转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr02G003399; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00009551-RA_Salv SmilChr02G003399 ERF XP_057793859.1 MP00240 CCACCTCCACCGCCA

可能结合的靶基因

9978 个结合位点 6368 个候选靶基因 第 67 / 128 下载 TSV

上一页 67 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr07G003983 Chr07 NC_080393.1:50823804-50823818promoter 内 1388-1402 bp - 2599 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 50818134-50821205(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TCACCACCACCGCCC
SmilChr02G003522 Chr02 NC_080388.1:56392792-56392806promoter 内 1214-1228 bp + 2773 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 56395579-56397687(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TCACCACCACCGCCC
SmilChr01G001684 Chr01 NC_080387.1:31070554-31070568promoter 内 1189-1203 bp - 2798 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 31073366-31074461(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CAGCGGTGGTGCTGG
SmilChr01G004267 Chr01 NC_080387.1:60917320-60917334promoter 内 1168-1182 bp - 2819 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 60920153-60921247(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AGGCGGTGGAGATAG
SmilChr08G002255 Chr08 NC_080394.1:20794410-20794424promoter 内 1119-1133 bp + 2868 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 20783528-20791542(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGGCGGTGGAAAGGG
SmilChr08G001077 Chr08 NC_080394.1:8292004-8292018promoter 内 1034-1048 bp + 2953 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 8287658-8289051(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGCGGAAT
SmilChr06G002131 Chr06 NC_080392.1:28701177-28701191promoter 内 1023-1037 bp - 2964 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 28695032-28698213(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GCACCACCACCGCTA
SmilChr04G003345 Chr04 NC_080390.1:50099575-50099589promoter 内 983-997 bp - 3004 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 50102593-50104370(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AGGCGGTGGAGGTAA
SmilChr06G000380 Chr06 NC_080392.1:3000885-3000899promoter 内 973-987 bp + 3014 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 2996580-2997871(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GGGCGGTGGTGGTGA
SmilChr02G001292 Chr02 NC_080388.1:23748791-23748805promoter 内 927-941 bp - 3060 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 23739913-23745731(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TCACCACCACCGCCC
SmilChr02G000085 Chr02 NC_080388.1:1119445-1119459promoter 内 885-899 bp + 3102 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 1122561-1123919(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TCACCACCACCGCCC
SmilChr07G000067 Chr07 NC_080393.1:314401-314415promoter 内 768-782 bp - 3219 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 309740-311182(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AATCCGCCACCGCCG
SmilChr03G002650 Chr03 NC_080389.1:42161975-42161989promoter 内 758-772 bp + 3229 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 42165218-42170027(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GTCCCTCCACCGCCA
SmilChr01G005264 Chr01 NC_080387.1:70104018-70104032promoter 内 747-761 bp + 3240 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 70107272-70111578(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TCAGCACCACCGCCG
SmilChr08G001568 Chr08 NC_080394.1:12891306-12891320promoter 内 744-758 bp - 3243 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 12894563-12895170(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GGGCGGTGGTGGTGA
SmilChr04G002049 Chr04 NC_080390.1:33213642-33213656promoter 内 742-756 bp + 3245 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 33216901-33217485(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CTCCGGCCACCGCCA
SmilChr05G000819 Chr05 NC_080391.1:6431427-6431441promoter 内 726-740 bp + 3261 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 6422809-6428166(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AGGCGGTGGAAATGG
SmilChr01G005281 Chr01 NC_080387.1:70201049-70201063promoter 内 697-711 bp + 3290 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 70204353-70208629(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TCAGCACCACCGCCG
SmilChr06G002876 Chr06 NC_080392.1:41586044-41586058promoter 内 595-609 bp - 3392 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 41582581-41582652(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CATTCTCCACCGCCG
SmilChr01G001178 Chr01 NC_080387.1:23833018-23833032promoter 内 483-497 bp - 3504 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 23827198-23829514(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GCCCTTCCACCGCCA
SmilChr08G000304 Chr08 NC_080394.1:2154391-2154405promoter 内 466-480 bp - 3521 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 2128083-2150870(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCATTTCCACCGCCT
SmilChr08G003253 Chr08 NC_080394.1:33499110-33499124promoter 内 302-316 bp + 3685 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 33492583-33495425(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AGACGGTGGAGGCCG
SmilChr05G004036 Chr05 NC_080391.1:54328296-54328310promoter 内 254-268 bp + 3733 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 54323422-54324563(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GGGCGGTGGTGGTGA
SmilChr06G002562 Chr06 NC_080392.1:36820627-36820641promoter 内 239-253 bp - 3748 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 36809533-36816879(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CTATCTCCACCGCCT
