转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr02G004447; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00027346-RA_Salv SmilChr02G004447 HD-ZIP XP_057797242.1 MP00200 AAAAGTAATGATTAC

可能结合的靶基因

9930 个结合位点 6661 个候选靶基因 第 1 / 134 下载 TSV

1 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G000234 Chr01 NC_080387.1:4397092-4397106promoter 内 3156-3170 bp + 831 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.1/ 100 1 4395398-4396261(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GTCATCATTACGTTC
SmilChr01G005364 Chr01 NC_080387.1:70873481-70873495promoter 内 858-872 bp + 3129 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.0/ 100 1 70864563-70870352(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GTAATCATTACTATT
SmilChr02G002021 Chr02 NC_080388.1:36435864-36435878promoter 内 2035-2049 bp + 1952 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.8/ 100 1 36437830-36440922(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GGAGGTAATGATTAC
SmilChr03G000864 Chr03 NC_080389.1:9838537-9838551promoter 内 2425-2439 bp + 1562 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.5/ 100 3 9840113-9843954(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 AAGGGTAATGATTAC
SmilChr01G005542 Chr01 NC_080387.1:72239931-72239945promoter 内 3753-3767 bp + 234 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.5/ 100 1 72239299-72239697(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GTAATCATTACCCTT
SmilChr03G001256 Chr03 NC_080389.1:14485033-14485047promoter 内 3735-3749 bp + 252 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.5/ 100 1 14483713-14484781(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GTCATCATTATCTTC
SmilChr03G003169 Chr03 NC_080389.1:49051094-49051108promoter 内 302-316 bp + 3685 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.5/ 100 1 49044591-49047409(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATCATCATTACCATC
SmilChr03G000033 Chr03 NC_080389.1:407711-407725promoter 内 73-87 bp + 3914 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.5/ 100 1 411639-417891(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 AAAGGTAATGATGAT
SmilChr01G002666 Chr01 NC_080387.1:44888054-44888068promoter 内 59-73 bp - 3928 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.5/ 100 1 44883300-44884126(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GAAGATAATGATGAC
SmilChr01G004528 Chr01 NC_080387.1:63473938-63473952promoter 内 3959-3973 bp - 28 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 2 63467710-63473910(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GAAAGTAATGATGAT
SmilChr01G001040 Chr01 NC_080387.1:21636133-21636147promoter 内 3980-3994 bp - 7 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.3/ 100 3 21636154-21637788(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 CTCATCATTACCTTC
SmilChr01G004915 Chr01 NC_080387.1:67179381-67179395promoter 内 3271-3285 bp - 716 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.3/ 100 1 67180111-67184533(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GTCATCATTACTACT
SmilChr01G003831 Chr01 NC_080387.1:56643467-56643481promoter 内 764-778 bp - 3223 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.3/ 100 1 56637261-56640244(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GTTGGTAATGATGAC
SmilChr03G001742 Chr03 NC_080389.1:23511349-23511363promoter 内 3972-3986 bp - 15 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.2/ 100 5 23511378-23515094(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GCCATCATTACATTC
SmilChr03G001741 Chr03 NC_080389.1:23511349-23511363promoter 内 605-619 bp - 3382 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.2/ 100 5 23500106-23507967(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GAATGTAATGATGGC
SmilChr02G004003 Chr02 NC_080388.1:62368549-62368563promoter 内 3368-3382 bp - 619 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.2/ 100 2 62357810-62367930(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GAAAGTAATGATTAT
SmilChr02G004056 Chr02 NC_080388.1:62876885-62876899promoter 内 3006-3020 bp - 981 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.2/ 100 2 62877880-62878834(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATCATCATTACTATC
SmilChr03G000201 Chr03 NC_080389.1:2279627-2279641promoter 内 945-959 bp - 3042 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.2/ 100 2 2282683-2287094(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATAATCATTACCTTT
SmilChr02G003992 Chr02 NC_080388.1:62218763-62218777promoter 内 577-591 bp - 3410 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.2/ 100 2 62222187-62223521(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATAATCATTACTTTC
SmilChr01G005866 Chr01 NC_080387.1:74604667-74604681promoter 内 1639-1653 bp - 2348 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.2/ 100 1 74607029-74608410(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATCATCATTACTTTT
SmilChr01G005867 Chr01 NC_080387.1:74610947-74610961promoter 内 1180-1194 bp - 2807 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.2/ 100 1 74613768-74614675(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATCATCATTACTTTT
SmilChr03G001540 Chr03 NC_080389.1:19311229-19311243promoter 内 1009-1023 bp + 2978 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.2/ 100 1 19307128-19308251(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GCCATCATTACATTC
SmilChr01G006078 Chr01 NC_080387.1:76230925-76230939promoter 内 30-44 bp + 3957 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 4 76221765-76226968(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GTAATCATTACATTA
SmilChr02G002388 Chr02 NC_080388.1:41814872-41814886promoter 内 2689-2703 bp + 1298 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.0/ 100 2 41812293-41813574(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATCATCATTACAATC
SmilChr02G002276 Chr02 NC_080388.1:40212939-40212953promoter 内 1851-1865 bp + 2136 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.0/ 100 2 40215089-40215653(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TATAGTAATGATTAC
SmilChr02G004732 Chr02 NC_080388.1:69564112-69564126promoter 内 1601-1615 bp - 2386 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.0/ 100 2 69555676-69561726(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GATGGTAATGATGAG
SmilChr02G004833 Chr02 NC_080388.1:70450693-70450707promoter 内 188-202 bp - 3799 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.0/ 100 2 70444929-70446894(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 AAATGTAATGATGAT
SmilChr01G001189 Chr01 NC_080387.1:24047307-24047321promoter 内 2614-2628 bp - 1373 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 10 24044763-24045934(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 AAAAGTAATGATTAT
SmilChr03G000123 Chr03 NC_080389.1:1330372-1330386promoter 内 3272-3286 bp + 715 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 5 1326611-1329657(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATAATCATTACTTTT
SmilChr03G000009 Chr03 NC_080389.1:96571-96585promoter 内 1464-1478 bp + 2523 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 4 99108-101875(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 AAAAGTAATGATTAT
SmilChr03G000007 Chr03 NC_080389.1:96571-96585promoter 内 795-809 bp + 3192 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 4 90718-93379(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATAATCATTACTTTT
SmilChr01G005413 Chr01 NC_080387.1:71362473-71362487promoter 内 3736-3750 bp + 251 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 3 71362738-71364954(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 AAAAGTAATGATTAT
SmilChr01G004602 Chr01 NC_080387.1:64005050-64005064promoter 内 3088-3102 bp + 899 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 3 64005963-64007353(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 AAAAGTAATGATTAT
SmilChr02G002333 Chr02 NC_080388.1:41027625-41027639promoter 内 3036-3050 bp + 951 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 3 41028590-41030905(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 AAAAGTAATGATTAT
SmilChr01G003787 Chr01 NC_080387.1:56266935-56266949promoter 内 130-144 bp - 3857 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 3 56262231-56263078(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 AAATGCAATGATTAC
SmilChr01G003788 Chr01 NC_080387.1:56266935-56266949promoter 内 3687-3701 bp - 300 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 2 56263367-56266635(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 AAATGCAATGATTAC
SmilChr02G002002 Chr02 NC_080388.1:36170216-36170230promoter 内 3619-3633 bp - 368 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 2 36170598-36172024(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATAATCATTACTTTT
SmilChr01G004152 Chr01 NC_080387.1:60051352-60051366promoter 内 3223-3237 bp + 764 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 2 60045751-60050588(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GTAATCATTATTTTC
SmilChr01G003272 Chr01 NC_080387.1:51435375-51435389promoter 内 788-802 bp - 3199 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 2 51428178-51432176(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 AAAAGTAATGATTAT
SmilChr02G001490 Chr02 NC_080388.1:27867856-27867870promoter 内 3974-3988 bp + 13 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 1 27864450-27867843(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATAATCATTACTTTT
SmilChr02G001245 Chr02 NC_080388.1:22857274-22857288promoter 内 3210-3224 bp + 777 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 1 22853107-22856497(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATAATCATTACTTTT
SmilChr03G000734 Chr03 NC_080389.1:8293770-8293784promoter 内 2122-2136 bp - 1865 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 1 8291056-8291905(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GAAGGTAATGATGAA
SmilChr01G002815 Chr01 NC_080387.1:46713601-46713615promoter 内 1250-1264 bp + 2737 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 1 46705765-46710864(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATAATCATTACTTTT
SmilChr02G002390 Chr02 NC_080388.1:41824480-41824494promoter 内 1020-1034 bp + 2967 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 1 41820147-41821513(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GTCATCATTATTTTT
SmilChr01G002766 Chr01 NC_080387.1:46056775-46056789promoter 内 3553-3567 bp + 434 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.8/ 100 5 46051009-46056341(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATCATCATTACAATT
SmilChr03G001185 Chr03 NC_080389.1:13609132-13609146promoter 内 1827-1841 bp + 2160 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.8/ 100 5 13611306-13612343(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 AATTGTAATGATGAT
SmilChr01G003227 Chr01 NC_080387.1:51042998-51043012promoter 内 2245-2259 bp + 1742 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.8/ 100 3 51039238-51041256(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 CTCATCATTACTATC
SmilChr03G000614 Chr03 NC_080389.1:6808126-6808140promoter 内 1769-1783 bp - 2218 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.8/ 100 3 6804871-6805908(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 AATTGTAATGATGAT
SmilChr03G000613 Chr03 NC_080389.1:6808126-6808140promoter 内 38-52 bp - 3949 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.8/ 100 3 6800230-6804177(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 AATTGTAATGATGAT
SmilChr01G003160 Chr01 NC_080387.1:50424368-50424382promoter 内 3150-3164 bp - 837 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.8/ 100 2 50422740-50423531(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 AAAGGTGATGATTAC