转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr02G000949; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00003681-RA_Salv SmilChr02G000949 bZIP XP_057795176.1 MP00318 TGCCACGTCAGCATT

可能结合的靶基因

9413 个结合位点 6849 个候选靶基因 第 12 / 137 下载 TSV

上一页 12 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr08G000883 Chr08 NC_080394.1:6533155-6533169promoter 内 3645-3659 bp - 342 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 2 6527828-6532813(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGCCACGTCAACTCC
SmilChr08G001359 Chr08 NC_080394.1:10876656-10876670promoter 内 3580-3594 bp + 407 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 2 10877077-10878488(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGCCACGTGGCCGAC
SmilChr02G004864 Chr02 NC_080388.1:70763793-70763807promoter 内 3278-3292 bp - 709 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 2 70761104-70763084(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 CGCCACGTCAGAATA
SmilChr08G001364 Chr08 NC_080394.1:10888689-10888703promoter 内 2694-2708 bp + 1293 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 2 10885175-10887396(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GTCGGCCACGTGGCA
SmilChr03G000859 Chr03 NC_080389.1:9821094-9821108promoter 内 2330-2344 bp - 1657 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 2 9813814-9819437(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 CGCCACGTCTCCAAC
SmilChr04G002627 Chr04 NC_080390.1:41694351-41694365promoter 内 1480-1494 bp + 2507 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 2 41689656-41691844(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 CGTTGTGACGTGGCA
SmilChr02G004553 Chr02 NC_080388.1:68048729-68048743promoter 内 1375-1389 bp + 2612 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 2 68051355-68054640(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGCCACGTGGCAACC
SmilChr08G001365 Chr08 NC_080394.1:10888689-10888703promoter 内 889-903 bp + 3098 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 2 10891801-10894381(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGCCACGTGGCCGAC
SmilChr07G001311 Chr07 NC_080393.1:10105898-10105912promoter 内 765-779 bp - 3222 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 2 10101917-10102676(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGCCACGTGGGCCGA
SmilChr02G003991 Chr02 NC_080388.1:62206862-62206876promoter 内 201-215 bp + 3786 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 2 62210662-62215677(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 CGCCACGTGGCCACA
SmilChr03G002179 Chr03 NC_080389.1:33867285-33867299promoter 内 3980-3994 bp - 7 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 33863274-33867278(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 CGCCACGTCAGAAAT
SmilChr04G001694 Chr04 NC_080390.1:27992441-27992455promoter 内 3949-3963 bp + 38 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 27991460-27992403(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 AATGTTGACGTGGCA
SmilChr01G004149 Chr01 NC_080387.1:60023439-60023453promoter 内 3944-3958 bp - 43 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 60016671-60023396(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGCCACGTGGTCCCC
SmilChr03G004444 Chr03 NC_080389.1:62573761-62573775promoter 内 3932-3946 bp - 55 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 62573830-62580339(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 AAAGCCGACGTGGCC
SmilChr03G001278 Chr03 NC_080389.1:14969588-14969602promoter 内 3930-3944 bp + 57 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 14969659-14969730(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGCCACGTCAACACT
SmilChr02G004660 Chr02 NC_080388.1:69002762-69002776promoter 内 3832-3846 bp + 155 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 69002931-69006333(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGCCACGTCATCCTG
SmilChr02G003395 Chr02 NC_080388.1:55072532-55072546promoter 内 3486-3500 bp - 501 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 55063768-55072031(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGCCACGTCAACTTC
SmilChr08G003541 Chr08 NC_080394.1:38061925-38061939promoter 内 2398-2412 bp + 1589 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 38063528-38066305(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGCCACGTGGTCTAC
SmilChr03G001885 Chr03 NC_080389.1:26257166-26257180promoter 内 2185-2199 bp + 1802 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 26247151-26255364(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 ACTGATGACGTGGCG
SmilChr08G000253 Chr08 NC_080394.1:1766310-1766324promoter 内 2032-2046 bp + 1955 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 1760672-1764355(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 ACTGGAGACGTGGCA
SmilChr02G003007 Chr02 NC_080388.1:50702156-50702170promoter 内 1973-1987 bp - 2014 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 50704184-50705021(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 AGAGGTGACGTGGCC
SmilChr01G000957 Chr01 NC_080387.1:20233222-20233236promoter 内 998-1012 bp + 2989 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 20229260-20230233(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GTTGGTGACGTGGCT
SmilChr04G002671 Chr04 NC_080390.1:42123004-42123018promoter 内 779-793 bp + 3208 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 42117659-42119796(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 CGTTGTGACGTGGCA
SmilChr01G000780 Chr01 NC_080387.1:17011894-17011908promoter 内 491-505 bp + 3496 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 17005209-17008398(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GATGCCTACGTGGCA
