转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr02G000949; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00003681-RA_Salv SmilChr02G000949 bZIP XP_057795176.1 MP00318 TGCCACGTCAGCATT

可能结合的靶基因

9413 个结合位点 6849 个候选靶基因 第 2 / 137 下载 TSV

上一页 2 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr05G001676 Chr05 NC_080391.1:15884734-15884748promoter 内 3981-3995 bp - 6 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.0/ 100 1 15881913-15884728(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGCCACGTCGGCATT
SmilChr05G001677 Chr05 NC_080391.1:15884734-15884748promoter 内 3895-3909 bp - 92 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.0/ 100 1 15884840-15886910(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 AATGCCGACGTGGCA
SmilChr01G001487 Chr01 NC_080387.1:28658824-28658838promoter 内 3351-3365 bp - 636 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.0/ 100 1 28653686-28658188(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGCCACGTCAGCAAA
SmilChr03G000356 Chr03 NC_080389.1:3997095-3997109promoter 内 61-75 bp - 3926 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.0/ 100 1 3992108-3993169(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGCCACGTCGGCATT
SmilChr02G004647 Chr02 NC_080388.1:68912446-68912460promoter 内 3661-3675 bp - 326 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.9/ 100 3 68906280-68912120(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGCCACGTCACCTTC
SmilChr03G002352 Chr03 NC_080389.1:37158412-37158426promoter 内 3445-3459 bp + 542 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.9/ 100 1 37158968-37164609(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGCCACGTCACCATT
SmilChr05G002759 Chr05 NC_080391.1:31937656-31937670promoter 内 2875-2889 bp - 1112 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.9/ 100 1 31938782-31944492(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GCTGGTGACGTGGCA
SmilChr06G001525 Chr06 NC_080392.1:16440619-16440633promoter 内 365-379 bp + 3622 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.9/ 100 1 16435999-16436997(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GTGGCTGACGTGGCA
SmilChr04G003532 Chr04 NC_080390.1:51671992-51672006promoter 内 38-52 bp - 3949 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.9/ 100 1 51667972-51668043(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGCCACGTCAGCCAC
SmilChr02G001773 Chr02 NC_080388.1:32491912-32491926promoter 内 397-411 bp + 3590 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.8/ 100 4 32484108-32488322(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 AAAGCTGACGTGGCA
SmilChr01G001646 Chr01 NC_080387.1:30523864-30523878promoter 内 3777-3791 bp + 210 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.8/ 100 2 30524088-30530209(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGCCACGTCAGCTTT
SmilChr03G002709 Chr03 NC_080389.1:43048188-43048202promoter 内 3746-3760 bp - 241 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.8/ 100 2 43048443-43049618(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGTGCCGACGTGGCA
SmilChr07G002048 Chr07 NC_080393.1:18602962-18602976promoter 内 3610-3624 bp + 377 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.8/ 100 2 18601491-18602585(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGTGCCGACGTGGCA
SmilChr04G001834 Chr04 NC_080390.1:29892678-29892692promoter 内 3288-3302 bp - 699 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.8/ 100 2 29890969-29891979(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGCCACGTCAGCTTT
SmilChr07G001214 Chr07 NC_080393.1:9280879-9280893promoter 内 2696-2710 bp - 1291 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.8/ 100 2 9273841-9279588(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGCCACGTCGGCAAT
SmilChr08G003407 Chr08 NC_080394.1:35995916-35995930promoter 内 1053-1067 bp - 2934 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.8/ 100 2 35990870-35992982(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGCCACGTCAGCTTT
SmilChr03G004193 Chr03 NC_080389.1:60600505-60600519promoter 内 3904-3918 bp - 83 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.8/ 100 1 60600602-60602509(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 ATTGCCGACGTGGCA
SmilChr05G001839 Chr05 NC_080391.1:18417933-18417947promoter 内 3639-3653 bp - 348 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.8/ 100 1 18418295-18419363(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 AAAGCTGACGTGGCA
SmilChr04G003993 Chr04 NC_080390.1:55322200-55322214promoter 内 3633-3647 bp - 354 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.8/ 100 1 55322568-55324194(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 AAAGCTGACGTGGCA
SmilChr03G003460 Chr03 NC_080389.1:52978414-52978428promoter 内 3304-3318 bp + 683 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.8/ 100 1 52979111-52984837(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGCCACGTCAGCAGT
SmilChr07G002419 Chr07 NC_080393.1:22533643-22533657promoter 内 3293-3307 bp - 694 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.8/ 100 1 22534351-22538300(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 AAAGCTGACGTGGCA
SmilChr07G002418 Chr07 NC_080393.1:22533643-22533657promoter 内 3198-3212 bp - 789 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.8/ 100 1 22529445-22532854(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGCCACGTCAGCTTT
SmilChr08G002947 Chr08 NC_080394.1:29477471-29477485promoter 内 3166-3180 bp - 821 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.8/ 100 1 29475026-29476650(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGCCACGTCAGCTTT
SmilChr08G004200 Chr08 NC_080394.1:51380395-51380409promoter 内 3162-3176 bp - 825 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.8/ 100 1 51376938-51379570(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGCCACGTCAGCAGT
SmilChr05G000929 Chr05 NC_080391.1:7447090-7447104promoter 内 2599-2613 bp + 1388 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.8/ 100 1 7448492-7450287(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGCCACGTCAGCTTT
SmilChr02G002493 Chr02 NC_080388.1:43372431-43372445promoter 内 2495-2509 bp + 1492 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.8/ 100 1 43367254-43370939(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 AAAGCTGACGTGGCA
SmilChr02G003957 Chr02 NC_080388.1:61746153-61746167promoter 内 2491-2505 bp + 1496 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.8/ 100 1 61739925-61744657(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 AAAGCTGACGTGGCA
SmilChr08G002133 Chr08 NC_080394.1:19228757-19228771promoter 内 2472-2486 bp + 1515 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.8/ 100 1 19230286-19232979(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGCCACGTCAGCTTT
SmilChr02G001799 Chr02 NC_080388.1:32842587-32842601promoter 内 2354-2368 bp - 1633 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.8/ 100 1 32839932-32840954(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGCCACGTCAGCTTT
SmilChr02G005025 Chr02 NC_080388.1:71999211-71999225promoter 内 1753-1767 bp - 2234 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.8/ 100 1 72001459-72001530(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 AAAGCTGACGTGGCA
SmilChr01G000262 Chr01 NC_080387.1:5086011-5086025promoter 内 1546-1560 bp - 2441 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.8/ 100 1 5059298-5083570(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGCCACGTCAGCTCT
SmilChr01G000150 Chr01 NC_080387.1:2564477-2564491promoter 内 1294-1308 bp - 2693 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.8/ 100 1 2559918-2561784(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGCCACGTCAGCTTT
SmilChr03G002404 Chr03 NC_080389.1:38131531-38131545promoter 内 885-899 bp - 3102 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.8/ 100 1 38126882-38128429(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGCCACGTCAGCTCT
SmilChr02G005026 Chr02 NC_080388.1:71999211-71999225promoter 内 652-666 bp - 3335 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.8/ 100 1 72002560-72007132(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 AAAGCTGACGTGGCA
SmilChr05G002695 Chr05 NC_080391.1:30785365-30785379promoter 内 341-355 bp - 3646 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.8/ 100 1 30789025-30790187(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 ACTGCTGACGTGGCA
SmilChr07G002420 Chr07 NC_080393.1:22533643-22533657promoter 内 73-87 bp - 3914 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.8/ 100 1 22537571-22538300(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 AAAGCTGACGTGGCA
SmilChr07G003422 Chr07 NC_080393.1:37389762-37389776promoter 内 2980-2994 bp + 1007 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.7/ 100 1 37388165-37388755(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GAGGGTGACGTGGCA
SmilChr08G000881 Chr08 NC_080394.1:6520093-6520107promoter 内 528-542 bp + 3459 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.7/ 100 1 6515571-6516634(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GATGCCCACGTGGCA
SmilChr05G001740 Chr05 NC_080391.1:16824153-16824167promoter 内 3923-3937 bp - 64 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.6/ 100 3 16815950-16824089(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 CGCCACGTCACCATC
SmilChr04G003551 Chr04 NC_080390.1:51866826-51866840promoter 内 3906-3920 bp + 81 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.6/ 100 3 51863397-51866745(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 ATAGCTGACGTGGCA
SmilChr06G000614 Chr06 NC_080392.1:5303411-5303425promoter 内 3039-3053 bp + 948 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.6/ 100 3 5304373-5307830(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGCCACGTCAGCCCT
SmilChr07G000910 Chr07 NC_080393.1:6506378-6506392promoter 内 2263-2277 bp - 1724 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.6/ 100 3 6501582-6504654(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGCCACGTCATCATC
SmilChr06G002165 Chr06 NC_080392.1:29786717-29786731promoter 内 2255-2269 bp - 1732 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.6/ 100 3 29788463-29789267(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 ATAGCTGACGTGGCA
SmilChr07G003278 Chr07 NC_080393.1:34519316-34519330promoter 内 2002-2016 bp + 1985 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.6/ 100 3 34521315-34523091(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGCCACGTCAGCCCT
SmilChr03G000778 Chr03 NC_080389.1:8862074-8862088promoter 内 1489-1503 bp + 2498 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.6/ 100 3 8857216-8859576(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 AGGGCTGACGTGGCA
SmilChr05G000307 Chr05 NC_080391.1:2329608-2329622promoter 内 642-656 bp + 3345 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.6/ 100 3 2325271-2326263(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GATGATGACGTGGCA
SmilChr01G005552 Chr01 NC_080387.1:72353512-72353526promoter 内 3775-3789 bp - 212 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.6/ 100 2 72353738-72354907(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 AGGGCTGACGTGGCA
SmilChr08G004008 Chr08 NC_080394.1:48449345-48449359promoter 内 3441-3455 bp - 546 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.6/ 100 2 48449905-48453101(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 AGGGCTGACGTGGCA
SmilChr04G000375 Chr04 NC_080390.1:3784212-3784226promoter 内 2605-2619 bp + 1382 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.6/ 100 2 3785608-3786108(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGCCACGTCAGCCCT
SmilChr08G002546 Chr08 NC_080394.1:24744302-24744316promoter 内 2578-2592 bp + 1409 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.6/ 100 2 24741658-24742893(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 AGGGCTGACGTGGCA