转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr05G001395; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00016341-RA_Salv SmilChr05G001395 WRKY XP_057765344.1 MP00071 CGGTCAAC

可能结合的靶基因

9764 个结合位点 7408 个候选靶基因 第 81 / 149 下载 TSV

上一页 81 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G002300 Chr01 NC_080387.1:39830477-39830484promoter 内 3891-3898 bp - 103 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.5/ 100 1 39823665-39830374(-) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 CGGTCAAA
SmilChr02G002810 Chr02 NC_080388.1:48148657-48148664promoter 内 3889-3896 bp - 105 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.5/ 100 1 48148769-48150806(+) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 TTTGACCG
SmilChr02G000229 Chr02 NC_080388.1:2971425-2971432promoter 内 3888-3895 bp - 106 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.5/ 100 1 2971538-2973799(+) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 TTTGACCG
SmilChr03G001821 Chr03 NC_080389.1:24897869-24897876promoter 内 3887-3894 bp + 107 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.5/ 100 1 24889803-24897762(-) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 TTTGACCG
SmilChr04G003157 Chr04 NC_080390.1:48201804-48201811promoter 内 3886-3893 bp - 108 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.5/ 100 1 48201919-48202602(+) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 TTTGACCG
SmilChr03G001537 Chr03 NC_080389.1:19279889-19279896promoter 内 3885-3892 bp + 109 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.5/ 100 1 19275888-19279780(-) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 TTTGACCG
SmilChr05G001107 Chr05 NC_080391.1:9185880-9185887promoter 内 3880-3887 bp + 114 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.5/ 100 1 9186001-9187425(+) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 CGGTCAAA
SmilChr04G003883 Chr04 NC_080390.1:54666273-54666280promoter 内 3879-3886 bp - 115 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.5/ 100 1 54666395-54668033(+) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 TTTGACCG
SmilChr04G004078 Chr04 NC_080390.1:55846388-55846395promoter 内 3872-3879 bp - 122 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.5/ 100 1 55846517-55848858(+) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 TTTGACCG
SmilChr04G003048 Chr04 NC_080390.1:47011275-47011282promoter 内 3868-3875 bp - 126 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.5/ 100 1 47009493-47011149(-) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 CGGTCAAA
SmilChr02G000190 Chr02 NC_080388.1:2368415-2368422promoter 内 3865-3872 bp + 129 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.5/ 100 1 2366670-2368286(-) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 TTTGACCG
SmilChr03G001232 Chr03 NC_080389.1:14245649-14245656promoter 内 3863-3870 bp - 131 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.5/ 100 1 14245787-14247148(+) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 TTTGACCG
SmilChr01G005064 Chr01 NC_080387.1:68542054-68542061promoter 内 3858-3865 bp + 136 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.5/ 100 1 68537871-68541918(-) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 TTTGACCG
SmilChr02G001116 Chr02 NC_080388.1:20117440-20117447promoter 内 3855-3862 bp + 139 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.5/ 100 1 20114751-20117301(-) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 TTTGACCG
SmilChr04G000439 Chr04 NC_080390.1:4647826-4647833promoter 内 3853-3860 bp + 141 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.5/ 100 1 4647974-4659034(+) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 CGGTCAAA
SmilChr02G004853 Chr02 NC_080388.1:70681377-70681384promoter 内 3852-3859 bp + 142 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.5/ 100 1 70681526-70683890(+) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 CGGTCAAA
SmilChr04G001509 Chr04 NC_080390.1:24852943-24852950promoter 内 3848-3855 bp - 146 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.5/ 100 1 24848321-24852797(-) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 CGGTCAAA
SmilChr04G002153 Chr04 NC_080390.1:34577050-34577057promoter 内 3845-3852 bp + 149 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.5/ 100 1 34577206-34577967(+) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 CGGTCAAA
SmilChr02G003175 Chr02 NC_080388.1:52877627-52877634promoter 内 3844-3851 bp + 150 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.5/ 100 1 52871820-52877477(-) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 TTTGACCG
SmilChr02G000246 Chr02 NC_080388.1:3175908-3175915promoter 内 3841-3848 bp - 153 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.5/ 100 1 3176068-3179826(+) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 TTTGACCG
SmilChr04G002957 Chr04 NC_080390.1:45931074-45931081promoter 内 3840-3847 bp + 154 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.5/ 100 1 45931235-45935277(+) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 CGGTCAAA
SmilChr05G000753 Chr05 NC_080391.1:5826306-5826313promoter 内 3839-3846 bp - 155 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.5/ 100 1 5826468-5830080(+) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 TTTGACCG
SmilChr02G005354 Chr02 NC_080388.1:74295889-74295896promoter 内 3836-3843 bp - 158 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.5/ 100 1 74295644-74295731(-) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 CGGTCAAA
SmilChr01G005396 Chr01 NC_080387.1:71232985-71232992promoter 内 3835-3842 bp - 159 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.5/ 100 1 71233151-71233672(+) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 TTTGACCG
SmilChr02G001677 Chr02 NC_080388.1:31005344-31005351promoter 内 3834-3841 bp + 160 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.5/ 100 1 31003685-31005184(-) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 TTTGACCG
SmilChr02G005056 Chr02 NC_080388.1:72268700-72268707promoter 内 3833-3840 bp - 161 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.5/ 100 1 72268868-72276167(+) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 TTTGACCG
SmilChr04G002880 Chr04 NC_080390.1:45007028-45007035promoter 内 3833-3840 bp + 161 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.5/ 100 1 45007196-45007957(+) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 CGGTCAAA
SmilChr01G002901 Chr01 NC_080387.1:47697218-47697225promoter 内 3830-3837 bp - 164 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.5/ 100 1 47696201-47697054(-) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 CGGTCAAA
SmilChr03G003007 Chr03 NC_080389.1:46899970-46899977promoter 内 3830-3837 bp - 164 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.5/ 100 1 46900141-46909143(+) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 TTTGACCG
SmilChr02G004731 Chr02 NC_080388.1:69551600-69551607promoter 内 3824-3831 bp - 170 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.5/ 100 1 69551777-69558821(+) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 TTTGACCG
SmilChr02G001927 Chr02 NC_080388.1:34682987-34682994promoter 内 3821-3828 bp + 173 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.5/ 100 1 34683167-34686374(+) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 CGGTCAAA
SmilChr02G001198 Chr02 NC_080388.1:22117748-22117755promoter 内 3813-3820 bp + 181 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.5/ 100 1 22117936-22121739(+) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 CGGTCAAA
SmilChr01G001342 Chr01 NC_080387.1:26681794-26681801promoter 内 3812-3819 bp - 182 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.5/ 100 1 26681983-26688397(+) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 TTTGACCG
SmilChr03G003108 Chr03 NC_080389.1:48213250-48213257promoter 内 3808-3815 bp + 186 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.5/ 100 1 48208721-48213064(-) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 TTTGACCG
SmilChr04G000473 Chr04 NC_080390.1:5044526-5044533promoter 内 3808-3815 bp - 186 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.5/ 100 1 5042737-5044340(-) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 CGGTCAAA
SmilChr02G003267 Chr02 NC_080388.1:53936683-53936690promoter 内 3805-3812 bp + 189 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.5/ 100 1 53936879-53938637(+) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 CGGTCAAA
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