转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G003955; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00019539-RA_Salv SmilChr04G003955 ERF XP_057805828.1 MP00120 GATATTGTCGGTGGT

可能结合的靶基因

7514 个结合位点 6144 个候选靶基因 第 96 / 123 下载 TSV

上一页 96 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr04G002286 Chr04 NC_080390.1:37148002-37148016promoter 内 1306-1320 bp - 2681 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 2 37136204-37145321(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 AGAAGTGTCGGTTGC
SmilChr05G003418 Chr05 NC_080391.1:45405263-45405277promoter 内 706-720 bp + 3281 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 2 45400912-45401982(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GCAACCGACACTTCT
SmilChr03G002502 Chr03 NC_080389.1:39859829-39859843promoter 内 109-123 bp - 3878 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 2 39863721-39864215(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ACCACCGACTGCTCT
SmilChr01G004271 Chr01 NC_080387.1:60958866-60958880promoter 内 3867-3881 bp - 120 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 60955056-60958746(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ACACGTGTCGGTGTA
SmilChr07G003800 Chr07 NC_080393.1:46812724-46812738promoter 内 3847-3861 bp + 140 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 46784343-46812584(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 TGCACCGACGATGTA
SmilChr06G002784 Chr06 NC_080392.1:40511407-40511421promoter 内 3758-3772 bp - 229 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 40507891-40511178(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ATTGTTGTCGGCGAA
SmilChr03G004303 Chr03 NC_080389.1:61399011-61399025promoter 内 3543-3557 bp + 444 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 61399469-61401368(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 CAGAGAGTCGGTGGC
SmilChr05G000782 Chr05 NC_080391.1:6101126-6101140promoter 内 3480-3494 bp + 507 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 6098239-6100619(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 CACACCGACAAAATT
SmilChr03G000383 Chr03 NC_080389.1:4278918-4278932promoter 内 3359-3373 bp + 628 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 4277112-4278290(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ACCACCGCCGCTAAT
SmilChr06G000086 Chr06 NC_080392.1:625172-625186promoter 内 3242-3256 bp - 745 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 623048-624427(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GGCTTTGTCGGTAAC
SmilChr03G001411 Chr03 NC_080389.1:16774972-16774986promoter 内 3240-3254 bp + 747 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 16775733-16779393(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 TACAGCGGCGGTGGT
SmilChr04G002945 Chr04 NC_080390.1:45788496-45788510promoter 内 3186-3200 bp + 801 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 45789311-45796067(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 AATTATGTCGGTGTC
SmilChr07G001287 Chr07 NC_080393.1:9902542-9902556promoter 内 3165-3179 bp - 822 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 9903378-9906398(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ACCACCGCCGCCGAA
SmilChr03G002388 Chr03 NC_080389.1:37811089-37811103promoter 内 3130-3144 bp - 857 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 37807486-37810232(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 CCGGATGGCGGTGGT
SmilChr01G002530 Chr01 NC_080387.1:43319666-43319680promoter 内 3124-3138 bp - 863 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 43317510-43318803(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ACGGATGGCGGTGGT
SmilChr07G000095 Chr07 NC_080393.1:517330-517344promoter 内 2977-2991 bp - 1010 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 516250-516320(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 CGACGCGGCGGTGGT
SmilChr03G000197 Chr03 NC_080389.1:2242892-2242906promoter 内 2963-2977 bp - 1024 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 2229827-2241868(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 TTCGGCGGCGGTGGT
SmilChr05G004003 Chr05 NC_080391.1:53944848-53944862promoter 内 2952-2966 bp - 1035 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 53941056-53943813(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ATTAGCGGCGGTGGT
SmilChr01G005171 Chr01 NC_080387.1:69475286-69475300promoter 内 2945-2959 bp + 1042 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 69473519-69474244(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 TTCACCGACGTCGTT
SmilChr07G004289 Chr07 NC_080393.1:55459491-55459505promoter 内 2896-2910 bp + 1091 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 55452141-55458400(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GACACCGACGCTGAT
SmilChr04G000640 Chr04 NC_080390.1:7271908-7271922promoter 内 2887-2901 bp + 1100 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 7273022-7275924(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GTCTTTGTCGGCGTC
SmilChr04G002296 Chr04 NC_080390.1:37218795-37218809promoter 内 2844-2858 bp + 1143 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 37219952-37224381(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 CCAGACGTCGGTGAT
SmilChr02G001974 Chr02 NC_080388.1:35720713-35720727promoter 内 2821-2835 bp + 1166 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 35718038-35719547(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ACCACCGCCGGATAC
SmilChr01G001826 Chr01 NC_080387.1:33221752-33221766promoter 内 2802-2816 bp + 1185 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 33201879-33220567(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ACCACCGTCGGCAAC
