转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr07G003597; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00008984-RA_Salv SmilChr07G003597 Nin-like XP_057773587.1 MP00449 ATTTGGCTTTTCGGA

可能结合的靶基因

9453 个结合位点 8096 个候选靶基因 第 113 / 162 下载 TSV

上一页 113 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G002549 Chr02 NC_080388.1:44368717-44368731promoter 内 3844-3858 bp - 143 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 44366303-44368574(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 ATTTGGCCTTCCGTT
SmilChr05G000307 Chr05 NC_080391.1:2326454-2326468promoter 内 3796-3810 bp + 191 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 2325271-2326263(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 GTCTAAAAGCCAGAT
SmilChr08G000139 Chr08 NC_080394.1:871365-871379promoter 内 3755-3769 bp - 232 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 871611-915094(+) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 CACGAAAAGACGTGG
SmilChr03G004630 Chr03 NC_080389.1:63949897-63949911promoter 内 3622-3636 bp - 365 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 63945215-63949532(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 GCATGGCTTTTAAGA
SmilChr05G002033 Chr05 NC_080391.1:21157864-21157878promoter 内 3600-3614 bp - 387 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 21152731-21157477(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 CCGTGGCTTTACGGA
SmilChr04G000719 Chr04 NC_080390.1:8421895-8421909promoter 内 3589-3603 bp - 398 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 8422307-8424016(+) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 AATCAAAAGCCGCCG
SmilChr04G002545 Chr04 NC_080390.1:40755832-40755846promoter 内 3583-3597 bp - 404 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 40749301-40755428(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 TTTTGGCTCTTTCAA
SmilChr06G001883 Chr06 NC_080392.1:22477753-22477767promoter 内 3507-3521 bp + 480 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 22478247-22479875(+) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 GGTTGGCTTCTCATA
SmilChr03G002636 Chr03 NC_080389.1:41947277-41947291promoter 内 3451-3465 bp - 536 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 41947827-41948911(+) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 GAGGAAGCGCCAAAT
SmilChr06G001333 Chr06 NC_080392.1:13864605-13864619promoter 内 3450-3464 bp + 537 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 13865156-13866996(+) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 ATTTGGCTTTTGTTT
SmilChr02G002912 Chr02 NC_080388.1:49420888-49420902promoter 内 3360-3374 bp - 627 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 49416026-49420261(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 GATTGGCTTCTCAAT
SmilChr02G002662 Chr02 NC_080388.1:46099935-46099949promoter 内 3288-3302 bp + 699 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 46100648-46100719(+) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 ATTTGGCTCTTTTGA
SmilChr08G002427 Chr08 NC_080394.1:23053529-23053543promoter 内 3281-3295 bp - 706 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 23054249-23062403(+) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 CCCGAAAAGATAAAT
SmilChr03G003291 Chr03 NC_080389.1:51029216-51029230promoter 内 3247-3261 bp - 740 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 51027435-51028476(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 GTTTAGCTTTTCGAG
SmilChr07G001896 Chr07 NC_080393.1:16380995-16381009promoter 内 3210-3224 bp - 777 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 16381786-16389840(+) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 CCCGAAAAGCTGAAG
SmilChr03G002256 Chr03 NC_080389.1:35503723-35503737promoter 内 3148-3162 bp - 839 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 35498895-35502884(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 CGCTGGCTTTTCCCC
SmilChr01G002195 Chr01 NC_080387.1:38108153-38108167promoter 内 3147-3161 bp + 840 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 38109007-38109480(+) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 AGATGGCTTTAGGGT
SmilChr03G003401 Chr03 NC_080389.1:52381519-52381533promoter 内 3146-3160 bp - 841 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 52382374-52388352(+) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 CACGAAAAGACGTGG
SmilChr01G004610 Chr01 NC_080387.1:64071508-64071522promoter 内 3111-3125 bp - 876 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 64067743-64070632(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 TTTTGGCTCCTGATT
SmilChr06G000962 Chr06 NC_080392.1:9306988-9307002promoter 内 3049-3063 bp + 938 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 9307940-9310794(+) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 CGCTGGCTTTTCCCC
SmilChr02G002890 Chr02 NC_080388.1:49188108-49188122promoter 内 3033-3047 bp + 954 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 49189076-49192507(+) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 CGCTGGCTTTTCCCC
