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转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family，查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。

预计算阈值必须与当前索引一致。非法、未支持或需四舍五入的输入会报错；页面与下载均不会自动切换阈值。

257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中，并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因，不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif；应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引，可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card，点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
SmilChr04G003117 XP_057809539.1
C2H2 1
MP00592
 8519 9901 查靶基因
SmilChr04G003114 XP_057809538.1
C2H2 1
MP00592
 8519 9901 查靶基因
SmilChr01G005298 XP_057788621.1
ARR-B 1
MP00010
 8344 9778 查靶基因
SmilChr03G003924 XP_057798851.1
NAC 1
MP00059
 8333 9940 查靶基因
SmilChr01G005344 XP_057788686.1
MYB 1
MP00296
 8304 9873 查靶基因
SmilChr08G004408 XP_057780613.1
MYB 1
MP00114
 8151 9897 查靶基因
SmilChr04G001094 XP_057804404.1
WRKY 1
MP00408
 8149 9902 查靶基因
SmilChr07G003597 XP_057773587.1
Nin-like 1
MP00449
 8096 9453 查靶基因
SmilChr02G005433 XP_057792682.1
WRKY 1
MP00209
 8083 9910 查靶基因
SmilChr04G004136 XP_057806072.1
MYB 1
MP00627
 8075 9835 查靶基因
SmilChr01G003955 XP_057779712.1
WRKY 1
MP00450
 8044 9901 查靶基因
SmilChr03G003685 XP_057798538.1
ERF 1
MP00558
 8044 9762 查靶基因
SmilChr07G002937 XP_057777490.1
MIKC_MADS 1
MP00096
 8019 9914 查靶基因
SmilChr02G003833 XP_057794421.1
MYB 1
MP00476
 7981 9904 查靶基因
SmilChr07G002803 XP_057777238.1
NAC 1
MP00221
 7965 9903 查靶基因
SmilChr05G002364 XP_057809766.1
WRKY 1
MP00069
 7882 9917 查靶基因
SmilChr08G003267 XP_057779249.1
MYB 1
MP00406
 7839 9917 查靶基因
SmilChr02G005012 XP_057792191.1
TALE 1
MP00670
 7758 9906 查靶基因
SmilChr07G001978 XP_057776996.1
SBP 1
MP00555
 7648 9805 查靶基因
SmilChr05G000741 XP_057764423.1
ARF 1
MP00021
 7629 9812 查靶基因
SmilChr01G004579 XP_057787263.1
MYB 1
MP00132
 7583 9926 查靶基因
SmilChr05G000593 XP_057764223.1
MIKC_MADS 1
MP00609
 7575 9941 查靶基因
SmilChr03G004518 XP_057799834.1
ERF 1
MP00529
 7559 9247 查靶基因
SmilChr06G001829 XP_057766988.1
MYB 1
MP00510
 7526 9799 查靶基因
SmilChr05G000830 XP_057764550.1
NAC 1
MP00058
 7440 9855 查靶基因
SmilChr08G002543 XP_057778423.1
bZIP 1
MP00303
 7416 9868 查靶基因
SmilChr01G002743 XP_057765725.1
MYB_related 1
MP00565
 7412 9785 查靶基因
SmilChr04G002704 XP_057807081.1
ERF 1
MP00026
 7408 9854 查靶基因
SmilChr05G001395 XP_057765344.1
WRKY 1
MP00071
 7408 9764 查靶基因
SmilChr04G002953 XP_057809314.1
ARF 1
MP00033
 7406 9827 查靶基因
SmilChr01G004199 XP_057782208.1
bHLH 1
MP00074
 7396 9969 查靶基因
SmilChr05G004009 XP_057810662.1
MYB 1
MP00216
 7342 9832 查靶基因
SmilChr03G001606 XP_057802772.1
WRKY 1
MP00539
 7338 9848 查靶基因
SmilChr02G004600 XP_057791481.1
ARF 1
MP00574
 7302 9846 查靶基因
SmilChr03G004179 XP_057799230.1
WRKY 1
MP00464
 7299 9864 查靶基因
SmilChr04G003805 XP_057805691.1
MIKC_MADS 1
MP00315
 7291 9567 查靶基因
SmilChr03G003761 XP_057798625.1
WRKY 1
MP00525
 7235 9838 查靶基因
SmilChr01G001885 XP_057806790.1
WRKY 1
MP00171
 7182 9833 查靶基因
SmilChr05G004392 XP_057811204.1
WRKY 1
MP00506
 7173 9818 查靶基因
SmilChr04G002757 XP_057807158.1
MIKC_MADS 1
MP00272
 7172 9889 查靶基因
SmilChr01G003404 XP_057773670.1
bZIP 1
MP00184
 7147 9840 查靶基因
SmilChr03G002335 XP_057801256.1
bZIP 1
MP00647
 7133 9953 查靶基因
