转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr03G004179; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00012156-RA_Salv SmilChr03G004179 WRKY XP_057799230.1 MP00464 AGCGTTGACTTTTT

可能结合的靶基因

9864 个结合位点 7299 个候选靶基因 第 145 / 146 下载 TSV

上一页 145 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G004286 Chr02 NC_080388.1:65164283-65164296promoter 内 701-714 bp + 3287 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 65167583-65167655(+) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 GTTGTTGACTCTCA
SmilChr03G004248 Chr03 NC_080389.1:60974451-60974464promoter 内 637-650 bp - 3351 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 60966271-60971100(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 TTGTTTGACTTTAC
SmilChr02G000500 Chr02 NC_080388.1:6887083-6887096promoter 内 605-618 bp + 3383 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 6882747-6883700(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 TTTAAGTCAACATC
SmilChr01G000900 Chr01 NC_080387.1:19059570-19059583promoter 内 564-577 bp - 3424 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 19063007-19063716(+) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 TAGTGGTCAACGTT
SmilChr03G004250 Chr03 NC_080389.1:60974451-60974464promoter 内 505-518 bp - 3483 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 60977947-60980004(+) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 GTAAAGTCAAACAA
SmilChr04G003569 Chr04 NC_080390.1:52074842-52074855promoter 内 388-401 bp - 3600 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 52059365-52071242(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 TAGGTTGACTAGTT
SmilChr04G003147 Chr04 NC_080390.1:48104750-48104763promoter 内 252-265 bp - 3736 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 48108499-48108571(+) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 AAAAAGTCAATTTC
SmilChr01G002202 Chr01 NC_080387.1:38320083-38320096promoter 内 202-215 bp - 3786 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 38323882-38326237(+) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 CATTAGTCAACCAA
SmilChr02G003145 Chr02 NC_080388.1:52486126-52486139promoter 内 181-194 bp - 3807 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 52478208-52482319(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 TCCATTGACTTTCA
SmilChr04G000768 Chr04 NC_080390.1:9417309-9417322promoter 内 178-191 bp - 3810 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 9421132-9426053(+) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 GGCAAGTCAAAGAG
SmilChr04G002993 Chr04 NC_080390.1:46344861-46344874promoter 内 158-171 bp + 3830 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 46348704-46355265(+) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 GGCGTTGACAATAA
SmilChr03G000028 Chr03 NC_080389.1:369035-369048promoter 内 156-169 bp + 3832 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 372880-373925(+) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 TCCATTGACTTTCA
SmilChr04G003097 Chr04 NC_080390.1:47582966-47582979promoter 内 153-166 bp + 3835 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 47577940-47579131(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 GGCAAGTCAAAGAG
SmilChr02G003915 Chr02 NC_080388.1:61247906-61247919promoter 内 150-163 bp - 3838 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 61238750-61244068(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 CACTTTGACTTCAT
SmilChr04G000309 Chr04 NC_080390.1:2850216-2850229promoter 内 131-144 bp + 3857 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 2854086-2855614(+) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 GAGTTTGACTTATC
SmilChr01G002723 Chr01 NC_080387.1:45572339-45572352promoter 内 114-127 bp + 3874 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 45576226-45578866(+) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 CCATTTGACTTTCA
SmilChr02G001341 Chr02 NC_080388.1:24985073-24985086promoter 内 56-69 bp - 3932 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 24989018-24994857(+) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 GAAGAGTCAACATG
SmilChr01G001072 Chr01 NC_080387.1:22127711-22127724promoter 内 50-63 bp - 3938 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 22121188-22123773(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 ATTGTTGACTATAT
SmilChr03G004046 Chr03 NC_080389.1:59443759-59443772promoter 内 3968-3981 bp - 20 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 59440091-59443739(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 TACTTTGACTTCAT
SmilChr03G004052 Chr03 NC_080389.1:59481336-59481349promoter 内 3947-3960 bp - 41 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 59473631-59481295(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 TACTTTGACTTCAT
SmilChr01G003233 Chr01 NC_080387.1:51097594-51097607promoter 内 3942-3955 bp + 46 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 51097653-51101873(+) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 AATGTTGACTATAT
SmilChr01G003021 Chr01 NC_080387.1:49235433-49235446promoter 内 3923-3936 bp - 65 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 49226403-49235368(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 TATGTTGACTTGAG
SmilChr02G001499 Chr02 NC_080388.1:28037697-28037710promoter 内 3887-3900 bp - 101 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 28037811-28041256(+) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 GATAAGTCAAATCT
SmilChr02G001457 Chr02 NC_080388.1:27267683-27267696promoter 内 3877-3890 bp - 111 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 27267807-27269888(+) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 GATAAGTCAAATCT
SmilChr03G000939 Chr03 NC_080389.1:10680689-10680702promoter 内 3860-3873 bp - 128 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 10680830-10685763(+) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 TTTAAGTCAACAGT
SmilChr02G005205 Chr02 NC_080388.1:73294145-73294158promoter 内 3849-3862 bp - 139 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 73294297-73298138(+) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 AAACAGTCAACAAT
SmilChr03G001685 Chr03 NC_080389.1:22230399-22230412promoter 内 3733-3746 bp + 255 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 22230667-22232603(+) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 TTATTTGACTTTGA
SmilChr02G002938 Chr02 NC_080388.1:49890111-49890124promoter 内 3670-3683 bp + 318 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 49884668-49889793(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 TCAAAGTCAAAACA
SmilChr03G004047 Chr03 NC_080389.1:59443759-59443772promoter 内 3571-3584 bp - 417 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 59444189-59446271(+) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 ATGAAGTCAAAGTA
SmilChr02G004495 Chr02 NC_080388.1:67448915-67448928promoter 内 3497-3510 bp + 491 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 67449419-67455324(+) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 CGGGTTGACTAGGA
SmilChr02G004952 Chr02 NC_080388.1:71482611-71482624promoter 内 3369-3382 bp + 619 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 71483243-71487460(+) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 TACTTTGACTTCAT
SmilChr02G000469 Chr02 NC_080388.1:6344186-6344199promoter 内 3339-3352 bp - 649 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 6341401-6343537(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 TGTTTTGACTTTGA
SmilChr01G001209 Chr01 NC_080387.1:24311482-24311495promoter 内 3302-3315 bp + 686 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 24312181-24321725(+) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 TTCTTTGACTTACT
SmilChr02G003442 Chr02 NC_080388.1:55700345-55700358promoter 内 3236-3249 bp + 752 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 55696078-55699593(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 GGCAAGTCAAAGAA
SmilChr01G000059 Chr01 NC_080387.1:947575-947588promoter 内 3222-3235 bp - 766 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 945299-946809(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 TGTTTTGACTTTGA
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SmilChr01G004632 Chr01 NC_080387.1:64353125-64353138promoter 内 2724-2737 bp + 1264 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 64354402-64355717(+) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 CGAATTGACTTTTT
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