转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr02G004447; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00027346-RA_Salv SmilChr02G004447 HD-ZIP XP_057797242.1 MP00200 AAAAGTAATGATTAC

可能结合的靶基因

9930 个结合位点 6661 个候选靶基因 第 12 / 134 下载 TSV

上一页 12 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G002889 Chr02 NC_080388.1:49189886-49189900promoter 内 141-155 bp - 3846 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 2 49185492-49186040(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GGAGATAATGATGAG
SmilChr01G005134 Chr01 NC_080387.1:69142010-69142024promoter 内 3283-3297 bp + 704 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 1 69141234-69141306(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GTCATCATTAGATTA
SmilChr02G002208 Chr02 NC_080388.1:39337829-39337843promoter 内 3144-3158 bp + 843 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 1 39338686-39341238(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GGAGATAATGATGAG
SmilChr03G002406 Chr03 NC_080389.1:38187840-38187854promoter 内 2991-3005 bp - 996 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 1 38173463-38186844(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TAACGTAATGATGAA
SmilChr01G004328 Chr01 NC_080387.1:61425692-61425706promoter 内 2079-2093 bp + 1908 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 1 61427614-61432136(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 AAAAATAATGATGAA
SmilChr01G005505 Chr01 NC_080387.1:71910391-71910405promoter 内 2070-2084 bp - 1917 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 1 71906613-71908474(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 AAAAATAATGATGAA
SmilChr02G003864 Chr02 NC_080388.1:60602316-60602330promoter 内 1688-1702 bp - 2299 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 1 60604629-60606214(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 CTAATCATTATAATC
SmilChr02G005331 Chr02 NC_080388.1:74149480-74149494promoter 内 1546-1560 bp - 2441 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 1 74151935-74153381(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TTCATCATTATTTTT
SmilChr03G002603 Chr03 NC_080389.1:41395544-41395558promoter 内 1400-1414 bp + 2587 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 1 41398145-41401591(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 AAAAATAATGATGAA
SmilChr02G000645 Chr02 NC_080388.1:9733242-9733256promoter 内 1320-1334 bp + 2667 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 1 9735923-9737129(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 AACCGTAATGATGAT
SmilChr03G000050 Chr03 NC_080389.1:517085-517099promoter 内 1276-1290 bp - 2711 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 1 510914-514374(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 AAAAATAATGATGAA
SmilChr03G002270 Chr03 NC_080389.1:35841934-35841948promoter 内 1215-1229 bp - 2772 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 1 35844720-35853657(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GCCATCATTACTGCC
SmilChr03G000846 Chr03 NC_080389.1:9648956-9648970promoter 内 858-872 bp + 3129 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 1 9652099-9653931(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 CAATGTAATGATGAA
SmilChr02G003883 Chr02 NC_080388.1:60894631-60894645promoter 内 489-503 bp + 3498 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 1 60886579-60891133(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GTAATCATTGTTCTC
SmilChr02G003873 Chr02 NC_080388.1:60777070-60777084promoter 内 442-456 bp + 3545 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 1 60771051-60773525(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 CTCATCATTATCTCC
SmilChr03G000053 Chr03 NC_080389.1:517085-517099promoter 内 332-346 bp - 3655 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 1 520754-524608(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TTCATCATTATTTTT
SmilChr02G000499 Chr02 NC_080388.1:6870341-6870355promoter 内 230-244 bp + 3757 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 1 6874112-6877974(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ACATGTAATGATGAT
SmilChr01G004707 Chr01 NC_080387.1:65173069-65173083promoter 内 68-82 bp - 3919 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 1 65177002-65181214(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 CTCATCATTATCTCC
SmilChr01G000239 Chr01 NC_080387.1:4488017-4488031promoter 内 2521-2535 bp - 1466 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 9 4489497-4492600(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GTAATCATTGTCATA
SmilChr03G001954 Chr03 NC_080389.1:27924422-27924436promoter 内 2402-2416 bp - 1585 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 7 27926021-27930458(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATAATGATTACTTTT
SmilChr02G001065 Chr02 NC_080388.1:18985162-18985176promoter 内 2373-2387 bp + 1614 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 7 18981122-18983548(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GTAATCATTGTCATA
SmilChr03G001953 Chr03 NC_080389.1:27924422-27924436promoter 内 410-424 bp - 3577 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 7 27919955-27920845(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 AAAAGTAATCATTAT
SmilChr01G000465 Chr01 NC_080387.1:9534935-9534949promoter 内 3179-3193 bp - 808 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 5 9535757-9539133(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GTAATCATTGTCATA
SmilChr02G003645 Chr02 NC_080388.1:57824826-57824840promoter 内 2182-2196 bp - 1805 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 5 57804805-57823021(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TATGACAATGATTAC
