转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr06G001829; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00004434-RA_Salv SmilChr06G001829 MYB XP_057766988.1 MP00510 TTTACCTACCTTT

可能结合的靶基因

9799 个结合位点 7526 个候选靶基因 第 71 / 151 下载 TSV

上一页 71 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr03G000116 Chr03 NC_080389.1:1283880-1283892promoter 内 1129-1141 bp + 2860 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 1280394-1281020(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 ATAAGTAGGTACA
SmilChr04G002159 Chr04 NC_080390.1:34656150-34656162promoter 内 1033-1045 bp - 2956 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 34652796-34653194(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TGTACCTACTTTG
SmilChr01G000337 Chr01 NC_080387.1:6925714-6925726promoter 内 1017-1029 bp - 2972 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 6928698-6929318(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 CAAAGTAGGTACA
SmilChr02G005544 Chr02 NC_080388.1:75447847-75447859promoter 内 959-971 bp + 3030 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 75441220-75444817(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TTTGGTAGGTTGG
SmilChr02G004676 Chr02 NC_080388.1:69104905-69104917promoter 内 894-906 bp - 3095 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 69108012-69110559(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TTTGGTAGGTTGG
SmilChr01G001751 Chr01 NC_080387.1:32242836-32242848promoter 内 820-832 bp - 3169 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 32246017-32248666(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 ATTTGTAGGTAGG
SmilChr01G001060 Chr01 NC_080387.1:21914099-21914111promoter 内 717-729 bp - 3272 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 21917383-21919024(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 AGAGGTAGGCGGG
SmilChr03G003564 Chr03 NC_080389.1:54292430-54292442promoter 内 560-572 bp - 3429 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 54284146-54289001(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 ACTACCTACCAAG
SmilChr02G000684 Chr02 NC_080388.1:10809216-10809228promoter 内 39-51 bp - 3950 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 10813178-10815951(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TTTGGTAGGTTGG
SmilChr01G001898 Chr01 NC_080387.1:34086000-34086012promoter 内 25-37 bp - 3964 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 34089976-34090299(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 AATAGTAGGTACC
SmilChr03G004065 Chr03 NC_080389.1:59612765-59612777promoter 内 2770-2782 bp - 1219 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 4 59608589-59611546(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 CTTACCTACAGTT
SmilChr02G002577 Chr02 NC_080388.1:44818248-44818260promoter 内 3345-3357 bp + 644 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 3 44818904-44820917(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TATACCTACCTAC
SmilChr05G001049 Chr05 NC_080391.1:8692907-8692919promoter 内 3966-3978 bp - 23 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 2 8691529-8692884(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 GCAACCTACCCCT
SmilChr02G003481 Chr02 NC_080388.1:56091195-56091207promoter 内 3859-3871 bp + 130 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 2 56091337-56093015(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 GCTACCTACAATC
SmilChr01G001697 Chr01 NC_080387.1:31262291-31262303promoter 内 3820-3832 bp + 169 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 2 31258543-31262122(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 GTTTGTAGGTAAA
SmilChr04G000325 Chr04 NC_080390.1:3004713-3004725promoter 内 3802-3814 bp - 187 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 2 3004912-3005598(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TCGGGTAGGTGAT
SmilChr01G005255 Chr01 NC_080387.1:70046400-70046412promoter 内 3681-3693 bp - 308 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 2 70046009-70046092(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 CCTACCTACACCA
SmilChr01G005894 Chr01 NC_080387.1:74873015-74873027promoter 内 3358-3370 bp - 631 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 2 74870989-74872384(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TTCGCCTACCTTC
SmilChr01G005254 Chr01 NC_080387.1:70046400-70046412promoter 内 3316-3328 bp - 673 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 2 70041869-70045727(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 CCTACCTACACCA
SmilChr01G005895 Chr01 NC_080387.1:74873015-74873027promoter 内 3125-3137 bp - 864 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 2 74873891-74875517(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 GAAGGTAGGCGAA
SmilChr05G000188 Chr05 NC_080391.1:1545157-1545169promoter 内 3081-3093 bp - 908 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 2 1500400-1544249(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TGTACCTACTAAT
SmilChr01G004369 Chr01 NC_080387.1:61873017-61873029promoter 内 3074-3086 bp + 915 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 2 61873944-61875652(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TTTACCTAATTGA
SmilChr02G002287 Chr02 NC_080388.1:40407313-40407325promoter 内 2828-2840 bp + 1161 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 2 40408486-40415281(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 ATCACCTACCCGA
SmilChr04G000628 Chr04 NC_080390.1:7143541-7143553promoter 内 2624-2636 bp + 1365 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 2 7141268-7142176(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 GTTTGTAGGTAAA
SmilChr01G006105 Chr01 NC_080387.1:76547958-76547970promoter 内 2278-2290 bp + 1711 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 2 76549681-76615946(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 CGTACCTACTTAA
SmilChr03G002868 Chr03 NC_080389.1:45303112-45303124promoter 内 2099-2111 bp - 1890 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 2 45305014-45309383(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 GGTTGTAGGTAGC
SmilChr02G002949 Chr02 NC_080388.1:50032380-50032392promoter 内 2051-2063 bp - 1938 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 2 50029921-50030442(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 CCAACCTACCCGC
SmilChr04G003190 Chr04 NC_080390.1:48588558-48588570promoter 内 1930-1942 bp - 2059 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 2 48584890-48586499(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 ATTACCTAACTTA
SmilChr05G001861 Chr05 NC_080391.1:18645161-18645173promoter 内 1835-1847 bp + 2154 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 2 18647327-18649000(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TGTACCTACCAGA
SmilChr05G000289 Chr05 NC_080391.1:2217513-2217525promoter 内 1754-1766 bp + 2235 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 2 2219760-2223757(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 CATACCTACCCTA
SmilChr01G001320 Chr01 NC_080387.1:26225570-26225582promoter 内 1277-1289 bp + 2712 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 2 26228294-26230613(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 CTTACCTAAATCC
SmilChr03G004109 Chr03 NC_080389.1:59988293-59988305promoter 内 1235-1247 bp + 2754 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 2 59991059-59993709(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TGTACCTACTAAT
SmilChr04G002433 Chr04 NC_080390.1:38986518-38986530promoter 内 786-798 bp + 3203 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 2 38977216-38983315(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TGGAGTAGGTACA
SmilChr04G001272 Chr04 NC_080390.1:20238822-20238834promoter 内 705-717 bp - 3284 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 2 20234331-20235538(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 CTTACCTAATGAG
SmilChr02G003346 Chr02 NC_080388.1:54673141-54673153promoter 内 401-413 bp - 3588 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 2 54676741-54680443(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 AACAGTAGGTACA
SmilChr02G000377 Chr02 NC_080388.1:4755101-4755113promoter 内 166-178 bp - 3823 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 2 4758936-4763213(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 CATGGTAGGTATG
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