转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G005298; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00002362-RA_Salv SmilChr01G005298 ARR-B XP_057788621.1 MP00010 AAAGATACGG

可能结合的靶基因

9778 个结合位点 8344 个候选靶基因 第 88 / 167 下载 TSV

上一页 88 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr06G000016 Chr06 NC_080392.1:246859-246868promoter 内 3553-3562 bp + 439 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 242648-246420(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 GCGTATCTGC
SmilChr07G003810 Chr07 NC_080393.1:46955162-46955171promoter 内 3502-3511 bp - 490 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 46952603-46954672(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 TCAGATACGG
SmilChr08G002886 Chr08 NC_080394.1:28737426-28737435promoter 内 3497-3506 bp - 495 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 28734374-28736931(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 GCAGATACGC
SmilChr07G003711 Chr07 NC_080393.1:44839411-44839420promoter 内 3420-3429 bp - 572 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 44836876-44838839(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 GCAGATACGC
SmilChr02G001040 Chr02 NC_080388.1:18489252-18489261promoter 内 3417-3426 bp + 575 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 18489836-18489909(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 TCAGATACGG
SmilChr03G004205 Chr03 NC_080389.1:60660344-60660353promoter 内 3318-3327 bp - 674 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 60653795-60659670(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 GCAGATACGC
SmilChr06G001244 Chr06 NC_080392.1:12845039-12845048promoter 内 3315-3324 bp - 677 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 12845725-12847086(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 GCGTATCTGC
SmilChr02G001593 Chr02 NC_080388.1:29703155-29703164promoter 内 3152-3161 bp + 840 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 29699038-29702315(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 GCGTATCTGC
SmilChr02G001407 Chr02 NC_080388.1:26705311-26705320promoter 内 3132-3141 bp - 860 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 26706180-26709397(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 GCGTATCTGC
SmilChr03G002682 Chr03 NC_080389.1:42598531-42598540promoter 内 3097-3106 bp + 895 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 42599435-42600295(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 TCAGATACGG
SmilChr02G005024 Chr02 NC_080388.1:71988776-71988785promoter 内 3062-3071 bp - 930 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 71985741-71987846(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 GCAGATACGC
SmilChr07G003311 Chr07 NC_080393.1:35145505-35145514promoter 内 3061-3070 bp - 931 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 35146445-35153528(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 GCGTATCTGC
SmilChr01G001081 Chr01 NC_080387.1:22234205-22234214promoter 内 2928-2937 bp + 1064 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 22235278-22236773(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 TCAGATACGG
SmilChr03G003818 Chr03 NC_080389.1:57254797-57254806promoter 内 2819-2828 bp + 1173 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 57249431-57253624(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 CCGTATCTGA
SmilChr03G004629 Chr03 NC_080389.1:63946064-63946073promoter 内 2705-2714 bp + 1287 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 63940784-63944777(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 GCGTATCTGC
SmilChr03G002660 Chr03 NC_080389.1:42263199-42263208promoter 内 2682-2691 bp + 1310 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 42264518-42265742(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 GCAGATACGC
SmilChr02G005131 Chr02 NC_080388.1:72772996-72773005promoter 内 2616-2625 bp - 1376 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 72770229-72771620(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 TCAGATACGG
SmilChr06G001752 Chr06 NC_080392.1:20388782-20388791promoter 内 2572-2581 bp + 1420 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 20382491-20387362(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 CCGTATCTGA
SmilChr07G002143 Chr07 NC_080393.1:19596417-19596426promoter 内 2490-2499 bp + 1502 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 19597928-19599830(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 GCAGATACGC
SmilChr03G001874 Chr03 NC_080389.1:26002951-26002960promoter 内 2460-2469 bp + 1532 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 26004492-26007007(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 TCAGATACGG
SmilChr02G003437 Chr02 NC_080388.1:55603408-55603417promoter 内 2407-2416 bp + 1585 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 55605002-55613731(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 TCAGATACGG
SmilChr05G003316 Chr05 NC_080391.1:43429877-43429886promoter 内 2245-2254 bp - 1747 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 43431633-43434853(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 CCGTATCTGA
SmilChr01G002255 Chr01 NC_080387.1:39220611-39220620promoter 内 2209-2218 bp + 1783 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 39222403-39223861(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 TCAGATACGG
SmilChr03G002668 Chr03 NC_080389.1:42365456-42365465promoter 内 2200-2209 bp + 1792 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 42367257-42368166(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 TCAGATACGG
SmilChr05G000679 Chr05 NC_080391.1:5180537-5180546promoter 内 2121-2130 bp + 1871 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 5182417-5183946(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 GCAGATACGC
SmilChr08G002277 Chr08 NC_080394.1:21181198-21181207promoter 内 2082-2091 bp - 1910 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 21176388-21179288(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 GCAGATACGC
SmilChr08G002296 Chr08 NC_080394.1:21463999-21464008promoter 内 2042-2051 bp - 1950 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 21459883-21462049(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 TCAGATACGG
SmilChr07G003313 Chr07 NC_080393.1:35294033-35294042promoter 内 2031-2040 bp + 1961 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 35296003-35299820(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 TCAGATACGG
SmilChr02G005132 Chr02 NC_080388.1:72772996-72773005promoter 内 1945-1954 bp - 2047 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 72775052-72778639(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 CCGTATCTGA
SmilChr05G002442 Chr05 NC_080391.1:26906894-26906903promoter 内 1941-1950 bp + 2051 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 26908954-26911660(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 GCAGATACGC
SmilChr04G000911 Chr04 NC_080390.1:11859706-11859715promoter 内 1931-1940 bp + 2061 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 11855592-11857645(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 GCGTATCTGC
SmilChr07G004521 Chr07 NC_080393.1:57888961-57888970promoter 内 1897-1906 bp - 2095 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 57879265-57886866(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 TCAGATACGG
SmilChr02G001524 Chr02 NC_080388.1:28370075-28370084promoter 内 1853-1862 bp + 2139 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 28372223-28372725(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 GCAGATACGC
SmilChr08G003414 Chr08 NC_080394.1:36289590-36289599promoter 内 1846-1855 bp + 2146 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 36285419-36287444(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 GCGTATCTGC
SmilChr05G002179 Chr05 NC_080391.1:23238947-23238956promoter 内 1740-1749 bp + 2252 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 23228756-23236695(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 CCGTATCTGA
SmilChr01G001711 Chr01 NC_080387.1:31579688-31579697promoter 内 1731-1740 bp + 2261 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 31581958-31585419(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 TCAGATACGG
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