转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G000943; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00008897-RA_Salv SmilChr01G000943 MIKC_MADS XP_057790035.1 MP00508 CTTTCCTTTTTTGGAAAGT

可能结合的靶基因

7481 个结合位点 5979 个候选靶基因 第 13 / 120 下载 TSV

上一页 13 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr08G003737 Chr08 NC_080394.1:42244997-42245015promoter 内 3448-3466 bp + 535 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 42240920-42244462(-) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 TATTTCCAAATAAGGAAAG
SmilChr08G004238 Chr08 NC_080394.1:51842683-51842701promoter 内 3426-3444 bp - 557 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 51843258-51851330(+) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 TATTACCAAAAAAGGAAAC
SmilChr02G004990 Chr02 NC_080388.1:71775382-71775400promoter 内 3379-3397 bp - 604 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 71767723-71774778(-) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 GTTTCCTTTTTTGGTAATA
SmilChr06G000161 Chr06 NC_080392.1:1126612-1126630promoter 内 3321-3339 bp - 662 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 1127292-1131974(+) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 TATTACCAAAAAAGGAAAC
SmilChr03G000760 Chr03 NC_080389.1:8687947-8687965promoter 内 3140-3158 bp - 843 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 8688808-8713050(+) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 CTTTACCAAAAAAGGAAAG
SmilChr02G004303 Chr02 NC_080388.1:65418829-65418847promoter 内 3133-3151 bp + 850 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 65419697-65421066(+) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 GTTTCCTTTTTTGGTAATA
SmilChr01G003620 Chr01 NC_080387.1:54751209-54751227promoter 内 3040-3058 bp - 943 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 54752170-54757040(+) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 CTTTACCAAAAAAGGAAAG
SmilChr08G001127 Chr08 NC_080394.1:8777550-8777568promoter 内 2889-2907 bp - 1094 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 8773230-8776456(-) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 CTTTCCTTTTTTGGTAAAG
SmilChr02G000506 Chr02 NC_080388.1:6967833-6967851promoter 内 2801-2819 bp + 1182 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 6958277-6966651(-) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 TTTTTCCCAAAAAGGAAAT
SmilChr07G000914 Chr07 NC_080393.1:6530686-6530704promoter 内 2737-2755 bp - 1246 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 6524960-6529440(-) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 CTTTCTACTTTTGGAAACT
SmilChr02G002220 Chr02 NC_080388.1:39473200-39473218promoter 内 2594-2612 bp + 1389 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 39474607-39477573(+) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 GTTTCCTTTTTTGGTAATA
SmilChr01G002597 Chr01 NC_080387.1:44147395-44147413promoter 内 2199-2217 bp + 1784 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 44145540-44145611(-) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 CTTTACCAAAAAAGGAAAG
SmilChr01G005985 Chr01 NC_080387.1:75486299-75486317promoter 内 1952-1970 bp - 2031 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 75482810-75484268(-) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 GTTTCCTTTTTTGGTAATA
SmilChr07G003332 Chr07 NC_080393.1:35558522-35558540promoter 内 1777-1795 bp - 2206 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 35560746-35562706(+) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 GGTTTCTAAAAAAGGAAAG
SmilChr08G004512 Chr08 NC_080394.1:54755011-54755029promoter 内 1641-1659 bp + 2342 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 54751428-54752669(-) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 TATTACCAAAAAAGGAAAC
SmilChr08G004197 Chr08 NC_080394.1:51365652-51365670promoter 内 1544-1562 bp - 2439 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 51368109-51370035(+) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 TATTACCAAAAAAGGAAAC
SmilChr02G004992 Chr02 NC_080388.1:71775382-71775400promoter 内 1296-1314 bp - 2687 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 71778087-71779277(+) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 TATTACCAAAAAAGGAAAC
SmilChr01G000938 Chr01 NC_080387.1:19862142-19862160promoter 内 1193-1211 bp + 2790 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 19852879-19859352(-) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 GGTTTCTAAAAAAGGAAAG
SmilChr08G001317 Chr08 NC_080394.1:10530422-10530440promoter 内 1144-1162 bp + 2839 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 10533279-10535234(+) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 CTTTCCTTTTTTGGTAAAG
SmilChr03G000345 Chr03 NC_080389.1:3893972-3893990promoter 内 1134-1152 bp + 2849 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 3896839-3897761(+) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 GTTTCCTTTTTTGGTAATA
SmilChr03G003991 Chr03 NC_080389.1:58949911-58949929promoter 内 946-964 bp - 3037 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 58952966-58956547(+) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 TATTACCAAAAAAGGAAAC
SmilChr02G001912 Chr02 NC_080388.1:34424390-34424408promoter 内 903-921 bp + 3080 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 34419529-34421310(-) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 ACTTTCCCAAAAAAGAAAA
SmilChr04G000770 Chr04 NC_080390.1:9467922-9467940promoter 内 610-628 bp + 3373 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 9463934-9464549(-) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 TATTACCAAAAAAGGAAAC
SmilChr02G002782 Chr02 NC_080388.1:47904446-47904464promoter 内 579-597 bp + 3404 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 47907868-47908780(+) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 GTTTCCTTTTTTGGTAATA
SmilChr01G005984 Chr01 NC_080387.1:75486299-75486317promoter 内 326-344 bp - 3657 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 75481605-75482642(-) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 GTTTCCTTTTTTGGTAATA
SmilChr06G003221 Chr06 NC_080392.1:44966030-44966048promoter 内 301-319 bp - 3682 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 44969730-44973776(+) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 TATTACCAAAAAAGGAAAC
SmilChr06G003126 Chr06 NC_080392.1:44114703-44114721promoter 内 211-229 bp - 3772 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 44118493-44123070(+) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 TATTACCAAAAAAGGAAAC
SmilChr04G002629 Chr04 NC_080390.1:41701215-41701233promoter 内 157-175 bp + 3826 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 41695722-41697389(-) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 TATTACCAAAAAAGGAAAC
SmilChr02G000236 Chr02 NC_080388.1:3018071-3018089promoter 内 3176-3194 bp - 807 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 3 3016743-3017264(-) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 ATTTCCCTTTTTGGCAAGT
SmilChr03G001034 Chr03 NC_080389.1:12046558-12046576promoter 内 3066-3084 bp - 917 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 3 12040241-12045641(-) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 ATTTCCCTTTTTGGCAAGT
SmilChr07G003525 Chr07 NC_080393.1:40398272-40398290promoter 内 2761-2779 bp + 1222 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 3 40399512-40400821(+) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 ATTTCCCTTTTTGGCAAGT
SmilChr01G000857 Chr01 NC_080387.1:18475433-18475451promoter 内 2505-2523 bp + 1478 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 3 18476929-18480272(+) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 ATTTCCCTTTTTGGCAAGT
SmilChr01G004994 Chr01 NC_080387.1:67983975-67983993promoter 内 2479-2497 bp - 1504 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 3 67978779-67982471(-) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 ATTTCCCTTTTTGGCAAGT
SmilChr04G002117 Chr04 NC_080390.1:34164744-34164762promoter 内 2409-2427 bp + 1574 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 3 34161536-34163170(-) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 ATTTACCAAAAAAGGAAAT
SmilChr04G002118 Chr04 NC_080390.1:34164744-34164762promoter 内 2340-2358 bp + 1643 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 3 34166405-34170446(+) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 ATTTCCTTTTTTGGTAAAT
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