转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr05G002277; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00003292-RA_Salv SmilChr05G002277 ERF XP_057809665.1 MP00452 TCTTTGCCGACATCA

可能结合的靶基因

7783 个结合位点 6671 个候选靶基因 第 45 / 134 下载 TSV

上一页 45 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr05G002271 Chr05 NC_080391.1:24421132-24421146promoter 内 1725-1739 bp - 2262 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 24418394-24418870(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 GGCTTGCCGACATTC
SmilChr06G000921 Chr06 NC_080392.1:8749831-8749845promoter 内 1545-1559 bp - 2442 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 8745940-8747389(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TACACGCCGACATGT
SmilChr07G002307 Chr07 NC_080393.1:21340668-21340682promoter 内 1515-1529 bp + 2472 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 21333412-21338196(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CGCTGTCGGCGGGGC
SmilChr02G000045 Chr02 NC_080388.1:616598-616612promoter 内 1444-1458 bp + 2543 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 611725-614055(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 ACATGTCGGCTGCTG
SmilChr08G000416 Chr08 NC_080394.1:2972409-2972423promoter 内 1413-1427 bp - 2574 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 2963632-2969835(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TCTTGGCCGACACCT
SmilChr01G003023 Chr01 NC_080387.1:49283795-49283809promoter 内 1406-1420 bp - 2581 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 49276093-49281214(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TGATTGCCGACACCG
SmilChr01G004060 Chr01 NC_080387.1:59030899-59030913promoter 内 1377-1391 bp - 2610 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 59027906-59028289(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CTTACGCCGACAACG
SmilChr08G002470 Chr08 NC_080394.1:23606365-23606379promoter 内 1286-1300 bp - 2701 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 23609080-23612239(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 AGAGGTCGGCAGCGA
SmilChr02G005170 Chr02 NC_080388.1:73014563-73014577promoter 内 1252-1266 bp - 2735 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 73017312-73021128(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TCATGTCGGTAGTTA
SmilChr05G002063 Chr05 NC_080391.1:21496092-21496106promoter 内 1192-1206 bp - 2795 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 21498901-21501328(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TCATGTCGGTCAGTT
SmilChr01G004841 Chr01 NC_080387.1:66545167-66545181promoter 内 1037-1051 bp - 2950 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 66534842-66542217(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CCGCCGCCGACAATT
SmilChr07G004594 Chr07 NC_080393.1:58729354-58729368promoter 内 1002-1016 bp + 2985 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 58732353-58735726(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TGAGTGCCGACATAG
SmilChr02G001554 Chr02 NC_080388.1:28833274-28833288promoter 内 950-964 bp - 3037 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 28829675-28830237(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 ACAGGGCCGACATTG
SmilChr03G004257 Chr03 NC_080389.1:61055800-61055814promoter 内 923-937 bp + 3064 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 61050749-61052736(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 GCATGTCGGTCAAAT
SmilChr03G002884 Chr03 NC_080389.1:45511733-45511747promoter 内 912-926 bp + 3075 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 45514822-45515380(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 AATCTACCGACATCT
SmilChr01G000935 Chr01 NC_080387.1:19832241-19832255promoter 内 909-923 bp + 3078 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 19827940-19829163(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 AATTGTCGGCGGCGG
SmilChr02G003033 Chr02 NC_080388.1:51030246-51030260promoter 内 892-906 bp - 3095 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 51033355-51037290(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 GTATGTCGGTACCGT
SmilChr03G002541 Chr03 NC_080389.1:40572392-40572406promoter 内 867-881 bp - 3120 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 40575526-40577406(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 AATTGTCGGCGGCGG
SmilChr02G001837 Chr02 NC_080388.1:33476631-33476645promoter 内 837-851 bp + 3150 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 33471214-33473481(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TGACGTCGGCAGACC
SmilChr06G003005 Chr06 NC_080392.1:42925059-42925073promoter 内 523-537 bp + 3464 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 42916904-42921595(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 GTTTGTCGGCGCCGG
SmilChr07G004237 Chr07 NC_080393.1:54762243-54762257promoter 内 509-523 bp + 3478 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 54765735-54770647(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CCTCTGCCGACCTGT
SmilChr04G003227 Chr04 NC_080390.1:49097583-49097597promoter 内 442-456 bp + 3545 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 49092563-49094038(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 AAATGTCGGTGAGTG
SmilChr01G004509 Chr01 NC_080387.1:63175460-63175474promoter 内 419-433 bp + 3568 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 63179042-63182578(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 GCGGCGCCGACACAA
SmilChr01G004234 Chr01 NC_080387.1:60709832-60709846promoter 内 412-426 bp + 3575 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 60704975-60706257(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CTATGTCGGCCTACA
