转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G006187; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00027306-RA_Salv SmilChr01G006187 GRAS XP_057798078.1 MP00611 AAGAAAAAGACAAAAAAAAA

可能结合的靶基因

9807 个结合位点 6232 个候选靶基因 第 97 / 125 下载 TSV

上一页 97 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G000250 Chr02 NC_080388.1:3238390-3238409promoter 内 2188-2207 bp + 1794 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 2 3233712-3236596(-) SMil_00027306-RA_Salv MP00611 ATTTTTTTTGTTTTTTTTTT
SmilChr02G005432 Chr02 NC_080388.1:74748646-74748665promoter 内 2174-2193 bp + 1808 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 2 74742249-74746838(-) SMil_00027306-RA_Salv MP00611 TTTTTTTTTGTTACTTTCCC
SmilChr01G005331 Chr01 NC_080387.1:70505233-70505252promoter 内 2132-2151 bp - 1850 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 2 70507102-70509812(+) SMil_00027306-RA_Salv MP00611 ATTTTTTTTGTTTTTTTTTT
SmilChr03G002852 Chr03 NC_080389.1:45112342-45112361promoter 内 2117-2136 bp - 1865 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 2 45106738-45110477(-) SMil_00027306-RA_Salv MP00611 AAAAAAAAAAGAAAAAAAAA
SmilChr02G002468 Chr02 NC_080388.1:43067279-43067298promoter 内 2090-2109 bp - 1892 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 2 43069190-43072353(+) SMil_00027306-RA_Salv MP00611 GGTTGTTTTTTCTTTTTCTT
SmilChr01G003837 Chr01 NC_080387.1:56722493-56722512promoter 内 2080-2099 bp - 1902 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 2 56719044-56720591(-) SMil_00027306-RA_Salv MP00611 AAAAAAAAAAGAAAAAAAAA
SmilChr03G000358 Chr03 NC_080389.1:4021688-4021707promoter 内 1740-1759 bp - 2242 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 2 4018307-4019446(-) SMil_00027306-RA_Salv MP00611 CTGAGAAAGACAAATGGAGT
SmilChr02G002649 Chr02 NC_080388.1:45898468-45898487promoter 内 1710-1729 bp + 2272 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 2 45900759-45903568(+) SMil_00027306-RA_Salv MP00611 TCCAAAACGACAAAAGTAGT
SmilChr03G001887 Chr03 NC_080389.1:26314392-26314411promoter 内 1546-1565 bp - 2436 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 2 26316847-26319373(+) SMil_00027306-RA_Salv MP00611 AATTTTTTTCTCTCTTTTTT
SmilChr02G001066 Chr02 NC_080388.1:18992068-18992087promoter 内 1498-1517 bp + 2484 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 2 18988692-18989584(-) SMil_00027306-RA_Salv MP00611 CTTCTTGTTGTCTTTCTTTT
SmilChr02G002384 Chr02 NC_080388.1:41784917-41784936promoter 内 1443-1462 bp + 2539 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 2 41787475-41788302(+) SMil_00027306-RA_Salv MP00611 AAGAAAAAGAAGAAAAAAAA
SmilChr01G005609 Chr01 NC_080387.1:72644615-72644634promoter 内 1437-1456 bp - 2545 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 2 72636647-72642070(-) SMil_00027306-RA_Salv MP00611 AAAAAAAAAAGAAAAAAAAA
SmilChr02G005217 Chr02 NC_080388.1:73378285-73378304promoter 内 1300-1319 bp - 2682 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 2 73380986-73384217(+) SMil_00027306-RA_Salv MP00611 TCTTTTTTTTTTTCCTTCTG
SmilChr02G001838 Chr02 NC_080388.1:33511169-33511188promoter 内 1193-1212 bp - 2789 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 2 33501993-33508380(-) SMil_00027306-RA_Salv MP00611 AAATAAGAGACAAAAAAACC
SmilChr02G000329 Chr02 NC_080388.1:4205562-4205581promoter 内 1090-1109 bp + 2892 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 2 4201138-4202670(-) SMil_00027306-RA_Salv MP00611 TTTTTTTTTCTTTTTTTTTT
SmilChr02G000332 Chr02 NC_080388.1:4213550-4213569promoter 内 1090-1109 bp + 2892 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 2 4209441-4210658(-) SMil_00027306-RA_Salv MP00611 TTTTTTTTTCTTTTTTTTTT
SmilChr01G000495 Chr01 NC_080387.1:10096647-10096666promoter 内 894-913 bp - 3088 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 2 10099754-10101707(+) SMil_00027306-RA_Salv MP00611 CTCCGTTCCCTCTTTTTTTG