SmilChr07G002075 XP_057773918.1
C2H2 1
MP00485
 7130 8059 查靶基因
SmilChr04G000162 XP_057807467.1
MYB 1
MP00134
 7078 8676 查靶基因
SmilChr04G000040 XP_057808382.1
ERF 1
MP00312
 7006 8490 查靶基因
SmilChr08G001896 XP_057783815.1
MYB 1
MP00564
 6984 9893 查靶基因
SmilChr02G005217 XP_057792502.1
G2-like 1
MP00022
 6959 9720 查靶基因
SmilChr05G000260 XP_057763683.1
bZIP 1
MP00040
 6920 9919 查靶基因
SmilChr01G002885 XP_057767601.1
ERF 1
MP00151
 6907 9976 查靶基因
SmilChr05G001518 XP_057765511.1
WRKY 1
MP00455
 6900 9792 查靶基因
SmilChr03G002503 XP_057801356.1
MYB 1
MP00482
 6899 8940 查靶基因
SmilChr03G001252 XP_057802461.1
bZIP 1
MP00291
 6894 9321 查靶基因
SmilChr06G001365 XP_057768799.1
SBP 1
MP00307
 6893 9755 查靶基因
SmilChr03G003439 XP_057798243.1
bHLH 1
MP00195
 6878 9832 查靶基因
SmilChr06G001111 XP_057768512.1
MYB 1
MP00388
 6870 9774 查靶基因
SmilChr02G000949 XP_057795176.1
bZIP 1
MP00318
 6849 9413 查靶基因
SmilChr01G000025 XP_057790305.1
SBP 1
MP00633
 6833 8026 查靶基因
SmilChr01G004313 XP_057783598.1
bHLH 1
MP00308
 6805 9826 查靶基因
SmilChr02G005502 XP_057792768.1
bHLH 1
MP00082
 6784 9435 查靶基因
SmilChr03G004274 XP_057799397.1
MIKC_MADS 1
MP00080
 6766 9850 查靶基因
SmilChr02G003688 XP_057794248.1
MYB 1
MP00028
 6764 9024 查靶基因
SmilChr04G003367 XP_057804957.1
MYB 1
MP00191
 6736 9690 查靶基因
SmilChr04G000157 XP_057807462.1
bHLH 1
MP00081
 6729 9942 查靶基因
SmilChr07G002147 XP_057774045.1
MYB 1
MP00500
 6697 9681 查靶基因
SmilChr05G002277 XP_057809665.1
ERF 1
MP00452
 6671 7783 查靶基因
SmilChr07G004480 XP_057776222.1
WRKY 1
MP00531
 6663 9784 查靶基因
SmilChr02G004447 XP_057797242.1
HD-ZIP 1
MP00200
 6661 9930 查靶基因
SmilChr04G000070 XP_057807324.1
bHLH 1
MP00034
 6653 9929 查靶基因
SmilChr01G002039 XP_057808459.1
bHLH 1
MP00660
 6653 9929 查靶基因
SmilChr01G005851 XP_057789306.1
MYB 1
MP00055
 6638 9685 查靶基因
SmilChr02G005238 XP_057792594.1
SBP 1
MP00634
 6619 7771 查靶基因
SmilChr06G002048 XP_057770293.1
bHLH 1
MP00035
 6618 9903 查靶基因
SmilChr07G000836 XP_057772437.1
MYB_related 1
MP00568
 6611 9696 查靶基因
SmilChr04G003119 XP_057809542.1
bZIP 1
MP00039
 6610 9936 查靶基因
SmilChr01G004114 XP_057781125.1
WRKY 1
MP00284
 6552 9774 查靶基因
SmilChr08G004246 XP_057780410.1
WRKY 1
MP00422
 6535 9791 查靶基因
SmilChr05G001980 XP_057766076.1
ARF 1
MP00153
 6534 9706 查靶基因
SmilChr04G000094 XP_057807365.1
YABBY 1
MP00620
 6504 9844 查靶基因
SmilChr02G002534 XP_057797741.1
TCP 1
MP00169
 6498 7295 查靶基因
SmilChr05G001269 XP_057765199.1
G2-like 1
MP00252
 6478 9780 查靶基因
SmilChr07G003441 XP_057773618.1
NAC 1
MP00108
 6458 9810 查靶基因
SmilChr02G001791 XP_057795933.1
TCP 1
MP00062
 6454 7249 查靶基因
SmilChr05G003285 XP_057810127.1
RAV 1
MP00024
 6450 9853 查靶基因
SmilChr05G000619 XP_057764205.1
WRKY 1
MP00167
 6439 9756 查靶基因
SmilChr04G003745 XP_057809144.1
C2H2 1
MP00416
 6433 9716 查靶基因
SmilChr02G004607 XP_057791470.1
C2H2 1
MP00608
 6398 9817 查靶基因
SmilChr02G003399 XP_057793859.1
ERF 1
MP00240
 6368 9978 查靶基因
SmilChr01G004920 XP_057788125.1
MYB_related 1
MP00607
 6362 9718 查靶基因
SmilChr06G001059 XP_057768449.1
Dof 1
MP00402
 6278 9875 查靶基因
SmilChr01G004552 XP_057786668.1
bZIP 1
MP00409
 6252 8429 查靶基因
SmilChr01G006187 XP_057798078.1
GRAS 1
MP00611
 6232 9807 查靶基因
SmilChr01G001516 XP_057803325.1
bZIP 1
MP00648
 6170 9939 查靶基因
SmilChr04G003955 XP_057805828.1
ERF 1
MP00120
 6144 7514 查靶基因
