靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。
下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。
| 转录因子 ID | Family | Motifs | 候选靶基因 | 候选位点 | 操作 |
|---|---|---|---|---|---|
| C2H2 | 1MP00592 |
8519 | 9901 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00592 |
8519 | 9901 | 查靶基因 | |
| ARR-B | 1MP00010 |
8344 | 9778 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00059 |
8333 | 9940 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00296 |
8304 | 9873 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00114 |
8151 | 9897 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00408 |
8149 | 9902 | 查靶基因 | |
| Nin-like | 1MP00449 |
8096 | 9453 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00209 |
8083 | 9910 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00627 |
8075 | 9835 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00450 |
8044 | 9901 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00558 |
8044 | 9762 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00096 |
8019 | 9914 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00476 |
7981 | 9904 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00221 |
7965 | 9903 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00069 |
7882 | 9917 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00406 |
7839 | 9917 | 查靶基因 | |
| TALE | 1MP00670 |
7758 | 9906 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00555 |
7648 | 9805 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00021 |
7629 | 9812 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00132 |
7583 | 9926 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00609 |
7575 | 9941 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00529 |
7559 | 9247 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00510 |
7526 | 9799 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00058 |
7440 | 9855 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00303 |
7416 | 9868 | 查靶基因 | |
| MYB_related | 1MP00565 |
7412 | 9785 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00026 |
7408 | 9854 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00071 |
7408 | 9764 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00033 |
7406 | 9827 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00074 |
7396 | 9969 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00216 |
7342 | 9832 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00539 |
7338 | 9848 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00574 |
7302 | 9846 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00464 |
7299 | 9864 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00315 |
7291 | 9567 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00525 |
7235 | 9838 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00171 |
7182 | 9833 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00506 |
7173 | 9818 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00272 |
7172 | 9889 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00184 |
7147 | 9840 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00647 |
7133 | 9953 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00485 |
7130 | 8059 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00134 |
7078 | 8676 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00312 |
7006 | 8490 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00564 |
6984 | 9893 | 查靶基因 | |
| G2-like | 1MP00022 |
6959 | 9720 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00040 |
6920 | 9919 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00151 |
6907 | 9976 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00455 |
6900 | 9792 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00482 |
6899 | 8940 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00291 |
6894 | 9321 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00307 |
6893 | 9755 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00195 |
6878 | 9832 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00388 |
6870 | 9774 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00318 |
6849 | 9413 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00633 |
6833 | 8026 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00308 |
6805 | 9826 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00082 |
6784 | 9435 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00080 |
6766 | 9850 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00028 |
6764 | 9024 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00191 |