SmilChr03G000146 Chr03 NC_080389.1:1611462-1611476promoter 内 306-320 bp + 3681 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 4 1602765-1607781(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATAATCATTATTTCC
SmilChr01G005704 Chr01 NC_080387.1:73276352-73276366promoter 内 77-91 bp - 3910 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 4 73280276-73283307(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 CTCATCATTATCCTC
SmilChr03G000524 Chr03 NC_080389.1:5622144-5622158promoter 内 3749-3763 bp + 238 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 3 5622396-5628473(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TATGACAATGATTAC
SmilChr02G004418 Chr02 NC_080388.1:66516485-66516499promoter 内 3721-3735 bp - 266 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 3 66516765-66519571(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATAATGATTACTTTT
SmilChr03G000142 Chr03 NC_080389.1:1611462-1611476promoter 内 2929-2943 bp + 1058 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 3 1547153-1610404(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATAATCATTATTTCC
SmilChr02G004851 Chr02 NC_080388.1:70672165-70672179promoter 内 2514-2528 bp + 1473 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 3 70673652-70678006(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 AAAAGTAATCATTAT
SmilChr01G001327 Chr01 NC_080387.1:26406375-26406389promoter 内 1267-1281 bp - 2720 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 3 26402990-26403655(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TAAGATAATGATTAT
SmilChr02G004085 Chr02 NC_080388.1:63130012-63130026promoter 内 948-962 bp - 3039 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 3 63126452-63126973(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TAAAATAATGATGAT
SmilChr02G004419 Chr02 NC_080388.1:66516485-66516499promoter 内 775-789 bp - 3212 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 3 66519711-66520752(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATAATGATTACTTTT
SmilChr02G003411 Chr02 NC_080388.1:55270982-55270996promoter 内 76-90 bp - 3911 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 3 55274907-55280014(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TTAATCATCACTTTC
SmilChr01G001474 Chr01 NC_080387.1:28508067-28508081promoter 内 3986-4000 bp - 1 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 2 28508082-28509865(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATAATCATTACTAGC
SmilChr01G005183 Chr01 NC_080387.1:69541936-69541950promoter 内 3876-3890 bp + 111 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 2 69542061-69544483(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GATTGTAATGATTGA
SmilChr03G001491 Chr03 NC_080389.1:18026035-18026049promoter 内 3743-3757 bp - 244 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 2 18026293-18027534(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATCATCATTATTTTA
SmilChr02G000756 Chr02 NC_080388.1:12338136-12338150promoter 内 3398-3412 bp + 589 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 2 12333233-12337547(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TTAATCATTATCATT
SmilChr02G003477 Chr02 NC_080388.1:56073815-56073829promoter 内 3157-3171 bp - 830 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 2 56065876-56072985(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GAGTATAATGATGAT
SmilChr01G002584 Chr01 NC_080387.1:43973046-43973060promoter 内 1880-1894 bp + 2107 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 2 43970859-43970939(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GTAATCATTATTTCA
SmilChr02G001684 Chr02 NC_080388.1:31075723-31075737promoter 内 1338-1352 bp + 2649 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 2 31070324-31073074(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 CTAATCATTATATTT
SmilChr02G004845 Chr02 NC_080388.1:70590647-70590661promoter 内 492-506 bp + 3495 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 2 70575749-70587152(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TTCATCATTATATTT
SmilChr03G000427 Chr03 NC_080389.1:4652599-4652613promoter 内 3984-3998 bp - 3 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 4652616-4653626(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATAATCATTATTTCC
SmilChr01G005731 Chr01 NC_080387.1:73446896-73446910promoter 内 3851-3865 bp - 136 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 73447046-73458878(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATAATCATTATTTCC
SmilChr03G003062 Chr03 NC_080389.1:47570643-47570657promoter 内 3805-3819 bp - 182 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 47570839-47573613(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATAATCATTATCCTT
SmilChr01G003026 Chr01 NC_080387.1:49313788-49313802promoter 内 3665-3679 bp + 322 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 49310146-49313466(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATAATCATTAGCTTT
SmilChr01G002288 Chr01 NC_080387.1:39682718-39682732promoter 内 3271-3285 bp + 716 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 39675208-39682002(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GCAATCATTATCTTA
SmilChr01G004275 Chr01 NC_080387.1:60985762-60985776promoter 内 3140-3154 bp + 847 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 60984478-60984915(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATCATCATTATTTTA
SmilChr02G003355 Chr02 NC_080388.1:54720262-54720276promoter 内 2679-2693 bp - 1308 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 54721584-54723574(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATCATCATTACACAC
SmilChr01G000139 Chr01 NC_080387.1:2338081-2338095promoter 内 2382-2396 bp + 1605 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 2339700-2341885(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 AGTCGTGATGATTAC