转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr06G001111; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00023725-RA_Salv SmilChr06G001111 MYB XP_057768512.1 MP00388 AAAGTTAGGTATAA

可能结合的靶基因

9774 个结合位点 6870 个候选靶基因 第 45 / 138 下载 TSV

上一页 45 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G003450 Chr02 NC_080388.1:55752756-55752769promoter 内 3554-3567 bp - 434 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 3 55742821-55752322(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 AGGGTTAGGTAGTC
SmilChr01G001631 Chr01 NC_080387.1:30371231-30371244promoter 内 3309-3322 bp - 679 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 3 30369106-30370552(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 ACAATTAGGTAGGA
SmilChr02G001921 Chr02 NC_080388.1:34614202-34614215promoter 内 3110-3123 bp + 878 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 3 34615093-34616120(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 TCAGTTAGGCACAA
SmilChr02G000389 Chr02 NC_080388.1:4815733-4815746promoter 内 2970-2983 bp - 1018 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 3 4816764-4820556(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 TTGGGCCTAACTTA
SmilChr02G004664 Chr02 NC_080388.1:69027541-69027554promoter 内 2749-2762 bp + 1239 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 3 69028793-69031788(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 AAAGTTAGGTGATA
SmilChr01G004329 Chr01 NC_080387.1:61438639-61438652promoter 内 2431-2444 bp + 1557 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 3 61433689-61437082(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 TTATACCTAATATT
SmilChr01G005480 Chr01 NC_080387.1:71780449-71780462promoter 内 2170-2183 bp - 1818 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 3 71775356-71778631(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 TCAATTAGGTACAA
SmilChr01G002624 Chr01 NC_080387.1:44513130-44513143promoter 内 2003-2016 bp + 1985 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 3 44508084-44511145(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 TTATACCTAATATT
SmilChr01G005793 Chr01 NC_080387.1:74020055-74020068promoter 内 1762-1775 bp + 2226 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 3 74022294-74025132(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 GCTGTTAGGTTCAG
SmilChr02G004233 Chr02 NC_080388.1:64515563-64515576promoter 内 970-983 bp - 3018 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 3 64511125-64512545(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 AAGATTAGGTAGGT
SmilChr02G004768 Chr02 NC_080388.1:69864727-69864740promoter 内 788-801 bp + 3200 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 3 69851757-69861527(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 TGCAACCTAACTCA
SmilChr02G004767 Chr02 NC_080388.1:69844544-69844557promoter 内 766-779 bp - 3222 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 3 69847779-69848270(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 TTATACCTAATTAA
SmilChr01G001632 Chr01 NC_080387.1:30371231-30371244promoter 内 648-661 bp - 3340 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 3 30374584-30375099(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 TCCTACCTAATTGT
SmilChr02G004903 Chr02 NC_080388.1:71020561-71020574promoter 内 467-480 bp + 3521 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 3 71024095-71025732(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 ATGGTTAGGTCAAT
SmilChr03G000111 Chr03 NC_080389.1:1225340-1225353promoter 内 321-334 bp + 3667 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 3 1229020-1261784(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 GGAATTAGGTATAG
SmilChr01G003503 Chr01 NC_080387.1:53613026-53613039promoter 内 235-248 bp + 3753 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 3 53616792-53616864(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 AGTGTTAGGTTGAC
SmilChr02G002103 Chr02 NC_080388.1:37720272-37720285promoter 内 57-70 bp - 3931 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 3 37713921-37716341(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 TTGGTTAGGTTTGC
SmilChr01G005000 Chr01 NC_080387.1:68049301-68049314promoter 内 3808-3821 bp - 180 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 2 68049494-68051092(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 CCGAGCCTAACTCT
SmilChr02G000388 Chr02 NC_080388.1:4815733-4815746promoter 内 3662-3675 bp - 326 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 2 4810835-4815407(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 TAAGTTAGGCCCAA
SmilChr03G001833 Chr03 NC_080389.1:25139907-25139920promoter 内 3544-3557 bp + 444 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 2 25140364-25141017(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 CTAGTTAGGTATTA
SmilChr01G004461 Chr01 NC_080387.1:62712507-62712520promoter 内 2971-2984 bp - 1017 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 2 62713537-62716851(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 TTATACCTAATATT
SmilChr01G002282 Chr01 NC_080387.1:39610316-39610329promoter 内 2491-2504 bp + 1497 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 2 39607158-39608819(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 CTGTACCTAATAAA
SmilChr01G004624 Chr01 NC_080387.1:64262823-64262836promoter 内 2473-2486 bp + 1515 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 2 64264351-64266280(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 CTTGTTAGGTACTG
SmilChr02G004392 Chr02 NC_080388.1:66267585-66267598promoter 内 2473-2486 bp - 1515 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 2 66261374-66266070(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 CAGGTTAGGTTTGC
SmilChr02G004407 Chr02 NC_080388.1:66388775-66388788promoter 内 2363-2376 bp - 1625 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 2 66390413-66392292(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 ATTTACCTAATTTT
SmilChr02G004840 Chr02 NC_080388.1:70535659-70535672promoter 内 2299-2312 bp - 1689 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 2 70524776-70533970(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 TAAATTAGGTAAGT
SmilChr02G004405 Chr02 NC_080388.1:66376979-66376992promoter 内 2004-2017 bp - 1984 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 2 66378976-66379335(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 ATTTACCTAATTTT
SmilChr01G003501 Chr01 NC_080387.1:53613026-53613039promoter 内 1739-1752 bp + 2249 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 2 53606997-53610777(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 GTCAACCTAACACT
SmilChr01G000751 Chr01 NC_080387.1:16596606-16596619promoter 内 1610-1623 bp - 2378 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 2 16598997-16602119(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 AAATACCTACCTTC
SmilChr01G006018 Chr01 NC_080387.1:75763038-75763051promoter 内 1578-1591 bp + 2410 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 2 75765461-75773588(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 GAAGGTAGGTATTT
SmilChr01G002771 Chr01 NC_080387.1:46150093-46150106promoter 内 1477-1490 bp - 2511 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 2 46152617-46155559(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 TTATACCTAACGCT
SmilChr01G002565 Chr01 NC_080387.1:43759760-43759773promoter 内 1371-1384 bp + 2617 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 2 43762390-43764524(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 GTTGTTAGGTTGAA
SmilChr03G002132 Chr03 NC_080389.1:33215332-33215345promoter 内 1124-1137 bp + 2864 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 2 33208351-33212468(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 ATTCACCTAACCTC
SmilChr01G001379 Chr01 NC_080387.1:27191069-27191082promoter 内 979-992 bp - 3009 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 2 27187377-27188060(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 GGTGTTAGGTTAGA
SmilChr01G004022 Chr01 NC_080387.1:58628803-58628816promoter 内 600-613 bp + 3388 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 2 58632204-58636130(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 TGAGTTAGGTCTCA
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SmilChr01G001813 Chr01 NC_080387.1:33083686-33083699promoter 内 3501-3514 bp + 487 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 33084186-33088888(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 AATATTAGGTATAA
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