转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G000040; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00000579-RA_Salv SmilChr04G000040 ERF XP_057808382.1 MP00312 AATTGTCGGTGGAGT

可能结合的靶基因

8490 个结合位点 7006 个候选靶基因 第 14 / 141 下载 TSV

上一页 14 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr03G001124 Chr03 NC_080389.1:12931308-12931322promoter 内 741-755 bp + 3246 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 12934568-12937249(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 AGGCGTCGGTGGCTC
SmilChr01G003746 Chr01 NC_080387.1:55792070-55792084promoter 内 729-743 bp - 3258 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 55786538-55788812(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CGGTGGCGGTGGAGG
SmilChr04G001689 Chr04 NC_080390.1:27942984-27942998promoter 内 700-714 bp - 3287 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 27936161-27939697(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CGGCGTCGGTGCCAG
SmilChr05G002763 Chr05 NC_080391.1:31976390-31976404promoter 内 673-687 bp + 3314 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 31979718-31982895(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 TGGCGTCGGTGGCTT
SmilChr06G001714 Chr06 NC_080392.1:19745903-19745917promoter 内 609-623 bp - 3378 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 19736709-19742525(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 TAGTGTCGGTGGTAT
SmilChr02G001463 Chr02 NC_080388.1:27323145-27323159promoter 内 586-600 bp - 3401 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 27326560-27327765(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 TCTCCGCCGACAACC
SmilChr05G000679 Chr05 NC_080391.1:5178941-5178955promoter 内 525-539 bp + 3462 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 5182417-5183946(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 TGTTGTCGGCGGGGC
SmilChr04G003068 Chr04 NC_080390.1:47211552-47211566promoter 内 365-379 bp - 3622 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 47215188-47223158(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 TATCCACCGACGCCG
SmilChr02G004926 Chr02 NC_080388.1:71286285-71286299promoter 内 250-264 bp - 3737 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 71278458-71282548(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CGGCGTCGGTGTCGG
SmilChr08G002995 Chr08 NC_080394.1:30056949-30056963promoter 内 870-884 bp - 3117 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 3 30051707-30053832(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CATTGTCGGCGGCAA
SmilChr06G001620 Chr06 NC_080392.1:18039596-18039610promoter 内 2995-3009 bp + 992 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 2 18036985-18038604(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CCGCCACCGACGTTC
SmilChr04G002114 Chr04 NC_080390.1:34129598-34129612promoter 内 2920-2934 bp + 1067 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 2 34130679-34133591(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 GGGCGTCGGTGGATG
SmilChr05G002730 Chr05 NC_080391.1:31447940-31447954promoter 内 2860-2874 bp + 1127 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 2 31449081-31453089(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CGGCGTCGGTGAAGT
SmilChr04G003825 Chr04 NC_080390.1:54360099-54360113promoter 内 2255-2269 bp - 1732 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 2 54361845-54363272(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CCGCCACCGACGTTC
SmilChr03G001799 Chr03 NC_080389.1:24612087-24612101promoter 内 1606-1620 bp + 2381 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 2 24605563-24609706(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 TCCCCACCGACGAAG
SmilChr03G000407 Chr03 NC_080389.1:4434567-4434581promoter 内 657-671 bp - 3330 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 2 4420914-4431237(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 TTGTGTCGGTGGACT
SmilChr04G003824 Chr04 NC_080390.1:54360099-54360113promoter 内 321-335 bp - 3666 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 2 54354338-54356433(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 GAACGTCGGTGGCGG
SmilChr04G003574 Chr04 NC_080390.1:52160609-52160623promoter 内 3476-3490 bp - 511 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 52157094-52160098(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CGTTGTCGGTGCGGC
SmilChr07G002704 Chr07 NC_080393.1:26417118-26417132promoter 内 3440-3454 bp + 547 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 26413658-26416571(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CCGACACCGACAAAG
SmilChr08G002081 Chr08 NC_080394.1:18703437-18703451promoter 内 2983-2997 bp + 1004 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 18704455-18708320(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CTCCGTCGGTGCCGG
SmilChr04G001908 Chr04 NC_080390.1:31153199-31153213promoter 内 2782-2796 bp + 1205 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 31154418-31156576(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CCTTGTCGGTGACGT
SmilChr03G000347 Chr03 NC_080389.1:3905074-3905088promoter 内 2666-2680 bp - 1321 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 3906409-3908226(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 AGTCCACCGACACAA
SmilChr03G002918 Chr03 NC_080389.1:45935905-45935919promoter 内 2506-2520 bp + 1481 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 45931901-45934424(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 ACGTCACCGACAAGG
SmilChr05G000970 Chr05 NC_080391.1:7832276-7832290promoter 内 2434-2448 bp + 1553 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 7827197-7830723(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 ACGTCACCGACAAGG
SmilChr05G000077 Chr05 NC_080391.1:394901-394915promoter 内 2125-2139 bp - 1862 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 390649-393039(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 TTGTGTCGGTGGACT
SmilChr06G000061 Chr06 NC_080392.1:499347-499361promoter 内 2023-2037 bp - 1964 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 501325-505747(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CAGCCACCGACATTT
SmilChr08G000635 Chr08 NC_080394.1:4739861-4739875promoter 内 1825-1839 bp - 2162 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 4742037-4743176(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CTACCACCGACAGAA
SmilChr07G000558 Chr07 NC_080393.1:3853678-3853692promoter 内 1701-1715 bp + 2286 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 3846599-3851392(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 AGTCCACCGACACAA
SmilChr06G000394 Chr06 NC_080392.1:3154588-3154602promoter 内 1697-1711 bp - 2290 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 3150565-3152298(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 TTTTGTCGGTGGTTG
SmilChr07G004232 Chr07 NC_080393.1:54597691-54597705promoter 内 1684-1698 bp + 2303 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 54600008-54601289(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 TTGTGTCGGTGGACT
SmilChr07G000560 Chr07 NC_080393.1:3853678-3853692promoter 内 1682-1696 bp + 2305 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 3850323-3851373(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 AGTCCACCGACACAA
SmilChr03G000862 Chr03 NC_080389.1:9832679-9832693promoter 内 1671-1685 bp - 2316 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 9835009-9836011(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 AGTCCACCGACACAA
SmilChr01G006049 Chr01 NC_080387.1:76008394-76008408promoter 内 1637-1651 bp - 2350 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 76005655-76006044(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 TTGTGTCGGTGGACT
SmilChr05G001748 Chr05 NC_080391.1:17020572-17020586promoter 内 1627-1641 bp - 2360 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 17022946-17025027(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 AGTCCACCGACACAA
SmilChr01G004786 Chr01 NC_080387.1:66082544-66082558promoter 内 1598-1612 bp - 2389 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 66084947-66086132(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 AGTCCACCGACACAA
SmilChr01G002508 Chr01 NC_080387.1:42970247-42970261promoter 内 1502-1516 bp + 2485 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 42964801-42967762(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 GAGCCACCGACAGCC
SmilChr04G001593 Chr04 NC_080390.1:26547406-26547420promoter 内 1494-1508 bp - 2493 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 26520857-26544913(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CGGCGTCGGTGCCTG
SmilChr08G002241 Chr08 NC_080394.1:20556201-20556215promoter 内 1463-1477 bp + 2524 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 20552907-20553677(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 AGTCCACCGACACAA
SmilChr08G002958 Chr08 NC_080394.1:29615291-29615305promoter 内 1287-1301 bp - 2700 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 29604189-29612591(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 GGCTGTCGGTGGCTC
SmilChr02G004155 Chr02 NC_080388.1:63873430-63873444promoter 内 1196-1210 bp + 2791 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 63869128-63870639(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 AGTCCACCGACACAA
SmilChr04G001750 Chr04 NC_080390.1:28824575-28824589promoter 内 1121-1135 bp - 2866 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 28819593-28821709(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 TTGTGTCGGTGGACT
SmilChr02G002517 Chr02 NC_080388.1:43670631-43670645promoter 内 1056-1070 bp - 2931 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 43661535-43667700(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CGTCGTCGGTGGGTG
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SmilChr01G002744 Chr01 NC_080387.1:45752212-45752226promoter 内 908-922 bp + 3079 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 45755305-45757162(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 TTGTGTCGGTGGACT
SmilChr08G001852 Chr08 NC_080394.1:15909127-15909141promoter 内 764-778 bp - 3223 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 15912364-15914424(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CCATCACCGACAATT
SmilChr05G002549 Chr05 NC_080391.1:28544138-28544152promoter 内 746-760 bp - 3241 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 28525213-28540897(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CCGTGTCGGTGAAGA
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SmilChr04G003826 Chr04 NC_080390.1:54360099-54360113promoter 内 727-741 bp - 3260 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 54363373-54365077(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CCGCCACCGACGTTC