转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G004920; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00021741-RA_Salv SmilChr01G004920 MYB_related XP_057788125.1 MP00607 TTTAGGTTG

可能结合的靶基因

9718 个结合位点 6362 个候选靶基因 第 51 / 128 下载 TSV

上一页 51 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G001947 Chr01 NC_080387.1:34692010-34692018promoter 内 3618-3626 bp + 375 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 2 34692393-34693677(+) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 GTTAGGTTC
SmilChr02G004205 Chr02 NC_080388.1:64313331-64313339promoter 内 3562-3570 bp - 431 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 2 64313770-64316621(+) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 GAACCTAAC
SmilChr02G000002 Chr02 NC_080388.1:21828-21836promoter 内 3342-3350 bp + 651 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 2 18658-21177(-) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 GAACCTAAC
SmilChr02G002923 Chr02 NC_080388.1:49631112-49631120promoter 内 3339-3347 bp - 654 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 2 49629524-49630458(-) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 GTTAGGTTC
SmilChr02G003815 Chr02 NC_080388.1:59767326-59767334promoter 内 3333-3341 bp + 660 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 2 59763498-59766666(-) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 GAACCTAAC
SmilChr01G003222 Chr01 NC_080387.1:50993150-50993158promoter 内 3170-3178 bp - 823 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 2 50981776-50992327(-) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 GTTAGGTTC
SmilChr02G003578 Chr02 NC_080388.1:56949044-56949052promoter 内 3101-3109 bp - 892 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 2 56949944-56951287(+) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 GAACCTAAC
SmilChr02G001441 Chr02 NC_080388.1:27103075-27103083promoter 内 3061-3069 bp + 932 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 2 27099113-27102143(-) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 GAACCTAAC
SmilChr01G002132 Chr01 NC_080387.1:37316579-37316587promoter 内 3048-3056 bp + 945 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 2 37313759-37315634(-) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 GAACCTAAC
SmilChr02G000117 Chr02 NC_080388.1:1477760-1477768promoter 内 3013-3021 bp + 980 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 2 1475662-1476780(-) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 GAACCTAAC
SmilChr02G004457 Chr02 NC_080388.1:66980030-66980038promoter 内 2922-2930 bp - 1071 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 2 66981109-66982251(+) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 GAACCTAAC
SmilChr01G004648 Chr01 NC_080387.1:64562748-64562756promoter 内 2862-2870 bp - 1131 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 2 64561144-64561617(-) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 GTTAGGTTC
SmilChr02G002317 Chr02 NC_080388.1:40780628-40780636promoter 内 2802-2810 bp - 1191 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 2 40781827-40786616(+) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 GAACCTAAC
SmilChr01G004192 Chr01 NC_080387.1:60373559-60373567promoter 内 2728-2736 bp - 1265 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 2 60374832-60379044(+) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 GAACCTAAC
SmilChr02G003011 Chr02 NC_080388.1:50761996-50762004promoter 内 2619-2627 bp - 1374 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 2 50759571-50760622(-) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 GTTAGGTTC
SmilChr02G000363 Chr02 NC_080388.1:4660435-4660443promoter 内 2474-2482 bp + 1519 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 2 4658293-4658916(-) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 GAACCTAAC
SmilChr01G005790 Chr01 NC_080387.1:73994190-73994198promoter 内 2335-2343 bp + 1658 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 2 73995856-73999624(+) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 GTTAGGTTC
SmilChr02G004095 Chr02 NC_080388.1:63268480-63268488promoter 内 2255-2263 bp - 1738 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 2 63263398-63266742(-) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 GTTAGGTTC
SmilChr01G004003 Chr01 NC_080387.1:58428837-58428845promoter 内 2205-2213 bp + 1788 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 2 58430633-58431337(+) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 GTTAGGTTC
SmilChr01G003509 Chr01 NC_080387.1:53684238-53684246promoter 内 2113-2121 bp + 1880 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 2 53674858-53682358(-) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 GAACCTAAC
SmilChr02G004070 Chr02 NC_080388.1:62989668-62989676promoter 内 1977-1985 bp - 2016 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 2 62985067-62987652(-) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 GTTAGGTTC
SmilChr02G000651 Chr02 NC_080388.1:9844525-9844533promoter 内 1969-1977 bp + 2024 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 2 9842430-9842501(-) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 GAACCTAAC
SmilChr01G001753 Chr01 NC_080387.1:32258770-32258778promoter 内 1853-1861 bp + 2140 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 2 32254613-32256630(-) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 GAACCTAAC
SmilChr01G005793 Chr01 NC_080387.1:74020058-74020066promoter 内 1765-1773 bp + 2228 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 2 74022294-74025132(+) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 GTTAGGTTC
SmilChr02G000727 Chr02 NC_080388.1:11819040-11819048promoter 内 1682-1690 bp + 2311 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 2 11821359-11822787(+) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 GTTAGGTTC
SmilChr02G004266 Chr02 NC_080388.1:64871305-64871313promoter 内 1669-1677 bp - 2324 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 2 64873637-64876958(+) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 GAACCTAAC
SmilChr01G001982 Chr01 NC_080387.1:35214869-35214877promoter 内 1624-1632 bp + 2369 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 2 35210483-35212500(-) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 GAACCTAAC
SmilChr02G001643 Chr02 NC_080388.1:30508497-30508505promoter 内 1523-1531 bp + 2470 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 2 30503466-30506027(-) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 GAACCTAAC
SmilChr01G004329 Chr01 NC_080387.1:61439687-61439695promoter 内 1388-1396 bp - 2605 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 2 61433689-61437082(-) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 GTTAGGTTC
SmilChr02G002799 Chr02 NC_080388.1:48082356-48082364promoter 内 1343-1351 bp + 2650 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 2 48085014-48092014(+) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 GTTAGGTTC
SmilChr03G000111 Chr03 NC_080389.1:1226331-1226339promoter 内 1312-1320 bp - 2681 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 2 1229020-1261784(+) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 GAACCTAAC
SmilChr01G004145 Chr01 NC_080387.1:59963071-59963079promoter 内 1305-1313 bp + 2688 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 2 59965767-59967079(+) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 GTTAGGTTC
SmilChr01G004206 Chr01 NC_080387.1:60500438-60500446promoter 内 1266-1274 bp + 2727 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 2 60503173-60504883(+) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 GTTAGGTTC
SmilChr01G003873 Chr01 NC_080387.1:56986567-56986575promoter 内 1141-1149 bp - 2852 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 2 56981778-56983715(-) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 GTTAGGTTC
SmilChr02G002798 Chr02 NC_080388.1:48082356-48082364promoter 内 1089-1097 bp + 2904 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 2 48077042-48079452(-) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 GAACCTAAC
SmilChr01G004352 Chr01 NC_080387.1:61723227-61723235promoter 内 798-806 bp - 3195 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 2 61717133-61720032(-) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 GTTAGGTTC
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