SmilChr02G004505 Chr02 NC_080388.1:67580085-67580099promoter 内 357-371 bp + 3630 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 67583729-67588518(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CTTCGGCCGACACCT
SmilChr02G002631 Chr02 NC_080388.1:45692664-45692678promoter 内 346-360 bp + 3641 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 45686958-45689023(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 GAGTGTCGGCAGAGG
SmilChr06G002247 Chr06 NC_080392.1:31896765-31896779promoter 内 287-301 bp + 3700 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 31887062-31893065(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 AGAGGTCGGCAGCGA
SmilChr06G001490 Chr06 NC_080392.1:15928158-15928172promoter 内 234-248 bp - 3753 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 15922133-15924405(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 ATTCCGCCGACAACA
SmilChr03G004703 Chr03 NC_080389.1:64336072-64336086promoter 内 223-237 bp + 3764 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 64328867-64332308(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 GGATGTCGGCCCTCA
SmilChr07G003720 Chr07 NC_080393.1:45014145-45014159promoter 内 199-213 bp + 3788 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 45017947-45020376(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 GAGATGCCGACATGA
SmilChr07G002570 Chr07 NC_080393.1:24546273-24546287promoter 内 159-173 bp - 3828 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 24540834-24542445(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TATGGGCCGACATAG
SmilChr06G000343 Chr06 NC_080392.1:2575121-2575135promoter 内 150-164 bp + 3837 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 2578972-2584901(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TCGCTGCCGACCTCT
SmilChr03G000910 Chr03 NC_080389.1:10427039-10427053promoter 内 99-113 bp + 3888 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 10430941-10432728(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CGTTCGCCGACAACT
SmilChr03G001245 Chr03 NC_080389.1:14356504-14356518promoter 内 53-67 bp + 3934 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 14350085-14352570(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CCTTGTCGGCCTCGG
SmilChr07G000507 Chr07 NC_080393.1:3568665-3568679promoter 内 3916-3930 bp - 71 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 3 3565904-3568594(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CATCGACCGACATAT
SmilChr06G000259 Chr06 NC_080392.1:1713020-1713034promoter 内 2220-2234 bp + 1767 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 3 1704409-1711253(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 GTTTGTCGGCGGACG
SmilChr08G001444 Chr08 NC_080394.1:11598166-11598180promoter 内 3740-3754 bp - 247 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 2 11587711-11597919(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TTGTCGCCGACACAC
SmilChr02G002831 Chr02 NC_080388.1:48441634-48441648promoter 内 2484-2498 bp - 1503 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 2 48438113-48440131(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CGGTTGCCGACGTAC
SmilChr01G000444 Chr01 NC_080387.1:9021061-9021075promoter 内 1661-1675 bp - 2326 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 2 9018391-9018735(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TTGGTGCCGACATGT
SmilChr05G004328 Chr05 NC_080391.1:56934096-56934110promoter 内 1475-1489 bp + 2512 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 2 56929352-56931584(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 GTACGTCGGCAACCG
SmilChr03G001727 Chr03 NC_080389.1:23223312-23223326promoter 内 1412-1426 bp - 2575 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 2 23217959-23220737(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TCTCCGCCGACAGCG
SmilChr06G000659 Chr06 NC_080392.1:5800218-5800232promoter 内 539-553 bp + 3448 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 2 5803680-5805880(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 AGTGTGCCGACATCT
SmilChr03G001289 Chr03 NC_080389.1:15112697-15112711promoter 内 492-506 bp + 3495 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 2 15116206-15119938(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CCAACACCGACATTC
SmilChr02G003485 Chr02 NC_080388.1:56117234-56117248promoter 内 3918-3932 bp - 69 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 56115171-56117165(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 AATCGACCGACATCT
SmilChr08G004051 Chr08 NC_080394.1:49021673-49021687promoter 内 3906-3920 bp + 81 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 49021768-49023132(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 ACTCTGCCGACGTGT
SmilChr03G002807 Chr03 NC_080389.1:44529789-44529803promoter 内 3894-3908 bp - 93 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 44527081-44529696(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TTGGTGCCGACATGT
SmilChr01G002399 Chr01 NC_080387.1:41331331-41331345promoter 内 3714-3728 bp + 273 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 41331618-41337151(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CATCGACCGACATAT
SmilChr04G000834 Chr04 NC_080390.1:10476516-10476530promoter 内 3588-3602 bp - 399 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 10476929-10478260(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CGAGGTCGGCAGAAA
SmilChr04G000309 Chr04 NC_080390.1:2853603-2853617promoter 内 3518-3532 bp + 469 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 2854086-2855614(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 AGGTTGCCGACACCA
SmilChr07G000169 Chr07 NC_080393.1:1056865-1056879promoter 内 3488-3502 bp + 499 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 1057378-1064170(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CAACAGCCGACATGA