转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr07G000836; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00008579-RA_Salv SmilChr07G000836 MYB_related XP_057772437.1 MP00568 TATGGATAAGGTTAT

可能结合的靶基因

9696 个结合位点 6611 个候选靶基因 第 1 / 133 下载 TSV

1 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G004131 Chr02 NC_080388.1:63567634-63567648promoter 内 3709-3723 bp - 278 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.4/ 100 2 63564095-63567356(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 AGTGGATAAGGTTTG
SmilChr01G005465 Chr01 NC_080387.1:71655238-71655252promoter 内 2818-2832 bp + 1169 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.4/ 100 2 71651753-71654069(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 CAAACCTTATCCTCA
SmilChr02G004132 Chr02 NC_080388.1:63567634-63567648promoter 内 2103-2117 bp - 1884 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.4/ 100 2 63569532-63571536(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 CAAACCTTATCCACT
SmilChr02G000249 Chr02 NC_080388.1:3219494-3219508promoter 内 1338-1352 bp + 2649 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.2/ 100 1 3211379-3216845(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 CCAACCTTATCCAAA
SmilChr01G005349 Chr01 NC_080387.1:70742104-70742118promoter 内 1756-1770 bp - 2231 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.0/ 100 3 70744349-70746037(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 CCAACCTTATCCATT
SmilChr01G005198 Chr01 NC_080387.1:69669708-69669722promoter 内 965-979 bp + 3022 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.0/ 100 3 69666107-69666686(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 AAAACCTTATCCACT
SmilChr01G005041 Chr01 NC_080387.1:68344100-68344114promoter 内 2941-2955 bp - 1046 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.9/ 100 2 68340382-68343054(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 TGTGGATAAGGTAAG
SmilChr02G000148 Chr02 NC_080388.1:1979180-1979194promoter 内 2741-2755 bp + 1246 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.9/ 100 2 1980440-1981591(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 TGAGGATAAGGTTTT
SmilChr02G005535 Chr02 NC_080388.1:75400744-75400758promoter 内 2020-2034 bp - 1967 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.9/ 100 2 75395535-75398777(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 AGAGGATAAGGTTGT
SmilChr03G001320 Chr03 NC_080389.1:15458715-15458729promoter 内 1682-1696 bp - 2305 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.8/ 100 4 15461034-15462749(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 CCATCCTTATCCACA
SmilChr03G001317 Chr03 NC_080389.1:15450962-15450976promoter 内 3841-3855 bp - 146 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.8/ 100 3 15449509-15450816(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 TGTGGATAAGGATGG
SmilChr02G003139 Chr02 NC_080388.1:52388322-52388336promoter 内 510-524 bp - 3477 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.8/ 100 3 52391813-52392259(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 CCTACCTTATCCACA
SmilChr02G000656 Chr02 NC_080388.1:9970113-9970127promoter 内 3175-3189 bp - 812 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.8/ 100 2 9968660-9969301(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 TGTGGATAAGGATGG
SmilChr01G002384 Chr01 NC_080387.1:41064993-41065007promoter 内 1440-1454 bp + 2547 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.8/ 100 1 41067554-41070519(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 TGTGGATAAGGTAGG
SmilChr03G001204 Chr03 NC_080389.1:13874865-13874879promoter 内 476-490 bp + 3511 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.8/ 100 1 13878390-13879761(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 TGTGGATAAGGATGG
SmilChr01G004098 Chr01 NC_080387.1:59439866-59439880promoter 内 3859-3873 bp - 128 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.7/ 100 2 59440008-59447385(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 CAAACCTTATCCTAA
SmilChr02G005134 Chr02 NC_080388.1:72788050-72788064promoter 内 2884-2898 bp + 1103 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.7/ 100 1 72781753-72786947(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 AAAACCTTATCCTCT
SmilChr02G002188 Chr02 NC_080388.1:39079006-39079020promoter 内 2743-2757 bp + 1244 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.7/ 100 1 39076725-39077762(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 TTAACCTTATCCATA
SmilChr02G002187 Chr02 NC_080388.1:39079006-39079020promoter 内 1502-1516 bp + 2485 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.7/ 100 1 39074556-39076521(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 TTAACCTTATCCATA
SmilChr02G005135 Chr02 NC_080388.1:72788050-72788064promoter 内 466-480 bp + 3521 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.7/ 100 1 72791585-72794428(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 AGAGGATAAGGTTTT
SmilChr01G003244 Chr01 NC_080387.1:51174005-51174019promoter 内 3930-3944 bp - 57 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.6/ 100 1 51174076-51176713(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 CCCACCTTATCCACA
