转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr05G000619; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00006374-RA_Salv SmilChr05G000619 WRKY XP_057764205.1 MP00167 AAAAGTCAACG

可能结合的靶基因

9756 个结合位点 6439 个候选靶基因 第 50 / 129 下载 TSV

上一页 50 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G001300 Chr02 NC_080388.1:24132392-24132402promoter 内 2593-2603 bp - 1398 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 24130922-24130994(-) SMil_00006374-RA_Salv MP00167 CATAGTCAACA
SmilChr01G003853 Chr01 NC_080387.1:56807783-56807793promoter 内 2462-2472 bp - 1529 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 56802521-56806254(-) SMil_00006374-RA_Salv MP00167 AATAGTCAACA
SmilChr03G000789 Chr03 NC_080389.1:8999642-8999652promoter 内 2451-2461 bp + 1540 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 8992586-8998102(-) SMil_00006374-RA_Salv MP00167 TGTTGACTATT
SmilChr01G003813 Chr01 NC_080387.1:56515667-56515677promoter 内 2419-2429 bp + 1572 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 56517249-56520956(+) SMil_00006374-RA_Salv MP00167 AATAGTCAACA
SmilChr01G004701 Chr01 NC_080387.1:65125217-65125227promoter 内 2402-2412 bp + 1589 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 65126816-65129837(+) SMil_00006374-RA_Salv MP00167 CATAGTCAACA
SmilChr03G000563 Chr03 NC_080389.1:6115525-6115535promoter 内 2111-2121 bp - 1880 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 6117415-6118876(+) SMil_00006374-RA_Salv MP00167 GGTTGACTTAC
SmilChr03G000725 Chr03 NC_080389.1:8178412-8178422promoter 内 2002-2012 bp - 1989 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 8180411-8183465(+) SMil_00006374-RA_Salv MP00167 TGTTGACTATT
SmilChr01G001276 Chr01 NC_080387.1:25494484-25494494promoter 内 1831-1841 bp - 2160 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 25496654-25497888(+) SMil_00006374-RA_Salv MP00167 TGTTGACTATT
SmilChr02G005569 Chr02 NC_080388.1:75591662-75591672promoter 内 1760-1770 bp - 2231 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 75584703-75589431(-) SMil_00006374-RA_Salv MP00167 CATAGTCAACA
SmilChr01G002264 Chr01 NC_080387.1:39440617-39440627promoter 内 1732-1742 bp + 2259 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 39437281-39438358(-) SMil_00006374-RA_Salv MP00167 TGTTGACTATT
SmilChr02G002255 Chr02 NC_080388.1:39979186-39979196promoter 内 1245-1255 bp - 2746 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 39981942-39983388(+) SMil_00006374-RA_Salv MP00167 GGTTGACTTAC
SmilChr01G002782 Chr01 NC_080387.1:46281492-46281502promoter 内 1236-1246 bp - 2755 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 46272630-46278737(-) SMil_00006374-RA_Salv MP00167 GTAAGTCAACC
SmilChr02G004143 Chr02 NC_080388.1:63766408-63766418promoter 内 1190-1200 bp - 2801 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 63761396-63763607(-) SMil_00006374-RA_Salv MP00167 CATAGTCAACA
SmilChr03G000365 Chr03 NC_080389.1:4087591-4087601promoter 内 1186-1196 bp + 2805 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 4083602-4084786(-) SMil_00006374-RA_Salv MP00167 TGTTGACTATT
SmilChr02G002830 Chr02 NC_080388.1:48397647-48397657promoter 内 1162-1172 bp - 2829 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 48390894-48394818(-) SMil_00006374-RA_Salv MP00167 AATAGTCAACA
SmilChr01G001355 Chr01 NC_080387.1:26816256-26816266promoter 内 929-939 bp + 3062 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 26811190-26813194(-) SMil_00006374-RA_Salv MP00167 GGTTGACTTGC
SmilChr03G000552 Chr03 NC_080389.1:5971650-5971660promoter 内 828-838 bp - 3163 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 5974823-5979533(+) SMil_00006374-RA_Salv MP00167 CGTTGACCCGC