SmilChr01G004708 XP_057787833.1
WRKY 1
MP00251
 6140 9713 查靶基因
SmilChr05G001961 XP_057766054.1
MIKC_MADS 1
MP00077
 6125 9815 查靶基因
SmilChr08G000478 XP_057781809.1
GATA 1
MP00130
 6015 9821 查靶基因
SmilChr01G000943 XP_057790035.1
MIKC_MADS 1
MP00508
 5979 7481 查靶基因
SmilChr05G004106 XP_057810779.1
WRKY 1
MP00260
 5932 9706 查靶基因
SmilChr04G003973 XP_057805857.1
HD-ZIP 1
MP00013
 5927 9712 查靶基因
SmilChr03G002207 XP_057801109.1
WRKY 1
MP00299
 5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因，每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr05G000741; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00002054-RA_Salv SmilChr05G000741 ARF XP_057764423.1 MP00021 TTGTCGGAAA

可能结合的靶基因

9812 个结合位点 7629 个候选靶基因 第 150 / 153 下载 TSV

上一页 150 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G006007 Chr01 NC_080387.1:75638115-75638124promoter 内 323-332 bp + 3669 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 75628535-75634446(-) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 CATCCGACAT
SmilChr04G003568 Chr04 NC_080390.1:52051907-52051916promoter 内 193-202 bp + 3799 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 52055715-52056212(+) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 ATGTCGGATG
SmilChr02G004872 Chr02 NC_080388.1:70801953-70801962promoter 内 179-188 bp - 3813 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 70805775-70807636(+) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 CATCCGACAT
SmilChr04G003492 Chr04 NC_080390.1:51357355-51357364promoter 内 3807-3816 bp + 185 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 51353705-51357170(-) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 TGACCGACAA
SmilChr03G002457 Chr03 NC_080389.1:38915617-38915626promoter 内 3788-3797 bp - 204 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 38915830-38915901(+) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 TGACCGACAA
SmilChr01G003300 Chr01 NC_080387.1:51686197-51686206promoter 内 3766-3775 bp + 226 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 51683701-51685971(-) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 TGACCGACAA
SmilChr04G001539 Chr04 NC_080390.1:25349463-25349472promoter 内 3754-3763 bp + 238 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 25346518-25349225(-) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 TGACCGACAA
SmilChr02G001421 Chr02 NC_080388.1:26823342-26823351promoter 内 3730-3739 bp + 262 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 26821704-26823080(-) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 TGACCGACAA
SmilChr01G003698 Chr01 NC_080387.1:55354909-55354918promoter 内 3679-3688 bp + 313 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 55353220-55354596(-) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 TGACCGACAA
SmilChr04G002256 Chr04 NC_080390.1:36521968-36521977promoter 内 3536-3545 bp - 456 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 36522433-36523368(+) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 TGACCGACAA
SmilChr04G003640 Chr04 NC_080390.1:52878822-52878831promoter 内 3409-3418 bp + 583 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 52876039-52878239(-) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 TGACCGACAA
