转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。

预计算阈值必须与当前索引一致。非法、未支持或需四舍五入的输入会报错;页面与下载均不会自动切换阈值。

257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G004199; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00010571-RA_Salv SmilChr01G004199 bHLH XP_057782208.1 MP00074 AGAAGGTCACGTGG

可能结合的靶基因

9969 个结合位点 7396 个候选靶基因 第 144 / 148 下载 TSV

上一页 144 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr03G004386 Chr03 NC_080389.1:62063472-62063485promoter 内 259-272 bp + 3729 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 62067214-62071808(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 AATAAAACACGTGG
SmilChr02G004063 Chr02 NC_080388.1:62927932-62927945promoter 内 238-251 bp - 3750 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 62931695-62936721(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 ACACGTGAAGACTC
SmilChr03G004193 Chr03 NC_080389.1:60596802-60596815promoter 内 201-214 bp - 3787 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 60600602-60602509(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGCAAGCAG
SmilChr05G001718 Chr05 NC_080391.1:16453498-16453511promoter 内 166-179 bp - 3822 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 16448700-16449676(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 ATAAATTCACGTGA
SmilChr07G003937 Chr07 NC_080393.1:49694082-49694095promoter 内 11-24 bp + 3977 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 49698072-49699882(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 TGTTATCCACGTGG
SmilChr01G001714 Chr01 NC_080387.1:31610874-31610887promoter 内 1561-1574 bp + 2427 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 2 31605432-31608447(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGATTTATA
SmilChr01G002966 Chr01 NC_080387.1:48554622-48554635promoter 内 3970-3983 bp + 18 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 48552879-48554604(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGTATATAT
SmilChr03G002582 Chr03 NC_080389.1:41084313-41084326promoter 内 3964-3977 bp + 24 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 41084350-41090165(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CAAAGTTCACGTGT
SmilChr07G000810 Chr07 NC_080393.1:5714991-5715004promoter 内 3962-3975 bp + 26 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 5710930-5714965(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGTTAGCAA
SmilChr01G004756 Chr01 NC_080387.1:65758916-65758929promoter 内 3934-3947 bp + 54 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 65758983-65762736(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CAAAGTTCACGTGT
SmilChr08G000640 Chr08 NC_080394.1:4763696-4763709promoter 内 3934-3947 bp - 54 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 4763763-4764695(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 GCACGTGATTGCTC
SmilChr01G001638 Chr01 NC_080387.1:30417282-30417295promoter 内 3907-3920 bp + 81 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 30417376-30420460(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CTTATTTCACGTGC
SmilChr01G005676 Chr01 NC_080387.1:73045358-73045371promoter 内 3876-3889 bp + 112 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 73045483-73045929(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 ATATATACACGTGG
SmilChr07G000938 Chr07 NC_080393.1:6697522-6697535promoter 内 3813-3826 bp + 175 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 6691886-6697347(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGTGAAAAG
SmilChr01G002663 Chr01 NC_080387.1:44872532-44872545promoter 内 3775-3788 bp + 213 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 44870500-44872319(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 GCACGTGAAGAATC
SmilChr04G003614 Chr04 NC_080390.1:52629396-52629409promoter 内 3732-3745 bp + 256 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 52629665-52631180(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 GAATCATCACGTGC
SmilChr04G001308 Chr04 NC_080390.1:20871413-20871426promoter 内 3713-3726 bp + 275 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 20871701-20872882(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 ATGTAAACACGTGG
SmilChr06G002872 Chr06 NC_080392.1:41551918-41551931promoter 内 3678-3691 bp - 310 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 41552241-41553529(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGTAAGCTG
SmilChr03G002326 Chr03 NC_080389.1:36621165-36621178promoter 内 3667-3680 bp - 321 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 36621499-36622803(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 TCACGTGATAATCC
SmilChr07G002462 Chr07 NC_080393.1:23160114-23160127promoter 内 3647-3660 bp - 341 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 23160468-23163089(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 ACACGTGATTTACT
SmilChr05G001115 Chr05 NC_080391.1:9297863-9297876promoter 内 3622-3635 bp + 366 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 9291872-9297497(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 TCACGTGATACTAT
SmilChr07G000764 Chr07 NC_080393.1:5364863-5364876promoter 内 3615-3628 bp - 373 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 5363679-5364490(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 TTTAGTTCACGTGT
SmilChr01G005794 Chr01 NC_080387.1:74029261-74029274promoter 内 3530-3543 bp + 458 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 74029732-74031621(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 ATGTTTTCACGTGC
SmilChr01G005547 Chr01 NC_080387.1:72269758-72269771promoter 内 3492-3505 bp + 496 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 72270267-72274502(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 TATCGTACACGTGG
SmilChr02G000216 Chr02 NC_080388.1:2826248-2826261promoter 内 3463-3476 bp + 525 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 2822211-2825723(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGTGTAATT
SmilChr06G001806 Chr06 NC_080392.1:21232485-21232498promoter 内 3457-3470 bp + 531 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 21233029-21236015(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CAAGAATCACGTGC
SmilChr05G003642 Chr05 NC_080391.1:48836728-48836741promoter 内 3428-3441 bp + 560 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 48837301-48838857(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 TTCTGATCACGTGC
SmilChr02G005286 Chr02 NC_080388.1:73886476-73886489promoter 内 3426-3439 bp + 562 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 73887051-73890068(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CATGATTCACGTGC
SmilChr01G003423 Chr01 NC_080387.1:52884959-52884972promoter 内 3354-3367 bp - 634 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 52885606-52887889(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 TCACGTGAATAGCA
SmilChr01G003492 Chr01 NC_080387.1:53492115-53492128promoter 内 3346-3359 bp - 642 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 53492770-53495252(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 TCACGTGAATAGCA
SmilChr01G005743 Chr01 NC_080387.1:73533701-73533714promoter 内 3338-3351 bp + 650 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 73534364-73538552(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 AATAATTCACGTGC
SmilChr01G003083 Chr01 NC_080387.1:49669475-49669488promoter 内 3324-3337 bp + 664 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 49665340-49668811(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGTTTACAT
SmilChr01G005546 Chr01 NC_080387.1:72269758-72269771promoter 内 3287-3300 bp + 701 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 72265015-72269057(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGTACGATA
SmilChr05G002507 Chr05 NC_080391.1:27811060-27811073promoter 内 3257-3270 bp - 731 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 27811804-27815790(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 ACACGTGAGTTAAA
SmilChr08G001710 Chr08 NC_080394.1:14307645-14307658promoter 内 3216-3229 bp - 772 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 14308430-14310308(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 GCACGTGAACAGTG
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