转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。

预计算阈值必须与当前索引一致。非法、未支持或需四舍五入的输入会报错;页面与下载均不会自动切换阈值。

257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G004136; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00000866-RA_Salv SmilChr04G004136 MYB XP_057806072.1 MP00627 TTACCTACCG

可能结合的靶基因

9835 个结合位点 8075 个候选靶基因 第 134 / 162 下载 TSV

上一页 134 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr08G000429 Chr08 NC_080394.1:3077408-3077417promoter 内 3925-3934 bp + 67 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 3077484-3083077(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 CAACCTACCA
SmilChr01G002189 Chr01 NC_080387.1:38041146-38041155promoter 内 3836-3845 bp - 156 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 38039935-38040990(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 CAACCTACCA
SmilChr04G001637 Chr04 NC_080390.1:27175154-27175163promoter 内 3836-3845 bp - 156 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 27174147-27174998(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 CAACCTACCA
SmilChr04G002293 Chr04 NC_080390.1:37214657-37214666promoter 内 3836-3845 bp - 156 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 37213446-37214501(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 CAACCTACCA
SmilChr07G004006 Chr07 NC_080393.1:51115260-51115269promoter 内 3836-3845 bp - 156 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 51114430-51115104(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 CAACCTACCA
SmilChr07G004641 Chr07 NC_080393.1:59271088-59271097promoter 内 3820-3829 bp + 172 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 59269918-59270916(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 TGGTAGGTTG
SmilChr02G000555 Chr02 NC_080388.1:7816456-7816465promoter 内 3818-3827 bp + 174 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 7816639-7818312(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 CAACCTACCA
SmilChr04G002016 Chr04 NC_080390.1:32680207-32680216promoter 内 3796-3805 bp - 196 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 32677657-32680011(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 CAACCTACCA
SmilChr06G000413 Chr06 NC_080392.1:3398660-3398669promoter 内 3740-3749 bp - 252 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 3392981-3398408(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 CAACCTACCA
SmilChr02G004539 Chr02 NC_080388.1:67964239-67964248promoter 内 3735-3744 bp - 257 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 67964505-67965669(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 TGGTAGGTTC
SmilChr03G001281 Chr03 NC_080389.1:14989415-14989424promoter 内 3718-3727 bp + 274 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 14986288-14989141(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 TGGTAGGTTG
SmilChr03G000203 Chr03 NC_080389.1:2298011-2298020promoter 内 3673-3682 bp - 319 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 2298339-2302432(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 TGGTAGGTTG
SmilChr07G000448 Chr07 NC_080393.1:3162914-3162923promoter 内 3668-3677 bp - 324 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 3159616-3162590(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 CAACCTACCA
SmilChr06G001154 Chr06 NC_080392.1:11681930-11681939promoter 内 3664-3673 bp + 328 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 11682267-11683487(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 GAACCTACCA
SmilChr06G001157 Chr06 NC_080392.1:11751313-11751322promoter 内 3661-3670 bp + 331 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 11751653-11752870(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 GAACCTACCA
SmilChr02G002364 Chr02 NC_080388.1:41419650-41419659promoter 内 3601-3610 bp + 391 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 41417183-41419259(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 TGGTAGGTTG
SmilChr05G000671 Chr05 NC_080391.1:5119575-5119584promoter 内 3451-3460 bp - 541 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 5112679-5119034(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 CAACCTACCA
SmilChr01G004540 Chr01 NC_080387.1:63545983-63545992promoter 内 3447-3456 bp + 545 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 63546537-63551510(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 CAACCTACCA
SmilChr06G000775 Chr06 NC_080392.1:7267122-7267131promoter 内 3447-3456 bp + 545 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 7267676-7268628(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 CAACCTACCA
SmilChr02G001812 Chr02 NC_080388.1:32937755-32937764promoter 内 3427-3436 bp + 565 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 32933555-32937190(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 TGGTAGGTTC
SmilChr04G000679 Chr04 NC_080390.1:7825394-7825403promoter 内 3367-3376 bp + 625 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 7826028-7828699(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 CAACCTACCA
SmilChr03G000202 Chr03 NC_080389.1:2298011-2298020promoter 内 3352-3361 bp - 640 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 2296226-2297371(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 CAACCTACCA
SmilChr06G002559 Chr06 NC_080392.1:36764147-36764156promoter 内 3319-3328 bp + 673 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 36761610-36763474(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 TGGTAGGTTG
SmilChr07G000449 Chr07 NC_080393.1:3170383-3170392promoter 内 3309-3318 bp - 683 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 3164387-3169700(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 CAACCTACCA
SmilChr03G001648 Chr03 NC_080389.1:21417425-21417434promoter 内 3252-3261 bp + 740 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 21413235-21416685(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 TGGTAGGTTG
SmilChr07G002312 Chr07 NC_080393.1:21404061-21404070promoter 内 3242-3251 bp - 750 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 21404820-21407277(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 TGGTAGGTTC
SmilChr03G003941 Chr03 NC_080389.1:58478409-58478418promoter 内 3180-3189 bp + 812 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 58479230-58479915(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 CAACCTACCA
SmilChr01G001829 Chr01 NC_080387.1:33232105-33232114promoter 内 3176-3185 bp + 816 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 33227865-33231289(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 TGGTAGGTTC
SmilChr06G001713 Chr06 NC_080392.1:19725136-19725145promoter 内 3171-3180 bp - 821 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 19722674-19724315(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 CAACCTACCA
SmilChr04G001484 Chr04 NC_080390.1:24270310-24270319promoter 内 3134-3143 bp + 858 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 24271177-24288406(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 CAACCTACCA
SmilChr06G003201 Chr06 NC_080392.1:44863709-44863718promoter 内 3121-3130 bp + 871 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 44857057-44862838(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 TGGTAGGTTG
SmilChr01G002468 Chr01 NC_080387.1:42400960-42400969promoter 内 3120-3129 bp + 872 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 42401841-42404048(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 CAACCTACCA
SmilChr02G004675 Chr02 NC_080388.1:69104907-69104916promoter 内 3042-3051 bp - 950 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 69103412-69103957(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 CAACCTACCA
SmilChr02G002574 Chr02 NC_080388.1:44736401-44736410promoter 内 3002-3011 bp - 990 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 44734887-44735411(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 CAACCTACCA
SmilChr07G001612 Chr07 NC_080393.1:13526738-13526747promoter 内 2972-2981 bp + 1020 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 13527767-13534259(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 CAACCTACCA
SmilChr01G004920 Chr01 NC_080387.1:67283596-67283605promoter 内 2970-2979 bp - 1022 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 67284627-67289060(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 TGGTAGGTTG
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