SmilChr03G001988 Chr03 NC_080389.1:29134644-29134663promoter 内 781-800 bp + 3201 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 2 29124350-29131443(-) SMil_00027306-RA_Salv MP00611 TGTCTTTTTGTTGTGTTCTT
SmilChr03G001488 Chr03 NC_080389.1:17953374-17953393promoter 内 771-790 bp + 3211 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 2 17948018-17950163(-) SMil_00027306-RA_Salv MP00611 TTTTTTCTTCTCTTTTTGGG
SmilChr03G003746 Chr03 NC_080389.1:56519775-56519794promoter 内 753-772 bp + 3229 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 2 56513128-56516546(-) SMil_00027306-RA_Salv MP00611 TTTTTTTTTCTTTTTTTTTT
SmilChr02G001021 Chr02 NC_080388.1:18040707-18040726promoter 内 656-675 bp + 3326 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 2 18031757-18037381(-) SMil_00027306-RA_Salv MP00611 CTTATTTTTTTCTTTTTCGC
SmilChr02G002797 Chr02 NC_080388.1:48064592-48064611promoter 内 84-103 bp + 3898 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 2 48068509-48076124(+) SMil_00027306-RA_Salv MP00611 AAGAAAAAGAAAAAGATGAC
SmilChr02G001880 Chr02 NC_080388.1:34127362-34127381promoter 内 28-47 bp - 3954 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 2 34122199-34123408(-) SMil_00027306-RA_Salv MP00611 CAAAGCAAAACAAAAAAGGA
SmilChr02G001719 Chr02 NC_080388.1:31639310-31639329promoter 内 3935-3954 bp - 47 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 31638919-31639263(-) SMil_00027306-RA_Salv MP00611 GGAAAAAAGACAATAACAAA
SmilChr01G003677 Chr01 NC_080387.1:55187190-55187209promoter 内 3897-3916 bp - 85 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 55184061-55187105(-) SMil_00027306-RA_Salv MP00611 CAGAAAAAAAGAAATGTAGA
SmilChr01G002870 Chr01 NC_080387.1:47308680-47308699promoter 内 3866-3885 bp + 116 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 47308815-47312567(+) SMil_00027306-RA_Salv MP00611 AAAGAAAAGAGAAAAAAATA
SmilChr02G002388 Chr02 NC_080388.1:41813713-41813732promoter 内 3843-3862 bp - 139 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 41812293-41813574(-) SMil_00027306-RA_Salv MP00611 GACGAAAAGACCAACAGAAG
SmilChr03G001259 Chr03 NC_080389.1:14531966-14531985promoter 内 3837-3856 bp - 145 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 14532130-14536847(+) SMil_00027306-RA_Salv MP00611 TTTTTTTTTCTTTTTTTTTT
SmilChr02G004577 Chr02 NC_080388.1:68272922-68272941promoter 内 3819-3838 bp + 163 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 68262909-68272759(-) SMil_00027306-RA_Salv MP00611 GGTGTTTTTGTTTCTCTTTC
SmilChr01G003721 Chr01 NC_080387.1:55534046-55534065promoter 内 3801-3820 bp - 181 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 55534246-55537248(+) SMil_00027306-RA_Salv MP00611 TTTTTTTTTCTTTTTTTTTT
SmilChr03G000504 Chr03 NC_080389.1:5434073-5434092promoter 内 3777-3796 bp + 205 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 5434297-5437684(+) SMil_00027306-RA_Salv MP00611 AAAAAAAAAAGAAAAAAAAA
SmilChr03G003543 Chr03 NC_080389.1:54072827-54072846promoter 内 3752-3771 bp + 230 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 54071383-54072597(-) SMil_00027306-RA_Salv MP00611 TTTTTTTTTCTTTTTTTTTT
SmilChr02G003634 Chr02 NC_080388.1:57685535-57685554promoter 内 3731-3750 bp - 251 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 57677485-57685284(-) SMil_00027306-RA_Salv MP00611 AGGGGAGAGACAAAAAATTA
SmilChr02G005587 Chr02 NC_080388.1:75672633-75672652promoter 内 3731-3750 bp + 251 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 75668157-75672382(-) SMil_00027306-RA_Salv MP00611 ATTTTTTTTGTCTCTGCCCA
SmilChr01G006055 Chr01 NC_080387.1:76026568-76026587promoter 内 3725-3744 bp - 257 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 76025012-76026311(-) SMil_00027306-RA_Salv MP00611 AAGAAAATGCCAAAGGAAAT
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