转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G000162; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00008183-RA_Salv SmilChr04G000162 MYB XP_057807467.1 MP00134 TCCACCTACCACCAC

可能结合的靶基因

8676 个结合位点 7078 个候选靶基因 第 118 / 142 下载 TSV

上一页 118 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G000745 Chr01 NC_080387.1:16468551-16468565promoter 内 198-212 bp - 3789 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 16472354-16473132(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CAGGAAGTAGGTGAA
SmilChr08G003895 Chr08 NC_080394.1:46289952-46289966promoter 内 192-206 bp + 3795 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 46270602-46286157(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 AGGACGGCAGGTGGA
SmilChr01G005018 Chr01 NC_080387.1:68168433-68168447promoter 内 180-194 bp + 3807 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 68172254-68178732(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 AGTACCTACCAATCT
SmilChr08G001144 Chr08 NC_080394.1:9028934-9028948promoter 内 145-159 bp - 3842 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 9032790-9039172(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GTGGTGGTGGGGAGG
SmilChr03G002521 Chr03 NC_080389.1:40184672-40184686promoter 内 90-104 bp + 3897 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 40188583-40191944(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CCCACCTACTCGAGT
SmilChr05G004020 Chr05 NC_080391.1:54193491-54193505promoter 内 50-64 bp + 3937 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 54185814-54189554(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TGAAGGGTAGGTAAA
SmilChr02G005603 Chr02 NC_080388.1:75732398-75732412promoter 内 46-60 bp - 3941 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 75736353-75739430(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GTGGTGGTGGGGGCG
SmilChr05G000386 Chr05 NC_080391.1:2911219-2911233promoter 内 39-53 bp + 3948 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 2905327-2907271(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TTCACGGTAGGTATG
SmilChr03G003784 Chr03 NC_080389.1:56958971-56958985promoter 内 2-16 bp - 3985 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 56962970-56964876(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TCCGTAGTAGGTGGT
SmilChr01G002891 Chr01 NC_080387.1:47601365-47601379promoter 内 2241-2255 bp - 1746 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 2 47591308-47599619(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TCCTCCCACCACCAC
SmilChr02G005486 Chr02 NC_080388.1:75045281-75045295promoter 内 546-560 bp - 3441 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 2 75048736-75053767(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GTGGTGGTGGGAGGA
SmilChr04G000093 Chr04 NC_080390.1:827918-827932promoter 内 3983-3997 bp + 4 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 827786-827914(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GAAGCAGTAGGTGCT
SmilChr07G000306 Chr07 NC_080393.1:2013657-2013671promoter 内 3835-3849 bp - 152 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 2013823-2016134(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CGAAGGGTAGGTGAT
SmilChr05G001191 Chr05 NC_080391.1:9984183-9984197promoter 内 3764-3778 bp - 223 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 9984420-9989062(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GAGAGAGTAGGTGCA
SmilChr06G002272 Chr06 NC_080392.1:32604613-32604627promoter 内 3739-3753 bp - 248 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 32602337-32604365(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TACACCTACCTTGAT
SmilChr07G002394 Chr07 NC_080393.1:22315857-22315871promoter 内 3705-3719 bp + 282 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 22316153-22321037(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GATAACAACCACCAT
SmilChr05G002304 Chr05 NC_080391.1:24902272-24902286promoter 内 3621-3635 bp - 366 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 24902652-24905557(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GTGGTGGTAGGGAGG
SmilChr04G000751 Chr04 NC_080390.1:9206032-9206046promoter 内 3571-3585 bp + 416 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 9206462-9207454(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TACACCTACCTTGAT
SmilChr07G004684 Chr07 NC_080393.1:59794778-59794792promoter 内 3471-3485 bp - 516 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 59795308-59797294(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 AAAAGGGTAGGTGTA
SmilChr04G002299 Chr04 NC_080390.1:37242914-37242928promoter 内 3422-3436 bp + 565 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 37243493-37246743(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TCCACCTAACCATCG
SmilChr08G000667 Chr08 NC_080394.1:4934034-4934048promoter 内 3359-3373 bp + 628 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 4926567-4933406(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GTACAGGTAGGTAAT
SmilChr03G001559 Chr03 NC_080389.1:19657479-19657493promoter 内 3340-3354 bp + 647 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 19658140-19659509(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TCCTCCCACCACCAC
SmilChr06G001747 Chr06 NC_080392.1:20242373-20242387promoter 内 3286-3300 bp + 701 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 20243088-20247943(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 AATAACTACCACCAA
SmilChr05G002014 Chr05 NC_080391.1:20901237-20901251promoter 内 3274-3288 bp + 713 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 20896865-20900524(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GCGTAAGTAGGTGTA
SmilChr05G002581 Chr05 NC_080391.1:29038552-29038566promoter 内 3244-3258 bp + 743 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 29037737-29037809(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TTTTGGTTAGGTGGA
SmilChr05G000746 Chr05 NC_080391.1:5753120-5753134promoter 内 3188-3202 bp + 799 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 5750942-5752321(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 AATTAGTTAGGTGGA
SmilChr01G000052 Chr01 NC_080387.1:833629-833643promoter 内 3014-3028 bp + 973 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 830932-832656(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TTTTTGTTAGGTGGT
SmilChr02G004843 Chr02 NC_080388.1:70558991-70559005promoter 内 2963-2977 bp + 1024 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 70552265-70557967(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ATATAGGTAGGTAGC
SmilChr02G002543 Chr02 NC_080388.1:44287260-44287274promoter 内 2942-2956 bp - 1045 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 44288319-44293962(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TATGAGGTAGGTACT
SmilChr02G000365 Chr02 NC_080388.1:4673546-4673560promoter 内 2933-2947 bp - 1054 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 4667837-4672492(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ACCACCTAACAAAAA
SmilChr05G002016 Chr05 NC_080391.1:20901237-20901251promoter 内 2909-2923 bp + 1078 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 20902329-20907176(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TACACCTACTTACGC
SmilChr04G001326 Chr04 NC_080390.1:21359854-21359868promoter 内 2883-2897 bp + 1104 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 21360972-21376449(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ATCACCAGCCACCAC
SmilChr02G002962 Chr02 NC_080388.1:50138598-50138612promoter 内 2879-2893 bp + 1108 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 50139720-50141545(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CGCACCTACTCACCG
SmilChr02G004884 Chr02 NC_080388.1:70926682-70926696promoter 内 2871-2885 bp - 1116 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 70927812-70928715(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TTTCGGTTAGGTGGA
SmilChr08G004952 Chr08 NC_080394.1:58380267-58380281promoter 内 2825-2839 bp + 1162 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 58377994-58379105(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TTTAAGGTAGGTAGT
SmilChr02G001524 Chr02 NC_080388.1:28371041-28371055promoter 内 2819-2833 bp + 1168 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 28372223-28372725(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TACACCTACTTCCGT
SmilChr05G003082 Chr05 NC_080391.1:38955781-38955795promoter 内 2777-2791 bp + 1210 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 38957005-38979398(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ATCACCTACCCTTCG
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SmilChr03G002651 Chr03 NC_080389.1:42174884-42174898promoter 内 2697-2711 bp + 1290 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 42171587-42173594(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TCTTTGTTAGGTGGT
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SmilChr07G003701 Chr07 NC_080393.1:44641695-44641709promoter 内 2154-2168 bp - 1833 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 44638927-44639862(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TACACCTACCTTGAT