靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。
下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。
| 转录因子 ID | Family | Motifs | 候选靶基因 | 候选位点 | 操作 |
|---|---|---|---|---|---|
| C2H2 | 1MP00592 |
8519 | 9901 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00592 |
8519 | 9901 | 查靶基因 | |
| ARR-B | 1MP00010 |
8344 | 9778 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00059 |
8333 | 9940 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00296 |
8304 | 9873 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00114 |
8151 | 9897 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00408 |
8149 | 9902 | 查靶基因 | |
| Nin-like | 1MP00449 |
8096 | 9453 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00209 |
8083 | 9910 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00627 |
8075 | 9835 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00450 |
8044 | 9901 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00558 |
8044 | 9762 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00096 |
8019 | 9914 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00476 |
7981 | 9904 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00221 |
7965 | 9903 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00069 |
7882 | 9917 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00406 |
7839 | 9917 | 查靶基因 | |
| TALE | 1MP00670 |
7758 | 9906 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00555 |
7648 | 9805 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00021 |
7629 | 9812 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00132 |
7583 | 9926 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00609 |
7575 | 9941 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00529 |
7559 | 9247 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00510 |
7526 | 9799 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00058 |
7440 | 9855 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00303 |
7416 | 9868 | 查靶基因 | |
| MYB_related | 1MP00565 |
7412 | 9785 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00026 |
7408 | 9854 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00071 |
7408 | 9764 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00033 |
7406 | 9827 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00074 |
7396 | 9969 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00216 |
7342 | 9832 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00539 |
7338 | 9848 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00574 |
7302 | 9846 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00464 |
7299 | 9864 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00315 |
7291 | 9567 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00525 |
7235 | 9838 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00171 |
7182 | 9833 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00506 |
7173 | 9818 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00272 |
7172 | 9889 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00184 |
7147 | 9840 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00647 |
7133 | 9953 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00485 |
7130 | 8059 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00134 |
7078 | 8676 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00312 |
7006 | 8490 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00564 |
6984 | 9893 | 查靶基因 | |
| G2-like | 1MP00022 |
6959 | 9720 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00040 |
6920 | 9919 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00151 |
6907 | 9976 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00455 |
6900 | 9792 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00482 |
6899 | 8940 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00291 |
6894 | 9321 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00307 |
6893 | 9755 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00195 |
6878 | 9832 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00388 |
6870 | 9774 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00318 |
6849 | 9413 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00633 |
6833 | 8026 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00308 |
6805 | 9826 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00082 |
6784 | 9435 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00080 |
6766 | 9850 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00028 |
6764 | 9024 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00191 |
6736 | 9690 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00081 |
6729 | 9942 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00500 |
6697 | 9681 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00452 |
6671 | 7783 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00531 |
6663 | 9784 | 查靶基因 | |
| HD-ZIP | 1MP00200 |
6661 | 9930 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00034 |
6653 | 9929 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00660 |
6653 | 9929 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00055 |
6638 | 9685 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00634 |
6619 | 7771 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00035 |
6618 | 9903 | 查靶基因 | |
| MYB_related | 1MP00568 |
6611 | 9696 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00039 |
6610 | 9936 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00284 |
6552 | 9774 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00422 |
6535 | 9791 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00153 |
6534 | 9706 | 查靶基因 | |
| YABBY | 1MP00620 |
6504 | 9844 | 查靶基因 | |
| TCP | 1MP00169 |
6498 | 7295 | 查靶基因 | |
| G2-like | 1MP00252 |
6478 | 9780 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00108 |
6458 | 9810 | 查靶基因 | |
| TCP | 1MP00062 |
6454 | 7249 | 查靶基因 | |
| RAV | 1MP00024 |
6450 | 9853 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00167 |
6439 | 9756 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00416 |
6433 | 9716 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00608 |
6398 | 9817 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00240 |
6368 | 9978 | 查靶基因 | |
| MYB_related | 1MP00607 |
6362 | 9718 | 查靶基因 | |
| Dof | 1MP00402 |
6278 | 9875 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00409 |
6252 | 8429 | 查靶基因 | |
| GRAS | 1MP00611 |
6232 | 9807 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00648 |
6170 | 9939 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00120 |
6144 | 7514 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00251 |
6140 | 9713 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00077 |
6125 | 9815 | 查靶基因 | |
| GATA | 1MP00130 |
6015 | 9821 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00508 |
5979 | 7481 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00260 |
5932 | 9706 | 查靶基因 | |
| HD-ZIP | 1MP00013 |
5927 | 9712 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00299 |
5919 | 9699 | 查靶基因 |
输入: SmilChr05G001395; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90
| TF ID | 新 Gene ID | 家族 | Protein | Motif | 共识序列 |
|---|---|---|---|---|---|
SMil_00016341-RA_Salv |
SmilChr05G001395 |
WRKY | XP_057765344.1 |
MP00071 |
CGGTCAAC |
9764 个结合位点 7408 个候选靶基因 第 81 / 149 下载 TSV
| 靶基因 | 染色体 | 最佳结合位点 | 链方向 | 靶基因上游距离 | 结合可能性 | 启动子命中位点 | 基因区间 | TF | Motif | 匹配序列 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
SmilChr01G002300 |
Chr01 | NC_080387.1:39830477-39830484promoter 内 3891-3898 bp |
- | 103 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.5/ 100 | 1 | 39823665-39830374(-) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
CGGTCAAA |
SmilChr02G002810 |
Chr02 | NC_080388.1:48148657-48148664promoter 内 3889-3896 bp |
- | 105 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.5/ 100 | 1 | 48148769-48150806(+) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
TTTGACCG |
SmilChr02G000229 |
Chr02 | NC_080388.1:2971425-2971432promoter 内 3888-3895 bp |
- | 106 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.5/ 100 | 1 | 2971538-2973799(+) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
TTTGACCG |
SmilChr03G001821 |
Chr03 | NC_080389.1:24897869-24897876promoter 内 3887-3894 bp |
+ | 107 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.5/ 100 | 1 | 24889803-24897762(-) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
TTTGACCG |
SmilChr04G003157 |
Chr04 | NC_080390.1:48201804-48201811promoter 内 3886-3893 bp |
- | 108 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.5/ 100 | 1 | 48201919-48202602(+) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
TTTGACCG |
SmilChr03G001537 |
Chr03 | NC_080389.1:19279889-19279896promoter 内 3885-3892 bp |
+ | 109 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.5/ 100 | 1 | 19275888-19279780(-) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
TTTGACCG |
SmilChr05G001107 |
Chr05 | NC_080391.1:9185880-9185887promoter 内 3880-3887 bp |
+ | 114 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.5/ 100 | 1 | 9186001-9187425(+) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
CGGTCAAA |
SmilChr04G003883 |
Chr04 | NC_080390.1:54666273-54666280promoter 内 3879-3886 bp |
- | 115 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.5/ 100 | 1 | 54666395-54668033(+) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
TTTGACCG |
SmilChr04G004078 |
Chr04 | NC_080390.1:55846388-55846395promoter 内 3872-3879 bp |
- | 122 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.5/ 100 | 1 | 55846517-55848858(+) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
TTTGACCG |
SmilChr04G003048 |
Chr04 | NC_080390.1:47011275-47011282promoter 内 3868-3875 bp |
- | 126 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.5/ 100 | 1 | 47009493-47011149(-) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
CGGTCAAA |
SmilChr02G000190 |
Chr02 | NC_080388.1:2368415-2368422promoter 内 3865-3872 bp |
+ | 129 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.5/ 100 | 1 | 2366670-2368286(-) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
TTTGACCG |
SmilChr03G001232 |
Chr03 | NC_080389.1:14245649-14245656promoter 内 3863-3870 bp |
- | 131 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.5/ 100 | 1 | 14245787-14247148(+) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
TTTGACCG |
SmilChr01G005064 |
Chr01 | NC_080387.1:68542054-68542061promoter 内 3858-3865 bp |
+ | 136 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.5/ 100 | 1 | 68537871-68541918(-) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
TTTGACCG |
SmilChr02G001116 |
Chr02 | NC_080388.1:20117440-20117447promoter 内 3855-3862 bp |
+ | 139 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.5/ 100 | 1 | 20114751-20117301(-) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
TTTGACCG |
SmilChr04G000439 |
Chr04 | NC_080390.1:4647826-4647833promoter 内 3853-3860 bp |
+ | 141 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.5/ 100 | 1 | 4647974-4659034(+) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
CGGTCAAA |
SmilChr02G004853 |
Chr02 | NC_080388.1:70681377-70681384promoter 内 3852-3859 bp |
+ | 142 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.5/ 100 | 1 | 70681526-70683890(+) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
CGGTCAAA |
SmilChr04G001509 |
Chr04 | NC_080390.1:24852943-24852950promoter 内 3848-3855 bp |
- | 146 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.5/ 100 | 1 | 24848321-24852797(-) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
CGGTCAAA |
SmilChr04G002153 |
Chr04 | NC_080390.1:34577050-34577057promoter 内 3845-3852 bp |
+ | 149 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.5/ 100 | 1 | 34577206-34577967(+) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
CGGTCAAA |
SmilChr02G003175 |
Chr02 | NC_080388.1:52877627-52877634promoter 内 3844-3851 bp |
+ | 150 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.5/ 100 | 1 | 52871820-52877477(-) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
TTTGACCG |
SmilChr02G000246 |
Chr02 | NC_080388.1:3175908-3175915promoter 内 3841-3848 bp |
- | 153 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.5/ 100 | 1 | 3176068-3179826(+) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
TTTGACCG |
SmilChr04G002957 |
Chr04 | NC_080390.1:45931074-45931081promoter 内 3840-3847 bp |
+ | 154 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.5/ 100 | 1 | 45931235-45935277(+) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
CGGTCAAA |
SmilChr05G000753 |
Chr05 | NC_080391.1:5826306-5826313promoter 内 3839-3846 bp |
- | 155 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.5/ 100 | 1 | 5826468-5830080(+) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
TTTGACCG |
SmilChr02G005354 |
Chr02 | NC_080388.1:74295889-74295896promoter 内 3836-3843 bp |
- | 158 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.5/ 100 | 1 | 74295644-74295731(-) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
CGGTCAAA |
SmilChr01G005396 |
Chr01 | NC_080387.1:71232985-71232992promoter 内 3835-3842 bp |
- | 159 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.5/ 100 | 1 | 71233151-71233672(+) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
TTTGACCG |
SmilChr02G001677 |
Chr02 | NC_080388.1:31005344-31005351promoter 内 3834-3841 bp |
+ | 160 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.5/ 100 | 1 | 31003685-31005184(-) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
TTTGACCG |
SmilChr02G005056 |
Chr02 | NC_080388.1:72268700-72268707promoter 内 3833-3840 bp |
- | 161 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.5/ 100 | 1 | 72268868-72276167(+) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
TTTGACCG |
SmilChr04G002880 |
Chr04 | NC_080390.1:45007028-45007035promoter 内 3833-3840 bp |
+ | 161 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.5/ 100 | 1 | 45007196-45007957(+) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
CGGTCAAA |
SmilChr01G002901 |
Chr01 | NC_080387.1:47697218-47697225promoter 内 3830-3837 bp |
- | 164 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.5/ 100 | 1 | 47696201-47697054(-) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
CGGTCAAA |
SmilChr03G003007 |
Chr03 | NC_080389.1:46899970-46899977promoter 内 3830-3837 bp |
- | 164 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.5/ 100 | 1 | 46900141-46909143(+) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
TTTGACCG |
SmilChr02G004731 |
Chr02 | NC_080388.1:69551600-69551607promoter 内 3824-3831 bp |
- | 170 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.5/ 100 | 1 | 69551777-69558821(+) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
TTTGACCG |
SmilChr02G001927 |
Chr02 | NC_080388.1:34682987-34682994promoter 内 3821-3828 bp |
+ | 173 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.5/ 100 | 1 | 34683167-34686374(+) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
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SmilChr02G001198 |
Chr02 | NC_080388.1:22117748-22117755promoter 内 3813-3820 bp |
+ | 181 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.5/ 100 | 1 | 22117936-22121739(+) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
CGGTCAAA |
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Chr01 | NC_080387.1:26681794-26681801promoter 内 3812-3819 bp |
- | 182 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.5/ 100 | 1 | 26681983-26688397(+) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
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+ | 186 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.5/ 100 | 1 | 48208721-48213064(-) |
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MP00071 |
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- | 186 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.5/ 100 | 1 | 5042737-5044340(-) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
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Chr02 | NC_080388.1:53936683-53936690promoter 内 3805-3812 bp |
+ | 189 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.5/ 100 | 1 | 53936879-53938637(+) |
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- | 191 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.5/ 100 | 1 | 49978204-49979900(-) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
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- | 192 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.5/ 100 | 1 | 69720259-69726423(+) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
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SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
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+ | 197 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.5/ 100 | 1 | 53771689-53775979(+) |
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- | 207 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.5/ 100 | 1 | 72575232-72578021(-) |
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SMil_00016341-RA_Salv |
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- | 209 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.5/ 100 | 1 | 50862055-50870593(+) |
SMil_00016341-RA_Salv |
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- | 210 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.5/ 100 | 1 | 7546223-7548784(-) |
SMil_00016341-RA_Salv |
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+ | 217 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.5/ 100 | 1 | 18495977-18498415(+) |
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SmilChr01G001775 |
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- | 220 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.5/ 100 | 1 | 32658757-32659365(+) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
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+ | 226 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.5/ 100 | 1 | 51190461-51192069(+) |
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MP00071 |
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