6736 | 9690 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00081 |
6729 | 9942 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00500 |
6697 | 9681 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00452 |
6671 | 7783 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00531 |
6663 | 9784 | 查靶基因 | |
| HD-ZIP | 1MP00200 |
6661 | 9930 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00034 |
6653 | 9929 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00660 |
6653 | 9929 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00055 |
6638 | 9685 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00634 |
6619 | 7771 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00035 |
6618 | 9903 | 查靶基因 | |
| MYB_related | 1MP00568 |
6611 | 9696 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00039 |
6610 | 9936 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00284 |
6552 | 9774 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00422 |
6535 | 9791 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00153 |
6534 | 9706 | 查靶基因 | |
| YABBY | 1MP00620 |
6504 | 9844 | 查靶基因 | |
| TCP | 1MP00169 |
6498 | 7295 | 查靶基因 | |
| G2-like | 1MP00252 |
6478 | 9780 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00108 |
6458 | 9810 | 查靶基因 | |
| TCP | 1MP00062 |
6454 | 7249 | 查靶基因 | |
| RAV | 1MP00024 |
6450 | 9853 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00167 |
6439 | 9756 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00416 |
6433 | 9716 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00608 |
6398 | 9817 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00240 |
6368 | 9978 | 查靶基因 | |
| MYB_related | 1MP00607 |
6362 | 9718 | 查靶基因 | |
| Dof | 1MP00402 |
6278 | 9875 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00409 |
6252 | 8429 | 查靶基因 | |
| GRAS | 1MP00611 |
6232 | 9807 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00648 |
6170 | 9939 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00120 |
6144 | 7514 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00251 |
6140 | 9713 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00077 |
6125 | 9815 | 查靶基因 | |
| GATA | 1MP00130 |
6015 | 9821 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00508 |
5979 | 7481 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00260 |
5932 | 9706 | 查靶基因 | |
| HD-ZIP | 1MP00013 |
5927 | 9712 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00299 |
5919 | 9699 | 查靶基因 |
输入: SmilChr01G000025; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90
| TF ID | 新 Gene ID | 家族 | Protein | Motif | 共识序列 |
|---|---|---|---|---|---|
SMil_00021663-RA_Salv |
SmilChr01G000025 |
SBP | XP_057790305.1 |
MP00633 |
TTGTACGGA |
8026 个结合位点 6833 个候选靶基因 第 81 / 137 下载 TSV
| 靶基因 | 染色体 | 最佳结合位点 | 链方向 | 靶基因上游距离 | 结合可能性 | 启动子命中位点 | 基因区间 | TF | Motif | 匹配序列 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
SmilChr04G004019 |
Chr04 | NC_080390.1:55434912-55434920promoter 内 3873-3881 bp |
- | 120 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.6/ 100 | 1 | 55435040-55437416(+) |
SMil_00021663-RA_Salv |
MP00633 |
TCCGTACAA |
SmilChr01G000393 |
Chr01 | NC_080387.1:8074420-8074428promoter 内 3854-3862 bp |
+ | 139 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.6/ 100 | 1 | 8068297-8074281(-) |
SMil_00021663-RA_Salv |
MP00633 |
TCCGTACAA |
SmilChr02G000018 |
Chr02 | NC_080388.1:137744-137752promoter 内 3846-3854 bp |
- | 147 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.6/ 100 | 1 | 133440-137597(-) |
SMil_00021663-RA_Salv |
MP00633 |
TTGTACGGA |
SmilChr07G000338 |
Chr07 | NC_080393.1:2288454-2288462promoter 内 3841-3849 bp |
- | 152 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.6/ 100 | 1 | 2284445-2288302(-) |
SMil_00021663-RA_Salv |
MP00633 |
TTGTACGGA |
SmilChr03G000734 |
Chr03 | NC_080389.1:8292059-8292067promoter 内 3839-3847 bp |
+ | 154 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.6/ 100 | 1 | 8291056-8291905(-) |
SMil_00021663-RA_Salv |
MP00633 |
TCCGTACAA |
SmilChr03G001465 |
Chr03 | NC_080389.1:17524038-17524046promoter 内 3836-3844 bp |
- | 157 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.6/ 100 | 1 | 17524203-17528286(+) |
SMil_00021663-RA_Salv |
MP00633 |
TCCGTACAA |
SmilChr01G005939 |
Chr01 | NC_080387.1:75132649-75132657promoter 内 3821-3829 bp |
- | 172 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.6/ 100 | 1 | 75131935-75132477(-) |
SMil_00021663-RA_Salv |
MP00633 |
TTGTACGGA |
SmilChr05G003710 |
Chr05 | NC_080391.1:50191564-50191572promoter 内 3814-3822 bp |
