转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr08G000478; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00001018-RA_Salv SmilChr08G000478 GATA XP_057781809.1 MP00130 AGATCTAGATCTGAA

可能结合的靶基因

9821 个结合位点 6015 个候选靶基因 第 14 / 121 下载 TSV

上一页 14 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr04G003326 Chr04 NC_080390.1:49991963-49991977promoter 内 2521-2535 bp - 1466 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 5 49982175-49990497(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GCATGCAGATCTGAA
SmilChr02G001086 Chr02 NC_080388.1:19471493-19471507promoter 内 2374-2388 bp + 1613 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 4 19467098-19469880(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTCAGATCTGCATGC
SmilChr04G001445 Chr04 NC_080390.1:23756029-23756043promoter 内 1027-1041 bp - 2960 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 4 23759003-23759087(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTCAGATCTGCATGC
SmilChr04G001328 Chr04 NC_080390.1:21432861-21432875promoter 内 2904-2918 bp - 1083 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 3 21422262-21431778(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GCATGCAGATCTGAA
SmilChr03G002436 Chr03 NC_080389.1:38687243-38687257promoter 内 2639-2653 bp - 1348 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 3 38684669-38685895(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GCATGCAGATCTGAA
SmilChr02G003228 Chr02 NC_080388.1:53553938-53553952promoter 内 2496-2510 bp + 1491 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 3 53549063-53552447(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AACAGATCTGGATCA
SmilChr03G002262 Chr03 NC_080389.1:35613851-35613865promoter 内 2233-2247 bp + 1754 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 3 35615619-35619293(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TGATCCAGATCTGTT
SmilChr02G004143 Chr02 NC_080388.1:63765396-63765410promoter 内 2198-2212 bp - 1789 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 3 63761396-63763607(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TGATCCAGATCTGTT
SmilChr02G000931 Chr02 NC_080388.1:16232431-16232445promoter 内 1461-1475 bp - 2526 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 3 16234971-16238879(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTCAGATCTGCATGC
SmilChr02G003033 Chr02 NC_080388.1:51030214-51030228promoter 内 860-874 bp + 3127 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 3 51033355-51037290(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GCATGCAGATCTGAA
SmilChr01G005252 Chr01 NC_080387.1:70030774-70030788promoter 内 639-653 bp - 3348 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 3 70034136-70036176(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CCCAGATCTGAACAT
SmilChr03G003926 Chr03 NC_080389.1:58344393-58344407promoter 内 594-608 bp + 3393 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 3 58347800-58350150(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AATTTCAGATCTGAA
SmilChr02G001162 Chr02 NC_080388.1:21210866-21210880promoter 内 3396-3410 bp + 591 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 2 21211471-21212307(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GAAGTCAGATCTGAA
SmilChr04G002580 Chr04 NC_080390.1:41172193-41172207promoter 内 3216-3230 bp - 771 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 2 41167175-41171422(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TGATCCAGATCTGTT
SmilChr01G001036 Chr01 NC_080387.1:21550416-21550430promoter 内 3002-3016 bp - 985 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 2 21551415-21557729(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AACAGATCTGGATCA
SmilChr01G001526 Chr01 NC_080387.1:29225032-29225046promoter 内 2517-2531 bp + 1470 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 2 29220885-29223562(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CCCAGATCTGGCGTC
SmilChr01G000216 Chr01 NC_080387.1:3782434-3782448promoter 内 2356-2370 bp - 1631 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 2 3784079-3786946(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CACAGATCTAGATCG
SmilChr01G002268 Chr01 NC_080387.1:39456062-39456076promoter 内 2017-2031 bp - 1970 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 2 39458046-39461824(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ACCAGATCTGGCGCC
SmilChr01G003006 Chr01 NC_080387.1:49096327-49096341promoter 内 1979-1993 bp + 2008 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 2 49098349-49102127(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GAGTTCAGATCTGCG
SmilChr02G002833 Chr02 NC_080388.1:48473000-48473014promoter 内 1919-1933 bp + 2068 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 2 48475082-48484788(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AAAACCAGATCTGTG
SmilChr05G000558 Chr05 NC_080391.1:4197495-4197509promoter 内 1915-1929 bp - 2072 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 2 4199581-4204860(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTCAGATCTAAAGTT
SmilChr02G002170 Chr02 NC_080388.1:38910879-38910893promoter 内 1899-1913 bp + 2088 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 2 38912981-38915528(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AGAGACAGATCTGGG
SmilChr03G002304 Chr03 NC_080389.1:36271113-36271127promoter 内 1731-1745 bp - 2256 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 2 36273383-36273455(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTCAGATCTGACTTC
SmilChr01G003193 Chr01 NC_080387.1:50681741-50681755promoter 内 1560-1574 bp - 2427 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 2 50684182-50687485(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTCAGATCTAGCCGC
SmilChr03G001734 Chr03 NC_080389.1:23306714-23306728promoter 内 1463-1477 bp - 2524 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 2 23309252-23310665(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTCAGATCTGTTTTT
SmilChr02G004849 Chr02 NC_080388.1:70645766-70645780promoter 内 1365-1379 bp - 2622 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 2 70619616-70643144(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GGAGATAGATCTGAG
SmilChr01G004751 Chr01 NC_080387.1:65689895-65689909promoter 内 518-532 bp - 3469 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 2 65684443-65686426(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GCATTCAGATCTGGC
SmilChr04G002839 Chr04 NC_080390.1:44533472-44533486promoter 内 405-419 bp - 3582 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 2 44527303-44529890(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AGAGACGGATCTGAG
SmilChr02G001773 Chr02 NC_080388.1:32492192-32492206promoter 内 117-131 bp + 3870 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 2 32484108-32488322(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ACCAGATCTGGCGCC
SmilChr01G002019 Chr01 NC_080387.1:35772627-35772641promoter 内 3808-3822 bp + 179 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 35768220-35772448(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TCCAGATCTAAAACT
SmilChr01G003307 Chr01 NC_080387.1:51762730-51762744promoter 内 3549-3563 bp + 438 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 51763182-51768870(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AGAGCTAGATCTGGC
SmilChr04G003444 Chr04 NC_080390.1:50954721-50954735promoter 内 3164-3178 bp - 823 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 50955558-50956148(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTTAGATCTAGATAC
SmilChr04G000630 Chr04 NC_080390.1:7151289-7151303promoter 内 2788-2802 bp + 1199 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 7152502-7153007(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GAATCTAGATCTCAT
SmilChr03G000010 Chr03 NC_080389.1:114083-114097promoter 内 2761-2775 bp - 1226 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 110983-112857(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AAAAACAGATCTGAG
SmilChr01G001738 Chr01 NC_080387.1:31984036-31984050promoter 内 2728-2742 bp - 1259 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 31981239-31982777(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GGTTATGGATCTGAG
SmilChr02G001886 Chr02 NC_080388.1:34173247-34173261promoter 内 2182-2196 bp + 1805 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 34175066-34177047(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CGATTTGGATCTGAA
SmilChr02G005334 Chr02 NC_080388.1:74173464-74173478promoter 内 2084-2098 bp + 1903 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 74162934-74171561(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TCCAGATCTAAAACT
SmilChr02G000439 Chr02 NC_080388.1:5713024-5713038promoter 内 1828-1842 bp + 2159 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 5709996-5710865(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTCAGATCCGTTCCC
SmilChr04G001841 Chr04 NC_080390.1:29943311-29943325promoter 内 1641-1655 bp - 2346 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 29945671-29949750(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTCAGATCCAAATCG
SmilChr05G000128 Chr05 NC_080391.1:1022870-1022884promoter 内 1536-1550 bp + 2451 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 1025335-1066327(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TGATATGGATCTGAG
SmilChr01G003251 Chr01 NC_080387.1:51230332-51230346promoter 内 1141-1155 bp + 2846 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 51223504-51227486(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATCAGATCTAGACAT
SmilChr01G004920 Chr01 NC_080387.1:67281442-67281456promoter 内 816-830 bp + 3171 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 67284627-67289060(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AACTTTAGATCTGAG
SmilChr03G000552 Chr03 NC_080389.1:5971289-5971303promoter 内 467-481 bp + 3520 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 5974823-5979533(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TGGTCCAGATCTGTG
SmilChr02G001571 Chr02 NC_080388.1:29128508-29128522promoter 内 236-250 bp - 3751 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 29132273-29135783(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTCAGATCTAAAGTT
SmilChr02G004850 Chr02 NC_080388.1:70645766-70645780promoter 内 131-145 bp - 3856 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 70649636-70654261(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTCAGATCTATCTCC
SmilChr01G002540 Chr01 NC_080387.1:43448763-43448777promoter 内 2271-2285 bp + 1716 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 7 43450493-43453062(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTTTCCAGATCTGAG
SmilChr03G003746 Chr03 NC_080389.1:56519939-56519953promoter 内 594-608 bp - 3393 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 7 56513128-56516546(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTTTCCAGATCTGAG
SmilChr03G003335 Chr03 NC_080389.1:51619357-51619371promoter 内 3179-3193 bp + 808 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 5 51614051-51618549(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTCAGATCTAGGGCT
SmilChr03G003461 Chr03 NC_080389.1:53000213-53000227promoter 内 601-615 bp - 3386 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 5 52988123-52996827(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TGGTTCAGATCTGGT
SmilChr01G000559 Chr01 NC_080387.1:11647754-11647768promoter 内 2223-2237 bp - 1764 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 4 11644323-11645990(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CGCACCAGATCTGGG