SmilChr03G000421 Chr03 NC_080389.1:4564337-4564347promoter 内 726-736 bp + 3265 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 4567612-4568583(+) SMil_00006374-RA_Salv MP00167 AATAGTCAACA
SmilChr02G002795 Chr02 NC_080388.1:48033938-48033948promoter 内 706-716 bp - 3285 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 48037233-48039898(+) SMil_00006374-RA_Salv MP00167 TGTTGACTATT
SmilChr02G004027 Chr02 NC_080388.1:62549740-62549750promoter 内 672-682 bp - 3319 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 62542073-62546421(-) SMil_00006374-RA_Salv MP00167 GTAAGTCAACC
SmilChr01G003820 Chr01 NC_080387.1:56543248-56543258promoter 内 629-639 bp + 3362 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 56546620-56550205(+) SMil_00006374-RA_Salv MP00167 GTAAGTCAACC
SmilChr01G002241 Chr01 NC_080387.1:38959425-38959435promoter 内 620-630 bp + 3371 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 38953107-38956054(-) SMil_00006374-RA_Salv MP00167 CGTTGACCGAT
SmilChr02G004144 Chr02 NC_080388.1:63766408-63766418promoter 内 593-603 bp - 3398 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 63769816-63769897(+) SMil_00006374-RA_Salv MP00167 TGTTGACTATG
SmilChr01G005361 Chr01 NC_080387.1:70845799-70845809promoter 内 511-521 bp + 3480 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 70840324-70842319(-) SMil_00006374-RA_Salv MP00167 TGTTGACTATG
SmilChr01G001039 Chr01 NC_080387.1:21640877-21640887promoter 内 349-359 bp + 3642 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 21635892-21637235(-) SMil_00006374-RA_Salv MP00167 TGTTGACTATG
SmilChr02G004491 Chr02 NC_080388.1:67411446-67411456promoter 内 336-346 bp + 3655 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 67405402-67407791(-) SMil_00006374-RA_Salv MP00167 GGTTGACTTGC
SmilChr01G002265 Chr01 NC_080387.1:39440617-39440627promoter 内 330-340 bp + 3661 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 39444288-39446912(+) SMil_00006374-RA_Salv MP00167 AATAGTCAACA
SmilChr02G005322 Chr02 NC_080388.1:74105150-74105160promoter 内 94-104 bp - 3897 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 74109057-74110040(+) SMil_00006374-RA_Salv MP00167 TGTTGACTATT
SmilChr01G003736 Chr01 NC_080387.1:55667866-55667876promoter 内 34-44 bp + 3957 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 55671833-55675978(+) SMil_00006374-RA_Salv MP00167 GTAAGTCAACC
SmilChr03G000979 Chr03 NC_080389.1:11070284-11070294promoter 内 1620-1630 bp - 2371 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 5 11072665-11074347(+) SMil_00006374-RA_Salv MP00167 CATTGACTTTC
SmilChr01G000661 Chr01 NC_080387.1:14738521-14738531promoter 内 1875-1885 bp - 2116 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 3 14734474-14736405(-) SMil_00006374-RA_Salv MP00167 TAAAGTCAAAG
SmilChr02G003367 Chr02 NC_080388.1:54797887-54797897promoter 内 1858-1868 bp + 2133 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 3 54788150-54795754(-) SMil_00006374-RA_Salv MP00167 CTTTGACTTTA
SmilChr01G000838 Chr01 NC_080387.1:18114709-18114719promoter 内 1523-1533 bp - 2468 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 3 18104236-18112241(-) SMil_00006374-RA_Salv MP00167 TATAGTCAACT
SmilChr01G005870 Chr01 NC_080387.1:74647204-74647214promoter 内 1198-1208 bp + 2793 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 3 74642540-74644411(-) SMil_00006374-RA_Salv MP00167 CTTTGACTTTA
SmilChr02G002119 Chr02 NC_080388.1:37950268-37950278promoter 内 457-467 bp - 3534 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 3 37953812-37955934(+) SMil_00006374-RA_Salv MP00167 CTTTGACTTTA
SmilChr01G004411 Chr01 NC_080387.1:62214272-62214282promoter 内 3785-3795 bp + 206 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 2 62214488-62219697(+) SMil_00006374-RA_Salv MP00167 TAAAGTCAAAG
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