+ | 179 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.6/ 100 | 1 | 50189503-50191385(-) |
SMil_00021663-RA_Salv |
MP00633 |
TCCGTACAA |
SmilChr01G003155 |
Chr01 | NC_080387.1:50338346-50338354promoter 内 3777-3785 bp |
- | 216 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.6/ 100 | 1 | 50338570-50344717(+) |
SMil_00021663-RA_Salv |
MP00633 |
TCCGTACAA |
SmilChr08G003316 |
Chr08 | NC_080394.1:34397656-34397664promoter 内 3758-3766 bp |
- | 235 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.6/ 100 | 1 | 34391154-34397421(-) |
SMil_00021663-RA_Salv |
MP00633 |
TTGTACGGA |
SmilChr01G004939 |
Chr01 | NC_080387.1:67503483-67503491promoter 内 3748-3756 bp |
+ | 245 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.6/ 100 | 1 | 67503736-67512271(+) |
SMil_00021663-RA_Salv |
MP00633 |
TTGTACGGA |
SmilChr06G001245 |
Chr06 | NC_080392.1:12869964-12869972promoter 内 3736-3744 bp |
- | 257 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.6/ 100 | 1 | 12866229-12869707(-) |
SMil_00021663-RA_Salv |
MP00633 |
TTGTACGGA |
SmilChr03G004684 |
Chr03 | NC_080389.1:64250622-64250630promoter 内 3734-3742 bp |
- | 259 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.6/ 100 | 1 | 64249254-64250363(-) |
SMil_00021663-RA_Salv |
MP00633 |
TTGTACGGA |
SmilChr02G005492 |
Chr02 | NC_080388.1:75084541-75084549promoter 内 3730-3738 bp |
- | 263 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.6/ 100 | 1 | 75083585-75084278(-) |
SMil_00021663-RA_Salv |
MP00633 |
TTGTACGGA |
SmilChr05G002535 |
Chr05 | NC_080391.1:28304873-28304881promoter 内 3708-3716 bp |
- | 285 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.6/ 100 | 1 | 28281760-28304588(-) |
SMil_00021663-RA_Salv |
MP00633 |
TTGTACGGA |
SmilChr06G002870 |
Chr06 | NC_080392.1:41540937-41540945promoter 内 3707-3715 bp |
+ | 286 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.6/ 100 | 1 | 41537458-41540651(-) |
SMil_00021663-RA_Salv |
MP00633 |
TCCGTACAA |
SmilChr08G002759 |
Chr08 | NC_080394.1:27231103-27231111promoter 内 3681-3689 bp |
+ | 312 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.6/ 100 | 1 | 27231423-27231582(+) |
SMil_00021663-RA_Salv |
MP00633 |
TTGTACGGA |
SmilChr03G002050 |
Chr03 | NC_080389.1:31047528-31047536promoter 内 3654-3662 bp |
+ | 339 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.6/ 100 | 1 | 31041157-31047189(-) |
SMil_00021663-RA_Salv |
MP00633 |
TCCGTACAA |
SmilChr01G004558 |
Chr01 | NC_080387.1:63670556-63670564promoter 内 3639-3647 bp |
+ | 354 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.6/ 100 | 1 | 63670918-63672419(+) |
SMil_00021663-RA_Salv |
MP00633 |
TTGTACGGA |
SmilChr05G000762 |
Chr05 | NC_080391.1:5901490-5901498promoter 内 3627-3635 bp |
+ | 366 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.6/ 100 | 1 | 5899241-5901124(-) |
SMil_00021663-RA_Salv |
MP00633 |
TCCGTACAA |
SmilChr07G001004 |
Chr07 | NC_080393.1:7314883-7314891promoter 内 3620-3628 bp |
- | 373 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.6/ 100 | 1 | 7315264-7319318(+) |
SMil_00021663-RA_Salv |
MP00633 |
TCCGTACAA |
SmilChr08G000967 |
Chr08 | NC_080394.1:7191420-7191428promoter 内 3590-3598 bp |
+ | 403 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.6/ 100 | 1 | 7191831-7193832(+) |
SMil_00021663-RA_Salv |
MP00633 |
TTGTACGGA |
SmilChr04G001643 |
Chr04 | NC_080390.1:27351602-27351610promoter 内 3589-3597 bp |
- | 404 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.6/ 100 | 1 | 27352014-27353088(+) |
SMil_00021663-RA_Salv |
MP00633 |
TCCGTACAA |
SmilChr04G003345 |
Chr04 | NC_080390.1:50102181-50102189promoter 内 3589-3597 bp |
- | 404 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.6/ 100 | 1 | 50102593-50104370(+) |
SMil_00021663-RA_Salv |
MP00633 |
TCCGTACAA |
SmilChr02G004283 |
Chr02 | NC_080388.1:65073422-65073430promoter 内 3583-3591 bp |
- | 410 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.6/ 100 | 1 | 65071183-65073012(-) |
SMil_00021663-RA_Salv |
MP00633 |
TTGTACGGA |
SmilChr03G000849 |
Chr03 | NC_080389.1:9682290-9682298promoter 内 3582-3590 bp |
- | 411 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.6/ 100 | 1 | 9682709-9684834(+) |
SMil_00021663-RA_Salv |
MP00633 |
TCCGTACAA |
SmilChr07G000530 |
Chr07 | NC_080393.1:3684507-3684515promoter 内 3572-3580 bp |
+ | 421 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.6/ 100 | 1 | 3684936-3686594(+) |
SMil_00021663-RA_Salv |
MP00633 |
TTGTACGGA |
SmilChr01G004853 |
Chr01 | NC_080387.1:66712904-66712912promoter 内 3559-3567 bp |
