转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr05G000260; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00013647-RA_Salv SmilChr05G000260 bZIP XP_057763683.1 MP00040 TGCTGACGTGGC

可能结合的靶基因

9919 个结合位点 6920 个候选靶基因 第 43 / 139 下载 TSV

上一页 43 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G004579 Chr01 NC_080387.1:63845786-63845797promoter 内 3551-3562 bp + 439 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 63843623-63845347(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 ACCACGTCAGTT
SmilChr01G003500 Chr01 NC_080387.1:53600905-53600916promoter 内 3543-3554 bp - 447 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 53596876-53600458(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 CGCTGACGCGGC
SmilChr02G002739 Chr02 NC_080388.1:47321519-47321530promoter 内 3527-3538 bp - 463 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 47321993-47324609(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 TCCACGTCAGAT
SmilChr03G002715 Chr03 NC_080389.1:43110139-43110150promoter 内 3226-3237 bp + 764 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 43110914-43112917(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 ATCTGACGTGGT
SmilChr01G001606 Chr01 NC_080387.1:30218280-30218291promoter 内 3118-3129 bp + 872 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 30216246-30217408(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 TCCACGTCAGTT
SmilChr01G002033 Chr01 NC_080387.1:35943138-35943149promoter 内 3107-3118 bp - 883 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 35944032-35944170(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 TCCACGTCAGAT
SmilChr02G005582 Chr02 NC_080388.1:75642444-75642455promoter 内 3028-3039 bp + 962 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 75643417-75647580(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 TGGCGACGTGGA
SmilChr02G000679 Chr02 NC_080388.1:10633601-10633612promoter 内 3004-3015 bp - 986 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 10634598-10635767(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 CCCACGTCTGGT
SmilChr04G001061 Chr04 NC_080390.1:15182871-15182882promoter 内 2981-2992 bp - 1009 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 15183891-15184523(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 CCCACGTCTGGT
SmilChr01G003670 Chr01 NC_080387.1:55134242-55134253promoter 内 2899-2910 bp + 1091 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 55135344-55138558(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 AACTGACGTGGT
SmilChr05G000400 Chr05 NC_080391.1:3007782-3007793promoter 内 2875-2886 bp + 1115 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 3008908-3013875(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 ATCTGACGTGGA
SmilChr02G004497 Chr02 NC_080388.1:67458169-67458180promoter 内 2684-2695 bp + 1306 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 67459486-67477871(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 TGACGACGTGGG
SmilChr03G000087 Chr03 NC_080389.1:1006188-1006199promoter 内 2676-2687 bp - 1314 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 995964-1004874(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 AACTGACGTGGT
SmilChr02G000140 Chr02 NC_080388.1:1872153-1872164promoter 内 2664-2675 bp - 1326 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 1873490-1874531(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 TCCACGTCGCCA
SmilChr01G000073 Chr01 NC_080387.1:1268035-1268046promoter 内 2649-2660 bp - 1341 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 1269387-1271849(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 GCCGCGTCAGCC
SmilChr01G001535 Chr01 NC_080387.1:29380800-29380811promoter 内 2621-2632 bp + 1369 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 29378010-29379431(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 CCCACGTCTGTC
SmilChr03G004353 Chr03 NC_080389.1:61763493-61763504promoter 内 2563-2574 bp - 1427 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 61764931-61771322(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 GCCGCGTCAGCC
SmilChr01G004580 Chr01 NC_080387.1:63845786-63845797promoter 内 2301-2312 bp + 1689 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 63847486-63849430(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 AACTGACGTGGT
SmilChr01G003828 Chr01 NC_080387.1:56625756-56625767promoter 内 2245-2256 bp + 1745 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 56627512-56628928(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 AACTGACGTGGA
SmilChr03G000498 Chr03 NC_080389.1:5318553-5318564promoter 内 2204-2215 bp + 1786 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 5320350-5320955(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 AGTCGACGTGGC
SmilChr03G000792 Chr03 NC_080389.1:9011113-9011124promoter 内 2204-2215 bp - 1786 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 9008719-9009327(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 AGTCGACGTGGC
SmilChr01G000669 Chr01 NC_080387.1:14827543-14827554promoter 内 2173-2184 bp - 1817 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 14829371-14831561(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 ACCACGTCGCCA
SmilChr01G002289 Chr01 NC_080387.1:39728683-39728694promoter 内 1967-1978 bp - 2023 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 39720915-39726660(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 ATCTGACGTGGA
SmilChr03G000342 Chr03 NC_080389.1:3882373-3882384promoter 内 1962-1973 bp - 2028 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 3872530-3880345(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 AACTGACGTGGT
