转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G004579; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00010264-RA_Salv SmilChr01G004579 MYB XP_057787263.1 MP00132 CTTTTCCAACCACCTTTTC

可能结合的靶基因

9926 个结合位点 7583 个候选靶基因 第 1 / 152 下载 TSV

1 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr03G001197 Chr03 NC_080389.1:13796471-13796489promoter 内 2937-2955 bp + 1046 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.9/ 100 2 13794904-13795425(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GGGGTGGTGGTTGGGGAGG
SmilChr05G000517 Chr05 NC_080391.1:3993931-3993949promoter 内 1118-1136 bp - 2865 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.8/ 100 2 3989011-3991066(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CTTCCCCAACCACCACCGC
SmilChr02G005053 Chr02 NC_080388.1:72237720-72237738promoter 内 2234-2252 bp - 1749 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.7/ 100 3 72239487-72242550(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GTGGTGGTGGTTGGGGAGG
SmilChr03G002775 Chr03 NC_080389.1:44146400-44146418promoter 内 3450-3468 bp + 533 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.6/ 100 4 44144140-44145867(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GAGGTGGTGGTTGGGGGGG
SmilChr04G003975 Chr04 NC_080390.1:55226841-55226859promoter 内 165-183 bp + 3818 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.6/ 100 2 55221383-55223023(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GTGGTGGTGGTTGGGGGGG
SmilChr01G005540 Chr01 NC_080387.1:72231877-72231895promoter 内 2491-2509 bp - 1492 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.5/ 100 3 72229168-72230385(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CGTCCCCAACCACCTCATC
SmilChr03G002418 Chr03 NC_080389.1:38418227-38418245promoter 内 3850-3868 bp + 133 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.5/ 100 1 38418378-38421909(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CCTCCCCAACCACCTCCCA
SmilChr02G000750 Chr02 NC_080388.1:12194381-12194399promoter 内 3289-3307 bp + 694 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.2/ 100 3 12192296-12193687(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GAGGTGGTGGTTGGGGTGG
SmilChr01G002584 Chr01 NC_080387.1:43971839-43971857promoter 内 3083-3101 bp + 900 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.2/ 100 3 43970859-43970939(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GAGGTGGTGGTTGGGGTGG
SmilChr01G002163 Chr01 NC_080387.1:37671259-37671277promoter 内 2500-2518 bp + 1483 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.2/ 100 1 37672760-37675854(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CCTCCCCAACCACCGCCCC
SmilChr03G004525 Chr03 NC_080389.1:63302339-63302357promoter 内 2902-2920 bp + 1081 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 1 63300237-63301258(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GCGGTGGTGGTTGGAGAAG
SmilChr04G002581 Chr04 NC_080390.1:41180584-41180602promoter 内 1679-1697 bp + 2304 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 1 41175439-41178280(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GCGGTGGTGGTTGGAGAAG
SmilChr03G000718 Chr03 NC_080389.1:7974132-7974150promoter 内 3141-3159 bp - 842 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.0/ 100 3 7974992-7975785(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GTGATGGTGGTTGGGGAAG
SmilChr01G005652 Chr01 NC_080387.1:72895323-72895341promoter 内 1497-1515 bp + 2486 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.0/ 100 2 72892765-72892837(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GATGAGGTGGTTGGGGTTG
SmilChr01G002714 Chr01 NC_080387.1:45399966-45399984promoter 内 2465-2483 bp - 1518 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.0/ 100 1 45393416-45398448(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CACCCCCAACCACCCCCAC
SmilChr01G003927 Chr01 NC_080387.1:57539717-57539735promoter 内 1539-1557 bp - 2444 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 2 57542179-57551188(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GCGAGGGTGGTTGGGGAAG
SmilChr01G004876 Chr01 NC_080387.1:66852444-66852462promoter 内 2896-2914 bp - 1087 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 1 66853549-66854501(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GTGGTGGTGGTTGGAGAAG
SmilChr02G005495 Chr02 NC_080388.1:75107716-75107734promoter 内 2190-2208 bp - 1793 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 1 75104660-75105923(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CTTCGCCAACCACCTCCAC
SmilChr01G004194 Chr01 NC_080387.1:60398791-60398809promoter 内 430-448 bp - 3553 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.8/ 100 2 60402362-60408120(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 AGGGAGGTGGTTGGAGTAG
SmilChr02G002362 Chr02 NC_080388.1:41398438-41398456promoter 内 2042-2060 bp + 1941 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 3 41400397-41402231(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CTTCCCCAACCACCACACC
SmilChr02G000765 Chr02 NC_080388.1:12524586-12524604promoter 内 1186-1204 bp - 2797 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 1 12517283-12521789(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CTTCCCCAACCACCACACC
SmilChr03G004681 Chr03 NC_080389.1:64237467-64237485promoter 内 3305-3323 bp + 678 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.6/ 100 2 64234590-64236789(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GCAGTGGTGGTTGGAGAAG
SmilChr03G004682 Chr03 NC_080389.1:64237467-64237485promoter 内 2637-2655 bp + 1346 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.6/ 100 2 64238831-64239774(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CTTCTCCAACCACCACTGC
SmilChr04G000733 Chr04 NC_080390.1:8734732-8734750promoter 内 2047-2065 bp - 1936 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.6/ 100 1 8728890-8732796(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CAACTCCAACCACCACCGC