- | 434 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.6/ 100 | 1 | 66713346-66725072(+) |
SMil_00021663-RA_Salv |
MP00633 |
TCCGTACAA |
SmilChr02G003889 |
Chr02 | NC_080388.1:60984665-60984673promoter 内 3553-3561 bp |
+ | 440 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.6/ 100 | 1 | 60985113-60991057(+) |
SMil_00021663-RA_Salv |
MP00633 |
TTGTACGGA |
SmilChr08G002095 |
Chr08 | NC_080394.1:18834020-18834028promoter 内 3549-3557 bp |
- | 444 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.6/ 100 | 1 | 18834472-18842370(+) |
SMil_00021663-RA_Salv |
MP00633 |
TCCGTACAA |
SmilChr04G000979 |
Chr04 | NC_080390.1:13182080-13182088promoter 内 3543-3551 bp |
+ | 450 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.6/ 100 | 1 | 13182538-13187262(+) |
SMil_00021663-RA_Salv |
MP00633 |
TTGTACGGA |
SmilChr05G000378 |
Chr05 | NC_080391.1:2836122-2836130promoter 内 3509-3517 bp |
- | 484 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.6/ 100 | 1 | 2836614-2838746(+) |
SMil_00021663-RA_Salv |
MP00633 |
TCCGTACAA |
SmilChr01G004535 |
Chr01 | NC_080387.1:63516433-63516441promoter 内 3494-3502 bp |
- | 499 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.6/ 100 | 1 | 63516940-63520314(+) |
SMil_00021663-RA_Salv |
MP00633 |
TCCGTACAA |
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Chr03 | NC_080389.1:14128396-14128404promoter 内 3488-3496 bp |
- | 505 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.6/ 100 | 1 | 14127820-14127891(-) |
SMil_00021663-RA_Salv |
MP00633 |
TTGTACGGA |
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Chr03 | NC_080389.1:15225642-15225650promoter 内 3453-3461 bp |
- | 540 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.6/ 100 | 1 | 15226190-15228415(+) |
SMil_00021663-RA_Salv |
MP00633 |
TCCGTACAA |
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- | 575 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.6/ 100 | 1 | 74949562-74959898(+) |
SMil_00021663-RA_Salv |
MP00633 |
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- | 599 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.6/ 100 | 1 | 53853257-53856008(-) |
SMil_00021663-RA_Salv |
MP00633 |
TTGTACGGA |
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Chr03 | NC_080389.1:7556568-7556576promoter 内 3382-3390 bp |
+ | 611 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.6/ 100 | 1 | 7557187-7558956(+) |
SMil_00021663-RA_Salv |
MP00633 |
TTGTACGGA |
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- | 614 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.6/ 100 | 1 | 23619303-23621727(+) |
SMil_00021663-RA_Salv |
MP00633 |
TCCGTACAA |
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+ | 618 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.6/ 100 | 1 | 34985271-34986392(-) |
SMil_00021663-RA_Salv |
MP00633 |
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SMil_00021663-RA_Salv |
MP00633 |
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+ | 629 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.6/ 100 | 1 | 18228837-18238414(-) |
SMil_00021663-RA_Salv |
MP00633 |
TCCGTACAA |
SmilChr05G000004 |
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+ | 647 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.6/ 100 | 1 | 9372-18827(+) |
SMil_00021663-RA_Salv |
MP00633 |
TTGTACGGA |
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- | 661 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.6/ 100 | 1 | 74945122-74948318(-) |
SMil_00021663-RA_Salv |
MP00633 |
TTGTACGGA |
SmilChr01G003115 |
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- | 664 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.6/ 100 | 1 | 49957646-49959019(+) |
SMil_00021663-RA_Salv |
MP00633 |
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SMil_00021663-RA_Salv |
MP00633 |
TTGTACGGA |
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+ | 677 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.6/ 100 | 1 | 51030576-51033390(-) |
SMil_00021663-RA_Salv |
MP00633 |
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+ | 696 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.6/ 100 | 1 | 4613686-4616997(+) |
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+ | 706 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.6/ 100 | 1 | 6550428-6559710(-) |
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Chr04 | NC_080390.1:43167774-43167782promoter 内 3278-3286 bp |
+ | 715 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.6/ 100 | 1 | 43164900-43167059(-) |
SMil_00021663-RA_Salv |
MP00633 |
TCCGTACAA |