SmilChr01G003976 Chr01 NC_080387.1:58200628-58200637promoter 内 3254-3263 bp - 738 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 58197199-58199890(-) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 TTGTCGGTCA
SmilChr01G005652 Chr01 NC_080387.1:72893889-72893898promoter 内 2940-2949 bp + 1052 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 72892765-72892837(-) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 TGACCGACAA
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SmilChr03G002545 Chr03 NC_080389.1:40621199-40621208promoter 内 2370-2379 bp + 1622 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 40622830-40623603(+) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 TTGTCGGTCA
SmilChr03G003592 Chr03 NC_080389.1:54570651-54570660promoter 内 2358-2367 bp + 1634 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 54572294-54574332(+) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 TTGTCGGTCA
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SmilChr05G000790 Chr05 NC_080391.1:6179254-6179263promoter 内 2121-2130 bp + 1871 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 6176468-6177383(-) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 TGACCGACAA
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SmilChr05G002066 Chr05 NC_080391.1:21526194-21526203promoter 内 1570-1579 bp + 2422 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 21521851-21523772(-) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 TGACCGACAA
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SmilChr01G003023 Chr01 NC_080387.1:49283810-49283819promoter 内 1396-1405 bp - 2596 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 49276093-49281214(-) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 TTGTCGGTCA
SmilChr04G001938 Chr04 NC_080390.1:31502972-31502981promoter 内 1240-1249 bp + 2752 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 31498037-31500220(-) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 TGACCGACAA
SmilChr02G002540 Chr02 NC_080388.1:44236058-44236067promoter 内 736-745 bp + 3256 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 44229787-44232802(-) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 TGACCGACAA
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SmilChr03G002018 Chr03 NC_080389.1:30188176-30188185promoter 内 570-579 bp - 3422 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 30191607-30194001(+) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 TGACCGACAA
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SmilChr01G004521 Chr01 NC_080387.1:63321052-63321061promoter 内 3949-3958 bp + 43 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 63319523-63321009(-) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 ATTCCGACCT
SmilChr03G004635 Chr03 NC_080389.1:63972990-63972999promoter 内 3750-3759 bp + 242 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 63971211-63972748(-) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 ATTCCGACCT
SmilChr03G002629 Chr03 NC_080389.1:41740395-41740404promoter 内 3436-3445 bp + 556 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 41740960-41743321(+) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 AGGTCGGAAT
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