SmilChr01G003475 Chr01 NC_080387.1:53299737-53299751promoter 内 323-337 bp + 3664 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 53303415-53305304(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 CGCCACGTCGCCGAC
SmilChr08G004021 Chr08 NC_080394.1:48652304-48652318promoter 内 314-328 bp + 3673 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 48647032-48648631(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GAAGTTGACGTGGCA
SmilChr01G003409 Chr01 NC_080387.1:52749678-52749692promoter 内 254-268 bp + 3733 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 52753425-52755236(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 CGCCACGTCGCCGAC
SmilChr02G004659 Chr02 NC_080388.1:69002762-69002776promoter 内 222-236 bp + 3765 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 68990617-68998997(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 CAGGATGACGTGGCA
SmilChr03G004022 Chr03 NC_080389.1:59188630-59188644promoter 内 170-184 bp - 3817 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 59192461-59197626(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 AGCGATGACGTGGCA
SmilChr08G000255 Chr08 NC_080394.1:1766310-1766324promoter 内 114-128 bp + 3873 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 1770197-1770816(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGCCACGTCTCCAGT
SmilChr05G002081 Chr05 NC_080391.1:21740666-21740680promoter 内 47-61 bp + 3940 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 21744620-21746183(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGCCACGTCAACACT
SmilChr04G000576 Chr04 NC_080390.1:6417904-6417918promoter 内 645-659 bp - 3342 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 4 6421260-6422212(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGTGCACACGTGGCA
SmilChr03G001364 Chr03 NC_080389.1:15998278-15998292promoter 内 3925-3939 bp + 62 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 3 15995515-15998216(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GTCGCTGACGTGGCC
SmilChr03G001365 Chr03 NC_080389.1:15998278-15998292promoter 内 3661-3675 bp + 326 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 3 15998618-15999364(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GGCCACGTCAGCGAC
SmilChr02G004071 Chr02 NC_080388.1:62994159-62994173promoter 内 815-829 bp + 3172 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 3 62988008-62990987(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 AATGCTTACGTGGCA
SmilChr03G002474 Chr03 NC_080389.1:39200921-39200935promoter 内 3952-3966 bp + 35 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 2 39195515-39200886(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GCGTCCGACGTGGCA
SmilChr04G000041 Chr04 NC_080390.1:409846-409860promoter 内 3914-3928 bp - 73 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 2 397358-409773(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 CGCCACGTCAGCCGG
SmilChr08G000574 Chr08 NC_080394.1:4190732-4190746promoter 内 3786-3800 bp - 201 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 2 4178839-4190531(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 CGCCACGTCATCATG
SmilChr04G000575 Chr04 NC_080390.1:6417904-6417918promoter 内 3604-3618 bp - 383 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 2 6418301-6419386(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGTGCACACGTGGCA
SmilChr07G003841 Chr07 NC_080393.1:47572731-47572745promoter 内 3593-3607 bp + 394 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 2 47571268-47572337(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGTGCACACGTGGCA
SmilChr03G001710 Chr03 NC_080389.1:22873007-22873021promoter 内 3337-3351 bp - 650 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 2 22873671-22874800(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGTGCACACGTGGCA
SmilChr04G000043 Chr04 NC_080390.1:409846-409860promoter 内 1011-1025 bp - 2976 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 2 412836-414785(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 CCGGCTGACGTGGCG
SmilChr04G000042 Chr04 NC_080390.1:409846-409860promoter 内 3878-3892 bp - 109 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 409969-412055(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 CCGGCTGACGTGGCG
SmilChr01G004965 Chr01 NC_080387.1:67745512-67745526promoter 内 3823-3837 bp + 164 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 67742964-67745348(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 ACAGCTGACGTGGCC
SmilChr01G004067 Chr01 NC_080387.1:59096283-59096297promoter 内 3769-3783 bp - 218 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 59095174-59096065(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TTCCACGTCGGCACC
SmilChr04G003089 Chr04 NC_080390.1:47515371-47515385promoter 内 3389-3403 bp - 598 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 47515983-47517462(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGTGCACACGTGGCA
SmilChr08G003114 Chr08 NC_080394.1:31374951-31374965promoter 内 3167-3181 bp - 820 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 31375785-31382939(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GGAGCTTACGTGGCA
SmilChr04G001813 Chr04 NC_080390.1:29632363-29632377promoter 内 2982-2996 bp - 1005 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 29633382-29634236(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGTGCACACGTGGCA
SmilChr01G003432 Chr01 NC_080387.1:52954817-52954831promoter 内 2602-2616 bp - 1385 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 52952881-52953432(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGACACGTCAGCAAT
SmilChr01G002561 Chr01 NC_080387.1:43740510-43740524promoter 内 2211-2225 bp - 1776 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 43742300-43747956(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GCGGCCCACGTGGCG