转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr05G000741; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00002054-RA_Salv SmilChr05G000741 ARF XP_057764423.1 MP00021 TTGTCGGAAA

可能结合的靶基因

9812 个结合位点 7629 个候选靶基因 第 36 / 153 下载 TSV

上一页 36 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G005226 Chr02 NC_080388.1:73470027-73470036promoter 内 1754-1763 bp - 2238 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 73465722-73467789(-) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 TTGTCGGGAG
SmilChr04G001559 Chr04 NC_080390.1:25878024-25878033promoter 内 1724-1733 bp + 2268 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 25871137-25875756(-) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 TCCCCGACAA
SmilChr03G004675 Chr03 NC_080389.1:64189134-64189143promoter 内 1711-1720 bp + 2281 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 64191424-64206349(+) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 TTGTCGGGAG
SmilChr02G000791 Chr02 NC_080388.1:13053344-13053353promoter 内 1699-1708 bp + 2293 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 13046149-13051051(-) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 GCGCCGACAA
SmilChr03G003194 Chr03 NC_080389.1:49415640-49415649promoter 内 1699-1708 bp + 2293 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 49417942-49442263(+) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 TTGTCGGGGA
SmilChr03G000522 Chr03 NC_080389.1:5608675-5608684promoter 内 1686-1695 bp - 2306 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 5610990-5611799(+) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 TCCCCGACAA
SmilChr04G003715 Chr04 NC_080390.1:53450370-53450379promoter 内 1656-1665 bp + 2336 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 53438018-53448034(-) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 TCCCCGACAA
SmilChr02G004050 Chr02 NC_080388.1:62837622-62837631promoter 内 1623-1632 bp + 2369 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 62833526-62835253(-) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 TCCCCGACAA
SmilChr04G001694 Chr04 NC_080390.1:27994784-27994793promoter 内 1611-1620 bp - 2381 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 27991460-27992403(-) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 TTGTCGGCGC
SmilChr02G005344 Chr02 NC_080388.1:74266060-74266069promoter 内 1591-1600 bp + 2401 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 74257641-74263659(-) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 CTCCCGACAA
SmilChr03G003027 Chr03 NC_080389.1:47193751-47193760promoter 内 1488-1497 bp + 2504 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 47196264-47197202(+) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 TTGTCGGGAG
SmilChr04G001632 Chr04 NC_080390.1:27080853-27080862promoter 内 1486-1495 bp + 2506 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 27083368-27086311(+) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 TTGTCGGGGA
SmilChr04G003987 Chr04 NC_080390.1:55293465-55293474promoter 内 1429-1438 bp - 2563 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 55296037-55297756(+) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 GCGCCGACAA
SmilChr05G000289 Chr05 NC_080391.1:2217161-2217170promoter 内 1402-1411 bp + 2590 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 2219760-2223757(+) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 TTGTCGGGAG
SmilChr02G002567 Chr02 NC_080388.1:44665798-44665807promoter 内 1233-1242 bp + 2759 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 44668566-44675433(+) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 TTGTCGGGAG
SmilChr01G000346 Chr01 NC_080387.1:7056965-7056974promoter 内 1202-1211 bp - 2790 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 7059764-7061098(+) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 CTCCCGACAA
SmilChr01G004371 Chr01 NC_080387.1:61926171-61926180promoter 内 1152-1161 bp + 2840 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 61922627-61923331(-) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 GCGCCGACAA
SmilChr04G004066 Chr04 NC_080390.1:55785986-55785995promoter 内 1130-1139 bp + 2862 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 55779818-55783124(-) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 TCCCCGACAA
SmilChr05G000928 Chr05 NC_080391.1:7417682-7417691promoter 内 1126-1135 bp - 2866 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 7420557-7422392(+) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 CTCCCGACAA
SmilChr01G002731 Chr01 NC_080387.1:45661325-45661334promoter 内 1124-1133 bp + 2868 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 45664202-45666868(+) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 TTGTCGGGGA
SmilChr04G003289 Chr04 NC_080390.1:49577004-49577013promoter 内 1107-1116 bp + 2885 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 49571951-49574119(-) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 GCGCCGACAA
SmilChr02G001862 Chr02 NC_080388.1:33856871-33856880promoter 内 1019-1028 bp + 2973 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 33859853-33861067(+) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 TTGTCGGGAG
SmilChr01G000612 Chr01 NC_080387.1:13518894-13518903promoter 内 987-996 bp - 3005 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 13514420-13515889(-) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 TTGTCGGGGA
SmilChr02G004103 Chr02 NC_080388.1:63345321-63345330promoter 内 961-970 bp - 3031 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 63340346-63342290(-) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 TTGTCGGCGC
SmilChr04G001052 Chr04 NC_080390.1:14986882-14986891promoter 内 937-946 bp + 3055 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 14989946-14990935(+) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 TTGTCGGGAG
SmilChr04G004068 Chr04 NC_080390.1:55785986-55785995promoter 内 922-931 bp + 3070 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 55789065-55793398(+) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 TTGTCGGGGA
SmilChr01G000275 Chr01 NC_080387.1:5458538-5458547promoter 内 865-874 bp - 3127 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 5461674-5465796(+) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 TCCCCGACAA
SmilChr01G001130 Chr01 NC_080387.1:22982663-22982672promoter 内 789-798 bp - 3203 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 22978984-22979460(-) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 TTGTCGGGAG
SmilChr02G002236 Chr02 NC_080388.1:39693851-39693860promoter 内 772-781 bp + 3220 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 39697080-39698597(+) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 TTGTCGGGGA
SmilChr03G002251 Chr03 NC_080389.1:35451497-35451506promoter 内 743-752 bp + 3249 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 35445037-35448248(-) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 CTCCCGACAA
SmilChr01G000708 Chr01 NC_080387.1:15846264-15846273promoter 内 735-744 bp + 3257 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 15849530-15850611(+) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 TTGTCGGGGA
SmilChr01G004863 Chr01 NC_080387.1:66762319-66762328promoter 内 687-696 bp - 3305 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 66765633-66772172(+) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 GCGCCGACAA
SmilChr03G002076 Chr03 NC_080389.1:31749581-31749590promoter 内 669-678 bp - 3323 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 31733993-31746258(-) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 TTGTCGGCGC
SmilChr03G002568 Chr03 NC_080389.1:40875321-40875330promoter 内 660-669 bp - 3332 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 40871282-40871989(-) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 TTGTCGGGGA
SmilChr02G000797 Chr02 NC_080388.1:13204851-13204860promoter 内 611-620 bp + 3381 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 13200323-13201470(-) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 CTCCCGACAA
SmilChr05G002303 Chr05 NC_080391.1:24900937-24900946promoter 内 517-526 bp + 3475 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 24895899-24897462(-) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 GCGCCGACAA
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SmilChr03G003894 Chr03 NC_080389.1:58043350-58043359promoter 内 464-473 bp + 3528 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 58046887-58050554(+) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 TTGTCGGGAG
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SmilChr04G003162 Chr04 NC_080390.1:48258143-48258152promoter 内 455-464 bp + 3537 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 48250081-48254606(-) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 CTCCCGACAA
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SmilChr02G002809 Chr02 NC_080388.1:48149780-48149789promoter 内 440-449 bp - 3552 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 48141161-48146228(-) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 TTGTCGGGGA
SmilChr02G004971 Chr02 NC_080388.1:71606143-71606152promoter 内 424-433 bp + 3568 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 71598285-71602575(-) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 TCCCCGACAA
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SmilChr01G000729 Chr01 NC_080387.1:16221890-16221899promoter 内 414-423 bp - 3578 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 16225477-16227754(+) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 TCCCCGACAA
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SmilChr05G002549 Chr05 NC_080391.1:28544515-28544524promoter 内 374-383 bp - 3618 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 28525213-28540897(-) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 TTGTCGGGAG
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SmilChr04G003051 Chr04 NC_080390.1:47060499-47060508promoter 内 316-325 bp - 3676 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 47064184-47068941(+) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 CTCCCGACAA