SmilChr03G000215 Chr03 NC_080389.1:2504148-2504159promoter 内 1960-1971 bp + 2030 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 2506189-2515083(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 AACTGACGTGGT
SmilChr04G002388 Chr04 NC_080390.1:38402877-38402888promoter 内 1857-1868 bp + 2133 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 38405021-38406730(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 TGTCGACGTGGG
SmilChr01G003827 Chr01 NC_080387.1:56604059-56604070promoter 内 1729-1740 bp + 2261 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 56599963-56601798(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 GCCACGTCGTCT
SmilChr02G002716 Chr02 NC_080388.1:47006180-47006191promoter 内 1595-1606 bp - 2395 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 47008586-47011369(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 TCCACGTCAGAT
SmilChr02G005467 Chr02 NC_080388.1:74964128-74964139promoter 内 1568-1579 bp - 2422 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 74959871-74961706(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 GACAGACGTGGG
SmilChr01G002873 Chr01 NC_080387.1:47318128-47318139promoter 内 1487-1498 bp - 2503 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 47320642-47326735(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 CCCACGTCCGCC
SmilChr03G000846 Chr03 NC_080389.1:9649540-9649551promoter 内 1442-1453 bp - 2548 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 9652099-9653931(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 TCCACGTCAGTT
SmilChr02G004602 Chr02 NC_080388.1:68540940-68540951promoter 内 1371-1382 bp - 2619 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 68537309-68538321(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 CGGTGACGTGCC
SmilChr01G002640 Chr01 NC_080387.1:44691793-44691804promoter 内 1304-1315 bp + 2686 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 44679049-44689107(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 GCCACGTCGACT
SmilChr03G003335 Chr03 NC_080389.1:51621329-51621340promoter 内 1210-1221 bp - 2780 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 51614051-51618549(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 AGTCGACGTGGC
SmilChr03G004352 Chr03 NC_080389.1:61763493-61763504promoter 内 1157-1168 bp - 2833 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 61759108-61760660(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 GGCTGACGCGGC
SmilChr03G004556 Chr03 NC_080389.1:63541246-63541257promoter 内 1104-1115 bp + 2886 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 63527341-63538360(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 ACCACGTCTGGG
SmilChr02G001086 Chr02 NC_080388.1:19472769-19472780promoter 内 1101-1112 bp - 2889 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 19467098-19469880(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 ACCAGACGTGGG
SmilChr04G001288 Chr04 NC_080390.1:20556931-20556942promoter 内 1092-1103 bp - 2898 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 20552891-20554033(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 TGGCGACGTGGT
SmilChr01G003954 Chr01 NC_080387.1:57918020-57918031promoter 内 996-1007 bp + 2994 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 57921025-57976435(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 GGCTGACGCGGC
SmilChr02G004670 Chr02 NC_080388.1:69059027-69059038promoter 内 975-986 bp - 3015 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 69053031-69056012(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 AACTGACGTGGA
SmilChr02G001716 Chr02 NC_080388.1:31607861-31607872promoter 内 865-876 bp + 3125 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 31598685-31604736(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 GCCGCGTCAGCG
SmilChr01G002871 Chr01 NC_080387.1:47318128-47318139promoter 内 771-782 bp - 3219 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 47313474-47314909(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 GGCGGACGTGGG
SmilChr03G002919 Chr03 NC_080389.1:45949824-45949835promoter 内 722-733 bp + 3268 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 45940882-45946556(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 GCCGCGTCAGCG
SmilChr04G002386 Chr04 NC_080390.1:38402877-38402888promoter 内 686-697 bp + 3304 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 38396918-38399573(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 CCCACGTCGACA
SmilChr02G000204 Chr02 NC_080388.1:2638539-2638550promoter 内 539-550 bp - 3451 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 2632721-2635088(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 CCCAGACGTGGT
SmilChr03G004222 Chr03 NC_080389.1:60779509-60779520promoter 内 178-189 bp + 3812 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 60783332-60786462(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 CGCTGACGCGGC
SmilChr02G000955 Chr02 NC_080388.1:16591561-16591572promoter 内 169-180 bp + 3821 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 16595393-16597882(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 ACCAGACGTGGG
SmilChr03G003288 Chr03 NC_080389.1:50985792-50985803promoter 内 163-174 bp - 3827 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 50980166-50981965(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 TGGCGACGTGGT
SmilChr01G002794 Chr01 NC_080387.1:46450277-46450288promoter 内 8-19 bp + 3982 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 46443274-46446295(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 TCCACGTCAGAT
SmilChr02G004089 Chr02 NC_080388.1:63171284-63171295promoter 内 2713-2724 bp - 1277 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 3 63165024-63170007(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 GTCTGACGTGTC