promoter 内 3919-3926 bp + 75 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 3 44146211-44154364(-) SMil_00025053-RA_Salv MP00647 CCACGTGA
SmilChr01G005876 Chr01 NC_080387.1:74708430-74708437promoter 内 3916-3923 bp - 78 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 3 74707107-74708352(-) SMil_00025053-RA_Salv MP00647 TCACGTGG
SmilChr02G001128 Chr02 NC_080388.1:20411080-20411087promoter 内 3896-3903 bp - 98 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 3 20411185-20412039(+) SMil_00025053-RA_Salv MP00647 CCACGTGA
SmilChr05G001061 Chr05 NC_080391.1:8770455-8770462promoter 内 3896-3903 bp - 98 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 3 8770560-8774801(+) SMil_00025053-RA_Salv MP00647 CCACGTGA
SmilChr01G005288 Chr01 NC_080387.1:70222578-70222585promoter 内 3880-3887 bp - 114 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 3 70222699-70224075(+) SMil_00025053-RA_Salv MP00647 CCACGTGA
SmilChr04G000873 Chr04 NC_080390.1:11040686-11040693promoter 内 3854-3861 bp - 140 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 3 11040833-11041393(+) SMil_00025053-RA_Salv MP00647 CCACGTGA
SmilChr02G001017 Chr02 NC_080388.1:17940437-17940444promoter 内 3842-3849 bp + 152 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 3 17939512-17940285(-) SMil_00025053-RA_Salv MP00647 CCACGTGA
SmilChr03G001777 Chr03 NC_080389.1:24228370-24228377promoter 内 3823-3830 bp - 171 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 3 24220761-24228199(-) SMil_00025053-RA_Salv MP00647 TCACGTGG
SmilChr07G000055 Chr07 NC_080393.1:240299-240306promoter 内 3743-3750 bp - 251 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 3 240557-241082(+) SMil_00025053-RA_Salv MP00647 CCACGTGA
SmilChr03G003887 Chr03 NC_080389.1:57954160-57954167promoter 内 3710-3717 bp + 284 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 3 57952358-57953876(-) SMil_00025053-RA_Salv MP00647 CCACGTGA
SmilChr03G002597 Chr03 NC_080389.1:41272502-41272509promoter 内 3698-3705 bp - 296 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 3 41262782-41272206(-) SMil_00025053-RA_Salv MP00647 TCACGTGG
SmilChr02G005022 Chr02 NC_080388.1:71980279-71980286promoter 内 3610-3617 bp + 384 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 3 71978069-71979895(-) SMil_00025053-RA_Salv MP00647 CCACGTGA
SmilChr05G000074 Chr05 NC_080391.1:375705-375712promoter 内 3521-3528 bp - 473 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 3 374250-375232(-) SMil_00025053-RA_Salv MP00647 TCACGTGG
SmilChr03G002049 Chr03 NC_080389.1:31023109-31023116promoter 内 3466-3473 bp + 528 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 3 31023644-31030584(+) SMil_00025053-RA_Salv MP00647 TCACGTGG
SmilChr01G000930 Chr01 NC_080387.1:19681747-19681754promoter 内 3404-3411 bp + 590 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 3 19677595-19681157(-) SMil_00025053-RA_Salv MP00647 CCACGTGA
SmilChr02G001031 Chr02 NC_080388.1:18239388-18239395promoter 内 3387-3394 bp - 607 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 3 18236777-18238781(-) SMil_00025053-RA_Salv MP00647 TCACGTGG
SmilChr05G001866 Chr05 NC_080391.1:18772382-18772389promoter 内 3343-3350 bp + 651 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 3 18773040-18774223(+) SMil_00025053-RA_Salv MP00647 TCACGTGG
SmilChr07G001376 Chr07 NC_080393.1:10691267-10691274promoter 内 3319-3326 bp + 675 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 3 10678577-10690592(-) SMil_00025053-RA_Salv MP00647 CCACGTGA
SmilChr04G001776 Chr04 NC_080390.1:29195662-29195669promoter 内 3269-3276 bp - 725 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 3 29193652-29194937(-) SMil_00025053-RA_Salv MP00647 TCACGTGG
SmilChr04G004045 Chr04 NC_080390.1:55671006-55671013promoter 内 3238-3245 bp + 756 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 3 55671769-55674743(+) SMil_00025053-RA_Salv MP00647 TCACGTGG
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