SmilChr01G004495 Chr01 NC_080387.1:63076406-63076420promoter 内 196-210 bp - 3791 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 63069932-63072615(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CTACGGCCACCGCCT
SmilChr04G001577 Chr04 NC_080390.1:26200882-26200896promoter 内 181-195 bp + 3806 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 26204702-26205620(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CTTTCTCCACCGCCG
SmilChr06G000710 Chr06 NC_080392.1:6393099-6393113promoter 内 163-177 bp + 3824 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 6396937-6401290(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCCTCCCCACCGCCG
SmilChr08G001944 Chr08 NC_080394.1:17082697-17082711promoter 内 103-117 bp - 3884 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 17086595-17089872(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GGGCGGTGGTGGTGA
SmilChr08G001567 Chr08 NC_080394.1:12891306-12891320promoter 内 62-76 bp - 3925 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 12885092-12887381(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TCACCACCACCGCCC
SmilChr02G003500 Chr02 NC_080388.1:56214748-56214762promoter 内 40-54 bp - 3947 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 56206043-56210801(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CTTCCTCCACCGCCC
SmilChr07G002538 Chr07 NC_080393.1:24087002-24087016promoter 内 34-48 bp - 3953 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 24079147-24083049(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCATTTCCACCGCCT
SmilChr07G001996 Chr07 NC_080393.1:17659963-17659977promoter 内 871-885 bp + 3116 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 6 17663093-17666671(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCTCTTCCACCGCCC
SmilChr05G001589 Chr05 NC_080391.1:14591027-14591041promoter 内 3489-3503 bp - 498 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 5 14585567-14590529(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCGCAACCACCGCCC
SmilChr03G002691 Chr03 NC_080389.1:42811436-42811450promoter 内 3309-3323 bp - 678 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 4 42803618-42810758(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCGCAACCACCGCCC
SmilChr01G003930 Chr01 NC_080387.1:57587478-57587492promoter 内 3295-3309 bp + 692 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 4 57588184-57590043(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCTCTTCCACCGCCC
SmilChr02G001830 Chr02 NC_080388.1:33317011-33317025promoter 内 3003-3017 bp - 984 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 4 33311729-33316027(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCTCTTCCACCGCCC
SmilChr01G003912 Chr01 NC_080387.1:57387809-57387823promoter 内 3551-3565 bp - 436 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 3 57388259-57389337(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GGGCGGTGGAAGAGG
SmilChr03G001929 Chr03 NC_080389.1:27091557-27091571promoter 内 3331-3345 bp - 656 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 3 27066717-27090901(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCTCTTCCACCGCCC
SmilChr03G002692 Chr03 NC_080389.1:42870361-42870375promoter 内 3320-3334 bp - 667 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 3 42868532-42869694(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCGCAACCACCGCCC
SmilChr01G002238 Chr01 NC_080387.1:38933902-38933916promoter 内 3258-3272 bp - 729 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 3 38926252-38933173(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCTCTTCCACCGCCC
SmilChr04G001642 Chr04 NC_080390.1:27349045-27349059promoter 内 3031-3045 bp + 956 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 3 27341801-27348089(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGGCGGTGGAGGATC
SmilChr04G002670 Chr04 NC_080390.1:42088856-42088870promoter 内 2641-2655 bp + 1346 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 3 42086115-42087510(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TTGCGGTGGTGGTGG
SmilChr04G000278 Chr04 NC_080390.1:2546012-2546026promoter 内 1952-1966 bp + 2035 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 3 2548061-2548459(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TCTCTTCCACCGCCG
SmilChr04G001643 Chr04 NC_080390.1:27349045-27349059promoter 内 1032-1046 bp + 2955 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 3 27352014-27353088(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GATCCTCCACCGCCA
SmilChr05G001519 Chr05 NC_080391.1:13920359-13920373promoter 内 982-996 bp + 3005 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 3 13913791-13917354(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GGGCGGTGGAAGAGG
SmilChr05G001520 Chr05 NC_080391.1:13920515-13920529promoter 内 267-281 bp + 3720 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 3 13924249-13926447(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCTCTTCCACCGCCC
SmilChr02G001168 Chr02 NC_080388.1:21445307-21445321promoter 内 3831-3845 bp - 156 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 2 21441617-21445151(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CTGCATCCACCGCCT
SmilChr07G000469 Chr07 NC_080393.1:3290701-3290715promoter 内 3643-3657 bp - 344 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 2 3288207-3290357(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCTCCTCCACCACCT
SmilChr05G000008 Chr05 NC_080391.1:37346-37360promoter 内 3521-3535 bp + 466 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 2 37826-42035(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCTCCTCCACCACCT
SmilChr08G001102 Chr08 NC_080394.1:8513640-8513654promoter 内 3418-3432 bp - 569 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 2 8514223-8518250(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGGCGGTGGGGCGGG