转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr03G003924; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00010794-RA_Salv SmilChr03G003924 NAC XP_057798851.1 MP00059 TAACACGCCACA

可能结合的靶基因

9940 个结合位点 8333 个候选靶基因 第 96 / 167 下载 TSV

上一页 96 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr08G001341 Chr08 NC_080394.1:10708410-10708421promoter 内 2145-2156 bp + 1845 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 10704333-10706565(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 AGTTGCGTGTTA
SmilChr01G003929 Chr01 NC_080387.1:57565582-57565593promoter 内 2114-2125 bp + 1876 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 57556138-57563706(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 AATGGCGTGTTT
SmilChr05G002006 Chr05 NC_080391.1:20754326-20754337promoter 内 1959-1970 bp - 2031 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 20756368-20756468(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 AATGGCGTGTTT
SmilChr01G004528 Chr01 NC_080387.1:63475950-63475961promoter 内 1950-1961 bp + 2040 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 63467710-63473910(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 TGTGGCGTGAAG
SmilChr02G004892 Chr02 NC_080388.1:70962665-70962676promoter 内 1942-1953 bp + 2048 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 70959676-70960617(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 TGTGGCGAGCGA
SmilChr02G004722 Chr02 NC_080388.1:69469595-69469606promoter 内 1912-1923 bp + 2078 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 69460615-69467517(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 AATGGCGTGTTT
SmilChr03G004578 Chr03 NC_080389.1:63669033-63669044promoter 内 1903-1914 bp - 2087 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 63664236-63666946(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 AAACACGCCATT
SmilChr03G001964 Chr03 NC_080389.1:28154802-28154813promoter 内 1847-1858 bp - 2143 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 28148309-28152659(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 CAGCTCGCCACA
SmilChr02G004023 Chr02 NC_080388.1:62521295-62521306promoter 内 1804-1815 bp - 2186 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 62518392-62519109(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 CTTCACGCCACA
SmilChr05G002007 Chr05 NC_080391.1:20754326-20754337promoter 内 1785-1796 bp - 2205 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 20756542-20756615(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 AATGGCGTGTTT
SmilChr05G002651 Chr05 NC_080391.1:29983740-29983751promoter 内 1778-1789 bp + 2212 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 29985963-29987234(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 TGGCTCGCCACA
SmilChr07G000861 Chr07 NC_080393.1:6130322-6130333promoter 内 1767-1778 bp + 2223 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 6132556-6142055(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 TAACACGACAAC
SmilChr05G002411 Chr05 NC_080391.1:26624608-26624619promoter 内 1666-1677 bp + 2324 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 26620663-26622284(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 AATGGCGTGTAA
SmilChr08G003687 Chr08 NC_080394.1:41186030-41186041promoter 内 1653-1664 bp - 2337 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 41179035-41183693(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 TTGCACGCCATT
SmilChr02G000046 Chr02 NC_080388.1:632576-632587promoter 内 1634-1645 bp + 2356 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 634943-638254(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 AAGCACGCCATT
SmilChr03G003183 Chr03 NC_080389.1:49284467-49284478promoter 内 1632-1643 bp + 2358 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 49286836-49291900(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 TTGCACGCCATT
SmilChr05G004107 Chr05 NC_080391.1:54930858-54930869promoter 内 1632-1643 bp - 2358 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 54926705-54928500(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 TTGCACGCCATT
SmilChr05G004389 Chr05 NC_080391.1:57336938-57336949promoter 内 1614-1625 bp - 2376 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 57339325-57351606(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 AATGGCGTGCAA
SmilChr04G003063 Chr04 NC_080390.1:47186906-47186917promoter 内 1599-1610 bp - 2391 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 47182047-47184515(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 AAACACGCCATT
SmilChr05G000428 Chr05 NC_080391.1:3217215-3217226promoter 内 1592-1603 bp + 2398 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 3219624-3221114(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 TCACTCGCCACA
SmilChr05G000135 Chr05 NC_080391.1:1096186-1096197promoter 内 1582-1593 bp - 2408 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 1087293-1093778(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 TCACTCGCCACA
SmilChr08G001671 Chr08 NC_080394.1:13941946-13941957promoter 内 1512-1523 bp - 2478 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 13936709-13939468(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 AAGCACGCCATT
SmilChr06G001196 Chr06 NC_080392.1:12241097-12241108promoter 内 1490-1501 bp - 2500 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 12234292-12238597(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 CAACTCGCCACA
SmilChr07G003772 Chr07 NC_080393.1:46164189-46164200promoter 内 1470-1481 bp + 2520 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 46149339-46161669(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 TGTGGCGTGGAT
SmilChr05G001165 Chr05 NC_080391.1:9790724-9790735promoter 内 1460-1471 bp - 2530 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 9774259-9788194(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 AAGCACGCCATT
SmilChr03G004565 Chr03 NC_080389.1:63577366-63577377promoter 内 1435-1446 bp - 2555 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 63579932-63587672(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 TGTGGCGTGGAT
SmilChr08G002476 Chr08 NC_080394.1:23680019-23680030promoter 内 1333-1344 bp - 2657 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 23682687-23686589(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 TGTGGCGAGCTC
SmilChr05G000423 Chr05 NC_080391.1:3199598-3199609promoter 内 1320-1331 bp + 2670 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 3195085-3196928(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 TGTGGCGAGTGA
SmilChr01G006091 Chr01 NC_080387.1:76394417-76394428promoter 内 1292-1303 bp - 2698 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 76397126-76481394(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 CTTGTCGTGTTA
SmilChr08G002179 Chr08 NC_080394.1:19691377-19691388promoter 内 1246-1257 bp + 2744 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 19694132-19695608(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 CTTCACGCCACA
SmilChr07G004037 Chr07 NC_080393.1:51591560-51591571promoter 内 1209-1220 bp + 2781 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 51581145-51588779(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 TGTGGCGTGACT
SmilChr04G003390 Chr04 NC_080390.1:50454132-50454143promoter 内 1177-1188 bp - 2813 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 50456956-50458161(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 TGTGGCGTGAAC
SmilChr07G004103 Chr07 NC_080393.1:52601695-52601706promoter 内 1062-1073 bp - 2928 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 52578023-52598767(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 AGTCACGCCACA
SmilChr08G001219 Chr08 NC_080394.1:9835136-9835147promoter 内 1044-1055 bp + 2946 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 9828144-9832190(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 TGTGGCGAGCTG
SmilChr03G002872 Chr03 NC_080389.1:45380959-45380970promoter 内 1039-1050 bp - 2951 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 45383921-45386756(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 GTTGTCGTGTTA
SmilChr05G004388 Chr05 NC_080391.1:57336938-57336949promoter 内 988-999 bp - 3002 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 57332849-57333936(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 TTGCACGCCATT
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