SmilChr01G005285 Chr01 NC_080387.1:70214924-70214938promoter 内 3026-3040 bp - 961 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 70215899-70216693(+) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 AGCAAAAAGCCAATG
SmilChr02G000994 Chr02 NC_080388.1:17457628-17457642promoter 内 3024-3038 bp + 963 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 17458605-17462223(+) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 CGCTGGCTTTTCCCC
SmilChr08G000582 Chr08 NC_080394.1:4260263-4260277promoter 内 3022-3036 bp + 965 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 4257237-4259298(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 GGGGAAAAGCCAGCG
SmilChr04G000271 Chr04 NC_080390.1:2510280-2510294promoter 内 3020-3034 bp + 967 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 2511261-2513123(+) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 ATTTGGCCTTTTCCT
SmilChr06G000116 Chr06 NC_080392.1:812090-812104promoter 内 2994-3008 bp + 993 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 813097-813936(+) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 GTTTAGCTTTTCGAG
SmilChr05G000641 Chr05 NC_080391.1:4856164-4856178promoter 内 2983-2997 bp + 1004 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 4857182-4860225(+) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 AAGTGGCTTTTTATA
SmilChr01G005267 Chr01 NC_080387.1:70119509-70119523promoter 内 2977-2991 bp - 1010 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 70120533-70121264(+) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 AGCAAAAAGCCAATG
SmilChr08G001193 Chr08 NC_080394.1:9600509-9600523promoter 内 2944-2958 bp - 1043 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 9601566-9604031(+) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 GTACAAAAGCCAAAA
SmilChr02G000589 Chr02 NC_080388.1:8445446-8445460promoter 内 2835-2849 bp + 1152 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 8446612-8447289(+) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 GTTTAGCTTTTCGAG
SmilChr08G004403 Chr08 NC_080394.1:53714380-53714394promoter 内 2826-2840 bp + 1161 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 53711083-53713219(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 GGGGAAAAGCCAGCG
SmilChr08G004451 Chr08 NC_080394.1:54242455-54242469promoter 内 2814-2828 bp - 1173 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 54243642-54245782(+) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 GGGGAAAAGCCAGCG
SmilChr01G006133 Chr01 NC_080387.1:76848858-76848872promoter 内 2811-2825 bp + 1176 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 76850048-76850895(+) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 CTTTGGCTTCTCATA
SmilChr04G001847 Chr04 NC_080390.1:30135705-30135719promoter 内 2791-2805 bp + 1196 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 30134126-30134509(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 CACGAAAAGCTAAAA
SmilChr03G001695 Chr03 NC_080389.1:22507125-22507139promoter 内 2737-2751 bp + 1250 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 22503613-22505875(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 TCCGAAAGGATAATT
SmilChr03G001771 Chr03 NC_080389.1:24173810-24173824promoter 内 2723-2737 bp - 1264 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 24175088-24176313(+) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 GGGGAAAAGCCAGCG
SmilChr06G002448 Chr06 NC_080392.1:35215091-35215105promoter 内 2719-2733 bp - 1268 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 35216373-35223519(+) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 AGGGAAAAGCCAGCG
SmilChr04G000902 Chr04 NC_080390.1:11746087-11746101promoter 内 2709-2723 bp + 1278 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 11742061-11744809(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 TGCGAAAAGACGTGA
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SmilChr05G003613 Chr05 NC_080391.1:48225358-48225372promoter 内 2684-2698 bp - 1303 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 48226675-48229866(+) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 GATCAAAAGCCGCCG
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SmilChr05G001444 Chr05 NC_080391.1:13188394-13188408promoter 内 2671-2685 bp - 1316 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 13184673-13187078(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 TCATGGCTTTTTAAG
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SmilChr01G003306 Chr01 NC_080387.1:51743508-51743522promoter 内 2547-2561 bp - 1440 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 51744962-51753039(+) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 GGGGAAAAGCCAGCG
SmilChr06G001898 Chr06 NC_080392.1:22778301-22778315promoter 内 2433-2447 bp - 1554 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 22775440-22776747(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 CGCTGGCTTTTCCCC
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SmilChr08G004941 Chr08 NC_080394.1:58288888-58288902promoter 内 2400-2414 bp - 1587 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 58290489-58297084(+) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 GCAGAAAAGCCAGCC
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