SmilChr05G001729 Chr05 NC_080391.1:16696575-16696589promoter 内 2740-2754 bp - 1247 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 16692390-16695328(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 TTCTTCGTCGGTGAA
SmilChr04G004121 Chr04 NC_080390.1:56074660-56074674promoter 内 2685-2699 bp + 1302 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 56075976-56078817(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 CCGGGGGTCGGTGGT
SmilChr08G003354 Chr08 NC_080394.1:34951255-34951269promoter 内 2603-2617 bp + 1384 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 34947150-34949871(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 TTCGCCGACAAATGT
SmilChr05G003153 Chr05 NC_080391.1:40276757-40276771promoter 内 2572-2586 bp - 1415 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 40272717-40275342(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GTCTTTGTCGGCGTC
SmilChr01G002241 Chr01 NC_080387.1:38957527-38957541promoter 内 2514-2528 bp + 1473 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 38953107-38956054(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 AGCACCGACTCCGGC
SmilChr02G003395 Chr02 NC_080388.1:55073514-55073528promoter 内 2504-2518 bp + 1483 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 55063768-55072031(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GCCACCGACCTCCAC
SmilChr02G005194 Chr02 NC_080388.1:73210680-73210694promoter 内 2474-2488 bp + 1513 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 73208114-73209167(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 TTCACCGACGAATGA
SmilChr08G004428 Chr08 NC_080394.1:53957550-53957564promoter 内 2449-2463 bp - 1538 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 53954866-53956012(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ATTAGCGGCGGTGGT
SmilChr08G004115 Chr08 NC_080394.1:49996210-49996224promoter 内 2389-2403 bp + 1598 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 49997822-50005385(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 TTCGGCGGCGGTGGT
SmilChr01G002202 Chr01 NC_080387.1:38322152-38322166promoter 内 2271-2285 bp + 1716 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 38323882-38326237(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GCCGGAGTCGGTGCT
SmilChr07G001286 Chr07 NC_080393.1:9902542-9902556promoter 内 2250-2264 bp - 1737 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 9899737-9900805(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 TTCGGCGGCGGTGGT
SmilChr02G004460 Chr02 NC_080388.1:67033666-67033680promoter 内 2195-2209 bp - 1792 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 67024212-67031874(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 CAAGGCGACGGTGGT
SmilChr08G001535 Chr08 NC_080394.1:12478520-12478534promoter 内 2192-2206 bp + 1795 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 12476025-12476725(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 TTCACCGACGAAATA
SmilChr07G001128 Chr07 NC_080393.1:8453475-8453489promoter 内 2183-2197 bp + 1804 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 8449424-8451671(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 AGCACCGACGAATGA
SmilChr02G001164 Chr02 NC_080388.1:21230539-21230553promoter 内 2135-2149 bp + 1852 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 21227040-21228687(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ACCACCGCCGGATAC
SmilChr08G001202 Chr08 NC_080394.1:9728034-9728048promoter 内 2133-2147 bp + 1854 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 9721619-9726180(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ACCACCGTCGCCGGA
SmilChr05G004034 Chr05 NC_080391.1:54318451-54318465promoter 内 2128-2142 bp + 1859 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 54311911-54316592(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 AGCACCGACTCCGGC
SmilChr08G000853 Chr08 NC_080394.1:6316776-6316790promoter 内 2081-2095 bp + 1906 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 6318696-6330647(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GCGGCAGTCGGTGGT
SmilChr06G002310 Chr06 NC_080392.1:33381441-33381455promoter 内 2064-2078 bp + 1923 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 33370025-33379518(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ACCACCGCCGCACCA
SmilChr01G003659 Chr01 NC_080387.1:55022317-55022331promoter 内 2039-2053 bp - 1948 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 55019597-55020369(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 TAGTATGTCGGTGCA
SmilChr08G004262 Chr08 NC_080394.1:52097211-52097225promoter 内 2034-2048 bp - 1953 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 52099178-52100184(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 TTCACCGACATGAAT
SmilChr07G003464 Chr07 NC_080393.1:38714909-38714923promoter 内 2031-2045 bp + 1956 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 38716879-38717739(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 TAACATGTCGGTGAT
SmilChr03G002647 Chr03 NC_080389.1:42112367-42112381promoter 内 2016-2030 bp - 1971 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 42114352-42115532(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 AGCACCGACTCCGGC
SmilChr02G004438 Chr02 NC_080388.1:66754929-66754943promoter 内 1994-2008 bp - 1993 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 66756936-66758245(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ACCACCGTCGGCGCT
SmilChr03G004304 Chr03 NC_080389.1:61399011-61399025promoter 内 1967-1981 bp + 2020 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 61401045-61403557(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 CAGAGAGTCGGTGGC
SmilChr05G000869 Chr05 NC_080391.1:6883178-6883192promoter 内 1872-1886 bp + 2115 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 6880445-6881063(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GCAACCGACACTTCT