转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G000162; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00008183-RA_Salv SmilChr04G000162 MYB XP_057807467.1 MP00134 TCCACCTACCACCAC

可能结合的靶基因

8676 个结合位点 7078 个候选靶基因 第 18 / 142 下载 TSV

上一页 18 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr08G000622 Chr08 NC_080394.1:4654031-4654045promoter 内 663-677 bp + 3324 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 2 4650150-4650707(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 AGTGTGGTAGGTGAA
SmilChr01G005194 Chr01 NC_080387.1:69635353-69635367promoter 内 586-600 bp - 3401 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 2 69627145-69631952(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TTCACCTACCACACT
SmilChr08G003089 Chr08 NC_080394.1:31105373-31105387promoter 内 557-571 bp - 3430 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 2 31108817-31109911(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 AGTGTGGTAGGTGAA
SmilChr06G001015 Chr06 NC_080392.1:10044455-10044469promoter 内 529-543 bp + 3458 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 2 10047927-10051822(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TTCACCTACCACACT
SmilChr01G002067 Chr01 NC_080387.1:36527866-36527880promoter 内 504-518 bp - 3483 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 2 36522430-36524383(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TTCACCTACCACACT
SmilChr05G002959 Chr05 NC_080391.1:35782735-35782749promoter 内 469-483 bp + 3518 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 2 35786267-35787433(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TTCACCTACCACACT
SmilChr08G003990 Chr08 NC_080394.1:48114400-48114414promoter 内 413-427 bp - 3574 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 2 48105356-48110826(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TTCACCTACCACACT
SmilChr02G000739 Chr02 NC_080388.1:11978294-11978308promoter 内 366-380 bp - 3621 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 2 11981929-11982861(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 AGTGTGGTAGGTGAA
SmilChr02G001754 Chr02 NC_080388.1:32288288-32288302promoter 内 266-280 bp - 3721 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 2 32292023-32295229(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GTGGTGGTAGGTGTC
SmilChr06G002422 Chr06 NC_080392.1:34964384-34964398promoter 内 242-256 bp - 3745 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 2 34968143-34972739(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 AGTGTGGTAGGTGAA
SmilChr01G002424 Chr01 NC_080387.1:41741772-41741786promoter 内 238-252 bp + 3749 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 2 41745535-41746849(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TTCACCTACCACACT
SmilChr03G004561 Chr03 NC_080389.1:63554200-63554214promoter 内 189-203 bp - 3798 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 2 63558012-63560227(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 AGTGTGGTAGGTGAA
SmilChr06G000420 Chr06 NC_080392.1:3476401-3476415promoter 内 177-191 bp - 3810 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 2 3480225-3481470(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 AGTGTGGTAGGTGAA
SmilChr01G004484 Chr01 NC_080387.1:62961719-62961733promoter 内 173-187 bp - 3814 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 2 62965547-62971988(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 AGTGTGGTAGGTGAA
SmilChr02G005051 Chr02 NC_080388.1:72223754-72223768promoter 内 54-68 bp - 3933 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 2 72227701-72227787(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 AGTGTGGTAGGTGAA
SmilChr07G003109 Chr07 NC_080393.1:32946260-32946274promoter 内 45-59 bp + 3942 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 2 32941719-32942318(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 AGTGTGGTAGGTGAA
SmilChr04G002688 Chr04 NC_080390.1:42302053-42302067promoter 内 43-57 bp - 3944 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 2 42306011-42310324(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 AGTGTGGTAGGTGAA
SmilChr05G001480 Chr05 NC_080391.1:13578616-13578630promoter 内 23-37 bp - 3964 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 2 13572886-13574652(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TCCACCTACCTCTCT
SmilChr08G004826 Chr08 NC_080394.1:57518526-57518540promoter 内 3935-3949 bp + 52 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 57518592-57523077(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TTCACCTACCACACT
SmilChr08G002426 Chr08 NC_080394.1:23035047-23035061promoter 内 3909-3923 bp - 78 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 23031041-23034969(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TTCACCTACCACACT
SmilChr08G000877 Chr08 NC_080394.1:6491530-6491544promoter 内 3907-3921 bp + 80 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 6491624-6493406(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TTCACCTACCACACT
SmilChr08G000169 Chr08 NC_080394.1:1173141-1173155promoter 内 3888-3902 bp - 99 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 1167800-1173042(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TTCACCTACCACACT
SmilChr05G003520 Chr05 NC_080391.1:47019063-47019077promoter 内 3883-3897 bp - 104 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 47016842-47018959(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TTCACCTACCACACT
SmilChr03G001506 Chr03 NC_080389.1:18415126-18415140promoter 内 3882-3896 bp - 105 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 18410005-18415021(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TTCACCTACCACACT
SmilChr08G001264 Chr08 NC_080394.1:10012282-10012296promoter 内 3877-3891 bp - 110 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 10010966-10012172(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TTCACCTACCACACT
SmilChr03G003378 Chr03 NC_080389.1:52121617-52121631promoter 内 3873-3887 bp + 114 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 52121745-52127255(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TTCACCTACCACACT
SmilChr01G001216 Chr01 NC_080387.1:24430055-24430069promoter 内 3868-3882 bp + 119 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 24430188-24435397(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TTCACCTACCACACT
SmilChr08G004907 Chr08 NC_080394.1:58063419-58063433promoter 内 3856-3870 bp + 131 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 58063564-58064755(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TTCACCTACCACACT
SmilChr08G002539 Chr08 NC_080394.1:24670061-24670075promoter 内 3847-3861 bp - 140 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 24666571-24669921(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TTCACCTACCACACT
SmilChr07G003999 Chr07 NC_080393.1:51059164-51059178promoter 内 3846-3860 bp - 141 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 51055482-51059023(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TTCACCTACCACACT
SmilChr06G002899 Chr06 NC_080392.1:41814734-41814748promoter 内 3839-3853 bp + 148 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 41814896-41817148(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TTCACCTACCACACT
SmilChr02G000932 Chr02 NC_080388.1:16243313-16243327promoter 内 3838-3852 bp + 149 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 16239087-16243164(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 AGTGTGGTAGGTGAA
SmilChr05G001486 Chr05 NC_080391.1:13624960-13624974promoter 内 3833-3847 bp + 154 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 13620632-13624806(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 AGTGTGGTAGGTGAA
SmilChr02G002482 Chr02 NC_080388.1:43211355-43211369promoter 内 3826-3840 bp - 161 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 43211530-43214311(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 AGTGTGGTAGGTGAA
SmilChr02G002317 Chr02 NC_080388.1:40781639-40781653promoter 内 3813-3827 bp - 174 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 40781827-40786616(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 AGTGTGGTAGGTGAA
SmilChr08G002124 Chr08 NC_080394.1:19112087-19112101promoter 内 3811-3825 bp - 176 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 19112277-19118582(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 AGTGTGGTAGGTGAA
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