转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G000025; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00021663-RA_Salv SmilChr01G000025 SBP XP_057790305.1 MP00633 TTGTACGGA

可能结合的靶基因

8026 个结合位点 6833 个候选靶基因 第 81 / 137 下载 TSV

上一页 81 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr04G004019 Chr04 NC_080390.1:55434912-55434920promoter 内 3873-3881 bp - 120 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 55435040-55437416(+) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 TCCGTACAA
SmilChr01G000393 Chr01 NC_080387.1:8074420-8074428promoter 内 3854-3862 bp + 139 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 8068297-8074281(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 TCCGTACAA
SmilChr02G000018 Chr02 NC_080388.1:137744-137752promoter 内 3846-3854 bp - 147 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 133440-137597(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 TTGTACGGA
SmilChr07G000338 Chr07 NC_080393.1:2288454-2288462promoter 内 3841-3849 bp - 152 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 2284445-2288302(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 TTGTACGGA
SmilChr03G000734 Chr03 NC_080389.1:8292059-8292067promoter 内 3839-3847 bp + 154 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 8291056-8291905(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 TCCGTACAA
SmilChr03G001465 Chr03 NC_080389.1:17524038-17524046promoter 内 3836-3844 bp - 157 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 17524203-17528286(+) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 TCCGTACAA
SmilChr01G005939 Chr01 NC_080387.1:75132649-75132657promoter 内 3821-3829 bp - 172 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 75131935-75132477(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 TTGTACGGA
SmilChr05G003710 Chr05 NC_080391.1:50191564-50191572promoter 内 3814-3822 bp + 179 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 50189503-50191385(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 TCCGTACAA
SmilChr01G003155 Chr01 NC_080387.1:50338346-50338354promoter 内 3777-3785 bp - 216 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 50338570-50344717(+) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 TCCGTACAA
SmilChr08G003316 Chr08 NC_080394.1:34397656-34397664promoter 内 3758-3766 bp - 235 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 34391154-34397421(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 TTGTACGGA
SmilChr01G004939 Chr01 NC_080387.1:67503483-67503491promoter 内 3748-3756 bp + 245 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 67503736-67512271(+) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 TTGTACGGA
SmilChr06G001245 Chr06 NC_080392.1:12869964-12869972promoter 内 3736-3744 bp - 257 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 12866229-12869707(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 TTGTACGGA
SmilChr03G004684 Chr03 NC_080389.1:64250622-64250630promoter 内 3734-3742 bp - 259 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 64249254-64250363(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 TTGTACGGA
SmilChr02G005492 Chr02 NC_080388.1:75084541-75084549promoter 内 3730-3738 bp - 263 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 75083585-75084278(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 TTGTACGGA
SmilChr05G002535 Chr05 NC_080391.1:28304873-28304881promoter 内 3708-3716 bp - 285 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 28281760-28304588(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 TTGTACGGA
SmilChr06G002870 Chr06 NC_080392.1:41540937-41540945promoter 内 3707-3715 bp + 286 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 41537458-41540651(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 TCCGTACAA
SmilChr08G002759 Chr08 NC_080394.1:27231103-27231111promoter 内 3681-3689 bp + 312 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 27231423-27231582(+) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 TTGTACGGA
SmilChr03G002050 Chr03 NC_080389.1:31047528-31047536promoter 内 3654-3662 bp + 339 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 31041157-31047189(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 TCCGTACAA
SmilChr01G004558 Chr01 NC_080387.1:63670556-63670564promoter 内 3639-3647 bp + 354 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 63670918-63672419(+) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 TTGTACGGA
SmilChr05G000762 Chr05 NC_080391.1:5901490-5901498promoter 内 3627-3635 bp + 366 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 5899241-5901124(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 TCCGTACAA
SmilChr07G001004 Chr07 NC_080393.1:7314883-7314891promoter 内 3620-3628 bp - 373 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 7315264-7319318(+) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 TCCGTACAA
SmilChr08G000967 Chr08 NC_080394.1:7191420-7191428promoter 内 3590-3598 bp + 403 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 7191831-7193832(+) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 TTGTACGGA
SmilChr04G001643 Chr04 NC_080390.1:27351602-27351610promoter 内 3589-3597 bp - 404 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 27352014-27353088(+) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 TCCGTACAA
SmilChr04G003345 Chr04 NC_080390.1:50102181-50102189promoter 内 3589-3597 bp - 404 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 50102593-50104370(+) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 TCCGTACAA
SmilChr02G004283 Chr02 NC_080388.1:65073422-65073430promoter 内 3583-3591 bp - 410 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 65071183-65073012(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 TTGTACGGA
SmilChr03G000849 Chr03 NC_080389.1:9682290-9682298promoter 内 3582-3590 bp - 411 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 9682709-9684834(+) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 TCCGTACAA
SmilChr07G000530 Chr07 NC_080393.1:3684507-3684515promoter 内 3572-3580 bp + 421 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 3684936-3686594(+) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 TTGTACGGA
SmilChr01G004853 Chr01 NC_080387.1:66712904-66712912promoter 内 3559-3567 bp - 434 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 66713346-66725072(+) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 TCCGTACAA
SmilChr02G003889 Chr02 NC_080388.1:60984665-60984673promoter 内 3553-3561 bp + 440 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 60985113-60991057(+) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 TTGTACGGA
SmilChr08G002095 Chr08 NC_080394.1:18834020-18834028promoter 内 3549-3557 bp - 444 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 18834472-18842370(+) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 TCCGTACAA
SmilChr04G000979 Chr04 NC_080390.1:13182080-13182088promoter 内 3543-3551 bp + 450 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 13182538-13187262(+) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 TTGTACGGA
SmilChr05G000378 Chr05 NC_080391.1:2836122-2836130promoter 内 3509-3517 bp - 484 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 2836614-2838746(+) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 TCCGTACAA
SmilChr01G004535 Chr01 NC_080387.1:63516433-63516441promoter 内 3494-3502 bp - 499 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 63516940-63520314(+) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 TCCGTACAA
SmilChr03G001224 Chr03 NC_080389.1:14128396-14128404promoter 内 3488-3496 bp - 505 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 14127820-14127891(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 TTGTACGGA
SmilChr03G001301 Chr03 NC_080389.1:15225642-15225650promoter 内 3453-3461 bp - 540 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 15226190-15228415(+) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 TCCGTACAA
SmilChr02G005466 Chr02 NC_080388.1:74948979-74948987promoter 内 3418-3426 bp - 575 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 74949562-74959898(+) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 TCCGTACAA
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