转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G004199; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00010571-RA_Salv SmilChr01G004199 bHLH XP_057782208.1 MP00074 AGAAGGTCACGTGG

可能结合的靶基因

9969 个结合位点 7396 个候选靶基因 第 1 / 148 下载 TSV

1 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr06G000970 Chr06 NC_080392.1:9420294-9420307promoter 内 2219-2232 bp - 1769 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.7/ 100 1 9415331-9418525(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 GGGGGGACACGTGG
SmilChr04G001594 Chr04 NC_080390.1:26549128-26549141promoter 内 2221-2234 bp - 1767 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.6/ 100 1 26550908-26552602(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGTCCCGCC
SmilChr03G002880 Chr03 NC_080389.1:45471338-45471351promoter 内 2829-2842 bp - 1159 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.4/ 100 1 45472510-45477828(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGACCTGCC
SmilChr02G002832 Chr02 NC_080388.1:48466269-48466282promoter 内 3886-3899 bp - 102 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.1/ 100 3 48466384-48467903(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGTCCTCCC
SmilChr01G002784 Chr01 NC_080387.1:46315804-46315817promoter 内 3724-3737 bp + 264 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.1/ 100 2 46316081-46319103(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 GGCAGGACACGTGG
SmilChr07G001329 Chr07 NC_080393.1:10229268-10229281promoter 内 2086-2099 bp - 1902 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.0/ 100 1 10226405-10227366(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 GGAGGGACACGTGG
SmilChr07G002304 Chr07 NC_080393.1:21331902-21331915promoter 内 854-867 bp - 3134 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.0/ 100 1 21326660-21328768(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 GGAGGGACACGTGG
SmilChr06G000478 Chr06 NC_080392.1:3886015-3886028promoter 内 2896-2909 bp - 1092 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.9/ 100 3 3887120-3893486(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGTCGTCCC
SmilChr03G003866 Chr03 NC_080389.1:57766505-57766518promoter 内 3978-3991 bp - 10 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.9/ 100 2 57763343-57766495(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 GGCACGACACGTGG
SmilChr01G005574 Chr01 NC_080387.1:72486137-72486150promoter 内 1640-1653 bp + 2348 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.9/ 100 1 72488498-72489364(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 GGCGGGTCACGTGC
SmilChr02G003946 Chr02 NC_080388.1:61613931-61613944promoter 内 2411-2424 bp + 1577 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.8/ 100 3 61615521-61621034(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 AGCGCGTCACGTGG
SmilChr01G004189 Chr01 NC_080387.1:60342098-60342111promoter 内 2875-2888 bp - 1113 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.8/ 100 1 60343224-60344979(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGGCCTCCC
SmilChr01G000730 Chr01 NC_080387.1:16245336-16245349promoter 内 1896-1909 bp - 2092 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.8/ 100 1 16247441-16254213(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGACGCGCT
SmilChr04G001372 Chr04 NC_080390.1:22312274-22312287promoter 内 256-269 bp + 3732 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.8/ 100 1 22316019-22316921(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 GGAGCGACACGTGG
SmilChr02G001573 Chr02 NC_080388.1:29164581-29164594promoter 内 3747-3760 bp + 241 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.7/ 100 1 29162480-29164340(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGTCCCGCT
SmilChr02G004971 Chr02 NC_080388.1:71602898-71602911promoter 内 3665-3678 bp + 323 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.7/ 100 1 71598285-71602575(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGACCCACC
SmilChr02G004537 Chr02 NC_080388.1:67965227-67965240promoter 内 554-567 bp - 3434 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.6/ 100 2 67957432-67961793(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 GGAGGGCCACGTGG
SmilChr07G001322 Chr07 NC_080393.1:10163977-10163990promoter 内 2613-2626 bp - 1375 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.6/ 100 1 10160886-10162602(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 GGGGTGACACGTGG
SmilChr07G000302 Chr07 NC_080393.1:1987130-1987143promoter 内 2573-2586 bp - 1415 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.5/ 100 4 1988558-1989637(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGCCGTGCC
SmilChr08G001422 Chr08 NC_080394.1:11369564-11369577promoter 内 2013-2026 bp + 1975 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.5/ 100 4 11371552-11375094(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 GTCGGGTCACGTGG
SmilChr02G005233 Chr02 NC_080388.1:73536945-73536958promoter 内 1002-1015 bp + 2986 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.5/ 100 4 73532384-73533959(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGGCGTCCC
SmilChr01G002561 Chr01 NC_080387.1:43740515-43740528promoter 内 2216-2229 bp - 1772 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.5/ 100 2 43742300-43747956(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGGCGTGCC
