转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G000040; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00000579-RA_Salv SmilChr04G000040 ERF XP_057808382.1 MP00312 AATTGTCGGTGGAGT

可能结合的靶基因

8490 个结合位点 7006 个候选靶基因 第 104 / 141 下载 TSV

上一页 104 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr06G001778 Chr06 NC_080392.1:20815872-20815886promoter 内 2681-2695 bp - 1306 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 20817192-20823550(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CAATCACCGACGAGC
SmilChr01G004108 Chr01 NC_080387.1:59591204-59591218promoter 内 2676-2690 bp + 1311 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 59592529-59599790(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 TTCCGTCGGTGTCCG
SmilChr06G003279 Chr06 NC_080392.1:45353587-45353601promoter 内 2666-2680 bp - 1321 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 45354922-45355671(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 GTTGCACCGACATAC
SmilChr02G004766 Chr02 NC_080388.1:69836692-69836706promoter 内 2652-2666 bp + 1335 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 69838041-69843112(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 GGGCGGCGGTGGACG
SmilChr08G000655 Chr08 NC_080394.1:4876529-4876543promoter 内 2652-2666 bp - 1335 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 4877878-4878804(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CCAGCACCGACTGCC
SmilChr06G001345 Chr06 NC_080392.1:14025928-14025942promoter 内 2626-2640 bp + 1361 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 14018489-14024567(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CGGACACCGACGGAA
SmilChr06G003148 Chr06 NC_080392.1:44506136-44506150promoter 内 2593-2607 bp - 1394 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 44502839-44504742(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 AATCGTCGGTGCTAA
SmilChr08G004812 Chr08 NC_080394.1:57419160-57419174promoter 内 2579-2593 bp + 1408 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 57420582-57424093(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CAGTGTCGGTTCGGT
SmilChr01G004222 Chr01 NC_080387.1:60584970-60584984promoter 内 2570-2584 bp + 1417 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 60582237-60583553(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 ATTCCACCGACTCAC
SmilChr07G003767 Chr07 NC_080393.1:46066077-46066091promoter 内 2495-2509 bp - 1492 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 46067583-46070950(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CGGACACCGACGGAA
SmilChr01G005945 Chr01 NC_080387.1:75193730-75193744promoter 内 2467-2481 bp + 1520 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 75190777-75192210(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CGTCCACCGCCGCCC
SmilChr05G002277 Chr05 NC_080391.1:24492764-24492778promoter 内 2447-2461 bp + 1540 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 24490441-24491224(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CAGCCACCGACCCCT
SmilChr02G005601 Chr02 NC_080388.1:75721002-75721016promoter 内 2440-2454 bp - 1547 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 75717850-75719455(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 GGCCGTCGGTGTTGA
SmilChr05G001865 Chr05 NC_080391.1:18723997-18724011promoter 内 2437-2451 bp - 1550 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 18721151-18722447(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 TTCCGTCGGTGTCCG
SmilChr07G001387 Chr07 NC_080393.1:10763566-10763580promoter 内 2400-2414 bp + 1587 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 10765167-10767301(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 TGTCGGCGGTGGAGA
SmilChr01G004269 Chr01 NC_080387.1:60938943-60938957promoter 内 2398-2412 bp - 1589 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 60940546-60943600(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 GATCCACCGCCACAA
SmilChr02G005224 Chr02 NC_080388.1:73452408-73452422promoter 内 2379-2393 bp + 1608 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 73454030-73459418(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 TGCTGACGGTGGATG
SmilChr07G003333 Chr07 NC_080393.1:35672267-35672281promoter 内 2378-2392 bp + 1609 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 35668856-35670658(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 TGTTCACCGACGGTT
SmilChr08G001373 Chr08 NC_080394.1:10949899-10949913promoter 内 2358-2372 bp - 1629 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 10946882-10948270(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CTTAGTCGGTGGTAC
SmilChr04G002422 Chr04 NC_080390.1:38859597-38859611promoter 内 2329-2343 bp - 1658 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 38861269-38866050(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 TCGCAGCCGACAAAA
SmilChr06G001904 Chr06 NC_080392.1:22869971-22869985promoter 内 2322-2336 bp + 1665 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 22866646-22868306(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 GCTCCACCGCCATGG
SmilChr03G001915 Chr03 NC_080389.1:26800733-26800747promoter 内 2284-2298 bp + 1703 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 26802450-26806550(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CCTTGTCGGCAGTTG
SmilChr02G000882 Chr02 NC_080388.1:15216557-15216571promoter 内 2222-2236 bp - 1765 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 15213888-15214792(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CTCCGTCGGTGTCTT
SmilChr07G001128 Chr07 NC_080393.1:8453477-8453491promoter 内 2181-2195 bp + 1806 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 8449424-8451671(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 AAAGCACCGACGAAT
SmilChr06G000056 Chr06 NC_080392.1:445294-445308promoter 内 2124-2138 bp + 1863 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 447171-452585(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 TGGTGTCGGTCATGT
SmilChr04G003089 Chr04 NC_080390.1:47514100-47514114promoter 内 2118-2132 bp - 1869 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 47515983-47517462(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 ACCTTACCGACAACT
SmilChr02G003242 Chr02 NC_080388.1:53697797-53697811promoter 内 2096-2110 bp + 1891 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 53699702-53702986(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 AGGTGTCGGTTAAGC
SmilChr05G000976 Chr05 NC_080391.1:7885916-7885930promoter 内 2068-2082 bp - 1919 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 7887849-7891086(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 ACCGAACCGACACTG
SmilChr01G003706 Chr01 NC_080387.1:55415834-55415848promoter 内 1984-1998 bp - 2003 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 55417851-55420324(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 TATGCACCGACGATT
SmilChr02G005191 Chr02 NC_080388.1:73197347-73197361promoter 内 1932-1946 bp - 2055 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 73199416-73201412(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 ATCCTACCGACATCG
SmilChr04G001695 Chr04 NC_080390.1:27999478-27999492promoter 内 1929-1943 bp - 2058 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 28001550-28003153(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CGGACACCGACGGAA
SmilChr01G000258 Chr01 NC_080387.1:4961251-4961265promoter 内 1904-1918 bp + 2083 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 4955894-4959168(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CGTCCACCGTCGCTG
SmilChr01G006067 Chr01 NC_080387.1:76075216-76075230promoter 内 1863-1877 bp - 2124 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 76077354-76078168(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 ATGCTACCGACAGGT
SmilChr01G004626 Chr01 NC_080387.1:64318449-64318463promoter 内 1774-1788 bp - 2213 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 64304875-64316236(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 TGAAGTCGGTGGGGC
SmilChr02G004531 Chr02 NC_080388.1:67887425-67887439promoter 内 1768-1782 bp + 2219 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 67880377-67885206(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CACCCACCGACTGTT
SmilChr04G002082 Chr04 NC_080390.1:33588468-33588482promoter 内 1767-1781 bp - 2220 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 33583233-33586248(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 TGCCGGCGGTGGAGT
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SmilChr01G004107 Chr01 NC_080387.1:59591204-59591218promoter 内 1580-1594 bp + 2407 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 59584356-59588797(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CGGACACCGACGGAA