转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G003367; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00001784-RA_Salv SmilChr04G003367 MYB XP_057804957.1 MP00191 ATTAACCTTATCCTC

可能结合的靶基因

9690 个结合位点 6736 个候选靶基因 第 2 / 135 下载 TSV

上一页 2 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G005041 Chr01 NC_080387.1:68344099-68344113promoter 内 2942-2956 bp + 1045 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 3 68340382-68343054(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GTGGATAAGGTAAGA
SmilChr02G001148 Chr02 NC_080388.1:20883851-20883865promoter 内 1295-1309 bp - 2692 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 3 20878858-20881159(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CCCTTCCTTATCCAC
SmilChr01G003871 Chr01 NC_080387.1:56955321-56955335promoter 内 1383-1397 bp - 2604 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 2 56957939-56961038(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TTGGATAAGGTTATT
SmilChr01G004676 Chr01 NC_080387.1:64861583-64861597promoter 内 10-24 bp + 3977 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 2 64853565-64857606(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GTGGATAAGAATAAG
SmilChr03G001964 Chr03 NC_080389.1:28152675-28152689promoter 内 3971-3985 bp + 16 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 1 28148309-28152659(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TTGGATAAGGTTTTG
SmilChr02G003087 Chr02 NC_080388.1:51760719-51760733promoter 内 3205-3219 bp + 782 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 1 51758673-51759937(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GAGGATAAGATTAAT
SmilChr02G002188 Chr02 NC_080388.1:39079007-39079021promoter 内 2742-2756 bp - 1245 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 1 39076725-39077762(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TTTAACCTTATCCAT
SmilChr01G004843 Chr01 NC_080387.1:66572524-66572538promoter 内 1911-1925 bp + 2076 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 1 66562443-66570448(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GAGGATAAGGTAATA
SmilChr03G002763 Chr03 NC_080389.1:43936449-43936463promoter 内 1825-1839 bp - 2162 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 1 43938625-43942850(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 ATGGATAAGGATATG
SmilChr01G002215 Chr01 NC_080387.1:38482411-38482425promoter 内 1696-1710 bp - 2291 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 1 38484716-38489024(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GTGGATAAGGTGAAT
SmilChr01G002231 Chr01 NC_080387.1:38791860-38791874promoter 内 1690-1704 bp - 2297 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 1 38794171-38798479(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GTGGATAAGGTGAAT
SmilChr02G002187 Chr02 NC_080388.1:39079007-39079021promoter 内 1501-1515 bp - 2486 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 1 39074556-39076521(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TTTAACCTTATCCAT
SmilChr03G002581 Chr03 NC_080389.1:41077123-41077137promoter 内 1419-1433 bp + 2568 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 1 41073099-41074555(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AAGGATAAGGTTTTG
SmilChr02G003608 Chr02 NC_080388.1:57322386-57322400promoter 内 1203-1217 bp - 2784 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 1 57314820-57319602(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CTCCTCCTTATCCAC
SmilChr03G002166 Chr03 NC_080389.1:33703209-33703223promoter 内 2753-2767 bp + 1234 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.6/ 100 4 33695972-33701975(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GAGGATAAGGATTTT
SmilChr01G003037 Chr01 NC_080387.1:49376382-49376396promoter 内 3906-3920 bp - 81 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.6/ 100 3 49375882-49376301(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TTCAACCTTATCCAA
SmilChr02G000591 Chr02 NC_080388.1:8463828-8463842promoter 内 1974-1988 bp - 2013 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.6/ 100 3 8465855-8466898(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GTGGATAAGGTGAAA
SmilChr01G003038 Chr01 NC_080387.1:49376382-49376396promoter 内 3933-3947 bp - 54 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.6/ 100 2 49376450-49380940(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TTGGATAAGGTTGAA
SmilChr02G004367 Chr02 NC_080388.1:65961751-65961765promoter 内 1221-1235 bp - 2766 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.6/ 100 2 65964531-65967999(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GAGGATAAGGATTTT