SmilChr01G004024 Chr01 NC_080387.1:58650855-58650873promoter 内 1985-2003 bp + 1998 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.6/ 100 1 58648182-58648857(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 AGGGGGGTGGTTGGGGGGG
SmilChr02G002949 Chr02 NC_080388.1:50032690-50032708promoter 内 1735-1753 bp - 2248 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.6/ 100 1 50029921-50030442(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CTCCTCCAACCACCTCCCA
SmilChr02G004314 Chr02 NC_080388.1:65481122-65481140promoter 内 467-485 bp + 3516 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.6/ 100 1 65475690-65477606(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GCTGTGGTGGTTGGGGCTG
SmilChr02G003113 Chr02 NC_080388.1:52115874-52115892promoter 内 1596-1614 bp + 2387 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.5/ 100 2 52118279-52132077(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CGACCCCAACCACCCCCAC
SmilChr04G001047 Chr04 NC_080390.1:14905465-14905483promoter 内 3566-3584 bp + 417 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.5/ 100 1 14905900-14907100(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CGCCCCCACCCACCTTCTC
SmilChr03G001799 Chr03 NC_080389.1:24612010-24612028promoter 内 1679-1697 bp - 2304 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.5/ 100 1 24605563-24609706(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CATCTCCAACCACCCCCTC
SmilChr04G000783 Chr04 NC_080390.1:9600082-9600100promoter 内 1939-1957 bp - 2044 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 3 9595001-9598038(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TTCCCCCAACCACCCCCGC
SmilChr03G000830 Chr03 NC_080389.1:9527030-9527048promoter 内 3439-3457 bp + 544 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 2 9523345-9526486(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GGGAAAGTGGTTGGGAAAG
SmilChr05G002121 Chr05 NC_080391.1:22287682-22287700promoter 内 1505-1523 bp + 2478 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 2 22284437-22285204(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GCGGCGGTGGTTGGGAATG
SmilChr03G000831 Chr03 NC_080389.1:9527030-9527048promoter 内 1445-1463 bp + 2538 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 2 9523425-9524492(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GGGAAAGTGGTTGGGAAAG
SmilChr02G003139 Chr02 NC_080388.1:52391757-52391775promoter 内 3945-3963 bp + 38 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 1 52391813-52392259(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CCACCCCAACCACCGCCAC
SmilChr03G003879 Chr03 NC_080389.1:57894881-57894899promoter 内 2638-2656 bp - 1345 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 1 57889053-57893536(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CAGCTCCAACCACCTCTTT
SmilChr04G001945 Chr04 NC_080390.1:31572977-31572995promoter 内 2445-2463 bp - 1538 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 1 31574533-31576376(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GGGAAAGTGGTTGGGAAAG
SmilChr03G000346 Chr03 NC_080389.1:3901054-3901072promoter 内 3459-3477 bp + 524 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 2 3901596-3902226(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CCCCCCCAACCACCCACCC
SmilChr04G003465 Chr04 NC_080390.1:51135995-51136013promoter 内 3076-3094 bp + 907 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 2 51136920-51144915(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CTCCCCCACCCACCTTTCC
SmilChr02G002220 Chr02 NC_080388.1:39471848-39471866promoter 内 1242-1260 bp + 2741 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 2 39474607-39477573(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CGCCCCCAACCACCCCCCT
SmilChr02G001967 Chr02 NC_080388.1:35613635-35613653promoter 内 1128-1146 bp - 2855 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 2 35609110-35610780(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CCACCCCAACCACCTAACC
SmilChr04G003122 Chr04 NC_080390.1:47827940-47827958promoter 内 3752-3770 bp - 231 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 47828189-47831864(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GAGGTGGTGGTTGAGGGGG
SmilChr03G002531 Chr03 NC_080389.1:40380195-40380213promoter 内 3366-3384 bp + 617 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 40377126-40379578(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CGGGTGGTGGTTGGGGTGG
SmilChr01G005315 Chr01 NC_080387.1:70395258-70395276promoter 内 2614-2632 bp + 1369 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 70396645-70397726(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CCCCCCCAACCACCCACCC
SmilChr03G000170 Chr03 NC_080389.1:1867815-1867833promoter 内 1902-1920 bp - 2081 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 1869914-1872256(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GGGTGGGTGGTTGGGGAGG
SmilChr01G005314 Chr01 NC_080387.1:70395258-70395276promoter 内 1900-1918 bp + 2083 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 70392116-70393175(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GGGTGGGTGGTTGGGGGGG
SmilChr04G001105 Chr04 NC_080390.1:15830291-15830309promoter 内 1028-1046 bp - 2955 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 15833264-15834025(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GGGTGGGTGGTTGGGGGGG
SmilChr01G002682 Chr01 NC_080387.1:45033944-45033962promoter 内 2586-2604 bp - 1397 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 3 45031437-45032547(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CACCTCCACCCACCTTCCC
SmilChr04G004177 Chr04 NC_080390.1:56371339-56371357promoter 内 1605-1623 bp - 2378 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 3 56366051-56368961(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CTCCCCCAACCACCGTCAC
SmilChr01G001896 Chr01 NC_080387.1:34090032-34090050promoter 内 426-444 bp - 3557 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 2 34081061-34086475(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TTCCCCCAACCACCTCTCG