SmilChr01G003871 Chr01 NC_080387.1:56955320-56955334promoter 内 1382-1396 bp + 2605 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.6/ 100 1 56957939-56961038(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 ATTGGATAAGGTTAT
SmilChr03G001371 Chr03 NC_080389.1:16109093-16109107promoter 内 2716-2730 bp + 1271 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.5/ 100 3 16096314-16107822(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 ACAACCTTATCCTTA
SmilChr01G004887 Chr01 NC_080387.1:66930138-66930152promoter 内 1241-1255 bp - 2746 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.5/ 100 1 66932898-66933727(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 GCAACCTTATCCACT
SmilChr03G001057 Chr03 NC_080389.1:12279846-12279860promoter 内 421-435 bp + 3566 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.5/ 100 1 12283426-12284432(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 TGAGGATAAGGATGG
SmilChr01G003038 Chr01 NC_080387.1:49376381-49376395promoter 内 3932-3946 bp + 55 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 2 49376450-49380940(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 ATTGGATAAGGTTGA
SmilChr01G003037 Chr01 NC_080387.1:49376381-49376395promoter 内 3907-3921 bp + 80 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 2 49375882-49376301(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 TCAACCTTATCCAAT
SmilChr01G005292 Chr01 NC_080387.1:70247866-70247880promoter 内 17-31 bp + 3970 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 2 70251850-70252761(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 ACTGGATAAGGTTGG
SmilChr02G005586 Chr02 NC_080388.1:75669199-75669213promoter 内 2269-2283 bp + 1718 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 1 75664446-75667481(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 CAAACCTTATCCAGA
SmilChr01G000777 Chr01 NC_080387.1:16888737-16888751promoter 内 3952-3966 bp - 35 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.3/ 100 2 16887178-16888702(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 TGTGGATAAGGATAA
SmilChr01G002903 Chr01 NC_080387.1:47728041-47728055promoter 内 3894-3908 bp - 93 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.3/ 100 2 47728148-47730258(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 TTATCCTTATCCACA
SmilChr01G000320 Chr01 NC_080387.1:6289887-6289901promoter 内 862-876 bp - 3125 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.3/ 100 2 6293026-6293592(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 TTATCCTTATCCACA
SmilChr01G000321 Chr01 NC_080387.1:6294970-6294984promoter 内 861-875 bp - 3126 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.3/ 100 2 6298110-6298676(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 TTATCCTTATCCACA
SmilChr01G001308 Chr01 NC_080387.1:26033214-26033228promoter 内 3624-3638 bp + 363 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.3/ 100 1 26033591-26035663(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 TGTGGATAAGATTTG
SmilChr02G004345 Chr02 NC_080388.1:65733051-65733065promoter 内 1879-1893 bp - 2108 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.3/ 100 1 65735173-65737350(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 TTATCCTTATCCACA
SmilChr02G004344 Chr02 NC_080388.1:65733051-65733065promoter 内 1807-1821 bp - 2180 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.3/ 100 1 65730087-65730871(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 TGTGGATAAGGATAA
SmilChr02G003236 Chr02 NC_080388.1:53633803-53633817promoter 内 1480-1494 bp + 2507 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.3/ 100 1 53636324-53638451(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 AATGGATAAGGTTTT
SmilChr02G000059 Chr02 NC_080388.1:757166-757180promoter 内 3093-3107 bp + 894 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.2/ 100 1 755774-756272(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 TCAACCTTATCCTTT
SmilChr02G004250 Chr02 NC_080388.1:64694038-64694052promoter 内 3838-3852 bp + 149 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 2 64694201-64695370(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 TATGGATAAGGATAG
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SmilChr02G002339 Chr02 NC_080388.1:41101280-41101294promoter 内 726-740 bp + 3261 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 2 41092098-41098019(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 CAAATCTTATCCACT
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SmilChr01G005353 Chr01 NC_080387.1:70766223-70766237promoter 内 2370-2384 bp + 1617 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.0/ 100 4 70763380-70764606(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 ACAACCTTATCCAGT
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SmilChr01G004268 Chr01 NC_080387.1:60920078-60920092promoter 内 1767-1781 bp - 2220 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.0/ 100 3 60922312-60923221(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 AAATCCTTATCCACA
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