转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr05G000741; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00002054-RA_Salv SmilChr05G000741 ARF XP_057764423.1 MP00021 TTGTCGGAAA

可能结合的靶基因

9812 个结合位点 7629 个候选靶基因 第 96 / 153 下载 TSV

上一页 96 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr05G001205 Chr05 NC_080391.1:10141035-10141044promoter 内 1267-1276 bp - 2725 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 10143769-10147499(+) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 TTTCCGACCC
SmilChr03G004651 Chr03 NC_080389.1:64050051-64050060promoter 内 1236-1245 bp + 2756 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 64045244-64047295(-) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 TTTCCGACCC
SmilChr02G001769 Chr02 NC_080388.1:32440527-32440536promoter 内 1207-1216 bp - 2785 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 32443321-32453464(+) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 ACTCCGACAG
SmilChr01G001526 Chr01 NC_080387.1:29226403-29226412promoter 内 1151-1160 bp - 2841 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 29220885-29223562(-) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 CTGTCGGAGT
SmilChr03G001074 Chr03 NC_080389.1:12435232-12435241promoter 内 1069-1078 bp + 2923 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 12438164-12443107(+) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 CTGTCGGAGT
SmilChr04G001828 Chr04 NC_080390.1:29808574-29808583promoter 内 907-916 bp - 3085 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 29811668-29813842(+) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 TTTCCGACCC
SmilChr04G002609 Chr04 NC_080390.1:41499844-41499853promoter 内 630-639 bp - 3362 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 41495415-41496482(-) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 CTGTCGGAGT
SmilChr02G000802 Chr02 NC_080388.1:13391933-13391942promoter 内 600-609 bp - 3392 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 13395334-13396059(+) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 TTTCCGACCC
SmilChr01G004458 Chr01 NC_080387.1:62693633-62693642promoter 内 545-554 bp + 3447 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 62697089-62699251(+) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 CTGTCGGAGT
SmilChr04G002582 Chr04 NC_080390.1:41203574-41203583promoter 内 472-481 bp + 3520 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 41207103-41210873(+) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 CTGTCGGAGT
SmilChr04G002578 Chr04 NC_080390.1:41146363-41146372promoter 内 292-301 bp + 3700 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 41150072-41155792(+) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 CTGTCGGAGT
SmilChr02G005413 Chr02 NC_080388.1:74612339-74612348promoter 内 253-262 bp - 3739 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 74606590-74608600(-) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 CTGTCGGAGT
SmilChr01G001607 Chr01 NC_080387.1:30225594-30225603promoter 内 109-118 bp - 3883 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 30217707-30221711(-) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 GGGTCGGAAA
SmilChr03G000326 Chr03 NC_080389.1:3723873-3723882promoter 内 94-103 bp + 3898 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 3727780-3730025(+) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 GGGTCGGAAA
SmilChr01G005349 Chr01 NC_080387.1:70740403-70740412promoter 内 55-64 bp + 3937 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 70744349-70746037(+) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 GGGTCGGAAA
SmilChr04G002036 Chr04 NC_080390.1:33062911-33062920promoter 内 2894-2903 bp + 1098 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 6 33057674-33061813(-) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 TGGCCGACAA
SmilChr03G003559 Chr03 NC_080389.1:54240962-54240971promoter 内 2844-2853 bp - 1148 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 3 54242119-54246327(+) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 TGGCCGACAA
SmilChr01G001573 Chr01 NC_080387.1:29773386-29773395promoter 内 2778-2787 bp - 1214 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 3 29774609-29781263(+) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 TGGCCGACAA
SmilChr03G003783 Chr03 NC_080389.1:56949925-56949934promoter 内 2251-2260 bp + 1741 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 3 56944762-56948184(-) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 TGGCCGACAA
SmilChr01G004482 Chr01 NC_080387.1:62948842-62948851promoter 内 3355-3364 bp + 637 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 2 62949488-62953834(+) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 TTGTCGGCCA
SmilChr02G000902 Chr02 NC_080388.1:15484405-15484414promoter 内 3202-3211 bp + 790 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 2 15482008-15483615(-) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 TGGCCGACAA
SmilChr03G000535 Chr03 NC_080389.1:5777083-5777092promoter 内 3034-3043 bp + 958 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 2 5773432-5776125(-) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 TGGCCGACAA
SmilChr03G000255 Chr03 NC_080389.1:3002525-3002534promoter 内 2948-2957 bp + 1044 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 2 2998412-3001481(-) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 TGGCCGACAA
SmilChr03G002481 Chr03 NC_080389.1:39397619-39397628promoter 内 2891-2900 bp + 1101 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 2 39393354-39396518(-) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 TGGCCGACAA
SmilChr04G002187 Chr04 NC_080390.1:35350761-35350770promoter 内 2860-2869 bp + 1132 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 2 35342142-35349629(-) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 TGGCCGACAA
SmilChr03G000516 Chr03 NC_080389.1:5567985-5567994promoter 内 2764-2773 bp + 1228 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 2 5569222-5570204(+) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 TTGTCGGCCA
SmilChr02G001876 Chr02 NC_080388.1:34065859-34065868promoter 内 2746-2755 bp + 1246 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 2 34059139-34064613(-) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 TGGCCGACAA
SmilChr02G004283 Chr02 NC_080388.1:65074279-65074288promoter 内 2725-2734 bp + 1267 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 2 65071183-65073012(-) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 TGGCCGACAA
SmilChr01G005177 Chr01 NC_080387.1:69505627-69505636promoter 内 2654-2663 bp - 1338 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 2 69506974-69508217(+) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 TGGCCGACAA
SmilChr03G000523 Chr03 NC_080389.1:5619147-5619156promoter 内 2653-2662 bp + 1339 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 2 5620495-5621866(+) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 TTGTCGGCCA
SmilChr04G001830 Chr04 NC_080390.1:29833409-29833418promoter 内 2514-2523 bp + 1478 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 2 29826375-29831931(-) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 TGGCCGACAA
SmilChr03G002762 Chr03 NC_080389.1:43928594-43928603promoter 内 2457-2466 bp - 1535 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 2 43925523-43927059(-) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 TTGTCGGCCA
SmilChr03G000990 Chr03 NC_080389.1:11231461-11231470promoter 内 2394-2403 bp + 1598 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 2 11233068-11237833(+) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 TTGTCGGCCA
SmilChr01G002960 Chr01 NC_080387.1:48488594-48488603promoter 内 2383-2392 bp - 1609 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 2 48490212-48491331(+) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 TGGCCGACAA
SmilChr01G005839 Chr01 NC_080387.1:74396418-74396427promoter 内 1689-1698 bp + 2303 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 2 74392759-74394115(-) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 TGGCCGACAA
SmilChr03G000256 Chr03 NC_080389.1:3002525-3002534promoter 内 1532-1541 bp + 2460 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 2 3004994-3009642(+) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 TTGTCGGCCA
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