SmilChr04G002944 Chr04 NC_080390.1:45756449-45756462promoter 内 1966-1979 bp - 2022 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.5/ 100 2 45752997-45754427(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 TGGGCGTCACGTGG
SmilChr06G002320 Chr06 NC_080392.1:33469020-33469033promoter 内 1495-1508 bp + 2493 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.5/ 100 2 33465748-33466527(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGACGCCCA
SmilChr07G000303 Chr07 NC_080393.1:1992241-1992254promoter 内 1393-1406 bp - 2595 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.5/ 100 2 1994849-1998318(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGCCGTGCC
SmilChr07G002072 Chr07 NC_080393.1:18849853-18849866promoter 内 3893-3906 bp + 95 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.5/ 100 1 18849961-18853067(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 AGCGCGACACGTGG
SmilChr04G004122 Chr04 NC_080390.1:56078541-56078554promoter 内 2537-2550 bp + 1451 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.5/ 100 1 56080005-56083512(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 GTCGGGTCACGTGG
SmilChr04G004121 Chr04 NC_080390.1:56073073-56073086promoter 内 1098-1111 bp - 2890 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.5/ 100 1 56075976-56078817(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGACCCGAC
SmilChr07G000301 Chr07 NC_080393.1:1984640-1984653promoter 内 549-562 bp - 3439 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.5/ 100 1 1979802-1981201(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 GGCACGGCACGTGG
SmilChr04G004120 Chr04 NC_080390.1:56078541-56078554promoter 内 458-471 bp + 3530 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.5/ 100 1 56072747-56075011(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGACCCGAC
SmilChr07G000702 Chr07 NC_080393.1:4840053-4840066promoter 内 3929-3942 bp + 59 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 3 4836701-4839994(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGTCCCGCA
SmilChr06G000193 Chr06 NC_080392.1:1332316-1332329promoter 内 3456-3469 bp + 532 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 1 1332861-1333806(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 TGGGGGACACGTGG
SmilChr03G002485 Chr03 NC_080389.1:39510245-39510258promoter 内 2288-2301 bp - 1700 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 1 39505343-39508545(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 TGCGCGTCACGTGG
SmilChr06G000192 Chr06 NC_080392.1:1332316-1332329promoter 内 2006-2019 bp + 1982 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 1 1326955-1330334(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGTCCCCCA
SmilChr02G003142 Chr02 NC_080388.1:52436229-52436242promoter 内 3173-3186 bp + 815 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.3/ 100 1 52437057-52437611(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 GGGAAGTCACGTGG
SmilChr02G003141 Chr02 NC_080388.1:52436229-52436242promoter 内 2960-2973 bp + 1028 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.3/ 100 1 52434287-52435201(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGACTTCCC
SmilChr01G003505 Chr01 NC_080387.1:53630330-53630343promoter 内 3329-3342 bp - 659 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.2/ 100 4 53631002-53633454(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGTCCTGCT
SmilChr01G003444 Chr01 NC_080387.1:53009900-53009913promoter 内 3219-3232 bp - 769 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.2/ 100 4 53010682-53013283(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGTCCTGCT
SmilChr04G000845 Chr04 NC_080390.1:10684463-10684476promoter 内 265-278 bp + 3723 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.2/ 100 4 10688199-10689450(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 TGGGCGACACGTGG
SmilChr04G003061 Chr04 NC_080390.1:47184620-47184633promoter 内 569-582 bp + 3419 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.2/ 100 3 47178145-47181201(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGGCTCCCC
SmilChr05G001480 Chr05 NC_080391.1:13578534-13578547promoter 内 106-119 bp - 3882 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.2/ 100 3 13572886-13574652(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 GGTGCGACACGTGG
SmilChr04G003063 Chr04 NC_080390.1:47184620-47184633promoter 内 3883-3896 bp + 105 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.2/ 100 2 47182047-47184515(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGGCTCCCC
SmilChr04G003150 Chr04 NC_080390.1:48122594-48122607promoter 内 3842-3855 bp - 146 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.2/ 100 2 48122753-48125214(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGGCTCCCC
SmilChr01G001562 Chr01 NC_080387.1:29639072-29639085promoter 内 2963-2976 bp - 1025 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.2/ 100 2 29635032-29638047(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 GGCAAGTCACGTGG
SmilChr04G000647 Chr04 NC_080390.1:7307333-7307346promoter 内 2587-2600 bp - 1401 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.2/ 100 2 7300096-7305932(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 GGCAAGTCACGTGG
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SmilChr04G002336 Chr04 NC_080390.1:37691176-37691189promoter 内 604-617 bp + 3384 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.2/ 100 2 37694573-37696627(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 GGCGTGGCACGTGG