SmilChr01G003846 Chr01 NC_080387.1:56780021-56780035promoter 内 818-832 bp - 3169 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.6/ 100 2 56773403-56776852(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CTGAACCTTATCCAA
SmilChr01G002576 Chr01 NC_080387.1:43906723-43906737promoter 内 110-124 bp + 3877 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.6/ 100 2 43910614-43915558(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AAAATCCTTATCCTC
SmilChr01G001440 Chr01 NC_080387.1:28073732-28073746promoter 内 3536-3550 bp + 451 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.6/ 100 1 28074197-28079798(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 ACCAACCTTATCCAA
SmilChr02G000059 Chr02 NC_080388.1:757167-757181promoter 内 3092-3106 bp - 895 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.6/ 100 1 755774-756272(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TTCAACCTTATCCTT
SmilChr01G005390 Chr01 NC_080387.1:71183699-71183713promoter 内 2139-2153 bp - 1848 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.6/ 100 1 71185561-71189268(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TTGGATAAGGATGTG
SmilChr02G003236 Chr02 NC_080388.1:53633804-53633818promoter 内 1481-1495 bp - 2506 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.6/ 100 1 53636324-53638451(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 ATGGATAAGGTTTTG
SmilChr01G003820 Chr01 NC_080387.1:56543006-56543020promoter 内 387-401 bp + 3600 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.6/ 100 1 56546620-56550205(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CTGAACCTTATCCAA
SmilChr01G002837 Chr01 NC_080387.1:46964166-46964180promoter 内 48-62 bp - 3939 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.6/ 100 1 46958115-46960227(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CCAAACCTTATCTAC
SmilChr02G003491 Chr02 NC_080388.1:56153801-56153815promoter 内 938-952 bp - 3049 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.5/ 100 5 56156864-56158660(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GAGGATAAGATTAAC
SmilChr02G005296 Chr02 NC_080388.1:73928728-73928742promoter 内 1087-1101 bp - 2900 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.5/ 100 4 73931642-73942575(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GAGGATAAGATTAAA
SmilChr03G002858 Chr03 NC_080389.1:45183261-45183275promoter 内 180-194 bp + 3807 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.5/ 100 3 45176518-45179454(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GTGGATAAGGAGGGG
SmilChr01G002745 Chr01 NC_080387.1:45777364-45777378promoter 内 3851-3865 bp - 136 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.5/ 100 2 45769517-45777228(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CATATTCTTATCCTC
SmilChr02G004378 Chr02 NC_080388.1:66131475-66131489promoter 内 3804-3818 bp + 183 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.5/ 100 2 66131672-66136901(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AACAACCTTATCCTT
SmilChr01G002069 Chr01 NC_080387.1:36563023-36563037promoter 内 3283-3297 bp - 704 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.5/ 100 2 36559137-36562319(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TAAATCCTTATCCTC
SmilChr01G006180 Chr01 NC_080387.1:77340510-77340524promoter 内 1648-1662 bp - 2339 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.5/ 100 2 77334811-77338171(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CCAAATCTTATCCTC
SmilChr01G006182 Chr01 NC_080387.1:77340510-77340524promoter 内 947-961 bp - 3040 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.5/ 100 2 77343564-77346499(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GAGGATAAGATTTGG
SmilChr02G005020 Chr02 NC_080388.1:71964778-71964792promoter 内 2289-2303 bp - 1698 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.5/ 100 1 71966490-71968279(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GAGGATAAGATTAAA
SmilChr01G002384 Chr01 NC_080387.1:41064994-41065008promoter 内 1441-1455 bp - 2546 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.5/ 100 1 41067554-41070519(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GTGGATAAGGTAGGA
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SmilChr02G003139 Chr02 NC_080388.1:52388321-52388335promoter 内 509-523 bp + 3478 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.5/ 100 1 52391813-52392259(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TCCTACCTTATCCAC
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